Thalidomide-4-O-C10-COOH

目录号: V82836 纯度: ≥98%
Thalidomide-4-O-C10-COOH 是一种配体(用于 E3 连接酶)-接头缀合物,可用于 PROTAC 的制备/合成。
Thalidomide-4-O-C10-COOH CAS号: 2379870-45-6
产品类别: PROTAC Linkers
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
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产品描述
沙利度胺-4-O-C10-COOH 是一种配体(用于 E3 连接酶)-连接子缀合物,可用于 PROTAC 的制备/合成。
沙利度胺-4-O-C10-COOH 是一种合成的 E3 泛素连接酶配体-连接子偶联物,它包含一个基于沙利度胺的 cereblon 配体和一个末端带有羧酸 (COOH) 基团的十碳 (C10) 烷基连接子。该偶联物用于 PROTAC 技术,以募集 cereblon E3 泛素连接酶复合物,从而靶向降解蛋白质。较长的 C10 烷基间隔基提供了 cereblon 配体与偶联的靶蛋白配体之间更大的灵活性和距离,这对于与某些靶蛋白形成有效的三元复合物至关重要。异吲哚环 4 位上的醚键连接着该连接子。该化合物广泛应用于化学生物学和药物开发中,用于调节蛋白质稳态。其分子式为 C24H30N2O7,分子量为 458.50。它呈固体状,纯度≥98.86%。应长期储存在阴凉干燥处,密封保存,并在-20℃下避光干燥。
生物活性&实验参考方法
靶点
CRBN (cereblon), an E3 ubiquitin ligase.
体外研究 (In Vitro)
作为一种与cereblon结合的配体-连接子缀合物,沙利度胺-4-O-C10-COOH本身不具有内在的生物活性;其功能是与cereblon结合并募集E3泛素连接酶复合物。末端羧酸通过酰胺键的形成与靶蛋白配体偶联,所用偶联剂为标准偶联剂(例如EDC/NHS)。由此产生的PROTAC可以同时与靶蛋白和cereblon结合,导致靶蛋白泛素化并随后被蛋白酶体降解。较长的C10烷基间隔基提供了更大的灵活性,并为与某些靶蛋白(特别是那些结合位点远离E3连接酶募集位点的靶蛋白)形成三元复合物提供了最佳距离。
体内研究 (In Vivo)
目前尚未报道该缀合物本身具有特定的体内活性;其体内降解活性仅在与靶蛋白配体缀合形成完整的PROTAC分子时才能观察到。此类PROTAC的体内疗效通常在靶向疾病的动物模型中进行评估。
酶活实验
不适用;该化合物未在分离的酶/受体结合试验中进行评估。作为合成中间体,其质量通过高效液相色谱 (HPLC) 和核磁共振 (NMR) 等分析方法进行确认,标准纯度≥98%。其与cereblon的结合亲和力已通过表面等离子共振 (SPR) 或等温滴定量热法 (ITC) 等生物物理方法,作为完整PROTAC构建体的一部分进行验证。
细胞实验
不适用;该缀合物未单独进行细胞实验测试,而是用作构建PROTAC的构建模块。在典型的缀合步骤中,末端羧酸用EDC和NHS活化,并与含伯胺的靶蛋白配体反应。然后,通过Western印迹法在表达靶蛋白的癌细胞中检测所得PROTAC的降解活性,以确定DC50(半数最大降解浓度)。C10连接子的长度会显著影响所得PROTAC的降解效力和选择性。
动物实验
不适用;未对单独的配体-连接子偶联物进行动物研究。对于完整的PROTAC的体内研究,将该分子配制在合适的载体中(例如,10% DMSO、40% PEG300、5% Tween-80、45% 生理盐水),并通过腹腔注射(IP)或静脉注射(IV)给药于动物模型。监测组织中的靶点降解和肿瘤生长抑制情况。延长的C10连接子可能通过促进有效的三元复合物形成来提高PROTAC的体内疗效。
药代性质 (ADME/PK)
该化合物分子量为458.50,分子式为C24H30N2O7,纯度≥98.86%。为固体。其IUPAC名称为11-({2-(2,6-二氧哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基}氧基)十一烷酸。长期储存时,应置于阴凉干燥处,密封保存于-20℃,避光。为防止吸湿,应在氮气保护下储存。可溶于DMSO。SMILES:O=C(O)CCCCCCCCCCCOC1=CC=CC(C(N2C(CC3)C(NC3=O)=O)=O)=C1C2=O。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
本产品仅供研究使用,不可用于人体治疗或临床应用。操作时应遵循标准化学品安全预防措施。本产品为PROTAC结构单元,并非已获批准的治疗药物。产品应储存在密封且受保护的环境中(例如,氮气保护下),以避免受潮并避光。
参考文献

[1]. Selective degradation-inducing probes for studying cereblon (CRBN) biology. RSC Med Chem. 2021 Jul 6;12(8):1381-1390.

其他信息
十碳烷基连接基(C10)是PROTAC连接基设计中常用的最长烷基间隔基之一。这种较长的连接基对于靶向结合位点远离E3连接酶募集位点的蛋白质尤为有效,从而能够形成高效的三元复合物。异吲哚环4位上的醚键在沙利度胺核心和烷基连接基之间提供了稳定的连接。该缀合物是构建具有针对特定靶蛋白优化连接基长度的cereblon募集PROTAC的关键结构单元。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C24H30N2O7
分子量
458.50
精确质量
458.205
CAS号
2379870-45-6
PubChem CID
155795123
外观&性状
White to off-white solid powder
LogP
3.6
tPSA
130
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
7
可旋转键数目(RBC)
13
重原子数目
33
分子复杂度/Complexity
753
定义原子立体中心数目
0
SMILES
C1CC(=O)NC(=O)C1N2C(=O)C3=C(C2=O)C(=CC=C3)OCCCCCCCCCCC(=O)O
InChi Key
VABSDQARWOAAFM-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C24H30N2O7/c27-19-14-13-17(22(30)25-19)26-23(31)16-10-9-11-18(21(16)24(26)32)33-15-8-6-4-2-1-3-5-7-12-20(28)29/h9-11,17H,1-8,12-15H2,(H,28,29)(H,25,27,30)
化学名
11-[2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindol-4-yl]oxyundecanoic acid
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮和光照。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.1810 mL 10.9051 mL 21.8103 mL
5 mM 0.4362 mL 2.1810 mL 4.3621 mL
10 mM 0.2181 mL 1.0905 mL 2.1810 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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