Thalidomide-O-C4-COOH

目录号: V82666 纯度: ≥98%
Thalidomide-O-C4-COOH 是一种配体(E3 连接酶)-连接体缀合物,由 Thalidomide(E3 连接酶 cereblon/CRBN 的配体)和连接体组成。
Thalidomide-O-C4-COOH CAS号: 2169266-67-3
产品类别: PROTAC Linkers
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
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产品描述
沙利度胺-O-C4-COOH 是一种配体(用于 E3 连接酶)-连接子缀合物,由沙利度胺(E3 连接酶 cereblon/CRBN 的配体)和连接子组成。
沙利度胺-O-C4-COOH (CAS 2169266-67-3) 是一种配体(用于 E3 连接酶)-连接子缀合物,由沙利度胺(E3 连接酶 cereblon/CRBN 的配体)和连接子组成。这种合成的 E3 连接酶配体-连接子缀合物包含基于沙利度胺的 cereblon 配体和 PROTAC 技术中使用的连接子。该化合物的沙利度胺部分作为 cereblon 结合降解子,通过 C4 烷基链连接到末端羧酸基团。与较长的烷基衍生物相比,C4连接基提供了一个更短的间隔基,从而为三元复合物的形成提供了不同的空间性质。羧酸末端提供了一个与靶标结合配体上的胺基偶联的位点。
生物活性&实验参考方法
靶点
Cereblon
The primary molecular target of Thalidomide-O-C4-COOH is cereblon (CRBN), an E3 ubiquitin ligase substrate receptor. As a ligand for the E3 ubiquitin ligase complex, this compound binds to CRBN and recruits the ubiquitin-proteasome system. In the context of PROTAC technology, the thalidomide moiety serves as the E3 ligase recognition element, while the C4-acid linker provides a spacer for conjugation to a target protein ligand. This bifunctional design enables the targeted degradation of specific proteins by bringing the target protein into proximity with the E3 ligase.
体外研究 (In Vitro)
一种配体与E3泛素连接酶结合,另一种配体与靶蛋白结合;这两个配体通过连接子连接形成PROTAC。PROTAC利用细胞内泛素-蛋白酶体系统特异性地降解靶蛋白[2]。体外研究表明,沙利度胺-O-C4-COOH是PROTAC分子中的关键组分,其中沙利度胺基配体与E3泛素连接酶(cereblon/CRBN)结合,而C4-酸连接子则促进其与靶蛋白配体的偶联。C4烷基链为靶蛋白、PROTAC和E3连接酶之间三元复合物的形成提供了合适的长度和灵活性。该化合物旨在通过泛素-蛋白酶体途径促进细胞系统中靶向蛋白的降解。它通常用作合成完整PROTAC分子的中间体。
体内研究 (In Vivo)
由于沙利度胺-O-C4-COOH并非作为治疗药物本身,而是作为合成中间体或连接基团用于PROTAC设计,因此未报道其作为独立化合物的体内活性数据。含有该沙利度胺基配体和C4酸连接基团的PROTAC分子的体内疗效取决于特定的靶蛋白配体以及完整PROTAC构建体的整体药代动力学特性。作为连接基团,其主要作用是通过E3连接酶募集和泛素-蛋白酶体途径激活来促进靶蛋白降解。
酶活实验
体外评估沙利度胺-O-C4-COOH 的方法通常包括结合实验,以评估其与 E3 泛素连接酶底物受体 cereblon (CRBN) 的相互作用。表面等离子共振 (SPR) 或荧光偏振技术可用于测量沙利度胺基配体与 CRBN 之间的结合亲和力 (Kd)。此外,还可以进行三元复合物形成实验,以评估含有该连接子的 PROTAC 分子同时与 E3 连接酶和靶蛋白结合的能力。使用荧光标记探针的竞争性结合实验也常用于测定配体与 CRBN 结合的抑制浓度 (IC50)。
细胞实验
体外细胞检测沙利度胺-O-C4-COOH的方法通常包括将其掺入PROTAC分子中,然后评估培养细胞中靶蛋白的降解情况。用含有该沙利度胺基配体和C4酸连接子的PROTAC处理细胞,并通过Western印迹或免疫荧光法检测靶蛋白水平以评估降解效率。进行剂量反应实验以确定PROTAC构建体的DC50(半数最大降解浓度)。此外,还可以进行细胞活力和增殖实验以评估靶蛋白降解的功能后果。
动物实验
利用沙利度胺-O-C4-COOH进行的体内动物研究是评估包含该沙利度胺基配体和C4酸连接子的完整PROTAC分子的一部分。典型的研究方案包括将PROTAC构建体应用于小鼠异种移植模型或疾病相关动物模型,然后通过Western blot或免疫组织化学方法评估收集组织中靶蛋白的降解情况。药效学终点包括靶蛋白水平的测定、下游信号通路调控以及疗效研究中的肿瘤生长抑制情况。给药方案根据特定PROTAC构建体的药代动力学特性进行优化。
药代性质 (ADME/PK)
作为一种连接剂缀合物而非治疗药物,沙利度胺-O-C4-COOH 本身的药代动力学数据有限。该化合物的分子式为 C18H18N2O7,分子量为 374.34。其 XLogP3 值为 0.5,表明其亲脂性相对较低。其 IUPAC 名称为 5-[2-(2,6-二氧哌啶-3-基)-1,3-二氧异吲哚-4-基]氧戊酸。当将其引入 PROTAC 分子中时,沙利度胺基配体和 C4-酸连接基共同影响了整个构建体的整体理化性质。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
由于沙利度胺-O-C4-COOH主要用作PROTAC开发的研究试剂和合成中间体,因此其作为单一化合物的毒性特征尚未得到充分表征。该化合物仅供研究使用,尚未获准用于人体治疗。已知沙利度胺核心结构具有致畸作用,因此在处理该化合物时应采取适当的安全预防措施。建议遵循标准的实验室安全操作规程,包括使用个人防护装备和在通风橱内操作。
参考文献

