| 规格 | 价格 | 库存 | 数量 |
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| 1mg |
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| 5mg |
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| Other Sizes |
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| 靶点 |
The primary target of (R)-mchm5U is likely the mammalian tRNA methyltransferase ALKBH8 (alkylated DNA repair protein alkB homolog 8), which is responsible for the formation of the naturally occurring (S)-mchm5U (5-(S)-methoxycarbonylhydroxymethyluridine) in the wobble position of tRNAs. ALKBH8 is a multifunctional enzyme that first hydroxylates 5-methoxycarbonylmethyluridine (mcm5U) to form (S)-mchm5U, and then methylates it to form (S)-mchm5U. (R)-mchm5U is the unnatural diastereomer and may act as an inhibitor or a probe for studying the stereospecificity of ALKBH8 and other modifying enzymes. By binding to specific enzymes or receptors, (R)-mchm5U may modulate nucleic acid metabolism or signaling processes, thereby affecting cell proliferation, repair, or gene expression. However, its specific biological targets and molecular interactions are not fully characterized; it is primarily used as a reference standard for analytical chemistry and as a tool to study the stereochemical preferences of enzymes involved in tRNA modification.
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| 体外研究 (In Vitro) |
(R)-mchm5U 的体外研究通常采用分析和酶学方法。该化合物可用作参考标准，通过液相色谱-串联质谱法 (LC-MS/MS) 定量生物样品中的 (S)-mchm5U 及其异构体。它也可用作底物或抑制剂，用于研究 tRNA 修饰酶 ALKBH8 的活性。在体外 ALKBH8 活性测定中，将重组人 ALKBH8 与其天然底物（含 mcm5U 的 RNA 或游离核苷）在辅因子（Fe2+、α-酮戊二酸、抗坏血酸）和不同浓度的 (R)-mchm5U 或 (S)-mchm5U 的存在下进行孵育。反应产物通过 LC-MS/MS 进行分析。 (S)-mchm5U 是羟基化反应的产物，而 (R)-mchm5U 可能不是底物，或者底物活性很弱，并可能竞争性抑制天然底物的羟基化。该化合物也可作为其他 RNA 修饰酶（例如甲基转移酶）的底物进行测试，以评估其进一步修饰（例如甲基化）的能力。(R)-mchm5U 的体外稳定性可通过将其在缓冲液或生物体液（例如血清、细胞裂解液）中于 37°C 孵育，并通过 LC-MS/MS 测定其浓度随时间的变化来研究。由此可测定该化合物的半衰期。作为一种修饰的核苷，由于存在庞大的取代基，它可能比未修饰的尿苷更稳定。可通过核磁共振 (NMR) 或分子动力学模拟研究该化合物与 RNA 的相互作用，以了解修饰的立体化学如何影响 RNA 的结构和动力学。
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| 体内研究 (In Vivo) |
由于 (R)-mchm5U 并非药物，因此目前尚无其体内活性数据。它是一种主要用于体外研究的工具。该化合物可用于培养细胞（例如 HEK293、HeLa 细胞），以研究其对 RNA 修饰和基因表达的影响。例如，可将细胞用 (R)-mchm5U（1-100 uM）处理 24-48 小时，然后通过 LC-MS/MS 分析 tRNA 中修饰核苷的水平，以确定该非天然异构体是否掺入 RNA 中，或者是否影响天然修饰的水平。可通过 MTT 法评估其对细胞增殖和活力的影响。然而，目前尚未有相关的体内研究报道。
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| 酶活实验 |
非细胞检测方法主要包括(R)-mchm5U的检测和定量分析，以及利用ALKBH8酶动力学研究。对于LC-MS/MS分析，标准方案使用C18反相色谱柱（例如，150 × 2.1 mm，2.7 um），流动相为0.1%甲酸水溶液（A）和乙腈（B）。通常采用梯度洗脱。质谱仪在正离子模式下运行，采用多反应监测（MRM）模式检测(R)-mchm5U（m/z 332.1 → 200.1，或其他特征离子对）。使用纯化的化合物制备校准曲线。 ALKBH8活性测定中，将重组ALKBH8（0.1-1 ug）与10 uM底物（例如mcm5U-RNA或游离核苷）在测定缓冲液（50 mM Tris-HCl pH 7.5、2 mM FeSO4、2 mM α-酮戊二酸、2 mM抗坏血酸、0.1 mM DTT）中于37℃孵育60分钟。向反应混合物中加入(R)-mchm5U（0.1-100 uM）以检测抑制作用。加入10% TCA终止反应，并用LC-MS/MS分析上清液以定量产物(S)-mchm5U。计算抑制的IC50值。在结合研究中，表面等离子共振 (SPR) 可用于测量 (R)-mchm5U 与 ALKBH8 的结合。将 ALKBH8 固定在传感器芯片上，并注入不同浓度的 (R)-mchm5U (0.1-1000 uM)。根据稳态结合响应计算解离常数 (KD)。该化合物也可能与 RNA 结合；这可以通过紫外熔解实验进行研究。合成一条短的 RNA 寡核苷酸（例如，包含反密码子环），并在特定位置引入 (R)-mchm5U。通过监测 260 nm 处的吸光度随温度升高的变化来测量 RNA 的热稳定性 (Tm)。将修饰 RNA 的 Tm 与未修饰 RNA 或含有天然 (S)-异构体的 RNA 的 Tm 进行比较。(R)-异构体对 RNA 结构的影响可能与 (S)-异构体不同，可能是导致 RNA 结构不稳定，也可能是导致 RNA 结构不稳定。
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| 细胞实验 |
