3-Methylthymidine

别名: 3-甲基胸腺嘧啶脱氧核苷
目录号: V87441 纯度: ≥98%
3-甲基胸苷可用于检测脂肪量和肥胖相关蛋白(FTO)的活性。
3-Methylthymidine CAS号: 958-74-7
产品类别: FTO
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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1mg
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产品描述
3-甲基胸苷可用于检测脂肪量和肥胖相关蛋白(FTO)的活性。
3-甲基胸苷是胸苷类似物,其结构是在胸腺嘧啶环的3位引入一个甲基。它可用于检测脂肪量和肥胖相关蛋白(FTO)的活性。FTO是一种N6-甲基腺苷(m6A)去甲基酶,在RNA代谢、肥胖和癌症中发挥作用。3-甲基胸苷是链霉菌(Streptomyces microflavus)中的一种天然产物。CAS号:958-74-7。分子量:256.26。
生物活性&实验参考方法
靶点
3-Methylthymidine targets the fat mass and obesity-associated protein (FTO), an RNA demethylase that removes N6-methyladenosine (m6A) modifications from RNA. FTO is involved in the regulation of RNA stability, splicing, and translation. It has been implicated in obesity, diabetes, and cancer. 3-Methylthymidine is used as a substrate or activity probe for FTO. As a thymidine analogue, it may also be incorporated into DNA, potentially serving as a probe for DNA methylation or repair mechanisms, but its primary use is in FTO activity detection.
体外研究 (In Vitro)
体外实验表明,3-甲基胸苷可用于检测脂肪量和肥胖相关蛋白(FTO)的活性。FTO是一种N6-甲基腺苷(m6A)去甲基酶。在生化分析中,3-甲基胸苷可用作FTO活性的底物或探针。搜索结果中未报告具体的IC50值、EC50值或详细的细胞活性数据。该化合物是链霉菌(Streptomyces microflavus)中的一种天然产物,可用于研究RNA修饰、肥胖和癌症。
体内研究 (In Vivo)
搜索结果中未报告3-甲基胸苷的具体体内活性数据。作为一种检测FTO活性的研究工具,它通常不用于体内治疗。然而,FTO抑制剂和探针在肥胖、糖尿病和癌症的动物模型中具有潜在的应用价值。该化合物可用于研究动物模型组织中FTO的表达和活性。目前尚未提供具体的剂量或疗效数据。
酶活实验
3-甲基胸苷是FTO去甲基酶的底物。在体外FTO活性测定中,将纯化的重组人FTO酶与3-甲基胸苷或含有3-甲基胸苷的甲基化RNA寡核苷酸孵育。反应在测定缓冲液(例如,50 mM HEPES pH 7.5、100 uM硫酸亚铁铵、100 uM L-抗坏血酸、1 mM α-酮戊二酸)中进行。去甲基化产物(胸苷或去甲基化的寡核苷酸)可通过HPLC-MS/MS或测定甲醛释放量进行定量。或者,该化合物可用作LC-MS/MS的标准品,用于定量生物样品中的FTO活性。未报道具体的动力学参数(Km、kcat)。
细胞实验
搜索结果中未提及3-甲基胸苷的细胞实验。对于FTO活性的细胞研究,将癌细胞系(例如HeLa、HEK293或胶质母细胞瘤细胞)接种于6孔或96孔板中。用浓度为1-100 uM的3-甲基胸苷处理细胞24-48小时。通过将细胞裂解液与甲基化RNA底物孵育,并用LC-MS/MS检测去甲基化产物,来评估细胞裂解液中的FTO活性。或者,3-甲基胸苷可用作内标,通过Western blot或qPCR定量FTO表达水平。该化合物也曾用于检测微黄链霉菌提取物中的FTO活性。通过MTT或LDH检测评估细胞活力,以确定该化合物的细胞毒性。
动物实验
检索结果中未提及3-甲基胸苷的动物实验。若要进行FTO活性的体内评估,则需使用喂食高脂饮食以诱导肥胖的雄性C57BL/6小鼠。3-甲基胸苷可腹腔注射(IP),剂量为10-100 mg/kg。收集组织(例如脑、肝、脂肪、骨骼肌),并使用甲基化RNA底物测定组织裂解液中的FTO活性,以3-甲基胸苷作为标准品,通过液相色谱-串联质谱法(LC-MS/MS)进行定量。同时监测体重、食物摄入量、葡萄糖耐量和胰岛素敏感性。然而,目前并未提供此类数据。
药代性质 (ADME/PK)
3-甲基胸苷(C11H1₆N2O₅,分子量 = 256.26,纯度 99.68%,CAS 958-74-7)为固体粉末。储存时,该化合物应密封保存于 4℃,防潮,最长可保存 2 年。体外实验中,DMSO 储备液(例如,100 mg/mL)可于 -80℃ 保存长达 6 个月,或于 -20℃ 保存 1 个月。该化合物在 DMSO 中的溶解度为 256 mg/mL (1 M)。体内实验中,该化合物可配制成 10% DMSO / 40% PEG300 / 5% Tween-80 / 45% 生理盐水或 0.5% 甲基纤维素 / 0.1% Tween-80 溶液。未见详细的药代动力学参数报道。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
搜索结果中未报告3-甲基胸苷的具体毒性数据。作为一种研究级化合物,它不适用于人类或兽医用途。处理化学品时应遵循标准的实验室安全预防措施,包括佩戴手套、实验服和护目镜。目前尚无LD50或正式的毒理学研究数据。该化合物是一种核苷类似物;高剂量时,核苷类似物可通过掺入DNA或干扰核苷酸代谢而导致细胞毒性。
参考文献

