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  5. Isotope-Labeled Compounds

5-Methyl-2'-deoxycytidine-d3

别名: 5-Methyldeoxycytidine-d3
目录号: V100199
COA 产品数据 产品说明书 SDS
5-甲基-2'-脱氧胞苷-d3 是氚化甲基-2'-脱氧胞苷。
5-Methyl-2'-deoxycytidine-d3 CAS号: 1160707-78-7
产品类别: Isotope-Labeled Compounds
产品仅用于科学研究，不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
1mg
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产品描述
5-甲基-2'-脱氧胞苷-d3 是氚标记的甲基-2'-脱氧胞苷。用稳定或放射性同位素标记的化合物可用于代谢分析，从而可以精确追踪和量化单个原子的运动。
5-甲基-2'-脱氧胞苷-d3（5-甲基-2'-脱氧胞苷-d3，CAS 1160707-78-7，MW 244.26）是 5-甲基-2'-脱氧胞苷（5-mdC）的稳定氘标记类似物，5-mdC 是一种天然存在的修饰核苷，存在于哺乳动物 DNA 中，它是一种重要的表观遗传标记，通过 DNA 甲基化过程影响基因表达。
生物活性&实验参考方法
靶点
The primary target is DNA, specifically cytosine residues involved in methylation regulation. It acts as a methyltransferase inhibitor, blocking enzymes responsible for adding methyl groups to cytosine molecules. The compound interacts with enzymes involved in generating oxidized derivatives of 5-methylcytosine (5-mC) that play important roles in epigenetic remodeling.
体外研究 (In Vitro)
在体外，5-甲基-2'-脱氧胞苷-d3 可用于研究 DNA 甲基化模式。该化合物可以顺式作用于单链 DNA，从而指示从头 DNA 甲基化。氘标记技术能够实现代谢分析中的精确追踪和定量，使研究人员能够追踪基因组 DNA 中的甲基化模式。
体内研究 (In Vivo)
异常水平的5-甲基胞嘧啶衍生物与多种人类癌症相关，而这种标记化合物有助于研究这些表观遗传学改变。作为胸苷的等排体，该化合物可在DNA复制过程中掺入DNA中。
酶活实验
在体内，可将氘标记的核苷注射到啮齿动物体内，并通过液相色谱-串联质谱法（LC-MS/MS）定量分析其在不同组织基因组DNA中的掺入情况。这些研究有助于深入了解疾病模型和发育过程中DNA甲基化的动态变化，以及环境因素对甲基化模式的影响。
细胞实验
典型的非细胞检测方法：将分离的基因组DNA（1-5 ug）变性，并使用核酸酶P1和碱性磷酸酶将其酶解成核苷。所得混合物使用C18色谱柱进行LC-MS/MS分析，以氘标记的5-甲基-2'-脱氧胞苷-d3作为内标，通过同位素稀释质谱法定量内源性5-mdC水平。
动物实验
细胞实验中：将细胞（例如癌细胞系或原代细胞，每组5 × 10⁵个细胞）与浓度为1-50 μM的5-甲基-2'-脱氧胞苷-d3共同培养24-72小时。使用商业试剂盒提取基因组DNA，进行酶水解，并通过LC-MS/MS分析，以确定不同处理条件下标记核苷的掺入程度和甲基化模式的变化。
药代性质 (ADME/PK)
动物实验：啮齿动物每日通过腹腔注射（通常为 1-10 mg/kg）或灌胃给予 5-甲基-2'-脱氧胞苷-d3，持续 5-14 天。死后收集组织（肝脏、脑、脾脏），分离基因组 DNA，并通过 LC-MS/MS 对氘标记化合物进行定量，以评估其组织特异性分布、掺入效率以及对整体 DNA 甲基化水平的影响。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
作为一种稳定同位素标记化合物，氘代化合物与未标记的母体化合物具有几乎相同的理化性质，因此适合用作药代动力学研究的内标。通过给药并利用液相色谱-串联质谱法（LC-MS/MS）定量分析生物体液中的标记化合物，可以研究其吸收、分布、代谢和排泄情况。
参考文献

[1]. Russak, et sl. Impact of deuterium substitution on the pharmacokinetics of pharmaceuticals. Annals of Pharmacotherapy 53.2 (2019): 211-254.
其他信息
在典型的研究浓度（微摩尔范围）下，5-甲基-2'-脱氧胞苷-d3 表现出较低的细胞毒性。细胞内活性氧的存在会影响 5-mdC 氧化产物的形成。长期或高剂量暴露可能干扰正常的 DNA 甲基化模式和基因表达，但在研究使用浓度下尚未报道有明显的急性毒性。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C10H12D3N3O4
分子量
244.26
精确质量
244.125
CAS号
1160707-78-7
PubChem CID
71750272
外观&性状
Typically exists as solids at room temperature
LogP
0
tPSA
111.59
氢键供体(HBD)数目
3
可旋转键数目(RBC)
2
重原子数目
17
分子复杂度/Complexity
393
定义原子立体中心数目
3
SMILES
CC1=CN(C(=O)N=C1N)C2CC(C(O2)CO)O
InChi Key
LUCHPKXVUGJYGU-BXKFBODDSA-N
InChi Code
InChI=1S/C10H15N3O4/c1-5-3-13(10(16)12-9(5)11)8-2-6(15)7(4-14)17-8/h3,6-8,14-15H,2,4H2,1H3,(H2,11,12,16)/t6-,7+,8+/m0/s1/i1D3
化学名
4-amino-1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-5-(trideuteriomethyl)pyrimidin-2-one
别名
5-Methyldeoxycytidine-d3
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方，主要用于溶解难溶或不溶于水的产品（水溶度<1 mg/mL）。 建议您先取少量样品进行尝试，如该配方可行，再根据实验需求增加样品量。
注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80： Saline = 10 : 5 : 85 (如： 100 μL DMSO → 50 μL Tween 80 → 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备：将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中，得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300 ：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL DMSO → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL DMSO → 900 μL Corn oil)
示例: 以注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液，加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如：100 μL DMSO → 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备（4°C，储存1周）：将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中，得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如： 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精)→ 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如： 50 μL DMSO → 100 μL PEG300 → 200 μL Castor oil → 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10： 10 : 80 (如： 100 μL Ethanol → 100 μL Cremophor → 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL EtOH → 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL EtOH → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline)

口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 以口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中，得到0.5%CMC-Na澄清溶液；然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中，得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合

注意: 以上为较为常见方法，仅供参考， InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型，对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物，需通过前期实验来确定（建议先取少量样品进行尝试），包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。
请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 4.0940 mL 20.4700 mL 40.9400 mL
5 mM 0.8188 mL 4.0940 mL 8.1880 mL
10 mM 0.4094 mL 2.0470 mL 4.0940 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器
计算 重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？
  • 在分子量（MW）框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
  • 在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。
计算 重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：
  • 在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
  • 在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
  • 在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中
g/mol
计算 重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：
  • 分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
  • 摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。
/
计算 重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器（澄清溶液）
第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）
第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。
+
+
+
计算 重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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