PTBP1-RNA-binding inhibitor P6 TFA (PTBP1 α3-helix derived peptide P6 TFA)

目录号: V76582 纯度: ≥98%
PTBP1-RNA 结合抑制剂 P6 (PTBP1 α3-螺旋衍生肽 P6) TFA 是剪接因子 PTBP1 的钉合肽抑制剂,可抑制受 PTBP1 调节的选择性剪接事件。
PTBP1-RNA-binding inhibitor P6 TFA (PTBP1 α3-helix derived peptide P6 TFA) 产品类别: Peptides | 多肽
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
PTBP1-RNA结合抑制剂P6(PTBP1 α3螺旋衍生肽P6)TFA是一种肽链连接的剪接因子PTBP1抑制剂,可抑制由PTBP1调控的选择性剪接事件。PTBP1通过其RNA识别基序与RNA结合。
PTBP1-RNA结合抑制剂P6 TFA(PTBP1 alpha3螺旋衍生肽P6 TFA)是一种环状肽抑制剂,旨在破坏多嘧啶序列结合蛋白1 (PTBP1) 与其RNA靶标之间的相互作用。PTBP1是一种剪接因子,调控多种RNA选择性剪接事件。该环状肽源自PTBP1的alpha3螺旋区域,并由全碳氢化合物环状结构稳定。该肽是研究PTBP1介导的RNA剪接的有效工具。
生物活性&实验参考方法
靶点
PTBP1[1]
PTBP1-RNA-binding inhibitor P6 targets polypyrimidine tract-binding protein 1 (PTBP1), a key RNA-binding protein involved in pre-mRNA splicing regulation. PTBP1 binds to RNA through its RNA recognition motifs (RRMs). The stapled peptide P6 inhibits alternative splicing events regulated by PTBP1 by allosterically inhibiting PTBP1-RNA-binding, thereby disrupting the protein-RNA interaction. This mechanism allows for selective modulation of PTBP1-dependent splicing.
体外研究 (In Vitro)
体外实验表明,PTBP1-RNA结合抑制剂P6 TFA是一种PTBP1剪接因子的肽链抑制剂。它能抑制PTBP1调控的多种选择性剪接事件。其全碳氢化合物环状结构能够稳定α螺旋构象,这对于与PTBP1结合并破坏其RNA结合功能至关重要。该肽是研究转录后基因调控和RNA-蛋白质相互作用的宝贵工具。
体内研究 (In Vivo)
在体内,PTBP1-RNA结合抑制剂P6 TFA可用于研究PTBP1在细胞分化、肿瘤发生和神经系统疾病中的功能作用。该肽通过抑制PTBP1介导的选择性剪接,可以调节依赖于PTBP1的基因表达程序。它具有治疗PTBP1失调相关疾病(例如癌症和神经退行性疾病)的潜力。
酶活实验
采用无细胞RNA结合实验测定PTBP1与RNA的相互作用。将纯化的PTBP1蛋白(50-100 nM)与不同浓度(0.1-100 uM)的P6肽在结合缓冲液(20 mM HEPES pH 7.5、150 mM KCl、2 mM DTT)中孵育。加入含有PTBP1结合位点(例如,多嘧啶序列)的荧光标记RNA探针。测量荧光偏振(FP)。计算RNA结合抑制的IC50值。
细胞实验
PTBP1-RNA结合抑制剂P6 TFA用于基于细胞的剪接分析。将HeLa或HEK293细胞接种于6孔板中。如果肽段具有细胞渗透性,则可通过细胞穿透肽融合或直接添加的方式将肽段递送至细胞内(肽段的环化可能增强细胞摄取)。24-48小时后,提取总RNA并进行逆转录。使用位于PTBP1调控外显子侧翼的引物(例如PKM基因的第10外显子)进行RT-PCR。通过凝胶电泳分析剪接异构体的比例。
动物实验
PTBP1-RNA结合抑制剂P6 TFA可在PTBP1依赖性癌症的小鼠异种移植模型中进行测试。将癌细胞(例如胶质母细胞瘤或肺癌细胞)皮下植入雌性BALB/c裸鼠体内。当肿瘤体积达到100-150 mm³时,将小鼠随机分组,并腹腔注射P6肽(5-20 mg/kg,溶于PBS或10% DMSO/PBS),每日一次,持续14-21天。每2-3天测量一次肿瘤体积。研究结束时,切除肿瘤,并通过RT-PCR分析PTBP1依赖性剪接变化。
药代性质 (ADME/PK)
PTBP1-RNA结合抑制剂P6 TFA是一种分子量约为1624 Da的环状肽。该肽的序列为Ac-NQARAQAALQAVNR-NH2,其环状结构为Ala3-Ala7和Ala7-Ala11。TFA盐确保了其溶解性。该产品应以粉末形式储存于-20℃。全烃环状结构增强了肽的稳定性和细胞渗透性。目前尚未报道具体的药代动力学参数。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
目前尚无PTBP1-RNA结合抑制剂P6 TFA的详细毒性数据。作为一种研究级肽,其使用浓度较低(微摩尔级)。鉴于PTBP1在正常细胞过程中发挥的作用,长期或高剂量抑制可能引起不良反应,但这些反应尚未得到系统研究。应遵循肽类操作的标准安全预防措施。
参考文献
[1]. Schmeing S, et al. Rationally designed stapled peptides allosterically inhibit PTBP1-RNA-binding. Chem Sci. 2023 Jul 13;14(31):8269-8278.
其他信息
PTBP1-RNA结合抑制剂P6 TFA(PTBP1 α3螺旋衍生肽P6 TFA)是一种PTBP1剪接因子的肽链抑制剂。它能抑制PTBP1调控的RNA选择性剪接事件,是研究RNA-蛋白质相互作用以及PTBP1在细胞分化、肿瘤发生和神经系统疾病中功能作用的重要工具。本产品仅供研究使用。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C73H122N22O19.XC2HF3O2
外观&性状
Typically exists as solid at room temperature
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮和光照。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们