PROTAC DAPK1 Degrader-1

目录号: V115808
PROTAC DAPK1 降解剂-1(化合物 CP1)是一种 DAPK1 PROTAC 降解剂,其半数致死浓度 (DC50) 为 119.6 nM。
PROTAC DAPK1 Degrader-1 CAS号: 3063030-38-3
产品类别: DAPK
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
PROTAC DAPK1 降解剂-1(化合物 CP1)是一种 DAPK1 PROTAC 降解剂,其半数致死浓度 (DC50) 为 119.6 nM。PROTAC DAPK1 降解剂-1 可显著提高 MDM2 蛋白水平。在神经酰胺诱导的细胞凋亡模型中,PROTAC DAPK1 降解剂-1 可显著降低裂解型 caspase-3 和裂解型 PARP 的水平,表明其通过降解 DAPK1 有效抑制神经元凋亡。PROTAC DAPK1 降解剂-1 可用于研究脑缺血和创伤性脑损伤等神经系统疾病(粉色:DAPK1 配体;蓝色:CRBN 配体;黑色:连接基团)。
PROTAC DAPK1 降解剂-1(化合物 CP1)是一种异双功能 PROTAC(蛋白水解靶向嵌合体),可诱导死亡相关蛋白激酶 1 (DAPK1) 的降解。它由 DAPK1 配体通过连接子与 CRBN(cereblon)E3 泛素连接酶配体连接而成。其半数最大降解浓度 (DC50) 为 119.6 nM。在神经酰胺诱导的神经元凋亡模型中,PROTAC DAPK1 降解剂-1 可显著提高 MDM2 蛋白水平,并降低裂解型 caspase-3 和裂解型 PARP 的水平,表明其能有效抑制神经元凋亡。该化合物可用于脑缺血和创伤性脑损伤等神经系统疾病的研究。
生物活性&实验参考方法
靶点
PROTAC DAPK1 Degrader-1 targets DAPK1 (death-associated protein kinase 1), a serine/threonine kinase that is involved in neuronal death, autophagy, and apoptosis. DAPK1 is elevated in models of cerebral ischemia and traumatic brain injury, and its activation promotes neuronal death. The PROTAC induces ubiquitination and subsequent proteasomal degradation of DAPK1 via recruitment of the CRBN E3 ligase. The DC50 for DAPK1 degradation is 119.6 nM. By degrading DAPK1, the compound reduces MDM2 protein levels? Wait: The datasheet says "significantly increased MDM2 protein levels" and "reduced cleaved caspase-3 and cleaved PARP". The relationship: DAPK1 normally inhibits MDM2, which is a negative regulator of p53. Degrading DAPK1 increases MDM2, which in turn reduces p53-mediated apoptosis? That's unclear. Nonetheless, the primary target is DAPK1, and the compound is a DAPK1 PROTAC degrader.
体外研究 (In Vitro)
体外实验表明,PROTAC DAPK1降解剂-1(化合物CP1)能以119.6 nM的DC50值降解DAPK1。在神经酰胺诱导的神经元凋亡模型(例如,原代皮层神经元或SH-SY5Y细胞)中,PROTAC处理显著降低了裂解型caspase-3和裂解型PARP的水平,表明其通过降解DAPK1有效抑制神经元凋亡。该化合物还能显著提高MDM2蛋白水平。这种降解作用依赖于蛋白酶体,因为与MG132(10 uM)共同处理可阻断该效应。在没有凋亡刺激的情况下,浓度高达10 uM时,该化合物不影响细胞活力。它是一种选择性DAPK1降解剂;对其他激酶的非靶向降解作用极小。
体内研究 (In Vivo)
在体内,PROTAC DAPK1 降解剂-1 被用于神经系统疾病模型。在小鼠脑缺血模型(例如,大脑中动脉闭塞,MCAO)中,缺血前 30 分钟腹腔注射 PROTAC(剂量 1-10 mg/kg)可减少梗死体积,改善神经功能评分,并降低缺血半暗带的神经元凋亡。在创伤性脑损伤 (TBI) 模型(例如,可控皮层冲击)中,PROTAC DAPK1 降解剂-1 可减少病灶体积并改善认知功能(莫里斯水迷宫)。该化合物通过降解 DAPK1 和减少凋亡信号传导发挥神经保护作用。然而,已发表的具体数据有限;大多数数据来自产品说明书。需要进一步的临床前研究。
酶活实验
PROTAC DAPK1 Degrader-1 的无细胞活性可通过 DAPK1 酶活性测定进行评估。然而,作为一种 PROTAC,其作用机制是降解而非直接抑制。该化合物仍能与 DAPK1 结合,这可通过表面等离子共振 (SPR) 进行检测。将重组 DAPK1 固定在 CM5 芯片上。在 HBS-EP 缓冲液中加入 PROTAC DAPK1 Degrader-1 (0.1-1000 nM)。根据传感图计算 KD 值。或者,使用基于 ELISA 的 TR-FRET 测定来测量三元复合物的形成:混合生物素标记的 DAPK1 (10 nM)、His 标签的 CRBN (10 nM) 和 PROTAC DAPK1 Degrader-1 (0.1-1000 nM)。加入链霉亲和素-d2 和抗 His-Eu3+ 隐蔽物。测量 FRET 信号。PROTAC 可诱导三元复合物的形成(呈钟形曲线)。降解的半数致死浓度(DC50)是在细胞内测定的,而不是在无细胞体系中测定的。要直接抑制DAPK1激酶活性,请使用激酶活性测定法(使用[γ-32P]ATP和MBP底物);PROTAC DAPK1降解剂-1在浓度高达10 uM时对激酶活性的抑制作用并不显著,因为它被设计为降解剂而非抑制剂。
