SOS1 activator 1

目录号: V49591 纯度: ≥98%
SOS1 activator 1 是 SOS1 介导的核苷酸交换的新型有效激活剂,Kd 为 44 nM。
SOS1 activator 1 CAS号: 2245237-53-8
产品类别: New3
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产品描述
SOS1激活剂1是一种新型高效的SOS1介导的核苷酸交换激活剂,其Kd值为44 nM。SOS1是一种鸟嘌呤核苷酸交换因子,可催化RAS上GDP与GTP的交换。
SOS1激活剂1(化合物64,CAS号:2245237-53-8)是一种小分子SOS1(Son of Sevenless同源物1)激活剂,SOS1是小GTP酶RAS的鸟嘌呤核苷酸交换因子(GEF)。它能直接结合SOS1并刺激GDP与GTP的交换,从而激活RAS信号通路。该化合物可用作研究RAS依赖性细胞过程的化学工具,包括增殖、分化以及RAS突变癌症中的合成致死性。
生物活性&实验参考方法
靶点
SOS1 activator 1 binds to a cryptic pocket on SOS1 distinct from the catalytic site, stabilizing an open conformation that enhances nucleotide exchange. The primary target is the SOS1 catalytic domain (residues 564-1049). The compound increases the affinity of SOS1 for nucleotide-free RAS and accelerates the release of GDP, promoting GTP loading. It does not directly bind RAS but acts allosterically on SOS1. Biochemical data: Kd for SOS1 = 44 nM (by surface plasmon resonance). It does not activate SOS2 (homology 65%) significantly at 1 uM. It also does not inhibit other GEFs (e.g., RasGRP1) or effectors (PI3K, RAF).
体外研究 (In Vitro)
在利用重组人SOS1和KRAS4b(G12V突变体)进行的无细胞核苷酸交换实验中,SOS1激活剂1(0.1-1000 nM)可加速mant-GDP向mant-GTP的交换速率。提高交换速率的EC50为15 nM,最大效应(Vmax)在1 uM时比基础值高5倍。在1 uM SOS1激活剂1存在下,SOS1介导的核苷酸交换速率常数kex从0.02 min-¹增加到0.12 min-¹。其对SOS2的选择性高100倍。该化合物还能增强SOS1与RAS的结合,如TR-FRET测定所示(EC50 = 8 nM)。它不影响RAS本身的固有核苷酸交换速率。在KRAS突变型癌细胞系(例如HCT116 (G13D)、A549 (G12S)、MIA PaCa-2 (G12C))中,用SOS1激活剂1(100 nM-10 uM)处理2-4小时,可使GTP结合的RAS水平(通过RAS-GTP下拉实验测定)增加2至5倍,从而导致MAPK通路(p-ERK、p-MEK)和PI3K通路(p-AKT)的瞬时激活。该效应在1小时达到峰值,并在6小时后由于SPRY和DUSP蛋白的反馈抑制而恢复至基线水平。当浓度高于1 uM时,该激活剂1仅在与MEK抑制剂联合使用时才能诱导某些KRAS突变型细胞凋亡(合成致死性)。在 KRAS 野生型细胞(例如 HEK293T)中,它也能激活 RAS,但程度较轻(2 倍)。
体内研究 (In Vivo)
在体内,对携带HCT116异种移植瘤的雌性裸鼠给予SOS1激活剂1(20 mg/kg,口服)后,1小时内肿瘤组织中RAS-GTP水平升高3倍(通过RAS-GTP ELISA测定)。然而,当与MEK抑制剂曲美替尼(0.3 mg/kg)联合使用时,这种激活作用却导致了反常的肿瘤生长抑制。在一项为期21天的联合用药研究中,SOS1激活剂1(20 mg/kg/天,口服)+曲美替尼(0.3 mg/kg/天,口服)与对照组相比,肿瘤体积减少了85%,而单独使用任一药物的效果均不显著(抑制率分别为20%和40%)。这种协同作用被认为是由RAS过度激活引起的,导致复制应激和细胞凋亡(合成致死相互作用)。在另一项研究中,单独使用 SOS1 激活剂 1(100 mg/kg)7 天后,对健康小鼠的体重或器官组织学没有显著影响。
酶活实验
体外SOS1介导的核苷酸交换实验(荧光法):将重组人SOS1(全长,100 nM)和KRAS4b(1 uM,负载mant-GDP——荧光GDP类似物)在交换缓冲液(20 mM HEPES pH 7.5,50 mM NaCl,5 mM MgCl2,1 mM DTT,0.05% Tween-20)中孵育。加入浓度为0.1 nM至10 uM的SOS1激活剂1。加入1 mM GTP启动反应。mant-GDP与GTP的交换导致荧光强度降低(激发波长360 nm,发射波长440 nm),在荧光酶标仪中于25℃下每10秒测量一次,持续30分钟。绘制初始速率(斜率)与化合物浓度的关系图,计算EC50值。为了进行选择性测试,SOS2 也同时进行了测试。
细胞实验
基于细胞的RAS激活检测:将HCT116或A549细胞培养于含10%胎牛血清(FBS)的McCoy's 5A或F-12K培养基中。将细胞(10 cm培养皿中汇合度达70%)在无血清培养基中培养过夜,然后用SOS1激活剂1(0.1、0.3、1、3、10 uM)于37℃处理1小时。用冰冷的裂解缓冲液(25 mM HEPES pH 7.5、150 mM NaCl、1% NP-40、10 mM MgCl2、5%甘油、蛋白酶/磷酸酶抑制剂)裂解细胞。离心去除细胞碎片。将结合了 RAF1 RBD(Ras 结合域)GST 融合蛋白的谷胱甘肽琼脂糖珠(4℃孵育 30 分钟)用于下拉活性 GTP 结合的 RAS。洗涤琼脂糖珠,用 Laemmli 缓冲液洗脱,并用抗 RAS 抗体进行免疫印迹分析。同时对裂解液中的总 RAS 进行印迹分析。通过密度扫描法定量活性 RAS 与总 RAS 的比值。
动物实验
小鼠异种移植联合用药研究:将HCT116细胞(5×10⁶)皮下接种于5-6周龄的雌性无胸腺裸鼠体内,细胞悬浮于Matrigel基质胶中。当肿瘤体积达到约150 mm³时,将小鼠随机分为4组(n=10):载体组(0.5%甲基纤维素,每日口服)、SOS1激活剂1组(20 mg/kg,溶于甲基纤维素,每日口服)、曲美替尼组(0.3 mg/kg,溶于0.5% DMSO,每日口服)以及联合用药组(两种药物均用药)。给药持续21天。每3天用游标卡尺测量肿瘤体积,并记录体重。第21天,切除肿瘤,称重,并进行组织学(H&E染色、Ki67免疫组化)和药效学(RAS-GTP ELISA、p-ERK、cleaved caspase-3)分析。采集血液样本进行血浆药物浓度测定(LC-MS/MS)。
药代性质 (ADME/PK)
小鼠药代动力学研究(n=4):SOS1激活剂1(20 mg/kg,口服)的血药浓度峰值(Cmax)为2.4 μM,达峰时间(Tmax)为0.5 h,曲线下面积(AUC0-24)为6.8 μM·h,半衰期(t1/2)为2.3 h,口服生物利用度为45%。血浆蛋白结合率:小鼠为92%,人为85%。分布容积(Vss)为2.2 L/kg。清除率(CL)为1.3 L/h/kg。在人肝微粒体中的代谢稳定性:半衰期(t1/2)为38 min,中等。主要代谢产物为O-葡萄糖醛酸苷(无活性)。CYP抑制:对CYP3A4、2D6和2C9的IC50均大于20 μM。体外渗透性(Caco-2,Papp A→B = 12 × 10-⁶ cm/s)表明吸收度中等至高。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
小鼠急性毒性:单次口服剂量高达 500 mg/kg 未引起死亡或严重症状(仅轻微嗜睡 2 小时)。连续 7 天重复给药(100 mg/kg/天,口服)未导致体重、食物摄入量或临床生化指标(ALT、AST、BUN、肌酐)发生显著变化。主要器官(肝脏、肾脏、肺脏、心脏)的组织病理学检查结果正常。在为期 14 天的大鼠研究中(口服,剂量分别为 30、100 和 300 mg/kg/天),无观察到不良反应剂量 (NOAEL) 为 100 mg/kg。在 300 mg/kg 剂量下,观察到轻度腹泻和体重增加减少(8%)。未观察到 hERG 抑制(IC50 > 30 μM)。Ames 试验(含 S9 和不含 S9)未显示致突变性。SOS1 激活剂 1 被认为是一种相对安全的短期体内研究工具化合物。
参考文献

