PKUMDL-WQ-2201

目录号: V6790 纯度: ≥98%

COA 产品数据产品说明书 SDS

PKUMDL-WQ-2201 是一种 PHGDH 的非 NAD+ 竞争性变构抑制剂 (IC50=35.7 μM)。

PKUMDL-WQ-2201 CAS号: 592474-91-4
产品类别: New1

产品仅用于科学研究，不针对患者销售

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Nature 2025, 643(8070):192-200.

Nature 2024 Dec 18.

Nature 2021, 597(7874):119-125.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

Science Adv 2022: 8, eabm9427.

Nat Neurosci 2024, 27:1468-1474.

Science Adv 2025, 11(33):eadr5199.

Nat Metab 2024, 6: 1108-1127.

Cell Stem Cell 2024, 31:106-126.e13.

Nature 597, 119–125 (2021)

Cell Stem Cell 2020,26(6):845-861.e12.

Science Trans Med 2023,15(701):eadd7872.

STTT 2023,8(1):91.

Cell Reports 2023,42(4):112313

Science Trans Med 2023, 15: eadd7872.

Cancer Cell 2021,39(4):529-547.e7.

Cancer Discov 2022,12(4):1106-1127.

Immunity 2023,56(3):620-634.e11.

Immunity 2024,57:2651-2668.e12.

J Am Chem Soc 2022,144:21831-21836.

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Science Adv 2022:8,eabm9427.

Nature 2021,597(7874):119-125.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

PNAS Nexus 2022,1(3):pgac063.

ACS Nano 2023,17(10):9110-9125.

Biomaterial 2023 Sep16:302:122333.

产品描述
生物活性&实验参考方法
化学信息
溶解度数据
计算器
生物数据图片

产品描述

PKUMDL-WQ-2201 是一种非 NAD+ 竞争性 PHGDH 变构抑制剂（IC50=35.7 μM）。PKUMDL-WQ-2201 对 PHGDH 突变体的 IC50 分别为 69 μM (T59A) 和 300 μM (T56AK57A)。PKUMDL-WQ-2201 可抑制癌细胞/肿瘤细胞中丝氨酸的从头合成，从而抑制肿瘤生长。
PKUMDL-WQ-2201（CAS 编号：592474-91-4）是一种高效且选择性的非 NAD+ 竞争性磷酸甘油酸脱氢酶 (PHGDH) 变构抑制剂。其分子量为 351.81 g/mol，分子式为 C15H14ClN3O3S。 PKUMDL-WQ-2201 的 IC50 值为 35.7 μM。它能抑制癌细胞中丝氨酸的从头合成，从而减少肿瘤生长。该化合物是研究丝氨酸依赖性肿瘤代谢的研究工具，并提供了一种代谢干预策略。目前尚未获准用于临床。

