WRN inhibitor 8

目录号: V88652 纯度: ≥98%
WRN抑制剂8(实施例224)是一种WRN解旋酶抑制剂,IC50为48 nM。
WRN inhibitor 8 CAS号: 3026502-95-1
产品类别: DNA(RNA) Synthesis
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
WRN抑制剂8(实施例224)是一种WRN解旋酶抑制剂,IC50为48 nM。WRN抑制剂8可用于癌症研究。
WRN抑制剂8是一种强效且选择性的沃纳综合征RecQ解旋酶(WRN)抑制剂,WRN是微卫星不稳定性高(MSI-H)肿瘤中的合成致死靶点。WRN对于MSI-H癌细胞的存活至关重要,这些癌细胞源于DNA错配修复(dMMR)缺陷。WRN的药理学抑制会导致MSI-H癌细胞的复制叉崩溃、双链断裂和选择性细胞死亡,而不会影响微卫星稳定(MSS)细胞和正常组织。
生物活性&实验参考方法
靶点
WRN (Werner syndrome RecQ helicase). WRN inhibitor 8 targets the helicase domain of WRN, inhibiting its ATP‑dependent 3′→5′ DNA unwinding activity.
体外研究 (In Vitro)
在无细胞酶活性测定中,WRN抑制剂8能有效抑制WRN的解旋酶活性。在细胞活性测定中,它能选择性地诱导MSI-H癌细胞系(如HCT116、LoVo和DLD-1 MSI)的DNA损伤(γH2AX灶)和细胞死亡,而对MSS细胞(如HT-29和SW480)或正常细胞的影响极小。现有数据中未提供具体的IC₅0值。
体内研究 (In Vivo)
在体内,WRN抑制剂8在MSI-H异种移植小鼠模型(包括结直肠癌和子宫内膜癌PDX模型)中表现出选择性抗肿瘤活性。WRN抑制可导致复制叉崩溃和双链断裂,证实WRN是MSI-H肿瘤的一个有前景的治疗靶点。已观察到剂量依赖性的肿瘤生长抑制和消退。
酶活实验
一种用于评估 WRN 解旋酶抑制的通用无细胞方案:采用基于荧光的 DNA 解旋测定法,具体方法参见 VVD-214 的描述(参见 V88650 的第 5 项)。将重组 WRN 蛋白 (10-50 nM) 与荧光标记的叉状 DNA 底物 (50 nM) 在解旋酶缓冲液(25 mM Tris-HCl,pH 7.5,2 mM MgCl2,2 mM ATP,50 mM KCl,1 mM DTT,0.1 mg/mL BSA)中孵育,并加入不同浓度的 WRN 抑制剂 8 (0.1 nM 至 10 uM)。加入 ATP 启动反应,并在 37℃ 下孵育 30-60 分钟。最后加入 20 mM EDTA 和 0.5% SDS 终止反应。测量荧光强度的增加(激发波长 485 nm,发射波长 528 nm)。计算解旋酶抑制的 IC₅0 值。为了进行选择性分析,测试了 WRN 抑制剂 8 对其他 RecQ 解旋酶(BLM、RecQ1、RecQ5)和其他 ATP 酶的抑制活性。
细胞实验
WRN抑制剂8的一般细胞实验方案:将MSI高表达的结直肠癌细胞(例如HCT116、LoVo)和MSS正常对照细胞(例如HT-29、SW480)以5,000-10,000个细胞/孔的密度接种于96孔板中。用WRN抑制剂8的系列稀释液(0.01 nM至10 uM)处理细胞72-120小时。使用CellTiter-Glo试剂盒检测细胞活力。计算选择性指数(IC₅0 MSS / IC₅0 MSI)。为评估DNA损伤,将细胞处理24-48小时后固定,并用抗γH2AX(Ser139)抗体染色。通过免疫荧光显微镜或高内涵成像定量每个细胞核内的γH2AX灶数。细胞周期分析采用碘化丙啶染色和流式细胞术进行。细胞凋亡评估采用Annexin V/PI染色和流式细胞术进行。
动物实验
WRN抑制剂8的一般动物实验方案:将5×10⁶个HCT116 MSI-高表达结直肠癌细胞或其他MSI-H PDX模型(例如子宫内膜癌PDX)皮下植入雌性NOD/SCID小鼠体内。当肿瘤体积达到约150-200 mm³时,将小鼠随机分组(每组n=8-10)。将WRN抑制剂8配制成合适的溶剂(例如10% DMSO、40% PEG300、5% Tween-80、45%生理盐水),通过灌胃或腹腔注射给药,剂量分别为10、30和100 mg/kg,每日一次或两次,持续21-28天。每周使用游标卡尺测量两次肿瘤体积。研究结束时,对小鼠实施安乐死,并收集肿瘤进行 IHC(γH2AX、Ki-67、裂解 caspase-3)、Western blot(γH2AX、裂解 PARP)和 TUNEL 染色。
药代性质 (ADME/PK)
WRN抑制剂8的通用药代动力学方案:雄性Sprague-Dawley大鼠分别经口灌胃(PO,10 mg/kg)和静脉注射(IV,2 mg/kg)给药。分别于0.083、0.25、0.5、1、2、4、8、12和24小时采集血样。采用液相色谱-串联质谱法(LC-MS/MS)定量分析血浆药物浓度。计算药代动力学参数(Cmax、Tmax、AUC、t½、清除率、分布容积和口服生物利用度)。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
WRN抑制剂8的一般毒性试验方案:在ICR小鼠中进行为期14天的重复给药口服毒性研究。WRN抑制剂8通过灌胃给药,剂量分别为10、30和100 mg/kg/天,连续14天。试验参数包括临床症状、体重、食物消耗量、血液学指标(全血细胞计数、血小板计数、分类计数)、血清生化指标(ALT、AST、BUN、肌酐)以及主要器官(骨髓、胃肠道、肝脏、肾脏、脾脏、肺脏、心脏)的组织病理学检查。特别关注骨髓(评估潜在的骨髓抑制)和胃肠道(评估复制应激相关毒性)。
参考文献

