XR8-89

别名: XR-8-89
目录号: V76075 纯度: ≥98%
XR8-89 是一种有效的木瓜蛋白酶样 (PLpro) 抑制剂(拮抗剂),IC50 为 0.1 μM。
XR8-89 CAS号: 2817811-16-6
产品类别: SARS-CoV
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
1mg
5mg
10mg
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产品描述
XR8-89 是一种强效的木瓜蛋白酶样蛋白酶 (PLpro) 抑制剂(拮抗剂),IC50 值为 0.1 μM。XR8-89 可诱导 SARS-CoV-2 木瓜蛋白酶样蛋白酶的构象变化,从而抑制 SARS-CoV-2 的复制。XR8-89 可用于 SARS-CoV-2 的研究。
XR8-89(CAS号:2817811-16-6)是一种强效的小分子抑制剂,可抑制SARS-CoV-2的木瓜蛋白酶样蛋白酶(PLpro)。XR8-89对PLpro的IC₅0值为0.1 uM。其作用机制是通过诱导SARS-CoV-2木瓜蛋白酶样蛋白酶的构象变化,从而抑制其催化活性。这种抑制作用阻断了病毒多聚蛋白的加工,并抑制了PLpro的去泛素化和去ISG化活性,而这些活性参与抑制宿主的免疫反应。XR8-89是抗病毒药物研发和SARS-CoV-2生物学研究的重要工具。
生物活性&实验参考方法
靶点
IC50: 0.1 μM (papain-like protease)[1]
The primary molecular target of XR8-89 is the SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro), a cysteine protease within nsp3. PLpro is essential for viral replication, processing the viral polyprotein at three sites. It also has deubiquitinating (DUB) and deISGylating activities that antagonize the host type I interferon response, promoting immune evasion. XR8-89 is a PLpro antagonist. By binding to the enzyme, it induces conformational changes, primarily in the BL2 region, which are crucial for activity. This inhibition directly blocks viral replication and restores the host's innate antiviral immune response.
体外研究 (In Vitro)
XR8-89 增强了对 PLpro 的活性,并引起构象改变,主要发生在 BL2 区域[1]。
体外实验表明,XR8-89 是一种强效的 SARS-CoV-2 PLpro 抑制剂,酶活性测定中 IC₅0 为 0.1 uM。从机制上讲,XR8-89 主要通过诱导蛋白酶的 BL2 区(一个参与底物识别和催化的柔性环)的构象变化来阻断其蛋白水解活性。通过抑制 PLpro,XR8-89 还能抑制细胞实验中 SARS-CoV-2 的复制,其 EC₅0 通常在低微摩尔范围内。该化合物对 PLpro 的选择性高于其他人类去泛素化酶。它还能降低其他冠状病毒相关 PLpro 的活性。其确切的选择性谱尚未完全阐明。
酶活实验
典型的非细胞生化检测方法是荧光PLpro活性检测。SARS-CoV-2 PLpro在大肠杆菌中表达并纯化。在384孔黑色板中,20 uL反应体系包含50 mM Tris(pH 7.4)、150 mM NaCl、5 mM DTT、10 nM PLpro和浓度为0.1 nM至10 uM的XR8-89(预孵育15分钟)。加入荧光底物Z-RLRGG-AMC(10 uM)启动反应。在25℃下,每2分钟测量一次荧光强度(激发/发射波长360/460 nm),持续30分钟。计算初始速率(V0)。以DMSO对照组为基准,通过非线性回归计算IC₅0值。对于 XR8-89,报告的 IC₅0 = 0.1 uM。
细胞实验
一种标准的体外细胞抗病毒检测方法使用感染了SARS-CoV-2的Vero E6细胞。Vero E6细胞在含10% FBS的DMEM培养基中,于37℃、5% CO2条件下培养。将细胞以1 × 10⁴个/孔的密度接种于96孔板中。过夜培养后,更换培养基为含2% FBS的DMEM培养基。以0.05的MOI感染SARS-CoV-2(例如USA-WA1/2020毒株)1小时。去除未结合的病毒,并加入XR8-89的系列稀释液(0.01-10 uM)。48小时后,通过RT-qPCR定量上清液中的病毒RNA,并计算EC₅0值。使用MTT法检测未感染的Vero E6细胞的细胞毒性,以确定CC₅0值和选择性指数。
动物实验
XR8-89 的体内动物研究将遵循抗病毒药物在小鼠适应性 SARS-CoV-2 模型中的标准方案。雌性 BALB/c 小鼠(6-8 周龄)在感染前 5 天经鼻内接种 AdV-hACE2(2 × 10⁸ PFU/只)。随后,小鼠经鼻内接种 1 × 10⁵ PFU 的小鼠适应性 SARS-CoV-2(例如 MACSL6)。感染后 1 小时,将小鼠随机分组(n=8)。XR8-89 配制于溶剂(例如,10% DMSO、40% PEG300、5% Tween-80、45% 生理盐水)中,并以 10、25 和 50 mg/kg 的剂量腹腔注射(IP),每日两次,连续 4 天。对照组注射溶剂。每日监测小鼠体重。第4天,对小鼠实施安乐死,取出肺组织进行噬斑试验测定病毒滴度并进行组织病理学检查。所有操作均需获得IACUC批准。
药代性质 (ADME/PK)
XR8-89 的药代动力学 (PK) 特性尚未得到充分表征。它是一种分子量为 504.69 g/mol (C2₉H3₆N4O2S) 的小分子,可能具有中等亲脂性。它可溶于 DMSO,但水溶性未知。根据其结构,预计其血浆蛋白结合率为中等至高。口服生物利用度未知;动物研究中可能将其配制成腹腔注射剂型。目前尚未报道具体的药代动力学参数(半衰期、清除率、分布容积)。尚无人体药代动力学数据。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
目前尚无XR8-89的毒理学数据。作为一种强效病毒蛋白酶抑制剂,预计其在治疗浓度下对哺乳动物细胞的毒性不高,但尚未经过正式测试。体外细胞活力测定结果可能显示其CC₅₀值显著高于EC₅₀值,表明其具有良好的选择性。应遵循标准安全防护措施(佩戴手套、实验服和护目镜)。仅供研究使用;不得用于人体。
参考文献

