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Robotnikinin

目录号: V11355 纯度: ≥98%
COA 产品数据 产品说明书 SDS
Robotnikinin 是一种一流的 Shh (Sonic Hedgehog) 信号传导小分子抑制剂，作用于 Smo 上游，直接与 Shh 结合，Kd 值为 3.1 μM。
Robotnikinin CAS号: 1132653-79-2
产品类别: New1
产品仅用于科学研究，不针对患者销售
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InvivoChem产品被CNS等顶刊论文引用
产品描述
Robotnikinin 是一种首创的小分子 Shh（Sonic Hedgehog）信号通路抑制剂，作用于 Smo 的上游，直接与 Shh 结合，Kd 值为 3.1 μM。
Robotnikinin（CAS 编号：1132653-79-2）是首创的小分子 Sonic Hedgehog (Shh) 信号通路抑制剂。其分子式为 C₂₅H₂₇ClN₂O₄，分子量为 454.95 g/mol，Robotnikinin 通过直接与 Sonic Hedgehog 配体结合发挥作用，Kd 值为 3.1 μM。该化合物作用于 Smoothened (Smo) 的上游，这使其区别于其他靶向 Smo 的 Hedgehog 通路抑制剂。Robotnikinin 被用于研究 Hedgehog 介导的细胞增殖、分化和组织模式形成调控。
生物活性&实验参考方法
靶点
The primary target of Robotnikinin is the Sonic Hedgehog (Shh) ligand. Robotnikinin binds directly to Shh with a Kd value of 3.1 μM. By binding to the Shh ligand, Robotnikinin inhibits Shh signaling upstream of Smo. The Hedgehog signaling pathway plays a critical role in embryonic development, cell proliferation, and tissue patterning. Dysregulation of Hedgehog signaling is associated with various cancers and developmental disorders. Robotnikinin's direct binding to the Shh ligand provides a unique tool for studying the role of Shh in Hedgehog signaling.
体外研究 (In Vitro)
Robotnikinin 在 1.56 μM 至 25 μM 的剂量范围内表现出与 ShhN 结合的能力。基于动力学数据，测得其 Kd 值为 3.1 μM[2]。Robotnikinin (50 μM) 可抑制 ShhN 引起的 LC3-II 升高[3]。在与 HS-5 细胞共培养的 H929 和 U266 细胞系中，Robotnikinin (5 μM) 可下调经典 NF-κB 通路蛋白，表明 Hh 信号通路与 NF-κB 通路在多发性骨髓瘤 (MM) 中存在关联[4]。体外实验表明，Robotnikinin 在 1.56 μM 至 25 μM 的剂量范围内表现出与 ShhN 结合的能力。基于动力学数据，测得其 Kd 值为 3.1 μM。Robotnikinin (50 μM) 可抑制 ShhN 引起的 LC3-II 升高。在与 HS-5 细胞共培养的 H929 和 U266 细胞系中，Robotnikinin (5 μM) 可下调经典的 NF-κB 通路蛋白，表明在多发性骨髓瘤中 Hh 信号通路与 NF-κB 通路存在关联。该化合物抑制 Shh 信号通路的能力可通过多种基于细胞的 Hedgehog 通路活性检测方法进行评估。
