sBADA

目录号: V85035 纯度: ≥98%
sBADA CAS号: 2376838-11-6
产品类别: Fluorescent Dye
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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1mg
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产品描述
sBADA 是一种高效的绿色荧光染料。sBADA 是磺化 BODIPY-FL 3-氨基-D-丙氨酸。sBADA 用于细菌细胞壁中肽聚糖的原位标记。(激发波长 λex=490 nm,发射波长 λem=510 nm)。
sBADA(CAS 编号:2376838-11-6)是一种绿色磺化 BODIPY-FL 3-氨基-D-丙氨酸 (sBADA),也称为荧光 D-氨基酸 (FFDA)。其分子式为 C17H21BF2N4O6S,分子量为 458.24。sBADA 可用作荧光探针,用于活细菌细胞壁中肽聚糖的原位标记。该化合物的激发/发射波长约为490/510 nm,消光系数为49,000 M⁻¹cm⁻¹。它是BADA的磺化衍生物,具有更高的亲水性和热稳定性。sBADA在DMSO中的溶解度可达10 mM,应储存于-20°C。该化合物广泛应用于微生物学研究,用于研究细菌细胞壁合成、肽聚糖动态和细菌形态。
生物活性&实验参考方法
靶点
sBADA targets bacterial peptidoglycan, the major structural component of the bacterial cell wall. Peptidoglycan is a mesh-like polymer composed of alternating N-acetylglucosamine (NAG) and N-acetylmuramic acid (NAM) residues cross-linked by short peptide chains. It provides structural integrity and shape to bacterial cells and is a critical target for antibiotics such as penicillin and vancomycin. sBADA is a fluorescent D-amino acid that is incorporated into the peptidoglycan of live bacteria through the action of transpeptidases and other enzymes involved in cell wall synthesis. By labeling peptidoglycan, sBADA enables visualization of bacterial cell wall synthesis and dynamics in real time. The sulfonated modification enhances the compound's hydrophilicity and thermostability compared to the parent compound BADA, improving its performance in aqueous biological environments.
体外研究 (In Vitro)
sBADA 是一种用于活细菌中肽聚糖原位标记的荧光探针。它是一种绿色荧光染料,激发/发射波长约为 490/510 nm。该化合物的荧光特性使其能够通过荧光显微镜观察细菌细胞壁,从而使研究人员能够实时研究肽聚糖的合成、动态变化以及细菌形态。sBADA 尤其适用于研究细菌细胞分裂,因为将荧光 D-氨基酸掺入新生肽聚糖中可以标记细胞壁合成活跃的位点。磺化形式的 BADA 具有更高的亲水性和热稳定性,从而改善了其在水性生物环境中的性能。49,000 M⁻¹cm⁻¹ 的消光系数表明其具有强荧光,可实现灵敏的检测。
体内研究 (In Vivo)
sBADA的体内活性不适用于治疗或药理活性,因为该化合物是一种荧光探针而非药物。其“体内”应用指的是在活细菌中标记肽聚糖。sBADA可用于活细菌培养,并能整合到生长细菌的肽聚糖中,从而实现对细胞壁动态的实时成像。它已被用于标记多种细菌(包括革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌)的肽聚糖。磺化形式具有更高的亲水性和热稳定性,使其适用于复杂的生物环境。该化合物的绿色荧光使其易于用标准荧光显微镜设备进行检测。然而,sBADA在动物模型中没有药理活性,也不用作治疗药物。
酶活实验
体外酶或受体结合分析方案不直接适用于sBADA,因为它是一种荧光探针,而非酶抑制剂或受体配体。然而,其应用方案涉及对细菌细胞中的肽聚糖进行标记。典型的方案包括:制备处于指数生长期的细菌培养物,向培养物中加入浓度通常为10至500 μM的sBADA,并在适宜的生长温度下孵育一定时间(例如5至60分钟)。标记后,洗涤细菌以去除过量的探针,并制备样品用于荧光显微镜或流式细胞术分析。对于显微镜分析,将细菌固定或直接制成载玻片,并使用配备合适滤光片组(激发波长~490 nm,发射波长~510 nm)的荧光显微镜进行成像。该探针也可用于脉冲追踪实验,以研究肽聚糖的周转和动态变化。合适的对照包括未标记的细菌和用母体化合物BADA标记的细菌,以作比较。
细胞实验
sBADA 的体外细胞检测方案包括用荧光探针标记活细菌,以研究肽聚糖的动态变化。标准方案包括将细菌(例如大肠杆菌、枯草芽孢杆菌或其他菌种)在液体培养基中培养至对数生长期中期(OD600 约为 0.4-0.6)。向培养物中加入浓度为 10 至 500 μM 的 sBADA,并在 37°C(或适宜的生长温度)下孵育 5-60 分钟。标记后,通过离心收集细菌,用 PBS 或培养基洗涤以去除过量的探针,然后重悬于合适的缓冲液中。显微镜观察时,取少量标记细菌置于载玻片上,盖上盖玻片,使用配备 490 nm 激发滤光片和 510 nm 发射滤光片的荧光显微镜进行成像。在流式细胞术中,使用配备 488 nm 激光器和相应发射滤光片的流式细胞仪分析标记的细菌。该探针也可用于脉冲追踪实验,在该实验中,将标记的细菌洗涤后在不含探针的培养基中孵育,以追踪肽聚糖的周转。
动物实验
由于sBADA是一种用于标记细菌的荧光探针,而非用于动物研究的药物,因此体内动物实验方案不适用于该化合物。然而,sBADA可能用于离体或原位标记感染组织或感染动物模型中的细菌。此类应用的设想方案包括局部给药(例如,注射到感染组织中)或将其应用于离体组织样本,然后通过荧光显微镜观察细菌。sBADA的磺化修饰增强了其亲水性,这可能提高其在复杂生物环境(例如组织)中的性能。然而,目前尚未有大量关于sBADA在动物模型中体内或离体应用的具体方案报道。该化合物并非用于治疗用途,不应出于药理目的全身性地给动物给药。
药代性质 (ADME/PK)
由于sBADA是一种用于标记细菌而非治疗药物的荧光探针,因此其药代动力学性质不适用于药物研发。然而,该化合物的理化性质与其作为探针的应用密切相关。sBADA是磺化BODIPY-FL衍生物,与母体化合物BADA相比,具有更高的亲水性和热稳定性。它在DMSO中的溶解度可达10 mM,并呈现强烈的绿色荧光,激发/发射波长约为490/510 nm。为保证长期稳定性,该化合物应储存在-20°C。磺化修饰提高了其水溶性,这有利于其在水性生物环境中的应用。然而,诸如半衰期、分布容积、清除率和生物利用度等具体的药代动力学参数与其作为研究探针的应用无关。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
由于sBADA仅供研究使用,尚未进行系统的毒性测试,因此其毒理学数据有限。目前尚无针对该化合物的急性毒性(LD50)、亚慢性毒性、遗传毒性或生殖毒性研究报告。与所有荧光染料一样,潜在危害可能包括皮肤和眼睛刺激,因此在处理该化合物时应采取适当的安全预防措施。该化合物不适用于人体,应按照标准实验室安全操作规程进行操作,包括佩戴适当的个人防护装备、在通风橱内操作,并避免吸入、摄入或皮肤接触。研究人员应查阅材料安全数据表(MSDS)以获取具体的安全信息和操作建议。建议将该化合物储存在-20°C的低温环境中。
参考文献

