PDK1-IN-1

别名: 6-溴-4-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈;塞尔帕替尼 N-5;6-溴-4-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-3-甲腈
目录号: V87912 纯度: ≥98%
PDK1-IN-1(化合物 2-11)是一种 PDK1 抑制剂,可用于骨髓增生性疾病或癌症的研究。
PDK1-IN-1 CAS号: 1207836-10-9
产品类别: PDK-1
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
PDK1-IN-1(化合物 2-11)是一种 PDK1 抑制剂,可用于骨髓增生性疾病或癌症的研究。
PDK1-IN-1(化合物 2-11)是一种小分子 3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶 1 (PDK1) 抑制剂。PDK1 是 PI3K/AKT 信号通路中的关键激酶,该通路在癌症中经常过度激活。PDK1-IN-1 可用于骨髓增生性疾病、癌症和阿尔茨海默病的研究。它还对 FGFR3、NTRK3、RP-S6K、WEE1 和微管亲和力调节激酶具有活性。分子式:C₉H₆BrN3O,分子量 = 252.07。CAS 号:1207836-10-9。
生物活性&实验参考方法
靶点
PDK1-IN-1 targets 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1 (PDK1), a serine/threonine kinase that phosphorylates and activates AKT (PKB), SGK, and other AGC family kinases. PDK1 is a key node in the PI3K signaling pathway, regulating cell growth, proliferation, survival, metabolism, and migration. PDK1-IN-1 also inhibits FGFR3, NTRK3, RP-S6K, and WEE1 (off-target activities). It also selectively inhibits microtubule affinity-regulating kinases (MARKs), which are implicated in Alzheimer‘s disease (tau phosphorylation). The compound thus has multiple potential applications beyond cancer.
体外研究 (In Vitro)
体外实验表明,PDK1-IN-1(化合物2-11)可抑制PDK1激酶活性。检索结果中未报道PDK1的IC50值。该化合物还显示出对其他几种激酶的抑制活性,包括FGFR3、NTRK3、RP-S6K、WEE1和微管亲和力调节激酶(MARKs)。目前尚未报道其细胞活性数据(例如,对癌细胞中AKT磷酸化的抑制作用、抗增殖IC50值等)。该化合物可用于研究PDK1及相关激酶在细胞信号传导和疾病中的作用。需要进一步的生化和细胞学表征。
体内研究 (In Vivo)
搜索结果中未报告PDK1-IN-1的体内活性数据。作为一种PDK1抑制剂,PDK1-IN-1还具有针对MARKs(参与tau蛋白磷酸化)的活性,因此其潜在用途包括:在肿瘤异种移植模型中评估其对癌症的体内活性(抑制PI3K/PDK1/AKT通路可抑制肿瘤生长),以及在阿尔茨海默病tau蛋白病模型中评估其体内活性(抑制MARKs可能降低tau蛋白过度磷酸化)。然而,搜索结果中并未提供此类体内数据。如前所述,该化合物可用于骨髓增生性疾病、癌症和阿尔茨海默病的研究,但缺乏具体的疗效数据。
酶活实验
PDK1-IN-1 与 PDK1 的结合亲和力通过标准体外激酶活性测定法进行测定。该方法使用纯化的重组人 PDK1 和肽底物(例如,源自 PDK1 对接位点的 PDKtide),并在 ATP 存在下进行(放射性测定使用 γ-32P-ATP,或使用非放射性 ADP-Glo™ 测定法)。将化合物与 PDK1 孵育 10-30 分钟,然后加入 ATP 和底物。孵育后,终止反应,并定量磷酸化底物或生成的 ADP 的量。IC50 值根据剂量-反应曲线(0.001-100 uM)计算。未报告 IC50 值。为了进行选择性研究,使用类似的测定方法,测试该化合物对一系列已报道具有抑制活性的激酶(例如,FGFR3、NTRK3、RP-S6K、WEE1、MARKs)的抑制活性。
细胞实验
搜索结果中未提及PDK1-IN-1的细胞实验。对于PDK1抑制的细胞实验,可将PI3K/AKT信号通路过度激活的癌细胞系(例如PTEN缺失的PC3、U87MG或PIK3CA突变的MCF-7、HCT116)接种于6孔或96孔板中,并用不同浓度(0.1-100 uM)的PDK1-IN-1处理2-24小时。提取细胞裂解液,通过Western blot分析磷酸化AKT(Thr308,PDK1的直接底物,以及Ser473)、磷酸化SGK和磷酸化S6K的表达水平。处理48-72小时后,采用MTT或CellTiter-Glo法检测细胞活力。对于MARK相关研究,通常会处理神经元细胞系(例如SH-SY5Y),并评估MARK特异性位点的tau蛋白磷酸化情况。但目前尚未有相关数据报道。
动物实验
检索结果中未提及PDK1-IN-1的动物实验。若要进行体内癌症评估,可将携带PTEN缺失或PIK3CA突变癌细胞系皮下肿瘤异种移植瘤的6-8周龄雌性BALB/c裸鼠,以10-100 mg/kg/天的剂量,每日口服或腹腔注射PDK1-IN-1,持续2-4周。随后测量肿瘤体积,并分析肿瘤中pAKT(Thr308和Ser473)及其下游标志物(pS6、pGSK3β)的表达。若要进行阿尔茨海默病研究,可使用转基因tau蛋白病小鼠(例如P301S、rTg4510),并评估tau蛋白磷酸化、神经原纤维缠结负荷和认知功能。但目前未提供此类数据。
药代性质 (ADME/PK)
PDK1-IN-1(6-溴-4-甲氧基吡唑并[1,5-a]吡啶-3-腈,C₉H₆BrN₃O,分子量 = 252.07)为固体粉末。储存时,应密封保存于-20℃,避光防潮。体外实验中,DMSO储备液(10-50 mM)可在-80℃保存长达6个月,或在-20℃保存1个月。该化合物水溶性低。体内实验中,可使用5% DMSO/5% Tween-80/90%生理盐水、10% DMSO/90%玉米油或其他溶剂配制。纯度通常为97%(HPLC)。目前尚未报道详细的药代动力学参数(口服生物利用度、Cmax、Tmax、半衰期、脑渗透率)。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
检索结果中未报告PDK1-IN-1的具体毒性数据。作为一种研究级化合物,它不适用于人体。处理激酶抑制剂时应遵循标准的实验室安全预防措施。PDK1是参与胰岛素信号传导和细胞存活的关键激酶;PDK1的全身抑制可能导致显著的靶向毒性,包括高血糖(由于胰岛素信号传导受损)、代谢紊乱和潜在的器官毒性。然而,目前尚未有关于PDK1-IN-1的正式毒性研究(LD50、靶器官毒性)报告。
参考文献