体内研究 (In Vivo)
在体内，Robotnikinin 已在 Hedgehog 依赖性肿瘤模型中进行了评估。该化合物能够抑制 Smo 上游的 Shh 信号通路，使其成为研究 Hedgehog 信号通路在肿瘤生长和进展中作用的宝贵工具。通过调节该通路，Robotnikinin 可用于研究 Hedgehog 介导的细胞增殖、分化和组织模式形成。在皮肤和化妆品研究中，它被用于研究 Hedgehog 介导的细胞增殖和分化调控。需要进一步的体内研究来全面表征其在动物模型中的疗效和安全性。
酶活实验
Robotnikinin 的体外酶/受体结合研究主要集中于其与 Shh 配体的相互作用。可使用表面等离子共振 (SPR) 或等温滴定量热法 (ITC) 评估其与 Shh 的结合亲和力。动力学数据测得的 Kd 值为 3.1 μM。该化合物抑制 Shh 信号的能力可通过在表达 Hedgehog 信号通路的细胞中进行 Gli-荧光素酶报告基因检测来评估。可进行针对其他配体和信号通路的选择性分析以评估其特异性。这些方法仅用于研究目的。
细胞实验
RT-PCR[4]
细胞类型： NCI-H929 或 U266 细胞。
测试浓度： 5 μM。
孵育时间： 48 小时。
实验结果： 与 HS-5 细胞共培养的 H929 和 U266 细胞系中经典 NF-κB 通路蛋白表达下调。
体外细胞实验评估了 Robotnikinin 对 Hedgehog 信号通路的影响。表达 Hedgehog 通路的细胞（例如，H929 和 U266 多发性骨髓瘤细胞系）用不同浓度（通常为 0.1-50 µM）的 Robotnikinin 处理。 Hedgehog信号通路活性可通过Gli-荧光素酶报告基因检测或通过qRT-PCR检测Hedgehog靶基因（例如GLI1、PTCH1）的表达来评估。NF-κB信号通路蛋白的表达可通过Western blot检测。细胞增殖可通过MTT或CellTiter-Glo检测进行评估。RT-PCR可用于检测基因表达变化。细胞培养采用标准条件，并使用合适的培养基和补充剂。
动物实验
Robotnikinin 的体内动物研究通常采用 Hedgehog 依赖性肿瘤或发育障碍的小鼠模型。荷瘤小鼠通过腹腔注射或口服不同剂量的 Robotnikinin 进行治疗。定期使用游标卡尺测量肿瘤体积，并监测体重以评估毒性。药效学研究通过测量肿瘤组织中 Gli1 的表达来评估 Hedgehog 通路的抑制情况。在这些模型中，该化合物抑制 Smo 上游 Shh 信号的能力可以与 Smo 抑制剂区分开来。所有操作必须符合机构动物护理指南。
药代性质 (ADME/PK)
公开文献中尚未对Robotnikinin的药代动力学特性进行全面描述。该化合物的分子量为454.95 g/mol，可溶于DMSO，应储存于-20°C。该化合物的半衰期、Cmax、AUC和清除率需要在临床前药代动力学研究中测定。关于该产品稳定性（尤其是在溶液中的稳定性）的信息鲜有报道。该化合物仅供研究使用，尚未获准用于临床。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
罗伯尼基宁的毒性特征在公开文献中尚未得到充分阐明。该化合物仅供研究使用，不得用于人类消费。处理化学品时应遵循标准安全预防措施，包括使用个人防护装备和在通风橱内操作。临床开发需要进行临床前毒理学研究。由于该化合物具有生物活性，因此应谨慎处理。
参考文献