生物活性&实验参考方法

靶点	PKUMDL-WQ-2201 targets phosphoglycerate dehydrogenase (PHGDH), the first and rate-limiting enzyme of the de novo serine synthesis pathway. PHGDH catalyzes the conversion of 3-phosphoglycerate to 3-phosphohydroxypyruvate, a key step in serine biosynthesis. PKUMDL-WQ-2201 is a non-NAD+-competing allosteric inhibitor of PHGDH with an IC50 of 35.7 μM. It binds to site II of the enzyme. By inhibiting PHGDH, the compound reduces serine synthesis in cancer cells, which is particularly important for tumors that are dependent on de novo serine synthesis for growth and survival.
体外研究 (In Vitro)	PKUMDL-WQ-2201（10 nM-100 μM；3 天）对乳腺癌细胞系中的 PHGDH 表现出优异的定位和抑制作用，其 EC50 值分别为 7.7 μM (MDA-MB-468) 和 10.8 μM (HCC70) [1]。体外实验表明，PKUMDL-WQ-2201 是一种高效且选择性的非 NAD+ 竞争性 PHGDH 变构抑制剂，IC50 值为 35.7 μM。它能抑制癌细胞中丝氨酸的从头合成。该化合物对野生型和突变型 PHGDH 酶均具有抑制活性。其活性通常通过纯化的 PHGDH 和底物进行酶活性测定，以及通过细胞实验测定丝氨酸的生成量来评估。这些体外研究证实，PKUMDL-WQ-2201 是研究丝氨酸依赖性肿瘤代谢的有效工具。
体内研究 (In Vivo)	PKUMDL-WQ-2201（5–20 mg/kg；腹腔注射；每日一次，持续30天）可显著抑制肿瘤生长，但与探针模型相比，对MDA-MB-468异种移植瘤无明显影响[1]。体内实验表明，PKUMDL-WQ-2201可抑制肿瘤生长。作为一种PHGDH抑制剂，它已被研究用于抑制丝氨酸依赖性肿瘤代谢。然而，标准产品说明书中并未详细说明具体的体内实验方案和结果，例如在动物模型中的疗效。该化合物为研究丝氨酸依赖性肿瘤代谢提供了一种代谢干预策略。
酶活实验	PKUMDL-WQ-2201 的体外酶活性测定旨在评估其对 PHGDH 活性的抑制作用。将 PHGDH 酶与其底物（3-磷酸甘油酸）和辅因子（NAD+）在不同浓度的 PKUMDL-WQ-2201 存在下进行孵育。测定 3-磷酸羟基丙酮酸的生成量，并根据剂量-反应曲线确定 IC50 值。PKUMDL-WQ-2201 的 IC50 值为 35.7 μM。该化合物不与 NAD+ 竞争，证实了其变构机制。
细胞实验	本研究采用体外细胞实验来研究PKUMDL-WQ-2201对癌细胞中丝氨酸合成的影响。将癌细胞用不同浓度的PKUMDL-WQ-2201处理，并通过液相色谱-串联质谱法（LC-MS/MS）测定丝氨酸和其他代谢物的水平。采用MTT或CellTiter-Glo等标准方法评估细胞增殖情况。测定该化合物抑制细胞生长和降低丝氨酸合成的能力。这些实验证实了该化合物作为PHGDH抑制剂的细胞活性。
动物实验	PKUMDL-WQ-2201 的体内动物实验是在小鼠癌症模型中进行的。在典型的研究中，将携带异种移植瘤的小鼠用 PKUMDL-WQ-2201 治疗，并监测肿瘤生长情况。评估该化合物抑制肿瘤生长的能力。然而，标准产品说明书中并未详细说明 PKUMDL-WQ-2201 的具体实验方案。其用途仅限于研究丝氨酸依赖性肿瘤代谢。
药代性质 (ADME/PK)	PKUMDL-WQ-2201 的分子量为 351.81 g/mol，分子式为 C15H14ClN3O3S。它是一种纯度≥98%的固体化合物，可溶于 DMSO 和其他有机溶剂。建议将粉末储存在 -20°C 的环境中。其吸收、分布、代谢和排泄 (ADME) 等药代动力学性质尚未得到充分研究。作为研究化合物，以干粉形式妥善储存可保持其稳定性。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)	标准产品说明书中未提供PKUMDL-WQ-2201的详细毒性数据。作为一种研究化合物，其毒性特征尚未得到充分表征。PKUMDL-WQ-2201是一种PHGDH抑制剂，其毒性可能与其对正常组织中丝氨酸合成的影响有关。然而，目前尚未有全面的毒理学研究报道。与所有研究用化学品一样，处理PKUMDL-WQ-2201时应遵循标准的实验室安全预防措施。该化合物仅用于研究用途，不得用于人类或兽医用途。
参考文献	[1]. Rational Design of Selective Allosteric Inhibitors of PHGDH and Serine Synthesis with Anti-tumor Activity. Cell Chem Biol. 2017 Jan 19;24(1):55-65. [2]. A retrospective overview of PHGDH and its inhibitors for regulating cancer metabolism. Eur J Med Chem. 2021 May 5;217:113379.
其他信息	PKUMDL-WQ-2201 是一种研究化合物，尚未获准用于任何临床或治疗用途。它是一种强效且选择性的非 NAD+ 竞争性磷酸甘油酸脱氢酶 (PHGDH) 变构抑制剂，IC50 值为 35.7 μM。PKUMDL-WQ-2201 可抑制癌细胞中丝氨酸的从头合成，从而减少肿瘤生长。该化合物是研究丝氨酸依赖性肿瘤代谢的研究工具，并提供了一种代谢干预策略。其作用机制涉及对 PHGDH 的变构抑制，从而减少丝氨酸的合成，进而抑制丝氨酸依赖性肿瘤的生长。

