Biotin-C1-PEG3-C3-amido-C5-Gly-Arg-Gly-N3 TFA

目录号: V77203 纯度: ≥98%
Biotin-C1-PEG3-C3-amido-C5-Gly-Arg-Gly-N3 TFA 可用于检测恶性疟原虫中 N-肉豆蔻酰化和 GPI 锚定蛋白的修饰位点。
Biotin-C1-PEG3-C3-amido-C5-Gly-Arg-Gly-N3 TFA 产品类别: Biochemical Assay Reagents
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
生物素-C1-PEG3-C3-氨基-C5-Gly-Arg-Gly-N3 TFA 可用于检测恶性疟原虫中 N-肉豆蔻酰化和 GPI 锚定蛋白的修饰位点。生物素-C1-PEG3-C3-氨基-C5-Gly-Arg-Gly-N3 (TFA) 是一种点击化学试剂。它含有叠氮基 (N3),可与带有炔基的化合物发生 CuAAc 反应(铜催化叠氮-炔环加成反应)。此外,它还可与带有 BCN 或 DBCO 基团的化合物发生 SPAAC 反应(应变促进的炔-叠氮环加成反应)。
Biotin-C1-PEG3-C3-amido-C5-Gly-Arg-Gly-N3 TFA 是一种多功能点击化学试剂,专为化学蛋白质组学工作流程中的位点特异性蛋白质标记和富集而设计。它整合了用于高亲和力链霉亲和素捕获的生物素部分、用于水溶性的 PEG3 间隔基以及可进行铜催化叠氮-炔环加成 (CuAAC) 和应变促进叠氮-炔环加成 (SPAAC) 点击反应的叠氮 (N3) 基团。
生物活性&实验参考方法
靶点
The compound targets proteins containing alkyne tags through its azide functional group. It is specifically utilized for identifying modification sites in N-myristoylation and GPI-anchored proteins in blood-stage Plasmodium falciparum. The integrated trypsin-cleavable Gly-Arg-Gly linker allows for the release of lipidated peptides after streptavidin enrichment, facilitating downstream mass spectrometry analysis. This design addresses the issue of biotin moiety suppressing peptide ionization in MS detection.
体外研究 (In Vitro)
体外实验表明,该化合物在化学蛋白质组学应用中具有很高的实用性。来自《德国应用科学杂志》(Angewandte)的一项研究的基准数据显示,优化后的可裂解设计鉴定出了38个高置信度的脂化肽,而该化合物(被鉴定为试剂5)可作为连接子几何结构优化的重要阴性对照。在HEK293、HeLa和MCF7细胞中,该化合物已通过验证,在正确的实验流程下,肽段鉴定置信度超过99%。
体内研究 (In Vivo)
Biotin-C1-PEG3-C3-amido-C5-Gly-Arg-Gly-N3 TFA 的体内活性数据不适用,也未见报道。该化合物是一种化学生物学试剂,设计用于体外蛋白质组学应用,特别是蛋白质标记和富集。它不适用于动物模型体内给药,也未针对该点击化学试剂进行或描述任何动物药效研究。
酶活实验
该化合物的结合研究利用了生物素-链霉亲和素的高亲和力相互作用。生物素部分使其能够被链霉亲和素包被的磁珠或表面捕获。叠氮基团则可通过点击化学反应与炔基标记的生物分子共价偶联。结合情况可通过将该化合物与炔基修饰的蛋白质孵育,然后进行链霉亲和素下拉实验,并通过SDS-PAGE或LC-MS/MS分析来评估,以确认偶联和捕获的成功。
细胞实验
细胞实验包括用 Biotin-C1-PEG3-C3-amido-C5-Gly-Arg-Gly-N3 TFA 处理表达炔基标记蛋白(通过代谢标记)的细胞裂解液或活细胞。点击反应(CuAAC 或 SPAAC)将生物素标签共价连接到靶蛋白上。然后裂解细胞,将生物素化蛋白捕获在链霉亲和素磁珠上,洗脱(通常通过胰蛋白酶消化 Gly-Arg-Gly 连接子),并通过质谱分析进行蛋白质鉴定和修饰位点定位。
动物实验
本化合物不进行体内动物实验,因为它是一种严格意义上的体外应用化学生物学试剂。标准产品说明书或母体化合物的科学文献中均未描述 Biotin-C1-PEG3-C3-amido-C5-Gly-Arg-Gly-N3 TFA 的动物模型或给药方案。
药代性质 (ADME/PK)
Biotin-C1-PEG3-C3-amido-C5-Gly-Arg-Gly-N3 TFA 的药代动力学数据不可用或不适用。该化合物是一种点击化学试剂,旨在用于体外化学蛋白质组学和蛋白质标记工作流程。它并非设计用于体内给药,也未进行体内给药特性分析,标准产品资料中未提供 ADME(吸收、分布、代谢、排泄)数据。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
生物素-C1-PEG3-C3-氨基-C5-甘氨酸-精氨酸-甘氨酸-N3 TFA 的毒理学数据在标准产品文献中报道较少。作为一种研究用点击化学试剂,其典型的安全性评估并不详细。操作化学试剂时应遵守标准的实验室安全预防措施,包括在通风橱中操作,并使用适当的个人防护装备,例如手套和实验服。
参考文献

[1]. Multifunctional reagents for quantitative proteome-wide analysis of protein modification in human cells and dynamic profiling of protein lipidation during vertebrate development. Angew Chem Int Ed Engl. 2015 May 11;54(20):5948-51.

其他信息
Biotin-C1-PEG3-C3-amido-C5-Gly-Arg-Gly-N3 TFA 的分子式为 C38H66F3N13O11S,分子量为 970.1 g/mol。它包含一个叠氮基团,可用于 CuAAC 和 SPAAC 点击反应;一个可被胰蛋白酶切割的 Gly-Arg-Gly 连接子,可实现捕获肽段的质谱友好型释放;以及一个 PEG3 间隔基,用于增强其在水性缓冲液中的溶解度。该化合物通常密封保存于 -20℃,并避免受潮。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C38H66F3N13O11S
分子量
970.07
外观&性状
White to off-white solid powder
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中,避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO :~100 mg/mL (~103.09 mM)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.0309 mL 5.1543 mL 10.3085 mL
5 mM 0.2062 mL 1.0309 mL 2.0617 mL
10 mM 0.1031 mL 0.5154 mL 1.0309 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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