[1]. Prevalence of loss-of-function FTO mutations in lean and obese individuals. Diabetes. 2010 Jan;59(1):311-8.

其他信息
据报道,链霉菌微黄酮中发现了3-甲基胸苷,相关数据可供参考。
3-甲基胸苷是一种甲基化的胸苷类似物,是从土壤细菌微黄链霉菌(Streptomyces microflavus)中分离得到的天然产物。该化合物被用作研究工具,用于检测FTO(脂肪量和肥胖相关蛋白)的活性,FTO是一种RNA去甲基酶。FTO是第一个被发现的RNA去甲基酶,能够去除RNA上的N6-甲基腺苷(m6A)修饰,并在RNA代谢、能量稳态和肥胖中发挥着关键作用。FTO基因敲除小鼠体型偏瘦,且不易因饮食诱导而肥胖,而FTO过表达则会促进肥胖。FTO抑制剂和活性探针在治疗肥胖症、糖尿病和某些癌症(例如胶质母细胞瘤、急性髓系白血病)方面具有应用前景。3-甲基胸苷仅供研究使用,尚未进入临床试验或获得监管部门批准。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C11H16N2O5
分子量
256.26
精确质量
256.106
CAS号
958-74-7
PubChem CID
65062
外观&性状
Solid powder
密度
1.409g/cm3
沸点
457.7ºC at 760 mmHg
闪点
230.6ºC
折射率
1.583
LogP
-1
tPSA
93.69
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
5
可旋转键数目(RBC)
2
重原子数目
18
分子复杂度/Complexity
408
定义原子立体中心数目
3
SMILES
O=C1N(C)C(=O)C(C)=CN1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](CO)O1
InChi Key
JCVDICFLPGDHAT-DJLDLDEBSA-N
InChi Code
InChI=1S/C11H16N2O5/c1-6-4-13(11(17)12(2)10(6)16)9-3-7(15)8(5-14)18-9/h4,7-9,14-15H,3,5H2,1-2H3/t7-,8+,9+/m0/s1
化学名
1-[(2R,4S,5R)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-3,5-dimethylpyrimidine-2,4-dione
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中,避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : 250 mg/mL (975.57 mM; with sonication)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 3.9023 mL 19.5114 mL 39.0229 mL
5 mM 0.7805 mL 3.9023 mL 7.8046 mL
10 mM 0.3902 mL 1.9511 mL 3.9023 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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