[1]. Pharmaceutical compositions comprising wrn helicase inhibitors. WO2024010782A1. 2024-01-11.

其他信息
WRN抑制剂8的CAS号为3026502-95-1。该化合物属于一类新型合成致死剂,靶向MSI-H肿瘤中的WRN解旋酶。这种合成致死策略基于以下原理:两个基因同时失活会导致细胞死亡,而单个基因的缺失则允许细胞存活。在DNA错配修复(dMMR)缺陷的MSI-H肿瘤中,WRN具有合成致死性。WRN抑制剂的治疗潜力正被积极探索,有望成为治疗对免疫检查点阻断或其他疗法耐药的MSI-H癌症的一种新型精准肿瘤学策略。WRN抑制剂8是一种用于临床前研究的化学探针。现有数据中未提供其具体分子结构。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C22H23F2N3O4S
分子量
463.50
精确质量
463.138
CAS号
3026502-95-1
PubChem CID
170718255
外观&性状
White to off-white solid powder
tPSA
107
氢键供体(HBD)数目
1
氢键受体(HBA)数目
8
可旋转键数目(RBC)
9
重原子数目
32
分子复杂度/Complexity
802
定义原子立体中心数目
1
SMILES
CS(=O)(=O)/C=C/[C@H](C1CC1)NC(=O)C2=CN=C(N=C2OC3=CC=CC=C3)C(C4CC4)(F)F
InChi Key
SGERSEZXZIVUEY-IENJSVCTSA-N
InChi Code
InChI=1S/C22H23F2N3O4S/c1-32(29,30)12-11-18(14-7-8-14)26-19(28)17-13-25-21(22(23,24)15-9-10-15)27-20(17)31-16-5-3-2-4-6-16/h2-6,11-15,18H,7-10H2,1H3,(H,26,28)/b12-11+/t18-/m1/s1
化学名
2-[cyclopropyl(difluoro)methyl]-N-[(E,1S)-1-cyclopropyl-3-methylsulfonylprop-2-enyl]-4-phenoxypyrimidine-5-carboxamide
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.1575 mL 10.7875 mL 21.5750 mL
5 mM 0.4315 mL 2.1575 mL 4.3150 mL
10 mM 0.2157 mL 1.0787 mL 2.1575 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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