N1-Methyl-2'-deoxyadenosine

目录号: V76728 纯度: ≥98%
N1-甲基-2'-脱氧腺苷,DNA 加合物是嘌呤核苷的类似物。
N1-Methyl-2'-deoxyadenosine CAS号: 60192-55-4
产品类别: Nucleoside Antimetabolite(Analog)
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
N1-甲基-2'-脱氧腺苷(N1-MDA)是一种DNA加合物,属于嘌呤核苷类似物。嘌呤核苷类似物具有广谱抗癌作用,尤其针对惰性淋巴瘤。其抗癌机制主要依赖于抑制DNA合成和诱导细胞凋亡。
N1-甲基-2'-脱氧腺苷是一种修饰的嘌呤核苷类似物,也是一种DNA加合物。它被认为是一种DNA损伤标志物,具体来说是2'-脱氧腺苷的N1-甲基化形式。它被用于研究DNA烷基化损伤、诱变和修复途径的机制,特别是与环境或化疗药物引起的DNA甲基化相关的机制。
生物活性&实验参考方法
靶点
DNA (as a substrate). As a DNA adduct, its primary target is the DNA molecule itself, specifically where it can interfere with DNA replication and transcription. It may also serve as a substrate or marker for specific DNA repair enzymes (like ALKBH homologs or other dioxygenases) that demethylate DNA lesions. It does not have a classical pharmacological receptor target.
体外研究 (In Vitro)
N1-甲基-2'-脱氧腺苷是由甲基化剂形成的DNA加合物。在体外,它可以被掺入合成的DNA寡核苷酸中,用于研究其如何改变DNA结构以及DNA聚合酶和修复酶如何识别它。它可用于评估DNA修复酶的活性,例如人AlkB同源物(ALKBH)蛋白,这些蛋白可以在底物依赖性检测中去除该损伤位点的甲基。
体内研究 (In Vivo)
该化合物不作为治疗药物用于体内疗效研究。然而,它被用作DNA损伤的生物标志物。在暴露于DNA损伤剂(例如,甲基磺酸甲酯、MMS或亚硝胺)的动物模型中,可通过液相色谱-串联质谱法(LC-MS/MS)定量分析组织(例如,肝脏、肾脏)中N1-甲基-2'-脱氧腺苷的水平,以评估DNA烷基化损伤的程度和DNA修复过程的效率。
酶活实验
本检测方法用于测定ALKBH酶对N1-甲基-dA的修复活性。采用非细胞(无细胞)酶活性测定法,测定纯化的DNA修复酶对含有该加合物的寡核苷酸底物的去甲基化活性。将含有单个N1-甲基-dA的荧光标记或放射性标记的寡核苷酸与纯化的酶(例如ALKBH2或ALKBH3)在含有辅因子(例如2-酮戊二酸、Fe2+、抗坏血酸)的反应缓冲液中孵育。终止反应后,通过高效液相色谱(HPLC)或质谱法分离和定量产物(去甲基化的寡核苷酸),以确定酶动力学参数(kcat、Km)。
细胞实验
体外细胞实验用于测定甲基化剂的遗传毒性和细胞修复能力。例如,用甲基化剂(如MMS)处理细胞。经过一段时间的恢复后,提取基因组DNA并进行水解。利用液相色谱-串联质谱法(LC-MS/MS)分析水解产物,以定量N1-甲基-2'-脱氧腺苷(N1-MDA)的水平,N1-MDA是DNA损伤的标志物。该加合物随时间的持续存在表明细胞具有修复DNA损伤的能力。
动物实验
体内动物实验旨在评估DNA损伤和修复。一项典型的实验是给小鼠单次注射基因毒性化合物(例如,MMS,50 mg/kg,腹腔注射)。在给药后的不同时间点(例如,1、6、24、48小时),对小鼠进行安乐死。采集组织(例如,肝脏、肾脏、肺脏),提取DNA,纯化DNA,并用酶水解将其转化为核苷。然后,采用灵敏的液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)方法定量N1-甲基-2'-脱氧腺苷的水平,并与未处理的对照组进行比较。这项时间进程研究揭示了体内加合物的形成和修复动力学。
药代性质 (ADME/PK)
作为DNA加合物标准品,该化合物自身的药代动力学特征并不重要。它的作用在于研究DNA损伤的药代动力学。对于甲基化剂而言,其在血浆和组织中的药代动力学特征(例如,Cmax、AUC)与DNA中该加合物的形成相关。该加合物本身可在生物样本中进行测量,作为甲基化剂暴露的生物标志物,其在DNA中的半衰期可用于衡量DNA修复速率。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
N1-甲基-2'-脱氧腺苷的毒理学数据并不相关,因为它是一种DNA损伤标志物,而非治疗药物。然而,这种加合物的存在本身就是DNA损伤的标志,并且具有潜在的致突变性。在DNA复制过程中,这种损伤会导致碱基错配(例如,与T或G错配),从而导致点突变。它的积累与多种化学物质的遗传毒性效应相关,是遗传毒理学中的一个重要终点指标。
参考文献

[1]. Robak T, Robak P. Purine nucleoside analogs in the treatment of rarer chronic lymphoid leukemias. Curr Pharm Des. 2012;18(23):3373-88.

其他信息
这种化合物是研究DNA损伤和修复的关键分析标准品。DNA中腺苷的N1-甲基化是一种常见的损伤,由环境烷化剂和某些化疗药物引起。定量分析这种加合物是评估DNA修复途径(特别是ALKBH家族双加氧酶介导的途径)效率的标准技术。它严格来说是一种研究工具,不用于临床治疗。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C11H15N5O3
分子量
265.27
精确质量
265.117
CAS号
60192-55-4
PubChem CID
129889465
外观&性状
White to off-white solid powder
LogP
0
tPSA
109.18
氢键供体(HBD)数目
3
氢键受体(HBA)数目
6
可旋转键数目(RBC)
2
重原子数目
19
分子复杂度/Complexity
404
定义原子立体中心数目
3
SMILES
CN1C=NC2=C(C1=N)N=CN2[C@H]3C[C@@H]([C@H](O3)CO)O
InChi Key
AYVJNJNKPVUEGT-XLPZGREQSA-N
InChi Code
InChI=1S/C11H15N5O3/c1-15-4-14-11-9(10(15)12)13-5-16(11)8-2-6(18)7(3-17)19-8/h4-8,12,17-18H,2-3H2,1H3/t6-,7+,8+/m0/s1
化学名
(2R,3S,5R)-2-(hydroxymethyl)-5-(6-imino-1-methylpurin-9-yl)oxolan-3-ol
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 3.7697 mL 18.8487 mL 37.6974 mL
5 mM 0.7539 mL 3.7697 mL 7.5395 mL
10 mM 0.3770 mL 1.8849 mL 3.7697 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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