tert-Butyl 2,7-diazaspiro[3.5]nonane-2-carboxylate

别名: 2-叔丁氧羰基-2,7-二氮杂螺[3.5]壬烷;2-叔丁氧羰基-2,7-二氮杂螺;2-叔丁氧羰基-2,7-二氮杂螺(3.5)壬烷
目录号: V105495 纯度: ≥98%
叔丁基 2,7-二氮杂螺[3.5]壬烷-2-羧酸酯是 PROTAC 接头。
tert-Butyl 2,7-diazaspiro[3.5]nonane-2-carboxylate CAS号: 236406-55-6
产品类别: PROTAC Linkers
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
叔丁基 2,7-二氮杂螺[3.5]壬烷-2-羧酸酯是一种 PROTAC 连接剂。叔丁基 2,7-二氮杂螺[3.5]壬烷-2-羧酸酯是 PROTAC ER 降解剂-12 和 PROTAC AR 降解剂-9 的连接剂。
叔丁基 2,7-二氮杂螺[3.5]壬烷-2-羧酸酯(CAS# 236406-55-6;C12H22N2O2;分子量 226.32)是一种属于螺环化合物类的 PROTAC 连接剂。它包含一个刚性的螺[3.5]壬烷核心,带有两个氮原子(二氮杂螺环),其中一个氮原子被叔丁氧羰基(Boc)保护。该化合物为白色至类白色固体粉末,用于合成 PROTAC(蛋白水解靶向嵌合体)分子,特别是作为 PROTAC ER 降解剂-12 和 PROTAC AR 降解剂-9 的连接剂。
生物活性&实验参考方法
靶点
tert-Butyl 2,7-diazaspiro[3.5]nonane-2-carboxylate has no direct biological target; it is a PROTAC linker. As a chemical building block, it serves as a rigid spacer that connects an E3 ubiquitin ligase ligand (e.g., CRBN or VHL) to a target protein ligand in PROTAC molecules. The spirocyclic core provides conformational rigidity, which can influence the three-dimensional orientation and optimal distance between the two ligands, thereby affecting ternary complex formation and degradation efficiency. The Boc group protects the piperazine nitrogen during synthesis and can be removed under acidic conditions (e.g., TFA in DCM) to reveal a secondary amine for further conjugation. The free amine can be used for amide bond formation with carboxylic acid-containing ligands. The rigid spiro linker has been used in PROTAC ER Degrader-12 and PROTAC AR Degrader-9.
体外研究 (In Vitro)
该化合物本身不具有直接的体外生物活性。它是PROTAC合成的化学构件。其活性是在与E3连接酶配体和靶蛋白配体偶联后进行评估的。然后评估所得PROTAC在细胞内诱导靶蛋白降解的能力。刚性螺环连接基可能通过预先组织几何结构以形成最佳的三元复合物来提高PROTAC的效力。在PROTAC评估中,将表达靶蛋白的细胞接种于6孔板中,并用PROTAC(0.1-1000 nM)处理4-24小时。通过Western blotting检测靶蛋白降解情况。计算DC₅0(半数最大降解浓度)和Dmax(最大降解浓度)。
体内研究 (In Vivo)
该化合物并非药物,而是一种PROTAC连接剂。使用这种刚性螺环连接剂合成的PROTAC具有显著的体内活性。在异种移植小鼠模型中,PROTAC每日一次腹腔或静脉注射(10-100 mg/kg),持续2-4周。它们可诱导肿瘤中靶蛋白的持续降解(降低80%以上),并抑制肿瘤生长。螺环连接剂有助于提高PROTAC的整体稳定性、刚性和药代动力学特性。Boc基团在PROTAC合成过程中被去除,最终分子中不含该基团。
酶活实验
不适用。叔丁基 2,7-二氮杂螺[3.5]壬烷-2-羧酸酯是一种 PROTAC 连接剂,而非标准酶抑制剂。其纯度(>98%)经 HPLC 测定。结构通过 ¹H NMR(Boc 基团 δ 1.4-1.5 ppm,螺环质子 δ 1.5-1.8 ppm,N-CH2 δ 2.4-3.5 ppm)和质谱(ESI-MS,预期 [M+H]+ m/z 227)确认。理化性质:分子量 226.32,LogP 1.23,密度 1.1 g/cm3,沸点 319.4℃,闪点 147.0℃,白色至类白色固体粉末,可溶于 DMSO。储存:粉末在 -20℃ 下可保存 3 年,在 4℃ 下可保存 2 年。在溶剂中于-80℃保存6个月,在-20℃保存1个月。避光保存。
细胞实验
不适用。该化合物不直接用于细胞实验;它是PROTAC合成的构建模块。在PROTAC评估中,将表达靶蛋白的细胞接种于6孔板(3×10⁵个细胞/孔),并用PROTAC(0.1-1000 nM)处理4-24小时。通过Western blotting检测靶蛋白降解情况。DC₅0值由剂量反应曲线计算得出。细胞活力通过MTT或CellTiter-Glo法测定。与柔性连接子相比,刚性螺环连接子可能会影响PROTAC的细胞渗透性和降解效力。
动物实验
含有叔丁基2,7-二氮杂螺[3.5]壬烷-2-羧酸酯的PROTACs的体内疗效可在异种移植小鼠模型中进行评估。将5×10⁶个癌细胞皮下接种到6-8周龄的雌性BALB/c裸鼠体内。当肿瘤体积达到约100-150 mm³时,将小鼠随机分为治疗组(每组n=6-8)。PROTACs配制于10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween 80 + 45%生理盐水中,并以10-100 mg/kg的剂量腹腔注射,每日一次或隔日一次,持续2-4周。每3天用游标卡尺测量肿瘤体积,并切除肿瘤进行Western blot分析,检测靶蛋白的表达水平。
药代性质 (ADME/PK)
目前尚无单独的叔丁基2,7-二氮杂螺[3.5]壬烷-2-羧酸酯的药代动力学(PK)数据。当其被整合到PROTAC(分子量800-1200)中时,其整体药代动力学性质取决于整个PROTAC分子。PROTAC通常具有中等至较低的口服生物利用度(<20%)、较短的血浆半衰期(1-4小时)、较高的血浆蛋白结合率(>90%)和快速的清除。与柔性脂肪族连接基相比,刚性螺环连接基可能提高代谢稳定性并减少脱靶相互作用。最终的PROTAC分子中不含Boc基团。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
叔丁基 2,7-二氮杂螺[3.5]壬烷-2-羧酸酯的危险说明:H315(造成皮肤刺激),H319(造成严重眼刺激),H335(可能造成呼吸道刺激)。信号词:警告。预防措施:P261(避免吸入粉尘/烟雾/气体/喷雾),P280(佩戴防护手套/防护服/护目镜/面罩),P305+P351+P338(如不慎入眼:立即用清水小心冲洗几分钟)。储存:粉末在-20℃下可保存3年,在4℃下可保存2年;溶剂在-80℃下可保存6个月,在-20℃下可保存1个月。避光保存。
参考文献