*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性

化学信息 & 存储运输条件

精确质量	351.044
CAS号	592474-91-4
PubChem CID	6875399
外观&性状	Light yellow to yellow solid powder
密度	1.4±0.1 g/cm3
沸点	523.5±60.0 °C at 760 mmHg
闪点	270.4±32.9 °C
蒸汽压	0.0±1.4 mmHg at 25°C
折射率	1.647
LogP	2.79
tPSA	119
氢键供体(HBD)数目	3
氢键受体(HBA)数目	5
可旋转键数目(RBC)	5
重原子数目	23
分子复杂度/Complexity	463
定义原子立体中心数目	0
SMILES	ClC1=C(C(=O)O)C=CC(=C1)C1=CC=C(/C=N\NC(NCC)=S)O1
InChi Key	XPACBFAEZIPDRT-QGMBQPNBSA-N
InChi Code	InChI=1S/C15H14ClN3O3S/c1-2-17-15(23)19-18-8-10-4-6-13(22-10)9-3-5-11(14(20)21)12(16)7-9/h3-8H,2H2,1H3,(H,20,21)(H2,17,19,23)/b18-8+
化学名	2-chloro-4-[5-[(E)-(ethylcarbamothioylhydrazinylidene)methyl]furan-2-yl]benzoic acid
HS Tariff Code	2934.99.9001
存储方式	Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month
运输条件	Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)

溶解度数据

溶解度 (体外实验)	DMSO : ~100 mg/mL (~284.24 mM)
溶解度 (体内实验)	注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方，主要用于溶解难溶或不溶于水的产品（水溶度<1 mg/mL）。建议您先取少量样品进行尝试，如该配方可行，再根据实验需求增加样品量。注射用配方 (IP/IV/IM/SC等) 注射用配方1: DMSO : Tween 80： Saline = 10 : 5 : 85 (如： 100 μL DMSO → 50 μL Tween 80 → 850 μL Saline) 生理盐水/Saline的制备：将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中，得到澄清溶液。注射用配方 2:* DMSO : PEG300 ：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL DMSO → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline) 注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL DMSO → 900 μL Corn oil) 示例: 以注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液，加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。 View More 注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如：100 μL DMSO → 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)] 20% SBE-β-CD in Saline的制备（4°C，储存1周）：将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中，得到澄清溶液。注射用配方 5:* 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如： 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精)→ 500 μL Saline) 注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如： 50 μL DMSO → 100 μL PEG300 → 200 μL Castor oil → 650 μL Saline) 注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10： 10 : 80 (如： 100 μL Ethanol → 100 μL Cremophor → 800 μL Saline) 注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL EtOH → 900 μL Corn oil) 注射用配方 10: EtOH : PEG300：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL EtOH → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline) 口服配方口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠) 口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素) 示例: 以口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中，得到0.5%CMC-Na澄清溶液；然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中，得到悬浮液。 View More 口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400) 口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素) 口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素) 口服配方 6: 做成粉末与食物混合注意: 以上为较为常见方法，仅供参考， InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型，对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物，需通过前期实验来确定（建议先取少量样品进行尝试），包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

溶解度 (体外实验)

DMSO : ~100 mg/mL (~284.24 mM)

溶解度 (体内实验)

注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方，主要用于溶解难溶或不溶于水的产品（水溶度<1 mg/mL）。建议您先取少量样品进行尝试，如该配方可行，再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)

注射用配方1: DMSO : Tween 80： Saline = 10 : 5 : 85 (如： 100 μL DMSO → 50 μL Tween 80 → 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备：将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中，得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300 ：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL DMSO → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL DMSO → 900 μL Corn oil)
示例: 以注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液，加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。

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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如：100 μL DMSO → 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备（4°C，储存1周）：将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中，得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如： 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精)→ 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如： 50 μL DMSO → 100 μL PEG300 → 200 μL Castor oil → 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10： 10 : 80 (如： 100 μL Ethanol → 100 μL Cremophor → 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL EtOH → 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL EtOH → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline)

口服配方

口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 以口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中，得到0.5%CMC-Na澄清溶液；然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中，得到悬浮液。

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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合

注意: 以上为较为常见方法，仅供参考， InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型，对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物，需通过前期实验来确定（建议先取少量样品进行尝试），包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

计算器

质量

浓度

体积

分子量*

计算重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度

参见示例

使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？

在分子量（MW）框中输入350.26
在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。

浓度 (起始)

体积 (起始)

浓度 (终)

体积 (终)

计算重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：

在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中

分子式

分子量

g/mol

计算重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4 c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：

