SMARCA-BD ligand 1 for Protac

别名: 2-(6-氨基-5-(哌嗪-1-基)哒嗪-3-基)苯酚

目录号: V31948 纯度: ≥98%

COA 产品数据产品说明书 SDS

Protac 的 SMARCA-BD 配体 1 是一种与 BAF ATP 酶亚基 SMARCA2 结合的化合物，基于 PROTAC 技术来降解 SMARCA2。

SMARCA-BD ligand 1 for Protac CAS号: 1997319-92-2
产品类别: New2

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Nature 2025, 643(8070):192-200.

Nature 2024 Dec 18.

Nature 2021, 597(7874):119-125.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

Science Adv 2022: 8, eabm9427.

Nat Neurosci 2024, 27:1468-1474.

Science Adv 2025, 11(33):eadr5199.

Nat Metab 2024, 6: 1108-1127.

Cell Stem Cell 2024, 31:106-126.e13.

Nature 597, 119–125 (2021)

Cell Stem Cell 2020,26(6):845-861.e12.

Science Trans Med 2023,15(701):eadd7872.

STTT 2023,8(1):91.

Cell Reports 2023,42(4):112313

Science Trans Med 2023, 15: eadd7872.

Cancer Cell 2021,39(4):529-547.e7.

Cancer Discov 2022,12(4):1106-1127.

Immunity 2023,56(3):620-634.e11.

Immunity 2024,57:2651-2668.e12.

J Am Chem Soc 2022,144:21831-21836.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

Science Adv 2022:8,eabm9427.

Nature 2021,597(7874):119-125.

Cell 2020,183:1202-1218.e25.

PNAS Nexus 2022,1(3):pgac063.

ACS Nano 2023,17(10):9110-9125.

Biomaterial 2023 Sep16:302:122333.

产品描述
生物活性&实验参考方法
化学信息
溶解度数据
计算器
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产品描述

