UDP-rhamnose

别名: Udp-beta-L-rhamnose; 1955-26-6; UDP-rhamnose; UDP-L-rhamnose; [[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] [(2R,3R,4R,5R,6S)-3,4,5-trihydroxy-6-methyloxan-2-yl] hydrogen phosphate; CHEBI:84725; Uridine-5'-Monophosphate Glucopyranosyl-Monophosphateester; uridine 5'-[3-(beta-L-rhamnopyranosyl) dihydrogen diphosphate]; 尿苷二磷酸鼠李糖
目录号: V72389 纯度: =97.27%
UDP-鼠李糖是细胞壁中果胶合成的底物之一。
UDP-rhamnose CAS号: 1955-26-6
产品类别: Endogenous Metabolite
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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纯度: =97.27%

产品描述
UDP-鼠李糖是细胞壁中果胶合成的底物之一。 UDP-鼠李糖在真菌中被识别,并且是植物中最常见的糖基供体之一。
生物活性&实验参考方法
靶点
Human Endogenous Metabolite
体外研究 (In Vitro)
越来越多的证据表明,在几种真菌中,含鼠李糖的聚糖参与了影响宿主-病原体相互作用的过程,包括粘附、识别、毒力和生物膜形成。然而,人们对这些聚糖的合成途径知之甚少。我们发现,鼠李糖存在于从水稻病原稻瘟病菌和植物病原Botryotinia fuckeliana分离的聚糖中。我们还提供了证据,证明这些真菌产生UDP鼠李糖。这与细菌形成鲜明对比,在细菌中,dTDP鼠李糖是这种糖的活化形式。在细菌中,dTDP鼠李糖的形成需要三种酶。在这里,我们证明了在真菌中,UDP-Rha合成只需要两个基因。第一个基因编码UDP-葡萄糖-4,6-脱水酶,该酶将UDP葡萄糖转化为UDP-4-酮-6-脱氧葡萄糖。时间分辨(1)H NMR光谱显示,该产物主要以水合形式存在于溶液中,同时存在少量的酮形式。第二个基因编码双功能UDP-4-酮-6-脱氧葡萄糖-3,5-庚二酸/-4-还原酶,将UDP-4-酮-6-脱氧葡萄糖转化为UDP鼠李糖。不同生长阶段的糖组成分析和基因表达研究表明,含鼠李糖聚糖的合成受到组织特异性调控。总之,我们的研究结果为真菌生命周期中含鼠李糖聚糖的形成提供了新的见解。讨论了这些聚糖在真菌病原体与其宿主相互作用中的作用。了解与含鼠李糖聚糖形成有关的代谢途径可能有助于开发对抗人类真菌疾病的药物,因为据我们所知,哺乳动物不会产生这些类型的聚糖[1]。
酶活实验
UG4,6-Dh和U4k6dG ER酶测定[1]
UG4,6-Dh反应(终体积为50-μl)在pH 7.6的50 mm磷酸钠中进行,其中含有1 mm NAD+、2 mm UDP-Glc和13μg纯化的重组UG4,6-Dh。U4k6dG ER反应(终体积为60-μl)在pH 7.6的50 mm磷酸钠中进行,其中含有3 mm NADPH、1 mm NAD+、2 mm UDP-Glc、纯化的重组UG4,6-Dh和纯化的重组U4k6dG-ER(17μg)。反应在30°C下保持45分钟,然后终止(100°C水浴,1分钟)。加入氯仿(50μl);将混合物涡旋并离心(12000 rpm,22°C下5分钟)。收集上层水相。反应产物在阴离子交换柱(Q15树脂,内径1mm×250mm;或Mono Q 5×50mm)上进行色谱分离,用甲酸铵线性梯度(5mm至0.6m)洗脱25分钟,使用配备自动取样器、二极管阵列检测器和ChemStation软件的安捷伦1200系列HPLC系统。核苷酸通过其A261(UDP糖的最大值)和A259(NAD+的最大值”)进行检测。使用标准UDP-Glc的校准曲线确定形成的产物量。收集UG4,6-Dh反应(在12.3分钟从Q柱洗脱)和U4k6dG ER反应(在13.2分钟从PA1柱洗脱)形成的产物,冻干,溶解在水中或99.9%D2O中,并通过ESI-MS和1H NMR光谱进行分析。
基于1H NMR的实时酶分析[1]
在30°C下,在D2O/H2O(9:1 v/v)的混合物中对酶反应(150μl)进行实时1H NMR光谱监测,该混合物含有不同pH值的50 mm磷酸钠、1-1.5 mm UDP Glc、0.6 mm NAD+和13μg重组UG4,6-Dh。UG4,6-Dh和U4k6dG ER NMR联合测定使用补充了1.5 mm NADPH的相同缓冲液。使用Varian VNMRS光谱仪在600 MHz下运行并配备3 mm冷探头,获得实时1H NMR光谱。在添加酶后2至5分钟之间开始数据采集,以优化光谱仪采集条件。在酶反应过程中,获得了水共振预饱和的连续一维质子光谱,每8秒对光谱进行求和和和平均。所有化学位移(ppm)均以2,2-二甲基-2-硅戊烷-5-磺酸盐(δ0.00)为参考。使用重组Sloppy(UDP-糖焦磷酸化酶(USP))、UTP和[13C]Glc-1-P从UDP-[13C]Glc制备13C富集的UDP-4-酮-6-脱氧葡萄糖。随后,加入具有或不具有U4k6dG ER的4,6-脱水酶。使用标准Varian脉冲程序通过13C HSQC和13C HMBC NMR实验检查了含有UDP-[13C]Glc、UDP-[13C]4k6dG和UDP-[13C]Rha的反应混合物。
参考文献

