MLKL-IN-1

别名: MLKL-IN-1; MLKL-IN1; MLKL-IN 1; CHEMBL5086911; 2-[(~{S})-methoxy-(4-propan-2-ylphenyl)methyl]-3~{H}-benzimidazole-5-carboxylic acid; BDBM50581530; ...; 2837019-30-2;
目录号: V74098 纯度: ≥98%
MLKL-IN-1 是一种共价 MLKL 抑制剂(拮抗剂),Kd 为 50 μM。
MLKL-IN-1 CAS号: 2837019-30-2
产品类别: Mixed Lineage Kinase
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
MLKL-IN-1 是一种共价 MLKL 抑制剂(拮抗剂),Kd 为 50 μM。MLKL-IN-1 (化合物 5, Cpd 5)是一种靶向人源混合谱系激酶结构域样蛋白(MLKL)N 端执行域的可逆非共价抑制剂,解离常数(KD​)为 50 ± 4 μM [1]该化合物属于苯并咪唑类,通过 NMR 引导的结构导向设计优化得到:以初始吲哚母核片段命中物(Cpd 1)为基础,经母核替换(为提升稳定性改为苯并咪唑,即 Cpd 2),并依次引入异丙基、甲氧基和羧基取代基,最终亲和力提升 60 倍 [1]其结合口袋位于 MLKL 执行域的 N 端极,与共价抑制剂(如 NSA、黄嘌呤类)的 Cys86 修饰位点相对,主要由疏水残基(Leu4、Ile7、Leu42、Leu45、Leu58、Met62、Leu116)组成 [1]该化合物可与去污剂壬基麦芽糖苷(NM)竞争结合 MLKL,在 NM 亚临界胶束浓度(sub-cmc)下能抑制单体 NM 与 MLKL 的相互作用,且其结合亲和力不受 BI-8925 对 Cys86 位点修饰的影响 [1]但该化合物膜通透性较差(PAMPA 通透性值为 3.1 × 10⁻⁸ cm/s),在脂质体渗漏实验中无活性,且对小鼠 MLKL 无检测到的结合作用 [1]化学层面,其分子式为C19​H21​N2​O3​,分子量为 325.15(m/z [M+H]⁺),通过手性超临界流体色谱可获得对映异构体纯品 [1]
生物活性&实验参考方法
靶点
MLKL-IN-1 (Cpd 5): Human MLKL N-terminal executioner domain (residues 2−154), dissociation constant (\(K_{D}=50 ± 4 μM\)); the enantiomer of Cpd 5 has a \(K_{D}=132 ± 7 μM\); no significant change in binding affinity (\(K_{D}=73 ± 12 μM\)) when MLKL is covalently modified by BI-8925 at Cys86 [1]
体外研究 (In Vitro)
1. MLKL-IN-1 (compound 5, Cpd 5)是人源MLKL N端执行域的可逆非共价结合剂,结合亲和力(\(K_{D}\))为50 ± 4 μM,相较于初始片段命中物Cpd 1(\(K_{D}=933 ± 433 μM\)),亲和力提升60倍 [1]
2. MLKL-IN-1 (compound 5, Cpd 5)与去污剂壬基麦芽糖苷(NM)竞争结合MLKL执行域:在NM浓度低于临界胶束浓度(cmc)时,1 mM Cpd 5预孵育可完全抑制单体NM与MLKL的结合,表现为二维\(^{1} H,^{15} N\)相关谱中无化学位移扰动(CSP);但在NM浓度高于cmc(12 mM)时,无法阻断MLKL与NM胶束的瞬时相互作用 [1]
3. MLKL-IN-1 (compound 5, Cpd 5)不影响MLKL执行域的整体折叠和骨架动力学:MLKL/Cpd 5复合物与未结合配体的MLKL的均方根偏差(rmsd)为2.3 Å,复合物的分子相关时间(16 ns)与未结合配体的蛋白基本一致 [1]
4. MLKL-IN-1 (compound 5, Cpd 5)对小鼠MLKL执行域无结合活性,在500 μM浓度下,二维\(^{1} H,^{15} N\)相关谱中未观察到化学位移扰动 [1]
5. MLKL-IN-1 (compound 5, Cpd 5)的膜通透性较差,PAMPA通透性值为3.1 × 10⁻⁸ cm/s,且在脂质体渗漏实验中无活性 [1]