[1]. Aromatic compound, method for preparing same, and use thereof in preparation of estrogen receptor degrader, WO2023241598A1, 2023-12-21https://patents.google.com/patent/WO2023241598A1/.

其他信息
叔丁基 2,7-二氮杂螺[3.5]壬烷-2-羧酸酯(CAS# 236406-55-6)是一种研究级刚性螺环 PROTAC 连接剂,用于合成 PROTAC ER 降解剂-12 和 PROTAC AR 降解剂-9。它并非 FDA 批准的药物。仅供研究使用,不得用于诊断或治疗用途。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C12H22N2O2
分子量
226.32
精确质量
226.168
CAS号
236406-55-6
PubChem CID
23282935
外观&性状
White to off-white solid powder
密度
1.1±0.1 g/cm3
沸点
319.4±42.0 °C at 760 mmHg
闪点
147.0±27.9 °C
蒸汽压
0.0±0.7 mmHg at 25°C
折射率
1.518
LogP
1.23
tPSA
41.57
氢键供体(HBD)数目
1
氢键受体(HBA)数目
3
可旋转键数目(RBC)
2
重原子数目
16
分子复杂度/Complexity
269
定义原子立体中心数目
0
SMILES
O(C(C([H])([H])[H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H])C(N1C([H])([H])C2(C([H])([H])C([H])([H])N([H])C([H])([H])C2([H])[H])C1([H])[H])=O
InChi Key
HWLNKJXLGQVMJH-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C12H22N2O2/c1-11(2,3)16-10(15)14-8-12(9-14)4-6-13-7-5-12/h13H,4-9H2,1-3H3
化学名
tert-butyl 2,7-diazaspiro[3.5]nonane-2-carboxylate
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

Note: 本产品在运输和储存过程中需避光(避免光照)。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 4.4185 mL 22.0926 mL 44.1852 mL
5 mM 0.8837 mL 4.4185 mL 8.8370 mL
10 mM 0.4419 mL 2.2093 mL 4.4185 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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