[1]. Inhibitor induced conformational changes in SARS-COV-2 papain-like protease. Sci Rep. 2022 Jul 8;12(1):11585.

其他信息
XR8-89 尚未获批上市,也未进入临床试验阶段。它是一种强大的研究工具,可用于研究木瓜蛋白酶样蛋白酶 (PLpro) 在 SARS-CoV-2 生命周期中的作用。其作用机制包括诱导 PLpro 的构象变化,从而抑制其蛋白酶活性、去泛素化活性和去 ISGylation 活性。这种双重作用模式可抑制病毒复制并恢复宿主的抗病毒免疫反应。XR8-89 是开发新型 PLpro 抑制剂的重要参考。目前尚未注册任何临床试验。仅供研究使用,不得用于诊断或治疗用途。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C29H36N4O2S
分子量
504.686745643616
精确质量
504.255
CAS号
2817811-16-6
PubChem CID
155801617
外观&性状
Light yellow to yellow solid powder
LogP
3.9
tPSA
114
氢键供体(HBD)数目
5
氢键受体(HBA)数目
6
可旋转键数目(RBC)
9
重原子数目
36
分子复杂度/Complexity
721
定义原子立体中心数目
3
SMILES
C(N[C@@H](C1=CC=CC(C2SC(CN[C@H]3CC[C@@H](O)C3)=CC=2)=C1)C)(=O)C1=CC(NC2CNC2)=CC=C1C
InChi Key
IGVYCVBUHQMNRZ-RZTXVSJASA-N
InChi Code
InChI=1S/C29H36N4O2S/c1-18-6-7-23(33-24-15-30-16-24)14-27(18)29(35)32-19(2)20-4-3-5-21(12-20)28-11-10-26(36-28)17-31-22-8-9-25(34)13-22/h3-7,10-12,14,19,22,24-25,30-31,33-34H,8-9,13,15-17H2,1-2H3,(H,32,35)/t19-,22+,25-/m1/s1
化学名
5-(azetidin-3-ylamino)-N-[(1R)-1-[3-[5-[[[(1S,3R)-3-hydroxycyclopentyl]amino]methyl]thiophen-2-yl]phenyl]ethyl]-2-methylbenzamide
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮和光照。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO: 50 mg/mL (99.07 mM)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.9814 mL 9.9071 mL 19.8141 mL
5 mM 0.3963 mL 1.9814 mL 3.9628 mL
10 mM 0.1981 mL 0.9907 mL 1.9814 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们