(S,R,S)-AHPC-C1-Br

目录号: V82905 纯度: ≥98%
(S,R,S)-AHPC-C1-Br 是一种 E3 连接酶(例如 CRBN)配体-接头缀合物,含有基于 (S,R,S)-AHPC 的 VHL 配体和 1 个接头,可用于制备 PROTAC分子。
(S,R,S)-AHPC-C1-Br CAS号: 2379404-33-6
产品类别: PROTAC Linkers
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
(S,R,S)-AHPC-C1-Br 是一种 E3 连接酶(例如 CRBN)配体-连接子缀合物,含有基于 (S,R,S)-AHPC 和 1 个连接子的 VHL 配体,可用于制备 PROTAC 分子。
(S,R,S)-AHPC-C1-Br 是一种高纯度 E3 连接酶配体-连接子偶联物,专为高级 PROTAC 开发而设计。它包含基于 (S,R,S)-AHPC 的 VHL(von Hippel-Lindau)E3 泛素连接酶配体和一个末端为溴 (Br) 原子的亚甲基 (C1) 连接子。该偶联物广泛应用于 PROTAC 分子的开发,其中溴原子可被亲核试剂(例如硫醇、胺)取代,从而与靶蛋白配体偶联。亚甲基连接子在 VHL 配体和所连接的配体之间提供了一个非常短且刚性的连接,这对于需要最小间隔基的靶标-E3 连接酶对而言是最佳选择。其分子式为 C24H31BrN4O4S,分子量约为 551.50。它呈白色至类白色固体粉末状,标准纯度≥98%。应长期密封保存于阴凉干燥处,避免受潮。
生物活性&实验参考方法
靶点
VHL
VHL (von Hippel-Lindau), an E3 ubiquitin ligase.
体外研究 (In Vitro)
其中一个配体与E3泛素连接酶结合,另一个配体与靶蛋白结合;这两个配体通过连接子连接形成PROTAC。PROTAC利用细胞内泛素-蛋白酶体系统特异性地降解靶蛋白[2]。
作为一种VHL结合配体-连接子缀合物,(S,R,S)-AHPC-C1-Br本身不具有内在的生物活性;其功能是募集VHL E3泛素连接酶复合物。溴原子是一个良好的离去基团,可以与硫醇、胺或羧酸等亲核试剂发生亲核取代反应(SN2),从而连接靶蛋白配体。由此形成的PROTAC可以同时结合靶蛋白和VHL,导致靶蛋白泛素化并随后被蛋白酶体降解。亚甲基(C1)连接子提供了VHL配体和靶配体之间尽可能短的间隔,这对于需要最小距离才能形成三元复合物的靶蛋白-E3连接酶对至关重要。 (S,R,S)-AHPC(也称为 VH032)是 PROTAC 设计中最常用的 VHL 配体之一,因为它具有高亲和力和特征明确的结合模式。
体内研究 (In Vivo)
目前尚未报道该缀合物本身具有特定的体内活性;其体内降解活性仅在与靶蛋白配体缀合形成完整的PROTAC分子时才能观察到。此类PROTAC的体内疗效通常在靶向疾病的动物模型中进行评估。
酶活实验
不适用;该化合物未在分离的酶/受体结合试验中进行评估。作为合成中间体,其质量通过高效液相色谱 (HPLC) 和核磁共振 (NMR) 等分析方法进行确认,标准纯度≥98%。其与 VHL 的结合亲和力已通过表面等离子共振 (SPR) 或等温滴定量热法 (ITC) 等生物物理方法,作为完整 PROTAC 构建体的一部分进行验证。其 IUPAC 名称为 (2S,4R)-1-[(2S)-2-(2-溴乙酰胺基)-3,3-二甲基丁酰基]-4-羟基-N-{[4-(4-甲基-1,3-噻唑-5-基)苯基]甲基}吡咯烷-2-甲酰胺。
细胞实验
不适用;该缀合物未单独进行细胞实验测试,而是用作构建PROTAC的构建模块。在典型的缀合步骤中,在碱(例如K2CO3)存在下,亲核试剂从靶蛋白配体(例如硫醇或胺)上取代溴化物基团。然后,通过Western印迹法在表达靶蛋白的癌细胞中检测所得PROTAC的降解活性,以确定DC₅0(半数最大降解浓度)。短亚甲基连接基可能对某些靶蛋白的降解活性至关重要。
动物实验
不适用;未对单独的配体-连接子偶联物进行动物研究。对于完整的PROTAC的体内研究,将该分子配制在合适的载体中(例如,10% DMSO、40% PEG300、5% Tween-80、45% 生理盐水),并通过腹腔注射(IP)或静脉注射(IV)给药于动物模型。监测组织中靶点的降解和肿瘤生长抑制情况。
药代性质 (ADME/PK)
该化合物的分子量为551.50,分子式为C24H31BrN4O4S,标准纯度≥98%。其IUPAC名称为(2S,4R)-1-[(2S)-2-(2-溴乙酰胺基)-3,3-二甲基丁酰基]-4-羟基-N-{[4-(4-甲基-1,3-噻唑-5-基)苯基]甲基}吡咯烷-2-甲酰胺。外观为白色至类白色固体粉末。长期储存时,应密封置于阴凉干燥处,避免受潮。该化合物可溶于DMSO。为防止吸湿,产品应在氮气保护下储存。CAS号:2379404-33-6。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
本产品仅供研究使用,不得用于人体治疗或临床应用。操作时应遵循标准化学品安全预防措施。溴化物基团活性较高,应小心操作以避免过早反应。PROTAC是Arvinas Operations, Inc.的注册商标,经许可使用。该化合物并非已获批准的药物,也未获准用于临床。
参考文献

