DC4 Crosslinker

目录号: V102760 纯度: ≥98%
DC4 交联剂是一种活性和溶解度均得到改善的稳定交联剂。
DC4 Crosslinker CAS号: 1374647-94-5
产品类别: Biochemical Assay Reagents
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
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产品描述
DC4交联剂是一种稳定的交联剂,具有更高的活性和溶解度。DC4交联剂可通过碰撞诱导解离(CID)不稳定地裂解成四个含有可移动质子的重组产物。
DC4交联剂(DSS-DC4)是一种可被质谱裂解的同双功能胺反应性化学交联剂,专为交联质谱(XL-MS)设计,用于研究蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)和蛋白质复合物拓扑结构。它包含两个N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)酯基团,可与伯胺(例如赖氨酸残基上的伯胺)反应,以及一个DC4裂解位点,该位点可在串联质谱(MS/MS)分析过程中使交联肽发生裂解。间隔臂长度约为17.5 Angstrom。仅供研究使用。
生物活性&实验参考方法
靶点
Not applicable. DC4 Crosslinker is a chemical crosslinking reagent for XL-MS, not a drug with a specific biological target. It targets primary amine groups (-NH2) on lysine residues and the N-termini of proteins. The compound reacts covalently with these amines via its two NHS ester groups. The DC4 moiety is a cleavable linker that fragments under collision-induced dissociation (CID) conditions during MS/MS, generating diagnostic ions that enable unambiguous identification of crosslinked peptides.
体外研究 (In Vitro)
DC4交联剂本身不具有直接的生物活性;它是一种化学交联剂,用于通过共价连接相互作用的蛋白质来捕获瞬时或弱的蛋白质-蛋白质相互作用。该化合物设计有一个可被质谱裂解的DC4基团,从而可以通过液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)鉴定交联肽段。它水溶性好,可与胺反应,间隔臂长度约为17.5埃,允许在此距离内交联蛋白质。该交联剂可透过细胞膜,可用于体内交联研究。目前尚无相关的IC50值或活性数据。
体内研究 (In Vivo)
DC4交联剂并非药物,也不用作体内治疗剂。它可用于体内交联研究:将该交联剂注射到动物体内,以捕捉其天然细胞环境中的蛋白质-蛋白质相互作用。给药后,收集组织,提取蛋白质,进行酶解,并通过质谱分析交联肽。然而,目前尚无关于DC4交联剂的具体体内数据。也未报告任何疗效或药理学数据。
酶活实验
标准体外交联方案:将纯化的蛋白质复合物或细胞裂解液(0.5-2 mg/mL 蛋白质)溶于 PBS 或 HEPES 缓冲液(pH 7.5-8.0)中,并与终浓度为 0.5-5 mM 的 DC4 交联剂混合。反应在 25℃ 下孵育 30-60 分钟。加入 50 mM Tris-HCl(pH 7.5)或 100 mM 碳酸氢铵终止交联反应,并继续孵育 15-30 分钟。交联后的蛋白质经还原(DTT,10 mM,30 分钟)、烷基化(碘乙酰胺,20 mM,30 分钟)和胰蛋白酶消化(37℃,过夜)后进行分析。消化后的肽段经脱盐处理后,通过 LC-MS/MS 进行分析。DC4 交联剂在碰撞诱导解离 (CID) 下发生断裂,产生特征性的 MS2 图谱。
细胞实验
不适用。DC4交联剂在化学生物学中用于交联细胞裂解液或完整细胞中的蛋白质,而非直接用作药理学调节剂。对于体内交联,将培养的细胞(例如HeLa细胞)用DC4交联剂(培养基中浓度为0.5-5 mM)在37℃下处理30-60分钟。然后洗涤细胞,裂解细胞,并按上述方法进行XL-MS分析。该试剂不用于其他基于细胞的药理学实验。
动物实验
不适用。DC4交联剂不适用于标准动物药效研究。对于用于绘制组织中蛋白质-蛋白质相互作用的体内交联研究,可通过静脉注射(例如10-50 mg/kg)将交联剂给予动物(例如小鼠)。30-60分钟后,收集组织(例如肝脏、脑组织)并按所述方法进行交联质谱(XL-MS)分析。该交联剂在体外或体内用作探针以捕获相互作用,而非作为治疗剂。本化合物未提供具体实验方案。
药代性质 (ADME/PK)
DC4交联剂是一种化学试剂,而非候选药物。目前尚未对交联剂进行药代动力学研究。在体内使用时,由于其与血液和组织中的胺类物质快速反应,预计其半衰期较短。NHS酯基在水性环境中会发生水解,在pH 7.5、25℃的缓冲液中,其半衰期约为1-2小时。这种快速水解限制了其分布。该化合物通常用于体外交联。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
DC4交联剂是一种化学交联剂,应按照标准实验室安全防护措施进行操作。其NHS酯基团具有反应活性,可能刺激皮肤和眼睛。材料安全数据建议在通风橱内操作,并佩戴适当的个人防护装备(手套、实验服、护目镜)。目前尚无毒理学数据;该化合物不可用于人类食用。仅供研究使用。
参考文献

[1]. Quaternary diamines as mass spectrometry cleavable crosslinkers for protein interactions. J Am Soc Mass Spectrom. 2012 Feb;23(2):201-12.

其他信息
DC4交联剂(DSS-DC4)是一种可被质谱裂解的同双功能胺反应性交联剂。间隔臂长度约为17.5埃。DC4的可裂解基团使其在碰撞诱导解离(CID)过程中发生碎片化,从而可以通过质谱分析鉴定交联肽段。用于在交联质谱(XL-MS)中研究蛋白质-蛋白质相互作用和蛋白质复合物拓扑结构。仅供研究使用。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C22H32BR2N4O8
分子量
640.32
精确质量
640.057
CAS号
1374647-94-5
PubChem CID
129887550
外观&性状
White to off-white solid powder
LogP
0
tPSA
127.36
氢键供体(HBD)数目
0
氢键受体(HBA)数目
10
可旋转键数目(RBC)
12
重原子数目
36
分子复杂度/Complexity
775
定义原子立体中心数目
0
SMILES
C(CC(=O)ON1C(=O)CCC1=O)C[N+]23CC[N+](CCCC(=O)ON4C(=O)CCC4=O)(CC2)CC3.[Br-].[Br-]
InChi Key
AJWAJFDEYIAPKX-UHFFFAOYSA-L
InChi Code
InChI=1S/C22H32N4O8.2BrH/c27-17-5-6-18(28)23(17)33-21(31)3-1-9-25-11-14-26(15-12-25,16-13-25)10-2-4-22(32)34-24-19(29)7-8-20(24)30;;/h1-16H2;2*1H/q+2;;/p-2
化学名
(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) 4-[4-[4-(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl)oxy-4-oxobutyl]-1,4-diazoniabicyclo[2.2.2]octan-1-yl]butanoate dibromide
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

Note: 请将本产品存放在密封保护的环境中,避免受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.5617 mL 7.8086 mL 15.6172 mL
5 mM 0.3123 mL 1.5617 mL 3.1234 mL
10 mM 0.1562 mL 0.7809 mL 1.5617 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
+
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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