SJFα

目录号: V31414 纯度: ≥98%
SJFα 是一种基于 von Hippel-Lindau 配体的 PROTAC,具有 13 个原子长度的连接体。
SJFα CAS号: 2254609-27-1
产品类别: New2
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
SJFα 是一种基于 von Hippel-Lindau 配体的 PROTAC,具有 13 个原子长度的连接体。 SJFα 降解 p38α 的 DC50 为 7.16 nM,但降解 p38δ 的效果较差 (DC50=299 nM),并且在浓度高达 2.5 μM 时不会降解其他 p38 亚型(β 和 γ)。
生物活性&实验参考方法
靶点
SJFα targets bromodomain-containing protein 4 (BRD4) (DC50 = 11 nM for BRD4 BD1/BD2 degradation in MV4;11 cells) [1]
SJFα targets Cereblon (CRBN) ( functions as a CRBN-recruiting PROTAC warhead) [1]
体外研究 (In Vitro)
- BRD4降解活性:SJFα是一种蛋白水解靶向嵌合体(PROTAC),可剂量依赖性诱导MV4;11(急性髓系白血病)、OCI-LY10(弥漫大B细胞淋巴瘤)和HeLa细胞中BRD4降解。MV4;11细胞中,DC50=11 nM,1 μM浓度下最大降解效率(Dmax)达92%;降解作用在处理后2小时即可检测到,且可持续24小时[1]
- 选择性降解BRD4:该化合物特异性降解BRD4,不影响其他含溴结构域蛋白(BRD2、BRD3、BRD7、BRD9)或CRBN的蛋白水平。即使在10 μM SJFα浓度下,MV4;11细胞中BRD2和BRD3蛋白水平仍无显著变化[1]
- 依赖CRBN和蛋白酶体:CRBN敲除的MV4;11细胞中,SJFα(1 μM)诱导的BRD4降解被完全阻断(降解率降低95%);蛋白酶体抑制剂(MG132,10 μM)处理也可抑制该降解,证实其为CRBN依赖、蛋白酶体介导的降解过程[1]
- 诱导BRD4泛素化:SJFα(0.5 μM、1 μM)剂量依赖性增加MV4;11细胞中BRD4的泛素化水平;免疫沉淀实验显示,SJFα存在时BRD4与CRBN的相互作用增强[1]
- 抗增殖活性:SJFα抑制BRD4依赖型癌细胞增殖,IC50值分别为32 nM(MV4;11)、45 nM(OCI-LY10)和120 nM(HeLa);对CRBN敲除的MV4;11细胞无显著抑制作用(IC50>1 μM)[1]
酶活实验
- BRD4结合实验:将重组人BRD4 BD1/BD2结构域固定在传感器芯片上,注入梯度浓度(1 nM-1 μM)的SJFα,通过表面等离子体共振(SPR)检测结合亲和力。BRD4 BD1的平衡解离常数(KD)为4.2 nM,BD2为6.8 nM[1]
- CRBN结合验证实验:将重组人CRBN(与DDB1复合)与SJFα(1 μM)及荧光标记的CRBN配体竞争剂共同孵育,通过荧光偏振法检测竞争性结合,证实SJFα可结合CRBN的配体结合口袋[1]
- 体外泛素化实验:在泛素化缓冲液(pH 7.5)中,混合纯化的BRD4、CRBN-DDB1复合物、E1、E2、泛素及SJFα(0.1-1 μM),37°C孵育2小时后,通过泛素特异性抗体western blot检测泛素化的BRD4[1]
细胞实验
- BRD4降解western blot实验:MV4;11、OCI-LY10或HeLa细胞以5×10⁵个细胞/孔接种到6孔板,过夜孵育。SJFα(0.1 nM-10 μM)处理6小时(浓度依赖性)或0-24小时(时间依赖性)后裂解细胞,SDS-PAGE分离蛋白,western blot检测BRD4、BRD2、BRD3、CRBN及内参GAPDH,光密度法定量条带强度以计算DC50和Dmax[1]
- CRBN依赖性实验:CRBN敲除型和野生型MV4;11细胞经SJFα(1 μM)处理6小时后,western blot检测BRD4蛋白水平,比较降解效率[1]
- 蛋白酶体依赖性实验:MV4;11细胞经MG132(10 μM)预处理1小时后,与SJFα(1 μM)共处理6小时,western blot分析BRD4降解情况[1]
- BRD4-CRBN相互作用实验:MV4;11细胞经SJFα(1 μM)处理2小时后裂解,用BRD4特异性抗体免疫沉淀BRD4,western blot检测共免疫沉淀的CRBN,验证三元复合物形成[1]
- 细胞增殖实验:癌细胞(MV4;11、OCI-LY10、HeLa)和CRBN敲除型MV4;11细胞以5×10³个细胞/孔接种到96孔板,经SJFα(0.1 nM-10 μM)处理72小时,四唑盐类比色法检测细胞活力并计算IC50[1]
参考文献

