2-(2-((6-Chlorohexyl)oxy)ethoxy)acetic acid

目录号: V93114
2-(2-((6-氯己基)氧基)乙氧基)乙酸是 PROTAC SMARCA2/4-degrader-34 的 PROTACT 连接体部分。
2-(2-((6-Chlorohexyl)oxy)ethoxy)acetic acid CAS号: 2231744-57-1
产品类别: PROTAC Linkers
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
2-(2-((6-氯己基)氧基)乙氧基)乙酸是 PROTAC SMARCA2/4-降解剂-34 的 PROTACT 连接部分。
2-(2-((6-氯己基)氧基)乙氧基)乙酸(CAS 2231744-57-1)是一种连接化合物,其含有用于形成酰胺键的羧酸基团和用于亲核取代反应的氯代烷基。它含有聚乙二醇(PEG2)间隔基,赋予其水溶性和柔韧性。分子式:C10H19ClO4,分子量:238.71 g/mol。它是一种PROTAC连接剂或用于抗体药物偶联物(ADC)和小分子偶联物的双功能偶联试剂。
生物活性&实验参考方法
靶点
This compound does not have a biological target; it is a chemical linker (PEG-based spacer) used in the synthesis of PROTACs (proteolysis-targeting chimeras) and conjugates. In PROTACs, the linker connects a ligand for an E3 ubiquitin ligase to a ligand for a target protein of interest (POI), enabling targeted protein degradation. This compound also serves as a conjugation reagent for ADCs and bioconjugates. It is a synthetic intermediate with no direct receptor or enzyme inhibition activity.
体外研究 (In Vitro)
作为连接剂,该化合物本身不具有体外生物活性。其价值在于能够合成具有生物活性的缀合物。目前尚未报道其具有直接的药理作用(例如细胞毒性、酶抑制、受体调节)。PEG2间隔基可减少缀合分子的聚集并提高其溶解度,这有利于基于细胞的检测。对于含有该连接剂的PROTAC,可通过Western blot在细胞系(例如HEK293T、HeLa)中检测靶蛋白(例如BRD4、AR、ER)的降解情况。
体内研究 (In Vivo)
由于该化合物是一种合成连接子,因此未见直接体内活性报道。当将其整合到PROTAC或ADC中时,这些偶联物可能在动物模型(例如,肿瘤异种移植模型)中显示出体内疗效。例如,含有该连接子的PROTAC可能诱导靶蛋白降解并抑制肿瘤生长。该连接子本身不具有内在药理活性。选择合适的连接子对于体内研究的成功至关重要。
酶活实验
作为一种合成中间体,该化合物不用于无细胞生物学检测。然而,为了评估连接子的稳定性,可进行血浆稳定性测定:将该化合物在人或小鼠血浆(1-100 uM)中于 37℃ 孵育 0-24 小时。在不同时间点(0、1、2、4、8、24 小时)取样。用乙腈终止反应。通过 LC-MS/MS 对剩余的完整化合物进行定量。氯烷基(C-Cl 键)的断裂表明其化学性质不稳定。不适用酶或受体结合测定。
细胞实验
不适用(无生物活性)。为测试含有该连接子的 PROTAC 的稳定性和细胞渗透性,采用基于细胞的检测方法:将细胞用 PROTAC(0.001-10 uM)处理 4-24 小时。裂解细胞,并通过蛋白质印迹法(例如,使用抗 BRD4、抗 AR 或抗 ER 抗体)检测靶蛋白的降解情况。测定 50% 降解所需的浓度 (DC50) 和最大降解浓度 (Dmax)。该连接子会影响细胞渗透性和降解效率。未进行单独使用该连接子的直接检测。
动物实验
无直接体内活性。对于含有该连接子的PROTAC,采用标准的体内异种移植方案:将癌细胞(例如,5×10⁶个细胞溶于Matrigel)皮下植入雌性无胸腺裸鼠体内。当肿瘤体积达到约150-200 mm³时,将小鼠随机分组。每天腹腔注射或口服给予PROTAC,剂量为10-100 mg/kg(溶剂:5% DMSO、30% PEG300、5% Tween 80、60%生理盐水)。每2-3天测量一次肿瘤体积。研究结束时,切除肿瘤组织,通过Western blot和免疫组织化学分析靶蛋白。动物实验中不使用连接子本身。
药代性质 (ADME/PK)
作为一种小型聚乙二醇(PEG)基连接剂,该化合物预计具有较高的水溶性和中等的血浆稳定性。氯代烷基可能在体内易发生亲核取代反应。PEG2间隔基可降低蛋白结合率并提高清除率。目前尚无药代动力学参数。粉末可在-20℃下保存3年,溶剂可在-80℃下保存1年。制剂用途:可溶于二甲基亚砜(DMSO)和水。通常用作中间体,不可用于直接体内给药。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
目前毒理学数据有限。作为一种含氯烷烃化合物,它可能具有烷基化作用,应作为潜在诱变剂处理。氯代烷基化合物可与DNA和蛋白质中的亲核位点反应,可能导致遗传毒性。标准安全预防措施:佩戴手套、实验服和护目镜;在通风橱内操作;避免吸入和皮肤接触。目前尚无急性或慢性毒性研究数据。
参考文献

[1]. First-in-Class Small Molecule Degrader of Pregnane X Receptor Enhances Chemotherapy Efficacy. J Med Chem. 2024 Oct 24;67(20):18549-18575.

其他信息
2-(2-((6-氯己基)氧基)乙氧基)乙酸是一种基于聚乙二醇(PEG)的PROTAC连接剂,用于靶向蛋白降解研究(PROTAC)。它含有一个末端羧酸基团,可与E3连接酶配体进行酰胺偶联,以及一个氯代烷基,可用于亲核取代反应。PEG2间隔基可提高合成缀合物的溶解度并减少其聚集。它是一种用于生物偶联和药物递送的合成结构单元。目前尚无临床试验或监管部门批准。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C10H19CLO4
分子量
238.71
精确质量
238.097
CAS号
2231744-57-1
PubChem CID
134695395
外观&性状
Colorless to light yellow liquid
tPSA
55.8
氢键供体(HBD)数目
1
氢键受体(HBA)数目
4
可旋转键数目(RBC)
11
重原子数目
15
分子复杂度/Complexity
152
定义原子立体中心数目
0
SMILES
ClCCCCCCOCCOCC(=O)O
InChi Key
NFVRQBNHQOLQED-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C10H19ClO4/c11-5-3-1-2-4-6-14-7-8-15-9-10(12)13/h1-9H2,(H,12,13)
化学名
2-[2-(6-chlorohexoxy)ethoxy]acetic acid
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 4.1892 mL 20.9459 mL 41.8918 mL
5 mM 0.8378 mL 4.1892 mL 8.3784 mL
10 mM 0.4189 mL 2.0946 mL 4.1892 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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