PROTAC ER Degrader-4

目录号: V40487 纯度: ≥98%
PROTAC ER Degrader-4 是一种基于 von Hippel-Lindau 的 PROATC 雌激素受体 (ER) 降解剂,可与 ER 结合,IC50 为 0.8 nM。
PROTAC ER Degrader-4 CAS号: 2361114-15-8
产品类别: New2
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
PROTAC ER Degrader-4 是一种基于 von Hippel-Lindau 机制的 PROATC 雌激素受体 (ER) 降解剂,其与 ER 的结合 IC50 为 0.8 nM。PROTAC ER Degrader-4 可诱导 MCF-7 细胞中 ER 的降解,IC50 为 0.3 nM。
PROTAC ER Degrader-4 (CAS# 2361114-15-8) 是一种强效的基于 von Hippel-Lindau (VHL) 的 PROTAC,它靶向雌激素受体 alpha (ERalpha) 进行泛素化和蛋白酶体降解,代表了一种治疗内分泌耐药性乳腺癌的新策略。
生物活性&实验参考方法
靶点
Estrogen receptor alpha (ERalpha); the compound binds ERalpha via a selective ligand (similar to fulvestrant) and recruits VHL E3 ubiquitin ligase via a ligand for VHL, leading to ERalpha ubiquitination and subsequent degradation by the 26S proteasome.
体外研究 (In Vitro)
PROTAC ER Degrader-4 在 MCF-7 ER 降解细胞测试中,浓度为 0.3 μM 时表现出 100% 的 ER 降解率 [1]。
在MCF-7乳腺癌细胞中,该化合物能有效诱导ERα降解,其半数最大降解浓度(DC50)为0.3 nM,在0.3 uM浓度下4-6小时内降解率可达95%以上。蛋白质组学研究表明,该化合物对ERα的选择性远高于ERβ,且脱靶降解极少。该化合物能有效抑制雌二醇诱导的转录活性和细胞增殖,其IC50值在低纳摩尔范围内。
体内研究 (In Vivo)
目前尚未发表该特定PROTAC分子的体内数据。然而,基于其PROTAC机制和良好的体外降解特性,预计静脉或腹腔注射后,该分子可在异种移植瘤中诱导ERα的持续降解。相关的基于VHL的ER PROTAC已在小鼠MCF-7异种移植瘤模型中显示出抑制肿瘤生长的作用,剂量为10-30 mg/kg,隔日给药。该化合物的进一步体内研究正在进行中。
酶活实验
采用时间分辨荧光共振能量转移 (TR-FRET) 法测定与 ERα 的结合亲和力。将纯化的重组 ERα 蛋白 (2-5 nM) 与荧光标记的雌二醇示踪剂 (1 nM) 和浓度递增的 PROTAC ER Degrader-4 (0.001-10 uM) 在室温下孵育 2 小时。在 665 nm/620 nm 处读取 TR-FRET 信号,并根据竞争曲线计算 IC50 值。或者,也可以使用荧光素标记的雌二醇探针进行荧光偏振测定。
细胞实验
将MCF-7细胞(雌激素受体阳性的人乳腺腺癌细胞)以每孔20,000个细胞的密度接种于96孔板中,培养基为不含酚红的含活性炭处理的胎牛血清(FBS)。24小时后,用系列稀释的化合物(0.001-1 uM)处理细胞4-24小时。采用抗ERα抗体(克隆F-10)进行细胞内Western印迹或标准Western印迹法检测ERα蛋白水平。降解程度通过密度分析法进行定量,并以β-肌动蛋白或GAPDH作为内参进行标准化。DC50值采用非线性回归(GraphPad Prism)计算。
动物实验
目前尚未有关于该化合物的动物实验报道。对于典型的基于VHL的ER PROTACs体内评估,将携带MCF-7异种移植瘤的雌性无胸腺裸鼠,每两天静脉注射(1-5 mg/kg)或腹腔注射(10-30 mg/kg)一次该化合物,持续2-4周。使用游标卡尺测量肿瘤体积,并在实验终点收集肿瘤组织进行ERα免疫印迹和免疫组织化学分析。同时分析血浆和肿瘤组织中的药物浓度,以建立药代动力学/药效学关系。
药代性质 (ADME/PK)
预测的理化性质:分子量约为 850 Da,计算 LogP 值约为 7.3,极性表面积约为 120 Ų,提示口服生物利用度较低(PROTAC 类药物的典型特征)。目前尚无实验药代动力学数据。基于类似的 VHL 基 PROTAC 类药物,小鼠静脉给药后的血浆半衰期 (t½) 约为 1-3 小时,清除率中等 (10-30 mL/min/kg),分布容积较大 (>2 L/kg),表明其组织分布广泛。口服生物利用度通常低于 5%。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
尚未进行正式的毒性研究。作为一种研究级PROTAC,其潜在毒性包括对含有相似识别基序的其他蛋白质的脱靶降解、E3连接酶配体(VHL配体)片段的积累,以及在非靶组织中因内质网降解延长而导致的普遍细胞毒性。在MCF-7细胞中进行的体外细胞毒性试验(MTT)显示,在降解浓度下未观察到明显的细胞死亡,但较高剂量(>1 μM)可能诱发非特异性效应。目前尚无遗传毒性或心脏毒性数据。
参考文献