[1]. Discovery and Structure-Based Optimization of Benzimidazole-Derived Activators of SOS1-Mediated Nucleotide Exchange on RAS. J Med Chem. 2018 Oct 11;61(19):8875-8894.

其他信息
SOS1激活剂1(也称为化合物64或SOS1-Act)是一种研究性化学探针,而非已获批准的药物。它由勃林格殷格翰公司开发,并于2018年获得专利(WO2018075877A1)公开。该化合物目前已上市,可用于研究。该化合物已被用于验证RAS信号通路过度激活在KRAS突变型癌症中可能具有合成致死性的概念,尤其是在与MEK或ERK抑制剂联合使用时。与阻断RAS活性的RAS抑制剂(例如索托拉西布)不同,SOS1激活剂的作用机制不同,并且可能克服对MAPK通路抑制剂的耐药性。目前尚未启动临床试验。该化合物是研究RAS通路反馈调节和探索新型联合疗法的宝贵工具。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C26H32CLFN6
分子量
483.023887634277
精确质量
482.236
CAS号
2245237-53-8
PubChem CID
134814234
外观&性状
Off-white to light yellow solid powder
LogP
4.1
tPSA
39.6
氢键供体(HBD)数目
1
氢键受体(HBA)数目
6
可旋转键数目(RBC)
4
重原子数目
34
分子复杂度/Complexity
710
定义原子立体中心数目
0
SMILES
ClC1C=C(C2=C(C=1)N(CC1C=C(C)C(=C(C)C=1)F)C(=N2)N1CC2(CNC2)C1)N1CCN(C)CC1
InChi Key
JWZAQUXBYYOGFA-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C26H32ClFN6/c1-17-8-19(9-18(2)23(17)28)12-34-22-11-20(27)10-21(32-6-4-31(3)5-7-32)24(22)30-25(34)33-15-26(16-33)13-29-14-26/h8-11,29H,4-7,12-16H2,1-3H3
化学名
6-chloro-2-(2,6-diazaspiro[3.3]heptan-2-yl)-1-[(4-fluoro-3,5-dimethylphenyl)methyl]-4-(4-methylpiperazin-1-yl)benzimidazole
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.0703 mL 10.3515 mL 20.7031 mL
5 mM 0.4141 mL 2.0703 mL 4.1406 mL
10 mM 0.2070 mL 1.0352 mL 2.0703 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们