Protac 的 SMARCA-BD 配体 1 是一种与 BAF ATP 酶亚基 SMARCA2 结合的化合物，基于 PROTAC 技术来降解 SMARCA2。

生物活性&实验参考方法

靶点	SMARCA2 Bromodomain 1 (SMARCA2 BD1) (Ki = 0.12 μM, ITC; Ki = 0.11 μM, AlphaScreen) [1] SMARCA4 Bromodomain 1 (SMARCA4 BD1) (Ki = 0.15 μM, ITC; Ki = 0.13 μM, AlphaScreen) [1] Other bromodomains (BRD4 BD1, BRD2 BD1, BRD3 BD1, BRD9 BD) (Ki > 10 μM, AlphaScreen) [1]
体外研究 (In Vitro)	SMARCA溴结构域配体1（SMARCA-BD ligand 1 for Protac）是基于结构设计的高亲和力、高选择性配体，靶向BAF染色质重塑复合物的关键亚基——SMARCA2和SMARCA4的溴结构域1（BD1）。 [1] 对SMARCA2 BD1和SMARCA4 BD1具有强效结合活性：等温滴定量热（ITC）实验证实直接结合，Ki值分别为0.12 μM（SMARCA2 BD1）和0.15 μM（SMARCA4 BD1）；AlphaScreen实验得到一致的Ki值，分别为0.11 μM和0.13 μM。 [1] 具有优异的亚型选择性：对其他溴结构域（如BRD4 BD1、BRD2 BD1、BRD3 BD1、BRD9 BD）的结合亲和力可忽略（Ki > 10 μM），对SMARCA BD1相对于非靶标溴结构域的选择性比值>80倍。 [1] 作为SMARCA BD1与乙酰化赖氨酸（Kac）结合的竞争性抑制剂：AlphaScreen溴结构域-肽竞争实验显示，SMARCA溴结构域配体1（SMARCA-BD ligand 1 for Protac）以剂量依赖性方式置换SMARCA2/4 BD1与乙酰化肽的结合，证实其结合于溴结构域的经典乙酰赖氨酸识别口袋。 [1]
酶活实验	SMARCA溴结构域结合亲和力的等温滴定量热（ITC）实验：将重组SMARCA2 BD1或SMARCA4 BD1蛋白在缓冲液体系中透析平衡后，放入ITC样品池；将溶于相同缓冲液的SMARCA溴结构域配体1（SMARCA-BD ligand 1 for Protac）通过连续注射滴定至样品池，记录每次结合事件产生的热变化，将数据拟合至单点结合模型，计算解离常数（Ki）、焓变（ΔH）和熵变（ΔS）。 [1] 溴结构域-肽竞争的AlphaScreen实验：使用链霉亲和素包被的供体微珠和抗GST的受体微珠。将GST标签化的SMARCA BD1蛋白与生物素化乙酰赖氨酸（Kac）肽及系列稀释的SMARCA溴结构域配体1（SMARCA-BD ligand 1 for Protac）在室温下孵育1小时，加入供体和受体微珠继续孵育后，检测AlphaScreen信号（发光强度），量化配体对BD1-Kac肽相互作用的抑制作用，从量效关系曲线推导Ki值。 [1] 结合动力学的表面等离子体共振（SPR）实验：将SMARCA2 BD1或SMARCA4 BD1蛋白共价固定在传感芯片上，将SMARCA溴结构域配体1（SMARCA-BD ligand 1 for Protac）以系列浓度（0.01 μM-10 μM）恒定流速注入芯片表面，通过拟合实时共振信号曲线至1:1结合模型，计算结合速率常数（ka）、解离速率常数（kd）和平衡解离常数（KD = Ki）。 [1]
细胞实验	细胞内SMARCA溴结构域结合验证实验：HEK293T细胞瞬时转染GST标签化SMARCA2 BD1或SMARCA4 BD1表达质粒，24小时后用1 μM SMARCA溴结构域配体1（SMARCA-BD ligand 1 for Protac）处理4小时。制备细胞裂解液，与谷胱甘肽微珠孵育以下拉GST-SMARCA BD1，洗涤微珠后通过LC-MS/MS分析检测结合的配体，证实细胞内结合活性。 [1] 溴结构域选择性细胞实验：对表达不同GST标签化溴结构域（SMARCA2 BD1、SMARCA4 BD1、BRD4 BD1、BRD2 BD1）的细胞，按上述方法用1 μM SMARCA溴结构域配体1（SMARCA-BD ligand 1 for Protac）处理，通过GST下拉结合LC-MS/MS定量配体与各溴结构域的结合，证实其对SMARCA BD1的选择性细胞内结合。 [1]
参考文献	[1]. BAF complex vulnerabilities in cancer demonstrated via structure-based PROTAC design. Nat Chem Biol. 2019 Jul;15(7):672-680.
其他信息	SMARCA-BD配体1（Protac）是一种基于结构的分子设计化合物，通过虚拟筛选和药物化学优化开发而成，靶向SMARCA2和SMARCA4的溴结构域1 (BD1)——SMARCA2和SMARCA4是哺乳动物SWI/SNF (BAF)染色质重塑复合物的核心亚基。[1] BAF复合物在多种癌症（例如卵巢癌、肺癌、滑膜肉瘤）中经常发生突变或失调，因此SMARCA2/4是极具吸引力的治疗靶点。SMARCA-BD配体1（Protac）可作为高选择性靶向载体，用于构建PROTAC分子，PROTAC分子可诱导SMARCA2/4的泛素化和蛋白酶体降解。 [1] 该配体的结合模式通过X射线晶体衍射表征：它占据SMARCA BD1的乙酰赖氨酸识别口袋，与保守残基（例如SMARCA2中的Asn156）形成关键的氢键，并与口袋中的芳香族残基发生疏水相互作用，这赋予了它高亲和力和选择性。[1] 与完整的PROTAC分子不同，Protac的SMARCA-BD配体1本身并不诱导SMARCA2/4降解或表现出抗增殖活性；其主要功能是特异性靶向SMARCA BD1，使PROTAC能够募集E3泛素连接酶（例如CRBN）至BAF复合物，从而选择性降解SMARCA亚基。[1]

*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性

化学信息 & 存储运输条件

分子式	C14H17N5O
分子量	271.32
精确质量	271.143
CAS号	1997319-92-2
PubChem CID	137045944
外观&性状	Light yellow to light brown solid powder
LogP	0.3
tPSA	87.3
氢键供体(HBD)数目	3
氢键受体(HBA)数目	6
可旋转键数目(RBC)	2
重原子数目	20
分子复杂度/Complexity	310
定义原子立体中心数目	0
SMILES	C1CN(CCN1)C2=CC(=NN=C2N)C3=CC=CC=C3O
InChi Key	SZKHGLTYXIDOFH-UHFFFAOYSA-N
InChi Code	InChI=1S/C14H17N5O/c15-14-12(19-7-5-16-6-8-19)9-11(17-18-14)10-3-1-2-4-13(10)20/h1-4,9,16,20H,5-8H2,(H2,15,18)
化学名	2-(6-amino-5-piperazin-1-ylpyridazin-3-yl)phenol
HS Tariff Code	2934.99.9001
存储方式	Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month
运输条件	Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)

