Palbociclib-propargyl

别名: Palbociclib-propargyl; 2366269-23-8; PROTAC CDK6 ligand 1; AKOS040743750; MS-29025; Palbociclib-propargyl | PROTAC CDK6 ligand 1;PROTAC CDK6配体1
目录号: V13961 纯度: ≥98%
Palbociclib-propargyl 是一种配体,用于合成 PROTAC 降解剂,用于靶向蛋白质 CDK6,并通过 PEG 连接体与 CRBN 配体结合,形成 PROTAC CP-10。
Palbociclib-propargyl CAS号: 2366269-23-8
产品类别: New1
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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纯度/质量控制文件

纯度: ≥98%

产品描述
Palbociclib-propargyl 是一种用于合成 PROTAC 降解剂的配体,该降解剂靶向 CDK6 蛋白,并通过 PEG 连接子与 CRBN 配体结合形成 PROTAC CP-10。CP-10 对 CDK6 的降解 DC50 为 2.1 nM。
Palbociclib-propargyl(CAS 编号:2366269-23-8)是 CDK6 蛋白的配体,用于合成靶向 CDK6 的 PROTAC(蛋白水解靶向嵌合体)。它通过 PEG 连接子与 CRBN 配体连接形成 PROTAC CP-10。CP-10 对 CDK6 的降解 DC50 为 2.1 nM。Palbociclib-propargyl 是癌症生物学中靶向蛋白降解研究的重要工具。
生物活性&实验参考方法
靶点
CDK6
Palbociclib-propargyl targets the cyclin-dependent kinase 6 (CDK6). It is a ligand that binds to CDK6, serving as the targeting moiety in PROTAC molecules. By linking to an E3 ligase ligand (such as CRBN ligand) via a PEG linker, the resulting PROTAC recruits an E3 ubiquitin ligase to CDK6, leading to its ubiquitination and subsequent degradation by the proteasome.
体外研究 (In Vitro)
我们构建了一个以CDK6为靶点的PROTAC化合物库,用于研究癌症治疗靶点。我们提出了“匹配/不匹配”的设计原则来理解这些PROTAC化合物降解谱的差异。值得注意的是,通过将CDK6抑制剂帕博西尼(palbociclib)与E3泛素连接酶CRBN募集剂泊马度胺(pomalidomide)连接,我们生成了具有特异性和显著CDK6降解能力的高效PROTAC化合物。这些PROTAC化合物能够强效抑制包括多发性骨髓瘤在内的造血系统癌细胞的增殖,并能有效降解CDK6的拷贝扩增/突变形式,表明其具有潜在的临床应用价值。[1]帕博西尼丙炔基(palbociclib-propargyl)本身是CDK6的配体,并不像其母体化合物帕博西尼那样具有内在的抑制活性。其活性是通过其形成功能性PROTAC化合物的能力来衡量的。含有帕博西尼-丙炔基的 PROTAC CP-10 对 CDK6 的降解 DC50 为 2.1 nM。这表明基于帕博西尼-丙炔基的 PROTAC 具有强大的活性。
体内研究 (In Vivo)
帕博西尼-丙炔基的体内活性是通过包含该化合物的PROTAC分子进行评估的。PROTAC CP-10以帕博西尼-丙炔基作为CDK6配体,已被证实能够降解CDK6,其DC50值为2.1 nM。虽然目前尚无帕博西尼-丙炔基本身的具体体内数据,但预计包含该化合物的PROTAC分子在体内具有降解CDK6和抑制肿瘤生长的活性。
酶活实验
体外激酶活性测定表明,CP-10 对 CDK4 或 CDK6 的激酶抑制活性比 PD 弱 10-25 倍,提示 CP-10 与 CDK4 或 CDK6 的结合亲和力降低(图 S4C)。由于 FLAG 标记的 CDK6 在相同表达水平下比 FLAG 标记的 CDK4 降解率更高(图 S4D),因此可以排除内源性丰度差异的影响。CP-10 与 CDK6 形成的复合物比与 CDK4 形成的复合物更稳定,或者说分子对接模拟结果显示二者“匹配度”更高(图 3E),这可能是其选择性的部分原因。此外,CDK4 的赖氨酸残基数量较少(CDK4 为 11 个,CDK6 为 18 个),这可能导致其选择性降低,但仍需进一步研究。尽管如此,CDK6 相对于 CDK4 的优先降解表明,PROTAC CP-10 通过合适的连接子和有利的取向,与 CDK6 的匹配度优于 CDK4。即使靶标结合亲和力有所降低,靶标、E3 连接酶和 PROTAC 仍能形成稳定且“匹配”的三元复合物[1]。
通常使用生化结合实验来评估 palbociclib-propargyl 与 CDK6 的结合。这些实验通过表面等离子共振 (SPR) 或等温滴定量热法 (ITC) 来测量配体与靶蛋白的亲和力。或者,也可以使用标记参考化合物进行竞争性结合实验来确定结合亲和力。
细胞实验
采用基于细胞的检测方法来评估含有帕博西尼-丙炔基的PROTAC的活性。用PROTAC处理细胞后,通过Western blot或ELISA检测CDK6蛋白的降解情况。根据剂量反应曲线计算DC50(50%靶蛋白降解时的浓度)。此外,还可以评估CDK6降解的功能后果,例如抑制细胞增殖。
动物实验
Palbociclib-propargyl 通常用于体外合成 PROTAC 分子。所得 PROTAC 随后在动物模型中进行体内评估。在这些研究中,将 PROTAC 给药于荷瘤小鼠,并评估其对 CDK6 水平、肿瘤生长抑制和药代动力学特性的影响。然而,目前尚无针对 palbociclib-propargyl 本身的具体研究方案。
药代性质 (ADME/PK)
帕博西尼-丙炔基的分子量为485.58,分子式为C27H31N7O2。纯度通常>98%。该化合物为固体。建议将粉末在-20°C下保存长达3年;或在-20°C下溶于溶剂中保存长达6个月。它可溶于DMSO。该化合物是一种靶向CDK6的PROTAC配体。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
Palbociclib-propargyl 是一种研究化合物,其完整的毒理学特征尚未在现有文献中详细描述。作为 PROTAC 合成中使用的配体,其毒性将作为最终 PROTAC 分子整体安全性评估的一部分进行评估。处理该化合物时应遵循标准安全预防措施。
参考文献