6. 在12 mM NM存在下,MLKL-IN-1 (compound 5, Cpd 5)与MLKL执行域的结合亲和力下降,\(K_{D}=215 ± 21 μM\) [1]
酶活实验
1. MLKL-IN-1 (compound 5, Cpd 5)的NMR结合实验:实验使用浓度为40 μM的¹³C/¹⁵N同位素标记人源MLKL N端执行域(残基2-154),缓冲液为含150 mM NaCl和1 mM TCEP的20 mM磷酸钠缓冲液(pH 7.5)。化合物的滴定浓度为25、50、125、250、1000和2500 μM,进行TROSY-HSQC实验,间接维度24个复点,扫描次数64次,扫描间隔1.2 s。采用公式\(δ = \sqrt{(δ_H - δ_{Href})^2 + (δ_N - δ_{Nref})^2} × 100\)计算化学位移扰动(CSP),并通过滴定曲线的非线性拟合确定解离常数(\(K_{D}\))[1]
2. MLKL-IN-1 (compound 5, Cpd 5)的NMR共结构测定实验:通过三重共振NMR实验(HNCACB、HNccH TOCSY、HNCC TOCSY、HCCh TOCSY、HcCH TOCSY)将MLKL/Cpd 3复合物的骨架和侧链归属转移至MLKL/Cpd 5复合物。距离限制来自¹⁵N编辑的NOESY谱(H₂O缓冲液)和两个分别针对脂肪族和芳香族碳结合质子的¹³C编辑NOESY谱(D₂O缓冲液),混合时间为120 ms。记录过滤-¹³C编辑的NOESY谱(混合时间200 ms)以鉴定分子间NOE。使用TALOS软件根据化学位移计算扭转角限制,通过CYANA软件进行结构计算,共计算100个结构,选择目标函数最佳的20个结构组成NMR结构束 [1]
3. MLKL-IN-1 (compound 5, Cpd 5)的NM竞争结合实验:在MLKL执行域中分别加入4 mM(低于cmc)和12 mM(高于cmc)浓度的NM,在有无1 mM Cpd 5存在的条件下进行NMR检测。记录二维\(^{1} H,^{15} N\)相关谱比较化学位移扰动,并通过过滤/编辑三维NOESY谱分析MLKL、NM与Cpd 5之间的分子间相互作用 [1]
参考文献

[1]. Discovery and Structure-Based Optimization of Fragments Binding the Mixed Lineage Kinase Domain-like Protein Executioner Domain. J Med Chem. 2021 Nov 11;64(21):15629-15638.

*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C19H20N2O3
分子量
324.4
CAS号
2837019-30-2
PubChem CID
156599552
外观&性状
Typically exists as solid at room temperature
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
4
可旋转键数目(RBC)
5
重原子数目
24
分子复杂度/Complexity
434
定义原子立体中心数目
1
SMILES
CC(C)C1=CC=C(C=C1)[C@@H](C2=NC3=C(N2)C=C(C=C3)C(=O)O)OC
别名
MLKL-IN-1; MLKL-IN1; MLKL-IN 1; CHEMBL5086911; 2-[(~{S})-methoxy-(4-propan-2-ylphenyl)methyl]-3~{H}-benzimidazole-5-carboxylic acid; BDBM50581530; ...; 2837019-30-2;
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 3.0826 mL 15.4131 mL 30.8261 mL
5 mM 0.6165 mL 3.0826 mL 6.1652 mL
10 mM 0.3083 mL 1.5413 mL 3.0826 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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