SMYD3-IN-1

别名: SMYD3-IN1
目录号: V31762 纯度: ≥98%
SMYD3-IN-1 (compound 29) 是一种不可逆的选择性 SMYD3 抑制剂,IC50 为 11.7 nM。
SMYD3-IN-1 CAS号: 2095160-79-3
产品类别: New2
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
SMYD3-IN-1(化合物 29)是 SMYD3 的不可逆选择性抑制剂,IC50 为 11.7 nM。
SMYD3-IN-1(化合物 29)是一种不可逆且选择性的 SMYD3(SET 和 MYND 结构域蛋白 3)抑制剂。其分子式为 C2₈H31ClN4O3,分子量为 507.02 g/mol,IC₅0 值为 11.7 nM。SMYD3 是一种组蛋白甲基转移酶,可催化组蛋白 H3 (H3K4) 和非组蛋白底物的赖氨酸甲基化。通过阻断 SMYD3 的活性,该化合物可作为研究 SMYD3 在基因调控、癌症和其他疾病中作用的重要工具。
生物活性&实验参考方法
靶点
The primary target of SMYD3-IN-1 is SMYD3 (SET and MYND domain containing 3), a histone methyltransferase that catalyzes the methylation of lysine 4 on histone H3 (H3K4) and also methylates non-histone substrates. SMYD3 plays a critical role in gene regulation by modulating chromatin structure and transcription. It is overexpressed in various cancers and has been implicated in tumor progression. SMYD3-IN-1 acts as an irreversible and selective inhibitor of SMYD3 with an IC₅0 of 11.7 nM. By irreversibly inhibiting SMYD3, the compound provides sustained suppression of its enzymatic activity, making it a valuable tool for studying SMYD3 biology.
体外研究 (In Vitro)
体外研究表明,SMYD3-IN-1 是一种不可逆且选择性的 SMYD3 抑制剂,IC₅0 值为 11.7 nM。该化合物能有效抑制 SMYD3 介导的组蛋白 H3K4 甲基化以及非组蛋白底物的甲基化。其不可逆的作用机制使其能够持续抑制 SMYD3 的活性。SMYD3-IN-1 可作为研究工具,用于研究 SMYD3 在基因调控、癌症及其他疾病中的作用。该化合物对 SMYD3 相对于其他甲基转移酶的选择性是其活性特征的关键所在。
体内研究 (In Vivo)
由于SMYD3-IN-1主要用作细胞和生化分析的研究工具,因此其体内研究较为有限。然而,鉴于其对SMYD3具有强效且选择性的抑制作用(IC₅0为11.7 nM),该化合物可能具有在SMYD3依赖性疾病(例如癌症)动物模型中进行体内疗效研究的潜力。SMYD3在多种癌症中过度表达,并与肿瘤进展密切相关。需要进一步研究以评估其药代动力学特性、生物利用度和体内疗效。
酶活实验
对于体外酶/受体结合试验,SMYD3-IN-1 的评估采用甲基转移酶活性测定法,该方法可测量 SMYD3 介导的组蛋白 H3 或其他底物的甲基化。将该化合物与重组 SMYD3 酶、S-腺苷甲硫氨酸 (SAM) 和不同浓度的底物一起孵育。通过放射性测定法、荧光法或 ELISA 法测量甲基掺入底物的量来定量 SMYD3 活性。IC₅0 值由剂量反应曲线确定。可通过透析或稀释实验来确认抑制作用的不可逆性。还可以进行针对其他甲基转移酶的选择性分析。
细胞实验
在体外细胞实验中,我们使用表达SMYD3的细胞系测试SMYD3-IN-1,以评估其对组蛋白甲基化和基因表达的影响。将细胞培养于合适的培养基中,并用不同浓度的化合物(通常为纳摩尔至微摩尔浓度)处理。采用Western blotting或质谱法检测组蛋白H3K4甲基化水平。通过qPCR或RNA测序分析基因表达变化。使用标准方法评估细胞活力、增殖和凋亡。进一步研究该化合物对SMYD3依赖性细胞过程的影响。
动物实验
对于体内动物实验,SMYD3-IN-1 可通过多种途径给药,包括灌胃、静脉注射或腹腔注射,具体取决于其溶解度和药代动力学特性。该化合物的疗效可在 SMYD3 过表达的肿瘤模型或其他 SMYD3 发挥作用的疾病模型中进行评估。典型的给药方案为每日或间歇性给药,剂量范围为 1 至 50 mg/kg。在组织中检测组蛋白 H3K4 甲基化水平等药效学标志物。同时监测肿瘤体积、体重和整体健康状况。
药代性质 (ADME/PK)
公开文献中对SMYD3-IN-1的药代动力学特性描述尚不详尽。作为一种分子量为507.02 g/mol的小分子,它可能具有良好的口服生物利用度和组织分布。氯的存在可能会影响其代谢稳定性和清除率。需要通过全面的药代动力学研究来确定Cₘₐₓ、Tₘₐₓ、AUC、半衰期和清除率等详细参数。该化合物的蛋白结合、代谢和排泄途径仍有待充分阐明。可能需要进行制剂开发以实现最佳的体内给药效果。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
由于SMYD3-IN-1主要是一种研究工具,因此其毒理学数据有限。作为一种不可逆的SMYD3抑制剂,其毒性取决于SMYD3对正常细胞功能的重要性。SMYD3是一种组蛋白甲基转移酶,参与基因调控,抑制SMYD3可能影响染色质结构和基因表达。需要进行全面的毒理学研究以支持其进一步开发。处理该化合物时应采取适当的安全预防措施,包括使用个人防护装备并遵守机构安全指南。
参考文献