要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。

分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：

分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。

配液体积

质量

配液浓度

计算重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
单击“计算”按钮
答案显示在体积框中

动物体内实验配方计算器（澄清溶液）

第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）

给药剂量 mg/kg

动物平均体重 g

每只动物给药体积 μL

动物数量

第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。

% DMSO

% Tween 80

% ddH₂O

计算重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH₂O，混匀澄清。

注意： (1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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Identification of Novel Allosteric Inhibitors of PHGDH (A) Potential allosteric sites in PHGDH (PDB code: 2G76). The sites were predicted by the program of CAVITY and illustrated by the surface mode.The cofactor NAD+ was indicated in sticks. PHGDH forms a dimer in the crystal structure, site I and II exist in each monomer, and only one site I and one site II is shown in the figure for clarity. (B) Chemical structures of PHGDH inhibitors. (C) Enzyme inhibition dose-response curve of PKUMDL-WQ-2101. (D) SPR dose-response curve of PKUMDL-WQ-2101. (E) Cofactor competiton curve of PKUMDL-WQ-2101. The percentage inhibition did not obviously change along with the increase of NADH concentration, indicating that there are no significant interactions between PKUMDL-WQ-2101 and the cofactor binding site. (F-G) Predicted binding mode of PKUMDL-WQ-2101. The compound and key residues in sites I are shown in stick representation. Site I is shown in suface mode (F). Enzymatic activities and responses to PKUMDL-WQ-2101 of PHGDH mutants (G). (H-I) Predicted binding mode of PKUMDL-WQ-2201. The compound and key residues in sites II are shown in stick representation. Site II is shown in surface mode (H). Enzymatic activities and responses to PKUMDL-WQ-2201 of PHGDH mutants (I). (J) Inhibitors in different sites synergize to induce PHGDH inhibition. The concentration of PKUMDL-WQ-2101 and PKUMDL-WQ-2202 was kept at 25 μM for enzyme inhibition assay, while PKUMDL-WQ-2201 concentration varies. CI values <1 indicates synergistic interaction. Data shown represent the mean ± SD (n = 3). See Figure S1 for dose-response curves of PKUMDL-WQ-2201 to 2203 and Figure S2 for synergytic matrix.[1].Wang Q, et al. Rational Design of Selective Allosteric Inhibitors of PHGDH and Serine Synthesis with Anti-tumor Activity. Cell Chem Biol. 2017 Jan 19;24(1):55-65.

Bioactivities of PKUMDL-WQ-2101 and PKUMDL-WQ-2201 in cell based assays (A-B) Growth inhibition activity of PKUMDL-WQ-2101 (A) and PKUMDL-WQ-2201 (B) in MDA-MB-468, HCC70, MCF-7, MDA-MB-231, ZR-75-1 and MCF-10A cells, respectively. Cells were exposed to vehcile or various concentrations of PKUMDL-WQ-2101 for 72h followed by MTT assay. The EC50 value of PKUMDL-WQ-2201 for MCF-7 and MDA-MB-231 was larger than 200 μM, so the corresponding dose-response curve was not presented here. (C-D) Percentage of MDA-MB-468 cells in different phases of the cell cycle after respectively treatment with 2.5, 5.0, 20 and 40 μM PKUMDL-WQ-2101 (C), and 10, 80 and 160 μM PKUMDL-WQ-2201 (D) for 24 hours. DMSO was used as vehcile. Data represent the mean ± SD independent experiments. Difference is significant by two-tailed multiple t-test, *p < 0.05, **p < 0.01, ***p < 0.001. See Figure S3 for cell bioactivities of PKUMDL-WQ-2202 and 2203.[1].Wang Q, et al. Rational Design of Selective Allosteric Inhibitors of PHGDH and Serine Synthesis with Anti-tumor Activity. Cell Chem Biol. 2017 Jan 19;24(1):55-65.

CRISPR-Cas9 mediated PHGDH KO and PHGDH inhibition by PKUMDL-WQ-2101 and PKUMDL-WQ-2201 (A)Overview of LentiCRISPR system and sgRNA design generated for targeted PHGDH deletion in SKOV3 ovarian cancer cells. (B) Western blot analysis for SKOV3 GFP KO control and SKOV3 PHGDH KO cells with actin as a loading control. (C) Growth curve comparing SKOV3 GFP KO control and PHGDH KO over 6 days. (D) Growth curves of SKOV3 GFP KO control and (E) PHGDH KO cells after 6 days of treatment with vehicle or 10μM PKUMDL-WQ-2101 followed by cell counting. (F) Growth curves of SKOV3 GFP KO control or (G) PHGDH KO cells after 6 days of treatment with vehicle or 50μM PKUMDL-WQ-2201 followed by cell counting. All values represent the mean ± SEM from n=3 biological replicates. P values were obtained from a two-tailed student's t-test, *P< 0.05, **p<0.01, ***P<0.001. See Figure S4 for PKUMDL-WQ-2101 and 2201 bioactivies on SKOV3 GFP KO cells and results of PKUMDL-WQ-2101 pull down assays.[1].Wang Q, et al. Rational Design of Selective Allosteric Inhibitors of PHGDH and Serine Synthesis with Anti-tumor Activity. Cell Chem Biol. 2017 Jan 19;24(1):55-65.