溶解度数据

溶解度 (体外实验)	May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)	注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方，主要用于溶解难溶或不溶于水的产品（水溶度<1 mg/mL）。建议您先取少量样品进行尝试，如该配方可行，再根据实验需求增加样品量。注射用配方 (IP/IV/IM/SC等) 注射用配方1: DMSO : Tween 80： Saline = 10 : 5 : 85 (如： 100 μL DMSO → 50 μL Tween 80 → 850 μL Saline) 生理盐水/Saline的制备：将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中，得到澄清溶液。注射用配方 2:* DMSO : PEG300 ：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL DMSO → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline) 注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL DMSO → 900 μL Corn oil) 示例: 以注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液，加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。 View More 注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如：100 μL DMSO → 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)] 20% SBE-β-CD in Saline的制备（4°C，储存1周）：将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中，得到澄清溶液。注射用配方 5:* 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如： 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精)→ 500 μL Saline) 注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如： 50 μL DMSO → 100 μL PEG300 → 200 μL Castor oil → 650 μL Saline) 注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10： 10 : 80 (如： 100 μL Ethanol → 100 μL Cremophor → 800 μL Saline) 注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL EtOH → 900 μL Corn oil) 注射用配方 10: EtOH : PEG300：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL EtOH → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline) 口服配方口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠) 口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素) 示例: 以口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中，得到0.5%CMC-Na澄清溶液；然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中，得到悬浮液。 View More 口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400) 口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素) 口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素) 口服配方 6: 做成粉末与食物混合注意: 以上为较为常见方法，仅供参考， InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型，对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物，需通过前期实验来确定（建议先取少量样品进行尝试），包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

溶解度 (体外实验)

May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples

溶解度 (体内实验)

注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方，主要用于溶解难溶或不溶于水的产品（水溶度<1 mg/mL）。建议您先取少量样品进行尝试，如该配方可行，再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)

注射用配方1: DMSO : Tween 80： Saline = 10 : 5 : 85 (如： 100 μL DMSO → 50 μL Tween 80 → 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备：将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中，得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300 ：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL DMSO → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL DMSO → 900 μL Corn oil)
示例: 以注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液，加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。

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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如：100 μL DMSO → 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备（4°C，储存1周）：将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中，得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如： 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精)→ 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如： 50 μL DMSO → 100 μL PEG300 → 200 μL Castor oil → 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10： 10 : 80 (如： 100 μL Ethanol → 100 μL Cremophor → 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL EtOH → 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL EtOH → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline)

口服配方

口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 以口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中，得到0.5%CMC-Na澄清溶液；然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中，得到悬浮液。

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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合

注意: 以上为较为常见方法，仅供参考， InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型，对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物，需通过前期实验来确定（建议先取少量样品进行尝试），包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案：
1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL；
3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们;
7、以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。

制备储备液		1 mg	5 mg	10 mg
	1 mM	3.6857 mL	18.4284 mL	36.8568 mL
	5 mM	0.7371 mL	3.6857 mL	7.3714 mL
	10 mM	0.3686 mL	1.8428 mL	3.6857 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;

4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。

计算器

质量

浓度

体积

分子量*

计算重置

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度，具体如下：

计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度

参见示例

使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示：
假如化合物的分子量为350.26 g/mol，在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少？

在分子量（MW）框中输入350.26
在“浓度”框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在“体积”框中输入5，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式，您可以计算体积和浓度。

浓度 (起始)

体积 (起始)

浓度 (终)

体积 (终)

计算重置

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如，可以输入C1、C2和V2来计算V1，具体如下：

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液？
使用方程式C1V1=C2V2，其中C1=10mM，C2=25μM，V2=25 ml，V1未知：

在C1框中输入10，然后选择正确的单位（mM）
在C2框中输入25，然后选择正确的单位（μM）
在V2框中输入25，然后选择正确的单位（mL）
单击“计算”按钮
答案62.5μL（0.1 ml）出现在V1框中

分子式

分子量

g/mol

计算重置

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成，具体如下：

注：化学分子式大小写敏感：C12H18N3O4 c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量（分子量）的说明：

要计算化合物的分子量 (摩尔质量)，请输入化学/分子式，然后单击“计算”按钮。

分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义：

分子质量（或分子量）是一种物质的一个分子的质量，用统一的原子质量单位（u）表示。（1u等于碳-12中一个原子质量的1/12）
摩尔质量（摩尔重量）是一摩尔物质的质量，以g/mol表示。

配液体积

质量

配液浓度

计算重置

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
单击“计算”按钮
答案显示在体积框中

动物体内实验配方计算器（澄清溶液）

第一步：请输入基本实验信息（考虑到实验过程中的损耗，建议多配一只动物的药量）

给药剂量 mg/kg

动物平均体重 g

每只动物给药体积 μL

动物数量

第二步：请输入动物体内配方组成（配方适用于不溶/难溶于水的化合物），不同的产品和批次配方组成不同，如对配方有疑问，可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外，请注意这只是一个配方计算器，而不是特定产品的确切配方。

% DMSO

% Tween 80

% ddH₂O

计算重置

计算结果:

工作液浓度： mg/mL；

DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。

体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH₂O，混匀澄清。

注意： (1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。