[1]. Biosynthesis of UDP-4-keto-6-deoxyglucose and UDP-rhamnose in pathogenic fungi Magnaporthe grisea and Botryotinia fuckeliana. J Biol Chem. 2012 Jan 6;287(2):879-92.

其他信息
UDP-β-L-鼠李糖是一种UDP-L-鼠李糖,其中鼠李糖部分的端基碳原子呈β构型。
拟南芥中已报道存在UDP-β-L-鼠李糖,并有相关数据。
基于基因组DNA序列数据,含有鼠李糖聚糖的真菌物种也携带参与UDP-4-酮-6-脱氧葡萄糖和UDP-鼠李糖合成的基因。例如,申克氏孢子丝菌(S. schenckii)、假丝酵母属(Candida)、禾生假丝酵母(C. graminicola)和黑孢木霉(T. melanosporum)的基因与本报告中鉴定的稻瘟病菌(M. grisea)和弗氏假丝酵母(B. fuckeliana)的基因具有同源性(如图S3B和S6B所示)。有趣的是,与动物真菌的UDP-鼠李糖生物合成基因相比,植物真菌的UDP-鼠李糖生物合成基因在系统发育分析中与植物物种的亲缘关系更近。值得注意的是两种病毒UGlc4,6-Dh蛋白的聚类。与植物共生的绿藻病毒似乎与植物中的UGlc4,6-Dh蛋白聚类在一起,而感染棘阿米巴属成员的巨型DNA病毒中的相同蛋白则与锥虫聚类在一起(补充图S3B)。未来研究多种病毒基因组并确定UDP-Rha在这些病毒-宿主相互作用中的作用将很有意义。已知有多达200种真菌会影响人类健康。据我们所知,人类自身并不合成含鼠李糖的聚糖;因此,参与鼠李糖聚糖形成的代谢途径为药物研发提供了潜在靶点,可用于控制人类及其他动物的某些真菌疾病。需要开展进一步研究,以从结构上表征灰霉菌(M. grisea)和黑曲霉(B. fuckeliana)合成的含鼠李糖聚糖。这些信息,连同在减少或消除这两个UDP-鼠李糖生物合成基因后获得的数据,将进一步阐明含鼠李糖聚糖在真菌中的作用。[1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C15H24N2O16P2
分子量
550.30
精确质量
550.06
CAS号
1955-26-6
PubChem CID
192751
外观&性状
White to off-white solid powder
密度
1.9g/cm3
折射率
1.652
LogP
-6.1
tPSA
296.64
氢键供体(HBD)数目
8
氢键受体(HBA)数目
16
可旋转键数目(RBC)
8
重原子数目
35
分子复杂度/Complexity
948
定义原子立体中心数目
9
SMILES
C[C@H]1[C@@H]([C@H]([C@H]([C@H](O1)OP(=O)(O)OP(=O)(O)OC[C@@H]2[C@H]([C@H]([C@@H](O2)N3C=CC(=O)NC3=O)O)O)O)O)O
InChi Key
DRDCJEIZVLVWNC-SLBWPEPYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C15H24N2O16P2/c1-5-8(19)10(21)12(23)14(30-5)32-35(27,28)33-34(25,26)29-4-6-9(20)11(22)13(31-6)17-3-2-7(18)16-15(17)24/h2-3,5-6,8-14,19-23H,4H2,1H3,(H,25,26)(H,27,28)(H,16,18,24)/t5-,6+,8-,9+,10+,11+,12+,13+,14+/m0/s1
化学名
[[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] [(2R,3R,4R,5R,6S)-3,4,5-trihydroxy-6-methyloxan-2-yl] hydrogen phosphate
别名
Udp-beta-L-rhamnose; 1955-26-6; UDP-rhamnose; UDP-L-rhamnose; [[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxopyrimidin-1-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl] [(2R,3R,4R,5R,6S)-3,4,5-trihydroxy-6-methyloxan-2-yl] hydrogen phosphate; CHEBI:84725; Uridine-5'-Monophosphate Glucopyranosyl-Monophosphateester; uridine 5'-[3-(beta-L-rhamnopyranosyl) dihydrogen diphosphate];
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 本产品在运输和储存过程中需避光。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
H2O: 10 mg/mL (18.17 mM)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.8172 mL 9.0860 mL 18.1719 mL
5 mM 0.3634 mL 1.8172 mL 3.6344 mL
10 mM 0.1817 mL 0.9086 mL 1.8172 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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