[1]. Discovery of Irreversible Inhibitors Targeting Histone Methyltransferase, SMYD3. ACS Med Chem Lett. 2019 May 23;10(6):978-984.

其他信息
SMYD3-IN-1 是一种用于研究 SMYD3 生物学特性并评估 SMYD3 作为治疗靶点的研究化合物。目前尚未有关于该化合物作为治疗药物的临床试验或监管审批报告。该化合物仅供研究用途,可从多家化学品供应商处获得。SMYD3-IN-1 是一种不可逆且选择性的 SMYD3 抑制剂,IC₅₀ 值为 11.7 nM,可阻断 SMYD3 介导的赖氨酸甲基化。它是研究 SMYD3 在基因调控和癌症中作用的重要工具。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C28H31CLN4O3
分子量
507.02
精确质量
506.208
CAS号
2095160-79-3
PubChem CID
138911344
外观&性状
Solid powder
LogP
4.1
tPSA
88.8
氢键供体(HBD)数目
1
氢键受体(HBA)数目
5
可旋转键数目(RBC)
6
重原子数目
36
分子复杂度/Complexity
800
定义原子立体中心数目
1
SMILES
ClC1C2C(N=C(C3C=CC(C4(CC4)N)=CC=3)C=1)=CC(=CC=2)C(N1CCN(C(=O)OCCC)[C@@H](C1)C)=O
InChi Key
ROAYRCZOBGZZPK-GOSISDBHSA-N
InChi Code
InChI=1S/C28H31ClN4O3/c1-3-14-36-27(35)33-13-12-32(17-18(33)2)26(34)20-6-9-22-23(29)16-24(31-25(22)15-20)19-4-7-21(8-5-19)28(30)10-11-28/h4-9,15-16,18H,3,10-14,17,30H2,1-2H3/t18-/m1/s1
化学名
propyl (2R)-4-[2-[4-(1-aminocyclopropyl)phenyl]-4-chloroquinoline-7-carbonyl]-2-methylpiperazine-1-carboxylate
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~100 mg/mL (~197.23 mM)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.9723 mL 9.8615 mL 19.7231 mL
5 mM 0.3945 mL 1.9723 mL 3.9446 mL
10 mM 0.1972 mL 0.9862 mL 1.9723 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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