[1]. Cereblon-Based Small-Molecule Compounds to Control Neural Stem Cell Proliferation in Regenerative Medicine. Front Cell Dev Biol. 2021;9:629326. Published 2021 Mar 11.

[2]. PROTACs: An Emerging Therapeutic Modality in Precision Medicine. Cell Chem Biol. 2020;27(8):998-1008.

其他信息
沙利度胺-O-C4-羧酸 (CAS 2169266-67-3) 的分子式为 C18H18N2O7,分子量为 374.34。该化合物通常呈现为白色至类白色的固体粉末。其纯度为 ≥98%。应以粉末形式储存于 -20°C,保存时间可达 3 年,或在 4°C 保存时间可达 2 年。该化合物在普通运输过程中在环境温度下稳定几天。它属于 PROTAC 连接子类别,并用于 E3 连接酶配体-连接子复合物的应用。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C18H18N2O7
分子量
374.344725131989
精确质量
374.111
CAS号
2169266-67-3
PubChem CID
132211977
外观&性状
White to off-white solid powder
LogP
0.5
tPSA
130
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
7
可旋转键数目(RBC)
7
重原子数目
27
分子复杂度/Complexity
662
定义原子立体中心数目
0
SMILES
C1CC(=O)NC(=O)C1N2C(=O)C3=C(C2=O)C(=CC=C3)OCCCCC(=O)O
InChi Key
HCUNNTIALPNNPY-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C18H18N2O7/c21-13-8-7-11(16(24)19-13)20-17(25)10-4-3-5-12(15(10)18(20)26)27-9-2-1-6-14(22)23/h3-5,11H,1-2,6-9H2,(H,22,23)(H,19,21,24)
化学名
5-[2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindol-4-yl]oxypentanoic acid
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.6714 mL 13.3568 mL 26.7137 mL
5 mM 0.5343 mL 2.6714 mL 5.3427 mL
10 mM 0.2671 mL 1.3357 mL 2.6714 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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