PKUMDL-WQ-2101

别名: (E)-2,4-Dihydroxy-N'-(2-hydroxy-5-nitrobenzylidene)benzohydrazide
目录号: V27662 纯度: ≥98%
PKUMDL-WQ-2101 是一种非 NAD+ 竞争性变构磷酸甘油酸脱氢酶 (PHGDH) 抑制剂(拮抗剂),IC50 为 34.8 μM。
PKUMDL-WQ-2101 CAS号: 304481-72-9
产品类别: New1
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
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产品描述
PKUMDL-WQ-2101 是一种非 NAD+ 竞争性变构磷酸甘油酸脱氢酶 (PHGDH) 抑制剂(拮抗剂),IC50 为 34.8 μM。PKUMDL-WQ-2101 具有抗肿瘤活性。
PKUMDL-WQ-2101(CAS 编号:304481-72-9)是一种非 NAD+ 竞争性变构磷酸甘油酸脱氢酶 (PHGDH) 抑制剂。其分子式为 C14H11N3O6,分子量为 317.25 g/mol,对 PHGDH 的抑制作用 IC50 为 34.8 μM。PKUMDL-WQ-2101 具有抗肿瘤活性,可选择性抑制癌细胞中丝氨酸的从头合成,并在体内抑制肿瘤生长。它是一种明确的变构 PHGDH 抑制剂,已验证其与变构位点 I 的结合。
生物活性&实验参考方法
靶点
PKUMDL-WQ-2101 targets phosphoglycerate dehydrogenase (PHGDH). PHGDH is the first enzyme in the serine biosynthesis pathway, catalyzing the conversion of 3-phosphoglycerate to 3-phosphohydroxypyruvate. Many cancer cells are dependent on de novo serine synthesis for growth and survival, making PHGDH a promising anticancer target. PKUMDL-WQ-2101 is a non-NAD+-competing allosteric inhibitor that binds to allosteric site I, inhibiting the enzyme without competing with its NAD+ cofactor.
体外研究 (In Vitro)
在微摩尔浓度下,PKUMDL-WQ-2101(72 小时)表现出剂量依赖性的细胞活力下降,并与 PHGDH 阳性乳腺癌细胞系表现出良好的偶联性。在两种含有 PHGDH 的乳腺癌细胞系(MDA-MB-468 和 HCC70)中,PKUMDL-WQ-2101 分别表现出 7.70 μM 和 10.8 μM 的抗肿瘤活性 [1]。与 PHGDH 基因缺失类似,PKUMDL-WQ-2101(2.5–40 μM;24 小时)通过 MDA-MB-468 细胞周期中丝氨酸从头合成和丝氨酸合成下游的消耗途径,降低了丝氨酸的合成 [1]。 [1]
PKUMDL-WQ-2101 对 PHGDH 酶活性具有强效抑制作用,IC50 值为 34.8 μM。它是一种非 NAD+ 竞争性变构抑制剂,这意味着它与变构位点而非活性位点结合。该化合物在体外对过表达 PHGDH 的乳腺癌细胞系表现出抗肿瘤活性,在 MDA-MB-468 和 HCC-70 细胞中的 EC50 值分别为 7.7 μM 和 10.8 μM。它选择性地抑制癌细胞中丝氨酸的从头合成。
体内研究 (In Vivo)
在携带MDA-361人乳腺癌肿瘤的裸鼠模型中,PKI-179(5–50 mg/kg;每日口服一次,持续40天)可抑制肿瘤生长且耐受性良好[1]。PKI-179(50 mg/kg;口服)对携带MDA361肿瘤异种移植瘤的裸鼠的PI3K信号通路具有抑制作用[1]。PKI-179半衰期长(>60分钟),口服生物利用度高(裸鼠为98%,大鼠为46%,猴为38%,犬为61%)[1]。PKUMDL-WQ-2101在体内表现出抗肿瘤活性,可抑制体内肿瘤生长。该化合物抑制PHGDH并减少丝氨酸合成的能力转化为动物模型中的抗癌疗效。它能选择性地靶向依赖于从头合成丝氨酸的癌细胞。公开资料中关于其体内疗效的详细数据有限。该化合物是研究PHGDH生物学及其在癌症代谢中作用的重要工具。
酶活实验
PHGDH酶抑制活性测定采用重组人PHGDH酶。将该酶与底物3-磷酸甘油酸和辅因子NAD+在测定缓冲液(50 mM Tris-HCl pH 8.0、100 mM KCl、5 mM MgCl2、1 mM DTT)中孵育。反应在37°C下孵育30-60分钟。产物3-磷酸羟基丙酮酸可通过与二氢黄酶/刃天青系统偶联或高效液相色谱法(HPLC)检测。将待测化合物进行系列稀释后加入反应混合物中。IC50值通过非线性回归分析确定。每个浓度均进行重复测定。通过NAD+竞争实验验证变构机制。
细胞实验
细胞活力检测[1]
细胞类型: MDA-MB-468 细胞
测试浓度: 2.5 μM、5.0 μM、20 μM 和 40 μM
孵育时间: 24 小时
实验结果: 导致细胞周期阻滞。
在过表达 PHGDH 的乳腺癌细胞系(例如 MDA-MB-468、HCC-70)中评估细胞 PHGDH 抑制情况。将细胞在含有 5% CO2 的 37°C 适宜培养基中培养,并用不同浓度(1-100 μM)的 PKUMDL-WQ-2101 处理 24-72 小时。利用液相色谱-质谱联用技术(LC-MS)追踪[13C]-葡萄糖或[13C]-谷氨酰胺掺入丝氨酸的情况,从而测定丝氨酸的从头合成。采用MTT或CellTiter-Glo法评估细胞活力。同时评估细胞增殖和凋亡情况。每个实验均包含已知的PHGDH抑制剂作为阳性对照和溶剂对照。
动物实验
动物/疾病模型: 注射MDA-MB-468细胞的NOD.CB17 Scid/J小鼠[1]
剂量: 5 mg/kg、10 mg/kg、20 mg/kg
给药途径: 腹腔注射;每日一次;持续30天
实验结果: 对MDA-MB-468异种移植瘤具有显著的抑制作用。
在小鼠异种移植瘤模型中,使用PHGDH过表达的乳腺癌细胞系评估体内疗效。PKUMDL-WQ-2101通常以10-100 mg/kg的剂量口服或腹腔注射给药。通过游标卡尺测量监测肿瘤生长。研究结束时,采集肿瘤组织进行组织病理学分析和生化检测(丝氨酸水平、PHGDH活性、NAD+/NADH比值)。同时评估药代动力学参数。研究期间持续监测动物体重和临床症状。每组样本量通常为6-10只动物。
药代性质 (ADME/PK)
PKUMDL-WQ-2101 的分子量为 317.25 g/mol,分子式为 C14H11N3O6。溶解性:在 DMSO 中的溶解度可达 100 mM。纯度:HPLC 纯度 ≥98%。储存:通常储存于 -20°C。生物利用度、半衰期和组织分布数据尚未公开。该化合物是一种用于研究 PHGDH 抑制和癌症代谢的研究工具。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
PKUMDL-WQ-2101 的毒理学数据有限。作为一种靶向丝氨酸合成的 PHGDH 抑制剂,其潜在毒性可能包括对需要丝氨酸合成的正常组织的影响。标准的毒理学研究应包括啮齿动物的急性和亚慢性毒性试验、遗传毒性筛选以及代谢影响评估。目前尚未有关于该化合物的临床试验报道。该化合物仅供研究使用。
参考文献

