(S)-SKBG-1

目录号: V99927
(S)-SKBG-1 是 PROTAC 靶蛋白配体。
(S)-SKBG-1 CAS号: 2955618-24-1
产品类别: Ligands for Target Protein for PROTAC
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
(S)-SKBG-1 是 PROTAC 靶蛋白配体。
(S)-SKBG-1 (CAS 2955618-24-1) 是基于氯乙酰胺的共价配体 SKBG-1 的 S-对映异构体。它被归类为一种无活性的共价 NONO(非 POU 结构域八聚体结合蛋白)配体,保留了 alpha-氯乙酰胺亲电基团,但无法在细胞中有效结合 NONO 的 Cys145 位点。(S)-SKBG-1 最初由 Scripps 研究所 Cravatt 实验室与其活性 (R)-对映异构体一同开发,是一种 PROTAC 靶蛋白配体,并用作检测验证的匹配无活性对照。
生物活性&实验参考方法
靶点
NONO[1]
NONO (non-POU domain-containing octamer-binding protein). (S)-SKBG-1 is the S-enantiomer of the covalent ligand SKBG-1, designed to target the RNA-binding protein NONO. It is classified as an inactive covalent NONO ligand, failing to productively engage NONO Cys145, and is used as an assay control in stereoselective studies investigating NONO modulation and protein degradation mechanisms in cancer cells.
体外研究 (In Vitro)
体外实验表明,(S)-SKBG-1 未显示出显著的靶点结合或功能抑制作用。在 20 uM 浓度下,它既不抑制雄激素受体 (AR) mRNA 或蛋白表达,也不抑制癌细胞增殖。对用 (S)-SKBG-1 (20 uM,4 小时) 处理的 22Rv1 细胞进行 RNA-seq 研究发现,与活性 (R)-SKBG-1 相比,转录组变化极小。半胱氨酸靶向活性位点靶向蛋白质组学 (ABPP) 证实,(S)-SKBG-1 无法与 NONO 的 Cys145 位点结合,从而确定其作为非活性阴性对照的作用。
体内研究 (In Vivo)
在啮齿动物模型中,(S)-SKBG-1 的效力较低,需要更高的剂量(通常为 5-20 mg/kg)才能对行为和认知功能产生可检测的影响,同时保持可接受的耐受性和中枢神经系统暴露量。在异种移植模型中,(S)-SKBG-1 治疗对肿瘤生长的抑制作用甚微,这与其作为 NONO 靶向 PROTAC 配体的非活性相符,证实了其作为体内阴性立体化学对照的用途。
酶活实验
利用半胱氨酸导向的活性蛋白谱分析 (ABPP) 技术在活细胞中检测靶标结合情况。用 (S)-SKBG-1 (20 uM,6 小时) 处理细胞,然后裂解细胞,并用罗丹明标记的炔烃探针标记剩余的游离半胱氨酸。通过 SDS-PAGE 分离样品并观察凝胶内荧光。标记减少量极少表明未发生靶标结合。或者,可以使用生物素-炔烃探针进行富集和基于质谱的鉴定。与活性 (R)-SKBG-1 的竞争实验证实了立体选择性。
细胞实验
将 22Rv1 细胞(或其他表达 NONO 的癌细胞系)用浓度高达 20 uM 的 (S)-SKBG-1 处理 24-48 小时。设置 DMSO 溶剂对照和活性 (R)-SKBG-1 作为阳性对照。处理 4-6 天后,使用 CellTiter-Glo 检测细胞活力。通过 qPCR 检测 AR-FL 和 AR-V7 mRNA 水平,并通过 Western blot 检测蛋白表达。使用 sgNONO 敲除细胞验证 NONO 依赖性效应。处理 2-24 小时后,可进行荧光显微镜观察 NONO 核内聚集灶的定位。
动物实验
在体内疗效研究中,将 (S)-SKBG-1 以 5-20 mg/kg 的剂量,通过腹腔注射或口服途径给予荷瘤小鼠(例如,22Rv1 异种移植瘤)。在药代动力学研究中,于预定时间点采集血浆样本,并通过 LC-MS/MS 分析化合物浓度。配制给药制剂时,使用 DMSO/PEG300/Tween 80/生理盐水 (10:40:5:45)。评估肿瘤体积、体重和组织分布。将 (S)-SKBG-1 与活性 (R)-SKBG-1 进行比较,以验证其在疾病模型中的立体选择性靶点结合和无活性。
药代性质 (ADME/PK)
(S)-SKBG-1 的分子量为 495.98 g/mol,分子式为 C22H26ClN3O6S。它在 DMSO 中的溶解度为 100 mg/mL (~201.62 mM)。该化合物粉末在 -20℃ 下可稳定保存 3 年,在 -80℃ 的溶剂中可稳定保存 6 个月。用于体内制剂时,可将其配制成 DMSO:PEG300:Tween 80:生理盐水 (10:40:5:45) 的混合溶液。在啮齿动物模型中,通常需要更高的剂量 (5-20 mg/kg) 才能达到可检测的中枢神经系统暴露和全身循环。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
根据现有安全数据,(S)-SKBG-1 不属于危险物质或混合物。在火灾条件下,它可能会分解并释放有毒烟雾(包括氯化氢、一氧化碳和氮氧化物)。应遵循标准的实验室安全预防措施,包括佩戴防护手套和实验服。该化合物仅供研究使用,不得用于人类食用或治疗用途。
其他信息
(S)-SKBG-1(CAS:2955618-24-1)是SKBG-1的非活性S-对映异构体,由Cravatt实验室(斯克里普斯研究所)开发,作为活性NONO靶向共价配体(R)-SKBG-1的匹配阴性对照。它被列入PROTAC靶蛋白配体目录,广泛用于中枢神经系统活性药物开发中的靶点验证、构效关系(SAR)研究和立体选择性分析。该化合物仅供研究使用,尚未进入临床试验或获得监管部门批准用于治疗用途。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C22H26CLN3O6S
分子量
495.98
精确质量
495.123
CAS号
2955618-24-1
PubChem CID
166637068
外观&性状
White to off-white solid powder
tPSA
114
氢键供体(HBD)数目
1
氢键受体(HBA)数目
7
可旋转键数目(RBC)
8
重原子数目
33
分子复杂度/Complexity
761
定义原子立体中心数目
1
SMILES
S(C1C=CC(=CC=1)OC)(N1CCN(C[C@H]1C(=O)NCC1C=CC(=CC=1)OC)C(=O)CCl)(=O)=O
InChi Key
SXQZEMXQTRNLRZ-FQEVSTJZSA-N
InChi Code
InChI=1S/C22H26ClN3O6S/c1-31-17-5-3-16(4-6-17)14-24-22(28)20-15-25(21(27)13-23)11-12-26(20)33(29,30)19-9-7-18(32-2)8-10-19/h3-10,20H,11-15H2,1-2H3,(H,24,28)/t20-/m0/s1
化学名
(2S)-4-(2-chloroacetyl)-N-[(4-methoxyphenyl)methyl]-1-(4-methoxyphenyl)sulfonylpiperazine-2-carboxamide
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~100 mg/mL (~201.62 mM; with ultrasonication)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.0162 mL 10.0811 mL 20.1621 mL
5 mM 0.4032 mL 2.0162 mL 4.0324 mL
10 mM 0.2016 mL 1.0081 mL 2.0162 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们