Benzyl-PEG2-CH2COOH

目录号: V82896 纯度: ≥98%
Benzyl-PEG2-CH2COOH 是聚乙二醇 (PEG) 类别的 PROTAC(蛋白水解靶向嵌合体)接头,可用于制备 PROTAC 蛋白降解剂。
Benzyl-PEG2-CH2COOH CAS号: 91842-53-4
产品类别: PROTAC Linkers
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
100mg
250mg
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产品描述
Benzyl-PEG2-CH2COOH 是一种聚乙二醇 (PEG) 类 PROTAC (蛋白水解靶向嵌合体) 连接剂,可用于制备 PROTAC 蛋白降解剂。
苄基-PEG2-CH2COOH 是一种基于聚乙二醇 (PEG) 的 PROTAC 连接子,由苄基(苄氧基)和羧酸(乙酸)基团通过一个双单元 PEG 间隔基 (PEG2) 连接而成。这种异双功能连接子用于 PROTAC 分子的合成。其中,苄基作为羟基的保护基(可通过氢解脱保护,从而暴露游离羟基以进行后续功能化),而羧酸基团可被 EDC/NHS 活化,与含伯胺的配体形成酰胺键。或者,苄基可以保持完整,羧酸基团可直接用于偶联反应。PEG2 间隔基提供了一个短而亲水的柔性连接,从而降低了空间位阻并提高了水溶性。其分子式为 C13H18O5,分子量为 254.28。该产品纯度≥98%,呈无色至浅黄色液体。为保证长期稳定性,应密封保存于-20℃,并避免受潮。
生物活性&实验参考方法
靶点
PEGs
PROTAC Linkers.
体外研究 (In Vitro)
其中一个配体与E3泛素连接酶结合,另一个配体与靶蛋白结合;这两个配体通过连接子连接形成PROTAC。PROTAC利用细胞内泛素-蛋白酶体系统特异性地降解靶蛋白[1]。
作为连接分子,苄基-PEG2-CH2COOH本身不具有生物活性;它在PROTAC合成中作为结构连接体,连接靶蛋白配体和E3泛素连接酶配体。羧酸基团可被EDC和NHS活化,与含伯胺的配体形成酰胺键。苄基可通过氢解(例如,使用H2和Pd/C)去除,从而暴露出游离的羟基,该羟基可进一步进行功能化(例如,转化为胺或甲苯磺酸酯)以进行后续偶联。正交保护基策略可实现与两种不同配体的逐步偶联。PEG2间隔基提供了一个短的、亲水的、柔性的连接,这有利于形成有效的三元复合物。
体内研究 (In Vivo)
目前尚未报道该连接子本身具有特定的体内活性;其活性来源于与适当配体偶联后的最终PROTAC分子。完整的PROTAC的体内疗效需在动物模型中进行测定。
酶活实验
不适用;该化合物未在分离酶/受体结合试验中进行评估。作为合成中间体,其质量通常通过高效液相色谱(HPLC)和核磁共振(NMR)等分析方法进行确认,标准纯度≥98%。苄基可通过其在核磁共振波谱中的特征芳香质子信号(例如,7.2-7.4 ppm附近的峰)进行表征。羧酸可通过滴定法进行定量。其IUPAC名称为2-(2-(2-(苄氧基)乙氧基)乙氧基)乙酸。
细胞实验
不适用;该连接子未单独用于细胞实验。它用作构建PROTAC的结构单元。在典型的合成过程中,羧酸用EDC和NHS活化,并与含伯胺的配体(例如E3连接酶配体)反应。然后可通过氢解去除苄基,从而暴露羟基,该羟基可转化为离去基团(例如甲苯磺酸酯),并被亲核试剂从靶蛋白配体上取代。或者,如果该连接子用于单偶联策略,则苄基可以保持完整。所得PROTAC随后在细胞中测试其靶标降解活性。
动物实验
不适用;未对单独的连接子进行动物研究。对于完整的PROTAC偶联物,体内研究将按照机构指南进行。该化合物通常使用含有DMSO、PEG300、Tween-80和生理盐水的载体配制,并通过腹腔注射(IP)或静脉注射(IV)给药。PEG2间隔基可通过提高水溶性来改善偶联物的药代动力学性质。
药代性质 (ADME/PK)
该化合物的分子量为254.28,分子式为C13H18O5,标准纯度≥98%。其IUPAC名称为2-(2-(2-(苄氧基)乙氧基)乙氧基)乙酸。外观为无色至浅黄色液体。密度:1.163±0.06 g/cm3(预测值)。储存时,应在-20℃下以液体形式保存长达3年,或在-80℃下溶于溶剂中保存6个月。可溶于DMSO和其他有机溶剂。产品应储存在密封容器中,并防潮。CAS号:91842-53-4。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
本产品仅供研究使用,不可用于人体治疗或临床应用。操作过程中应遵守标准化学品安全预防措施。本产品在推荐的储存条件下稳定。它并非已获批准的治疗药物,也未获准用于临床。PROTAC是Arvinas Operations, Inc.的注册商标,经许可使用。
参考文献
[1]. An S, et al. Small-molecule PROTACs: An emerging and promising approach for the development of targeted therapy drugs. EBioMedicine. 2018 Oct;36:553-562
其他信息
苄基保护基为正交脱保护和功能化提供了一个多功能的接口。在温和的氢解条件下(H₂,Pd/C),苄基可以被去除,而不会影响大多数其他官能团,从而暴露出一个游离的羟基。该羟基随后可以转化为离去基团(例如,甲苯磺酸酯或甲磺酸酯)用于亲核取代反应,或者被氧化成羧酸用于酰胺键的形成。这种正交脱保护策略无需酸碱敏感的保护基即可逐步偶联两种不同的配体。短的PEG2间隔基提供了一个最小的亲水连接,使得该连接基非常适合需要短而刚性间隔基以形成最佳三元复合物的靶标-E3连接酶对。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C13H18O5
分子量
254.28
精确质量
254.115
CAS号
91842-53-4
PubChem CID
10131252
外观&性状
Colorless to light yellow liquid(Density:1.163±0.06 g/cm3)
密度
1.2±0.1 g/cm3
沸点
409.7±30.0 °C at 760 mmHg
闪点
152.5±18.1 °C
蒸汽压
0.0±1.0 mmHg at 25°C
折射率
1.514
LogP
0.68
tPSA
64.99
氢键供体(HBD)数目
1
氢键受体(HBA)数目
5
可旋转键数目(RBC)
10
重原子数目
18
分子复杂度/Complexity
213
定义原子立体中心数目
0
SMILES
C1=CC=C(C=C1)COCCOCCOCC(=O)O
InChi Key
JCPUGBBSZRZZNM-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C13H18O5/c14-13(15)11-18-9-7-16-6-8-17-10-12-4-2-1-3-5-12/h1-5H,6-11H2,(H,14,15)
化学名
2-[2-(2-phenylmethoxyethoxy)ethoxy]acetic acid
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 3.9327 mL 19.6634 mL 39.3267 mL
5 mM 0.7865 mL 3.9327 mL 7.8653 mL
10 mM 0.3933 mL 1.9663 mL 3.9327 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们