对于基于细胞的研究，细胞（例如 HEK293、HeLa 或癌细胞系）在含有 10% FBS 和 1% 青霉素-链霉素的 DMEM 培养基中，于 37℃、5% CO2 培养箱中培养。将细胞接种于 6 孔板（5×10⁵ 个细胞/孔），并用浓度分别为 1、10、50 和 100 uM 的 (R)-mchm5U 处理 24-48 小时。对照组细胞用 DMSO 或天然 (S)-异构体处理。处理后，使用 TRIzol 试剂提取总 RNA，并用核酸酶 P1 和碱性磷酸酶将 RNA 酶解为核苷。所得核苷混合物通过 LC-MS/MS 分析，以定量 RNA 中 (R)-mchm5U 和其他修饰核苷的水平。 (R)-mchm5U掺入RNA可作为其代谢稳定性和被细胞RNA修饰机制利用的指标。为评估(R)-mchm5U对细胞增殖的影响，将细胞接种于96孔板（5×103个细胞/孔），并用该化合物（0.1-500 uM）处理48-72小时，然后通过MTT或CellTiter-Glo检测细胞活力。该化合物预计具有较低的细胞毒性（IC50 > 100 uM）。为进行基因表达分析，将细胞用(R)-mchm5U（50 uM，48小时）处理，并进行RNA测序以鉴定基因表达的变化，特别是与应激反应、tRNA修饰和翻译保真度相关的通路。qPCR可用于验证特定基因的表达。为了研究对翻译的影响，可以使用含有潜在摆动密码子（例如 UUG 或 CUG）的构建体进行双荧光素酶报告基因检测，以测量修饰 tRNA 对密码子的识别效率和保真度。然而，这些检测需要将修饰的核苷引入 tRNA 中，这并非易事。
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| 动物实验 |
(R)-mchm5U 的体内研究方案尚不标准。在药代动力学研究中，可将该化合物给予小鼠（例如，10-50 mg/kg，腹腔注射或静脉注射），并在不同时间点采集血液和组织样本进行 LC-MS/MS 分析。
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| 药代性质 (ADME/PK) |
该化合物是一种小极性分子（分子量331），可能经肾脏迅速清除。其口服生物利用度可能较低。然而，由于它并非药物，因此通常不进行此类研究。
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| 毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK) |
目前尚无(R)-mchm5U的毒性数据。它是一种修饰核苷，天然存在的修饰核苷通常无毒。在细胞活力测定中，该化合物的IC50预计大于100 μM。操作时应遵循标准安全防护措施（戴手套、穿实验服、戴护目镜）。该化合物仅供研究使用，不得用于人体。
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| 参考文献 |
[1]. van den Born E, et al. ALKBH8-mediated formation of a novel diastereomeric pair of wobble nucleosides in mammalian tRNA. Nat Commun. 2011 Feb 1;2:172.
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| 其他信息 |
(R)-mchm5U 是 (S)-mchm5U 的非对映异构体，后者是一种天然存在的修饰尿苷，存在于某些 tRNA（例如 tRNAArg、tRNAGlu）的摆动位点。该化合物可用作分析参考标准，用于鉴定和定量 RNA 中的这些修饰，并可作为研究参与 tRNA 修饰的酶（例如 ALKBH8）立体选择性的工具。它是一种白色至类白色固体粉末，可溶于 DMSO（例如 100 mg/mL）和水（溶解度有限）。产品应储存在 -20℃，避光防潮。在 DMSO 溶液中，应储存在 -80℃。该化合物是研究表观转录组学、RNA生物学以及tRNA修饰在基因表达中的作用的宝贵工具。
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| CAS号 |
89665-84-9
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| 相关CAS号 |
(S)-mchm5U;89665-83-8
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| 外观&性状 |
White to off-white solid powder
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| HS Tariff Code |
2934.99.9001
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| 存储方式 |
Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month |
| 运输条件 |
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
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| 溶解度 (体外实验) |
H2O: 125 mg/mL (376.21 mM)
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| 溶解度 (体内实验) |
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方，主要用于溶解难溶或不溶于水的产品（水溶度<1 mg/mL）。 建议您先取少量样品进行尝试，如该配方可行，再根据实验需求增加样品量。
注射用配方
注射用配方1: DMSO : Tween 80： Saline = 10 : 5 : 85 (如： 100 μL DMSO → 50 μL Tween 80 → 850 μL Saline)(IP/IV/IM/SC等) *生理盐水/Saline的制备：将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中，得到澄清溶液。 注射用配方 2: DMSO : PEG300 ：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL DMSO → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline) 注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL DMSO → 900 μL Corn oil) 示例: 以注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液，加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。 View More
注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如：100 μL DMSO → 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)] 口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠) 口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素) 示例: 以口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中，得到0.5%CMC-Na澄清溶液；然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中，得到悬浮液。 View More
口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400) 请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。 |
计算结果:
工作液浓度： mg/mL；
DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。
体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。
(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。
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