[1]. Bivalent Ligands for Protein Degradation in Drug Discovery. Comput Struct Biotechnol J. 2019;17:160-176. Published 2019 Jan 25.

[2]. PROTACs: An Emerging Therapeutic Modality in Precision Medicine. Cell Chem Biol. 2020;27(8):998-985.

其他信息
亚甲基(C1)连接基是VHL配体与偶联靶蛋白配体之间最短的间隔基。对于靶蛋白-E3连接酶对而言,这种最短间隔基至关重要,因为过长的连接基会因过度的柔性或空间位阻而阻碍有效三元复合物的形成。(S,R,S)-AHPC (VH032) VHL配体是PROTAC设计中最常用的E3连接酶募集剂之一,因为它具有高亲和力(Kd ~ 0.5-1 nM)和明确的结合模式。该偶联物能够构建具有最短连接基长度的高度紧凑的基于VHL的PROTAC,这对于结构-活性关系研究以及靶向结合位点间距较小的蛋白质具有重要价值。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C24H31BRN4O4S
分子量
551.496343851089
精确质量
550.124
CAS号
2379404-33-6
PubChem CID
142596980
外观&性状
White to off-white solid powder
LogP
3.1
tPSA
140
氢键供体(HBD)数目
3
氢键受体(HBA)数目
6
可旋转键数目(RBC)
8
重原子数目
34
分子复杂度/Complexity
741
定义原子立体中心数目
3
SMILES
CC1=C(SC=N1)C2=CC=C(C=C2)CNC(=O)[C@@H]3C[C@H](CN3C(=O)[C@H](C(C)(C)C)NC(=O)CBr)O
InChi Key
YJWUYJKFKGUQHL-LVCYWYKZSA-N
InChi Code
InChI=1S/C24H31BrN4O4S/c1-14-20(34-13-27-14)16-7-5-15(6-8-16)11-26-22(32)18-9-17(30)12-29(18)23(33)21(24(2,3)4)28-19(31)10-25/h5-8,13,17-18,21,30H,9-12H2,1-4H3,(H,26,32)(H,28,31)/t17-,18+,21-/m1/s1
化学名
(2S,4R)-1-[(2S)-2-[(2-bromoacetyl)amino]-3,3-dimethylbutanoyl]-4-hydroxy-N-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]pyrrolidine-2-carboxamide
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 本产品在运输和储存过程中需避光。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO :~125 mg/mL (~226.65 mM)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.8132 mL 9.0662 mL 18.1324 mL
5 mM 0.3626 mL 1.8132 mL 3.6265 mL
10 mM 0.1813 mL 0.9066 mL 1.8132 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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