[1]. Therapeutic compounds. Patent. WO2010017047 A1

其他信息
PDK1-IN-1(化合物 2-11)是一种研究级小分子 PDK1 抑制剂,同时对多种其他激酶也具有活性,包括 FGFR3、NTRK3、RP-S6K、WEE1 和微管亲和力调节激酶 (MARK)。MARK 参与 tau 蛋白磷酸化,并与阿尔茨海默病密切相关,因此 PDK1-IN-1 有望成为研究癌症(通过抑制 PDK1)和神经退行性疾病(通过抑制 MARK)的潜在工具。PDK1 是 PI3K/AKT 通路的关键激活因子,而 PI3K/AKT 通路是人类癌症中最常见的异常通路之一。该化合物尚未进入临床试验,也未获得任何适应症的监管批准。Jason Katz 等人已在一项专利(治疗化合物)中报道了该化合物。CAS 编号为 1207836-10-9。该化合物仅供研究使用,不得用于人体。为了提高其效力和针对特定治疗应用的选择性,可能需要进一步优化。该产品可从多家化学品供应商处购买,并附有产品目录编号。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C9H6BRN3O
分子量
252.07
精确质量
250.969
CAS号
1207836-10-9
PubChem CID
58404898
外观&性状
Solid powder
密度
1.7±0.1 g/cm3
折射率
1.674
LogP
1.92
tPSA
50.3
氢键供体(HBD)数目
0
氢键受体(HBA)数目
3
可旋转键数目(RBC)
1
重原子数目
14
分子复杂度/Complexity
264
定义原子立体中心数目
0
SMILES
BrC1C=C(C2=C(C#N)C=NN2C=1)OC
InChi Key
JTEWRYBKHXGXHP-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C9H6BrN3O/c1-14-8-2-7(10)5-13-9(8)6(3-11)4-12-13/h2,4-5H,1H3
化学名
6-bromo-4-methoxypyrazolo[1,5-a]pyridine-3-carbonitrile
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 3.9672 mL 19.8358 mL 39.6715 mL
5 mM 0.7934 mL 3.9672 mL 7.9343 mL
10 mM 0.3967 mL 1.9836 mL 3.9672 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们