[1]. Rational Design of Selective Allosteric Inhibitors of PHGDH and Serine Synthesis with Anti-tumor Activity. Cell Chem Biol. 2017 Jan 19;24(1):55-65.

其他信息
PKUMDL-WQ-2101 又名 PKUMDL WQ 2101,其化学名称为 2,4-二羟基-N'-(2-羟基-5-硝基亚苄基)苯甲酰肼。它是一种非 NAD+ 竞争性 PHGDH 变构抑制剂,IC50 值为 34.8 μM。该化合物具有抗肿瘤活性,并能选择性抑制癌细胞中丝氨酸的从头合成。目前尚未有临床试验或监管部门批准的报道。该化合物仅供研究使用。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C14H11N3O6
分子量
317.253643274307
精确质量
317.064
CAS号
304481-72-9
PubChem CID
135403154
外观&性状
Light yellow to yellow solid powder
密度
1.5±0.1 g/cm3
折射率
1.677
LogP
4.51
tPSA
148
氢键供体(HBD)数目
4
氢键受体(HBA)数目
7
可旋转键数目(RBC)
3
重原子数目
23
分子复杂度/Complexity
466
定义原子立体中心数目
0
SMILES
C1=CC(=C(C=C1[N+](=O)[O-])/C=N/NC(=O)C2=C(C=C(C=C2)O)O)O
InChi Key
OXONIXZPWKJHMW-VIZOYTHASA-N
InChi Code
InChI=1S/C14H11N3O6/c18-10-2-3-11(13(20)6-10)14(21)16-15-7-8-5-9(17(22)23)1-4-12(8)19/h1-7,18-20H,(H,16,21)/b15-7+
化学名
2,4-dihydroxy-N-[(E)-(2-hydroxy-5-nitrophenyl)methylideneamino]benzamide
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~125 mg/mL (~394.01 mM)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 3.1521 mL 15.7604 mL 31.5209 mL
5 mM 0.6304 mL 3.1521 mL 6.3042 mL
10 mM 0.3152 mL 1.5760 mL 3.1521 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们