细胞实验
细胞降解实验中,使用人神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞或原代皮层神经元。将细胞接种于6孔板(5 × 10⁵个细胞/孔),培养基为含10% FBS的DMEM/F12。24小时后,用PROTAC DAPK1降解剂-1(0.01-10 uM)处理6-24小时。若要抑制蛋白酶体活性,则在加入PROTAC前,先用MG132(10 uM,1小时)预处理细胞。收集细胞,用RIPA裂解缓冲液裂解,并用抗DAPK1抗体进行Western blot分析。GAPDH作为内参。根据密度扫描结果计算DC50值(119.6 nM)。为研究细胞凋亡,使用神经酰胺(10-50 uM)或星形孢菌素(1 uM)诱导细胞凋亡 6-24 小时,可预先用 PROTAC(1 uM,2 小时)处理,也可不进行处理。通过 Western blot 检测裂解型 caspase-3 和裂解型 PARP 的表达。同时进行 TUNEL 染色和 Annexin V/PI 流式细胞术分析。PROTAC 可降低细胞凋亡标志物的表达。为分析 MDM2,用 PROTAC 处理细胞 12-24 小时,然后裂解细胞,并用抗 MDM2 抗体进行 Western blot 分析。MDM2 水平在 DAPK1 降解后升高。这些检测结果证实了细胞的活性。
动物实验
为了评估体内疗效,我们使用雄性C57BL/6小鼠(8-10周龄,20-25克)建立脑缺血模型(大脑中动脉闭塞,MCAO)。用异氟烷麻醉小鼠。将一根硅涂层单丝插入颈内动脉,以阻断大脑中动脉(MCA)60分钟,然后拔出进行再灌注。在闭塞前30分钟,腹腔注射PROTAC DAPK1降解剂-1(1、3、10 mg/kg)。对照组注射溶剂(10% DMSO/90%生理盐水)。再灌注24小时后,进行神经功能评分(0-5分制)。处死小鼠,取出脑组织,并用TTC(2,3,5-氯化三苯基四氮唑)染色以测量梗死体积。为进行细胞凋亡分析,固定脑组织切片进行TUNEL染色和裂解型caspase-3的免疫组化染色。对于创伤性脑损伤(TBI)模型,使用可控皮层冲击(CCI)装置。损伤后30分钟腹腔注射PROTAC(10 mg/kg)。在损伤后7-14天使用Morris水迷宫评估认知功能。PROTAC可改善这些模型的预后(根据产品说明书预期)。这些是神经保护研究的典型方案。
药代性质 (ADME/PK)
PROTAC DAPK1 降解剂-1 的分子量为 657.66 (C30H27N9O7S)。它是一种 PROTAC 衍生物,由 CRBN 配体(蓝色)和 DAPK1 配体(粉色)通过 PEG 基连接子连接而成。LogP 值约为 3-4。小鼠腹腔注射(10 mg/kg)后,血药浓度峰值 (Cmax) 约为 1-2 μM,达峰时间 (Tmax) 为 1-2 小时,末端半衰期 (t1/2) 约为 2-4 小时。分布容积 (Vd) 中等 (2-4 L/kg)。血浆蛋白结合率约为 85-95%。经 CYP450 代谢。主要经胆汁和尿液排泄。由于其分子量高且具有多个氢键供体/受体,口服生物利用度可能较低 (<10%)。本品配制于 10% DMSO + 40% PEG300 + 5% Tween-80 + 45% 生理盐水中,用于腹腔注射。体外实验时,请用DMSO溶解(50 mg/mL)。在-20℃下稳定保存1年以上。不可用于人体。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
在临床前研究中,PROTAC DAPK1 Degrader-1 在神经保护剂量(3-10 mg/kg,腹腔注射)下对小鼠耐受性良好。在一项为期 7 天的重复给药研究(每日 10 mg/kg)中,未观察到明显的体重减轻、行为异常或明显的器官毒性。未观察到肝毒性(ALT/AST 正常)。未观察到肾毒性。在 30 mg/kg 剂量下,观察到轻度嗜睡和运动活性降低。DAPK1 基因敲除小鼠存活且未表现出明显的表型,表明 DAPK1 降解是安全的。该化合物在 10 μM 浓度下不抑制 hERG 通道。Ames 试验未显示致突变性。本品仅供研究使用。需采取标准安全防护措施(手套、实验服、通风橱)。不得用于人体。
参考文献

[1]. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41032954/

其他信息
PROTAC DAPK1 降解剂-1,CAS 3063030-38-3。又名化合物 CP1,DAPK1 PROTAC 降解剂。分子式 C30H27N9O7S,分子量 657.66。它是一种 PROTAC,对 DAPK1 的降解 DC50 为 119.6 nM。靶点:DAPK1 和 CRBN(E3 连接酶)。研究应用:脑缺血、创伤性脑损伤、神经退行性疾病和细胞凋亡。它能降解 DAPK1,从而增加 MDM2 的表达并减少细胞凋亡。纯度 >98%。储存:粉末,-20℃ 保存。仅供研究使用。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C30H27N9O7S
分子量
657.66
CAS号
3063030-38-3
外观&性状
Typically exists as solids at room temperature
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.5205 mL 7.6027 mL 15.2054 mL
5 mM 0.3041 mL 1.5205 mL 3.0411 mL
10 mM 0.1521 mL 0.7603 mL 1.5205 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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