[1]. Potent and Preferential Degradation of CDK6 via Proteolysis Targeting Chimera Degraders. J Med Chem. 2019 Aug 22;62(16):7575-7582.

其他信息
总之,我们构建了一个聚焦的 CDK6 降解剂库,并系统地评估了连接子长度、空间取向和结合亲和力等因素,以帮助理解 PROTAC 与靶点之间的匹配/不匹配情况,并推断未来 CDK6 降解剂设计或优化的最佳策略。值得注意的是,我们发现:i) 基于泊马度胺的 PROTAC 募集的是 CRBN 而非其他研究中测试的 E3 连接酶,从而产生功能性降解剂;ii) 我们应用 CDK4/CDK6 双配体帕博西尼意外地获得了 CDK6 选择性 PROTAC;iii) 代表性的帕博西尼衍生 PROTAC CP-10 在抑制包括多发性骨髓瘤在内的多种造血系统癌细胞增殖方面表现出显著的效力;以及 iv) 突变和过表达的 CDK6 仍可被 CP-10 降解。这些数据进一步证实了PROTAC技术潜在临床获益的增长趋势,并展示了CDK6降解在某些癌症中的具体应用。
帕博西尼-丙炔基(CAS号:2366269-23-8)是用于PROTAC合成的CDK6配体,它通过PEG连接子与CRBN配体连接形成PROTAC CP-10。CP-10对CDK6的降解DC50为2.1 nM。帕博西尼-丙炔基是癌症生物学中靶向蛋白降解的重要研究工具,可用于研究CDK6功能和开发新型癌症疗法。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C27H31N7O2
分子量
485.580744981766
精确质量
485.253
CAS号
2366269-23-8
PubChem CID
139600348
外观&性状
Typically exists as Light yellow to yellow solids at room temperature
LogP
2.4
tPSA
94.6Ų
氢键供体(HBD)数目
1
氢键受体(HBA)数目
8
可旋转键数目(RBC)
6
重原子数目
36
分子复杂度/Complexity
912
定义原子立体中心数目
0
SMILES
CC1=C(C(=O)N(C2=NC(=NC=C12)NC3=NC=C(C=C3)N4CCN(CC4)CC#C)C5CCCC5)C(=O)C
InChi Key
SLFZXPQZLOODKL-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C27H31N7O2/c1-4-11-32-12-14-33(15-13-32)21-9-10-23(28-16-21)30-27-29-17-22-18(2)24(19(3)35)26(36)34(25(22)31-27)20-7-5-6-8-20/h1,9-10,16-17,20H,5-8,11-15H2,2-3H3,(H,28,29,30,31)
化学名
6-acetyl-8-cyclopentyl-5-methyl-2-[[5-(4-prop-2-ynylpiperazin-1-yl)pyridin-2-yl]amino]pyrido[2,3-d]pyrimidin-7-one
别名
Palbociclib-propargyl; 2366269-23-8; PROTAC CDK6 ligand 1; AKOS040743750; MS-29025;
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.0594 mL 10.2970 mL 20.5939 mL
5 mM 0.4119 mL 2.0594 mL 4.1188 mL
10 mM 0.2059 mL 1.0297 mL 2.0594 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们