[1]. The Binding Mode of the Sonic Hedgehog Inhibitor Robotnikinin, a Combined Docking and QM/MM MD Study. Front Chem.

[2]. A small molecule that binds Hedgehog and blocks its signaling in human cells. Nat Chem Biol. 2009 Mar;5(3):154-6.

[3]. Sonic hedgehog promotes autophagy in hippocampal neurons. Biol Open. 2013 Apr 8;2(5):499-504.

[4]. Targeting the cross-talk between the hedgehog and NF-κB signaling pathways in multiple myeloma. Leuk Lymphoma. 2019 Mar;60(3):772-781.
其他信息
它与刺猬信号通路中的Shh因子蛋白结合，阻断其信号通路；其结构已在第一篇文章中描述。
补充信息：Robotnikinin的CAS号为1132653-79-2，分子式为C₂₅H₂₇ClN₂O₄。该化合物是首个小分子Shh信号通路抑制剂，作用于Smo的上游，直接与Shh结合，Kd值为3.1 μM。Robotnikinin的纯度>98%，分子量为454.95 g/mol。该化合物也称为N-[(4-氯苯基)甲基]-2-[(2R,6S,8E)-5,12-二氧代-2-苯基-1-氧杂-4-氮杂环十二碳-8-烯-6-基]乙酰胺。Robotnikinin用于研究刺猬信号通路介导的细胞增殖、分化和组织模式形成。本产品仅供研究使用，未经批准用于临床或治疗用途。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C25H27CLN2O4
分子量
454.9459
精确质量
454.166
CAS号
1132653-79-2
PubChem CID
25109985
外观&性状
White to off-white solid powder
LogP
4.823
tPSA
84.5
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
4
可旋转键数目(RBC)
5
重原子数目
32
分子复杂度/Complexity
654
定义原子立体中心数目
2
SMILES
C\1CC(=O)O[C@@H](CNC(=O)[C@@H](C/C=C1)CC(=O)NCC2=CC=C(C=C2)Cl)C3=CC=CC=C3
InChi Key
DRDSZZCLAHXSAE-BQIDRLATSA-N
InChi Code
InChI=1S/C25H27ClN2O4/c26-21-13-11-18(12-14-21)16-27-23(29)15-20-9-5-2-6-10-24(30)32-22(17-28-25(20)31)19-7-3-1-4-8-19/h1-5,7-8,11-14,20,22H,6,9-10,15-17H2,(H,27,29)(H,28,31)/b5-2+/t20-,22-/m0/s1
化学名
N-[(4-chlorophenyl)methyl]-2-[(2R,6S,8E)-5,12-dioxo-2-phenyl-1-oxa-4-azacyclododec-8-en-6-yl]acetamide
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方，主要用于溶解难溶或不溶于水的产品（水溶度<1 mg/mL）。 建议您先取少量样品进行尝试，如该配方可行，再根据实验需求增加样品量。
注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80： Saline = 10 : 5 : 85 (如： 100 μL DMSO → 50 μL Tween 80 → 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备：将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中，得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300 ：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL DMSO → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL DMSO → 900 μL Corn oil)
示例: 以注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液，加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如：100 μL DMSO → 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备（4°C，储存1周）：将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中，得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如： 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精)→ 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如： 50 μL DMSO → 100 μL PEG300 → 200 μL Castor oil → 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10： 10 : 80 (如： 100 μL Ethanol → 100 μL Cremophor → 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL EtOH → 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL EtOH → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline)

口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 以口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中，得到0.5%CMC-Na澄清溶液；然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中，得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合

注意: 以上为较为常见方法，仅供参考， InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型，对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物，需通过前期实验来确定（建议先取少量样品进行尝试），包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。
请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.1980 mL 10.9902 mL 21.9804 mL
5 mM 0.4396 mL 2.1980 mL 4.3961 mL
10 mM 0.2198 mL 1.0990 mL 2.1980 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器
计算 重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？
  • 在分子量（MW）框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
  • 在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。
计算 重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：
  • 在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
  • 在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
  • 在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中
g/mol
计算 重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：
  • 分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
  • 摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。
/
计算 重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器（澄清溶液）
第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）
第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。
+
+
+
计算 重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

生物数据图片

  • (A) A snapshot from an MM MD simulation started from a docking pose with the chlorine atom of the ligand pointing toward the Ca(II) ions (depicted in orange). The snapshot shows a configuration in which the chlorophenyl ring left the binding groove and is oriented toward the ligand's second aromatic ring instead of the Ca(II) ions. This is caused by a lack of stabilizing hydrophobic interactions with the protein as well as steric clashes and indicates that the chosen starting structure is not a stable binding mode. (B) A snapshot from an MM simulation started from the preferred docking pose. (C) Heavy atom RMSD of robotnikinin, calculated from the trajectory of the simulation shown in (A). (D) Heavy atom RMSD of robotnikinin, derived from the trajectory of the simulation shown in (B). Each frame in the RMSD plots represents 100 ps.[1].The Binding Mode of the Sonic Hedgehog Inhibitor Robotnikinin, a Combined Docking and QM/MM MD Study. Front Chem.

  • Plots of the distances between H134 and robotnikinin's macrocyclic amide group (black), ester (red), as well as the separation of H135 and the macrocyclic amide function (blue) of robotnikinin. Each frame represents a time span of 0.02 ps. (A) Core simulation. (B) Extended simulation (TZ). (C) Extended simulation (DZ).[1].The Binding Mode of the Sonic Hedgehog Inhibitor Robotnikinin, a Combined Docking and QM/MM MD Study. Front Chem.

  • (A) The most common geometry of the hydrophobic interactions between T126, H181, and robotnikinin. (B) A configuration displaying T-shaped π–π stacking of the aromatics belonging to robotnikinin and Y175, respectively. (C) The more frequent parallel-displaced stacking geometry between the chlorophenyl ring of robotnikinin and Y175 as witnessed during the QM/MM simulations.[1].The Binding Mode of the Sonic Hedgehog Inhibitor Robotnikinin, a Combined Docking and QM/MM MD Study. Front Chem.
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