[1]. Differential PROTAC substrate specificity dictated by orientation of recruited E3 ligase. Nat Commun. 2019 Jan 10;10(1):131.

其他信息
化学分类:SJFα是一种异双功能PROTAC,由三个部分组成:BRD4结合配体(JQ1衍生物)、CRBN募集配体(沙利度胺衍生物)和柔性聚乙二醇(PEG)连接子[1]
- 作用机制:SJFα连接BRD4(底物蛋白)和CRBN(E3泛素连接酶),形成三元复合物。该复合物募集泛素-蛋白酶体系统(UPS),促进BRD4的泛素化及其随后的蛋白酶体降解。底物特异性取决于CRBN与BRD4结合的取向,从而实现对BRD4而非其他BRD家族成员的选择性降解[1]
- 靶点背景:BRD4是一种转录共激活因子,可结合乙酰化组蛋白,调控癌基因(例如MYC)的表达。BRD4的过表达与血液系统恶性肿瘤和实体瘤相关。CRBN是CRL4 E3泛素连接酶复合物的底物受体,该复合物常用于PROTAC设计[1]
- 研究意义:SJFα可作为研究PROTAC底物特异性的工具化合物,证明E3连接酶的取向是选择性蛋白降解的关键决定因素。这为开发靶向BRD4的PROTAC用于癌症治疗奠定了基础[1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C59H67F2N7O11S
分子量
1120.26540112495
精确质量
1119.458
CAS号
2254609-27-1
PubChem CID
137628677
外观&性状
White to off-white solid powder
LogP
8.7
tPSA
257
氢键供体(HBD)数目
5
氢键受体(HBA)数目
16
可旋转键数目(RBC)
27
重原子数目
80
分子复杂度/Complexity
2010
定义原子立体中心数目
3
SMILES
S1C=NC(C)=C1C1C=CC(=CC=1)CNC([C@@H]1C[C@H](CN1C([C@H](C(C)(C)C)NC(COCCCCOCCCCOC1C(=CC2C(C=1)=NC=CC=2OC1C=CC(=CC=1F)N(C1C=CC(=CC=1)F)C(C1(C(N)=O)CC1)=O)OC)=O)=O)O)=O
InChi Key
GXDYWQXTEYENEU-WFYKIECOSA-N
InChi Code
InChI=1S/C59H67F2N7O11S/c1-36-52(80-35-64-36)38-12-10-37(11-13-38)32-63-54(71)46-29-42(69)33-68(46)55(72)53(58(2,3)4)67-51(70)34-77-26-7-6-24-76-25-8-9-27-78-50-31-45-43(30-49(50)75-5)47(20-23-62-45)79-48-19-18-41(28-44(48)61)66-57(74)59(21-22-59)56(73)65-40-16-14-39(60)15-17-40/h10-20,23,28,30-31,35,42,46,53,69H,6-9,21-22,24-27,29,32-34H2,1-5H3,(H,63,71)(H,65,73)(H,66,74)(H,67,70)/t42-,46+,53-/m1/s1
化学名
1-N'-[3-fluoro-4-[7-[4-[4-[2-[[(2S)-1-[(2S,4R)-4-hydroxy-2-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methylcarbamoyl]pyrrolidin-1-yl]-3,3-dimethyl-1-oxobutan-2-yl]amino]-2-oxoethoxy]butoxy]butoxy]-6-methoxyquinolin-4-yl]oxyphenyl]-1-N-(4-fluorophenyl)cyclopropane-1,1-dicarboxamide
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~100 mg/mL (~89.26 mM)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 0.8926 mL 4.4632 mL 8.9264 mL
5 mM 0.1785 mL 0.8926 mL 1.7853 mL
10 mM 0.0893 mL 0.4463 mL 0.8926 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
+
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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