PROTAC (H-PGDS)-7

目录号: V42140 纯度: ≥98%
PROTAC(H-PGDS)-7 是造血前列腺素 D 合酶 (H-PGDS) 的 PROTAC 蛋白降解剂,DC50 为 17.3 pM。
PROTAC (H-PGDS)-7 CAS号: 2761281-50-7
产品类别: New2
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
PROTAC(H-PGDS)-7 是一种 PROTAC 蛋白降解剂,可降解造血前列腺素 D 合成酶 (H-PGDS),其 DC50 为 17.3 pM。
PROTAC (H-PGDS)-7 (CAS#: 2761281-50-7) 是一种高效的 PROTAC(蛋白水解靶向嵌合体)蛋白降解剂,旨在靶向造血前列腺素 D 合成酶 (H-PGDS)。它是一种类药小分子,作为分子胶降解剂发挥作用,将 H-PGDS 募集到 E3 泛素连接酶进行泛素化,随后通过蛋白酶体途径降解,从而有效抑制前列腺素 D2 (PGD2) 的生成。
生物活性&实验参考方法
靶点
The primary target is H-PGDS (Hematopoietic Prostaglandin D Synthase), a key enzyme in the arachidonic acid cascade that catalyzes the isomerization of PGH2 to PGD2. By recruiting H-PGDS to an E3 ubiquitin ligase, the PROTAC induces the ubiquitination and subsequent proteasomal degradation of H-PGDS. This degradation leads to a potent suppression of PGD2 production, a pro-inflammatory lipid mediator.
体外研究 (In Vitro)
在 KU812 细胞中,PROTAC(H-PGDS)-7 可以成功阻断前列腺素 D2 (PGD2) 的合成 [1]。
PROTAC(H-PGDS)-7 能有效抑制 KU812 细胞中前列腺素 D2 (PGD2) 的生成。生化分析表明,它是一种分子胶降解剂,其半数最大降解浓度 (DC50) 为 17.3 pM(皮摩尔级)。这表明其具有极高的降解效率。该化合物通过完全消除 H-PGDS 蛋白,有效阻断了 PGD2 的生成。PGD2 是一种炎症介质,参与多种过敏性和炎症性疾病的发生发展。
体内研究 (In Vivo)
虽然目前尚无该化合物的具体体内数据,但PROTAC(H-PGDS)-7旨在用于杜氏肌营养不良症 (DMD) 和其他H-PGDS相关炎症性疾病的体内研究。该化合物有望通过降解H-PGDS并抑制PGD2的产生,从而减轻疾病模型中的炎症和纤维化。典型的实验方案是将该化合物腹腔注射或口服给药于DMD小鼠模型(mdx小鼠),以评估其对肌肉炎症和功能的影响。
酶活实验
该检测方法不涉及酶促反应;它测量的是协同三元复合物的形成(“分子胶”机制)。将纯化的H-PGDS蛋白和E3连接酶复合物(例如CRL4CRBN)混合于含有不同浓度PROTAC(H-PGDS)-7的缓冲液中。使用AlphaScreen或基于TR-FRET的检测方法,并结合适当标记的蛋白,来测量三元复合物的形成。复合物形成的EC50值是效力的指标。
细胞实验
使用KU812(人嗜碱性白血病)细胞来测定细胞内PGD2的产生。将细胞用不同浓度的PROTAC(H-PGDS)-7处理一定时间(例如24小时)。处理后,用钙离子载体(例如A23187)刺激细胞以诱导PGD2的产生。然后使用竞争性ELISA试剂盒测定细胞培养上清液中PGD2的水平。计算抑制PGD2产生的EC50值。为了确认降解情况,通过Western blot分析细胞裂解液中H-PGDS蛋白的水平。
动物实验
可在杜氏肌营养不良症小鼠模型(mdx小鼠)中评估体内疗效。小鼠每日腹腔注射PROTAC(H-PGDS)-7(例如,5-10 mg/kg),持续数周。使用握力计测量肌肉力量。研究结束时,收集肌肉组织(例如,膈肌、股四头肌)进行组织学分析,以检测炎症(例如,苏木精-伊红染色)和纤维化(例如,天狼星红染色)。采用液相色谱-质谱联用(LC-MS)法测定血浆和肌肉匀浆中的PGD2水平,以确认靶点结合情况。
药代性质 (ADME/PK)
PROTAC(H-PGDS)-7 的具体药代动力学参数尚未公布。作为一种 PROTAC,其分子量约为 742.79 g/mol,接近 Lipinski 五规则的上限,可能影响其口服生物利用度和膜渗透性。由于其被开发为 H-PGDS 降解剂,因此需要具备足够的稳定性和细胞穿透性才能到达细胞内靶点。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
PROTAC(H-PGDS)-7 的具体毒理学数据尚不详尽。作为一种 H-PGDS 降解剂,其主要毒性可能与 PGD2 耗竭引起的药理学后果有关,包括对血小板聚集和过敏反应调节的影响。标准的 28 天重复给药啮齿动物毒性研究将评估其安全范围并识别任何潜在的脱靶毒性。
参考文献

[1]. Discovery of a Highly Potent and Selective Degrader Targeting Hematopoietic Prostaglandin D Synthase via In Silico Design. J Med Chem. 2021 Nov 11;64(21):15868-15882.

其他信息
PROTAC(H-PGDS)-7 是一种先进的研究级 PROTAC 降解剂。它代表了一种通过降解酶而非仅仅抑制其活性位点来治疗 H-PGDS 相关疾病的化学生物学方法。这是首个报道的用于治疗 H-PGDS 的分子胶降解剂。截至最新进展,该化合物仍处于临床前研究阶段,尚未获准用于临床。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C40H38N8O7
分子量
742.779128551483
精确质量
742.286
CAS号
2761281-50-7
PubChem CID
162679258
外观&性状
Light yellow to yellow solid powder
LogP
2.8
tPSA
174
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
11
可旋转键数目(RBC)
8
重原子数目
55
分子复杂度/Complexity
1440
定义原子立体中心数目
0
SMILES
C1(OC2=CC=CC=C2)=NC=C(C(NC2=CC=C(N3CCC(C(N4CCN(C5=CC=CC6=C5C(=O)N(C5CCC(=O)NC5=O)C6=O)CC4)=O)CC3)C=C2)=O)C=N1
InChi Key
KQNXUQJGOJWQGL-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C40H38N8O7/c49-33-14-13-32(36(51)44-33)48-38(53)30-7-4-8-31(34(30)39(48)54)46-19-21-47(22-20-46)37(52)25-15-17-45(18-16-25)28-11-9-27(10-12-28)43-35(50)26-23-41-40(42-24-26)55-29-5-2-1-3-6-29/h1-12,23-25,32H,13-22H2,(H,43,50)(H,44,49,51)
化学名
N-[4-[4-[4-[2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindol-4-yl]piperazine-1-carbonyl]piperidin-1-yl]phenyl]-2-phenoxypyrimidine-5-carboxamide
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮和光照。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~100 mg/mL (~134.63 mM)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.3463 mL 6.7315 mL 13.4629 mL
5 mM 0.2693 mL 1.3463 mL 2.6926 mL
10 mM 0.1346 mL 0.6731 mL 1.3463 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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