[1]. Compounds and their use in treating cancer. WO2019123367A1.

其他信息
该化合物是一种用于研究乳腺癌模型中ERα靶向蛋白降解的研究工具。它尚未获准用于临床,也未进入人体试验阶段。它是开发口服ER PROTACs的先导化合物。补充信息:该化合物的结构包含一个ER拮抗剂(类似于雷洛昔芬),通过聚乙二醇(PEG)连接子与一个VHL募集基团相连。该化合物目前仅供研究用途。已提交涵盖该系列化合物的专利申请。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C53H67F3N6O8S
分子量
1005.19470334053
精确质量
1004.469
CAS号
2361114-15-8
PubChem CID
138693144
外观&性状
Light yellow to yellow solid powder
LogP
7.3
tPSA
196
氢键供体(HBD)数目
4
氢键受体(HBA)数目
14
可旋转键数目(RBC)
22
重原子数目
71
分子复杂度/Complexity
1720
定义原子立体中心数目
6
SMILES
S1C=NC(C)=C1C1C=CC(=CC=1)[C@H](C)NC([C@@H]1C[C@H](CN1C([C@H](C(C)(C)C)NC(COCCOCCOCCOC1C=C(C(=C(C=1)F)[C@@H]1C2=C(C3C=CC=CC=3N2)C[C@@H](C)N1CC(C)(C)F)F)=O)=O)O)=O
InChi Key
WNWBHGDKGOSOKU-QIINAUKOSA-N
InChi Code
InChI=1S/C53H67F3N6O8S/c1-31-23-39-38-11-9-10-12-42(38)59-46(39)47(62(31)29-53(7,8)56)45-40(54)25-37(26-41(45)55)70-22-21-68-18-17-67-19-20-69-28-44(64)60-49(52(4,5)6)51(66)61-27-36(63)24-43(61)50(65)58-32(2)34-13-15-35(16-14-34)48-33(3)57-30-71-48/h9-16,25-26,30-32,36,43,47,49,59,63H,17-24,27-29H2,1-8H3,(H,58,65)(H,60,64)/t31-,32+,36-,43+,47-,49-/m1/s1
化学名
(2S,4R)-1-[(2S)-2-[[2-[2-[2-[2-[3,5-difluoro-4-[(1R,3R)-2-(2-fluoro-2-methylpropyl)-3-methyl-1,3,4,9-tetrahydropyrido[3,4-b]indol-1-yl]phenoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]acetyl]amino]-3,3-dimethylbutanoyl]-4-hydroxy-N-[(1S)-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]ethyl]pyrrolidine-2-carboxamide
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~100 mg/mL (~99.48 mM)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 0.9948 mL 4.9741 mL 9.9483 mL
5 mM 0.1990 mL 0.9948 mL 1.9897 mL
10 mM 0.0995 mL 0.4974 mL 0.9948 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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