[1].Hsu YP, et, al. Full color palette of fluorescent d-amino acids for in situ labeling of bacterial cell walls. Chem Sci. 2017 Sep 1;8(9):6313-6321.

其他信息
sBADA是一种研究级荧光探针,用于标记活细菌细胞壁中的肽聚糖。它是一种绿色磺化BODIPY-FL 3-氨基-D-丙氨酸(sBADA)或荧光D-氨基酸(FFDA)。该化合物的激发/发射波长约为490/510 nm,消光系数为49,000 M-1cm-1。磺化修饰提供了比母体化合物BADA更高的亲水性和热稳定性。sBADA用于微生物学研究,以研究细菌细胞壁合成、肽聚糖动态和细菌形态。它尚未进入临床试验,也未获得任何治疗适应症的批准。其作用机制涉及通过转肽酶和其他细胞壁合成酶的作用,融入细菌肽聚糖中,从而实现活细胞壁合成的可视化。该化合物仅供研究用途,不用于诊断、治疗或人类应用。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
精确质量
458.124
CAS号
2376838-11-6
PubChem CID
138991774
外观&性状
Solid powder
tPSA
163
氢键供体(HBD)数目
4
氢键受体(HBA)数目
10
可旋转键数目(RBC)
7
重原子数目
31
分子复杂度/Complexity
1010
定义原子立体中心数目
1
SMILES
[B-]1(N2C(=CC(=C2C=C3[N+]1=C(C(=C3)S(=O)(=O)O)CCC(=O)NC[C@H](C(=O)O)N)C)C)(F)F
InChi Key
OLMGTLBVHKBMSH-GFCCVEGCSA-N
InChi Code
InChI=1S/C17H21BF2N4O6S/c1-9-5-10(2)23-14(9)6-11-7-15(31(28,29)30)13(24(11)18(23,19)20)3-4-16(25)22-8-12(21)17(26)27/h5-7,12H,3-4,8,21H2,1-2H3,(H,22,25)(H,26,27)(H,28,29,30)/t12-/m1/s1
化学名
(2R)-2-amino-3-[3-(2,2-difluoro-10,12-dimethyl-5-sulfo-1-aza-3-azonia-2-boranuidatricyclo[7.3.0.03,7]dodeca-3,5,7,9,11-pentaen-4-yl)propanoylamino]propanoic acid
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮和光照。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
Typically soluble in DMSO (e.g. 10 mM)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们