5(6)-TAMRA SE

别名: 246256-50-8; Xanthylium, 9-[2-carboxy-4(or 5)-[[(2,5-dioxo-1-pyrrolidinyl)oxy]carbonyl]phenyl]-3,6-bis(dimethylamino)-, inner salt; 2,5-dioxopyrrolidin-1-yl 3',6'-bis(dimethylamino)-3-oxo-3H-spiro[2-benzofuran-1,9'-xanthene]-5-carboxylate; 2,5-dioxopyrrolidin-1-yl 3',6'-bis(dimethylamino)-3-oxo-3H-spiro[2-benzofuran-1,9'-xanthene]-6-carboxylate; MFCD30179714; 5(6)-TAMRASE; 5(6)-羧基四甲基罗丹明琥珀酰亚胺酯
目录号: V31239 纯度: ≥98%
5(6)-TAMRA SE 是一种荧光染料试剂,可结合寡核苷酸,可用于 DNA 测序。
5(6)-TAMRA SE CAS号: 246256-50-8
产品类别: New2
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
5mg
10mg
50mg
100mg
250mg
Other Sizes

Other Forms of 5(6)-TAMRA SE:

  • 5(6)-羧基四甲基罗丹明
  • NHS-5(6)Carboxyrhodamine
点击了解更多
InvivoChem产品被CNS等顶刊论文引用
纯度/质量控制文件

纯度: =97.04%

产品描述
5(6)-TAMRA SE 是一种荧光染料试剂,可结合寡核苷酸,可用于 DNA 测序。其Ex/Em 为 565/580 nm.
生物活性&实验参考方法
靶点
Fluorescent dye
体外研究 (In Vitro)
母液准备:
1. 蛋白准备
为获得最佳标记效果,请将蛋白(抗体)浓度调整为 2 mg/mL。
1) 蛋白溶液的 pH 值应为 8.5 ± 0.5。若 pH 低于 8.0,请使用 1 M 碳酸氢钠溶液进行调整。
2) 若蛋白浓度低于 2 mg/mL,标记效率将显著降低。建议最终蛋白浓度控制在 2–10 mg/mL 范围内,以获得最佳标记效率。
3) 蛋白应置于不含伯胺(如 Tris、甘氨酸)及铵离子的缓冲液中,否则可能影响标记效率。

2. 染料准备
使用无水 DMSO 将 5(6)-TAMRA SE 染料溶解,配制成 10 mM 储备液。通过玻璃管或涡旋振荡充分混匀。

3. 染料工作液用量计算
标记反应中所需的 5(6)-TAMRA SE 染料用量取决于待标记蛋白的量。5(6)-TAMRA SE 染料与蛋白的最佳摩尔比约为 10。
示例:如需标记 500 μL 浓度为 2 mg/mL 的 IgG(分子量 150,000),将 1 mg 5(6)-TAMRA SE 染料溶于 100 μL DMSO 中,则所需 5(6)-TAMRA SE 体积为 3.53 μL。具体计算步骤如下:
1) mmol(IgG)= mg/mL(IgG)× mL(IgG)/ MW(IgG)= 2 mg/mL × 0.5 mL / 150,000 mg/mmol = 6.7×10⁻⁶ mmol
2) mmol(5(6)-TAMRA SE)= mmol(IgG)× 10 = 6.7×10⁻⁶ mmol × 10 = 6.7×10⁻⁵ mmol
3) μL(5(6)-TAMRA SE)= mmol(5(6)-TAMRA SE)× MW(5(6)-TAMRA SE)/ mg/μL(5(6)-TAMRA SE)= 6.7×10⁻⁵ mmol × 527.53 mg/mmol / 0.01 mg/μL = 3.53 μL
使用方法
1. 标记反应
1) 取按计算体积新鲜配制的 10 mg/mL 5(6)-TAMRA SE 染料,缓慢加入 0.5 mL 蛋白样品溶液中,轻轻混匀,短暂离心使样品聚集于反应管底部。切忌剧烈混合,以免蛋白变性失活。
2) 将反应管置于避光处,室温下轻轻摇晃孵育 60 分钟。每隔 10–15 分钟,将反应管轻轻颠倒几次,使两种反应物充分混合,提高标记效率。

2. 蛋白纯化脱盐
以下方案以使用 Sephadex G-25 柱纯化染料-蛋白偶联物为例。
1) 按照生产说明书制备 Sephadex G-25 柱。
2) 将反应混合物加至 Sephadex G-25 色谱柱顶部。
3) 当样品流至顶部树脂表面下方时,立即加入 PBS(pH 7.2–7.4)。
4) 继续加入适量 PBS(pH 7.2–7.4),完成柱纯化。收集含有目标染料-蛋白偶联物的组分。
细胞实验
细菌标记及浓度监测实验:从含水层分离的两株细菌培养至对数中期,用磷酸盐缓冲液(PBS)洗涤两次以去除培养基成分。5(6)-四甲基罗丹明琥珀酰亚胺酯(5(6)-TAMRA SE)溶解于二甲基亚砜(DMSO)制备储备液,再用PBS稀释至终浓度10 μM。细菌悬液(1×10⁶ CFU/mL)与染料溶液混合,25°C避光孵育30分钟。通过三轮离心-重悬于PBS的步骤去除未结合的染料。标记后的细菌采用荧光显微镜和流式细胞仪检测,激发波长544 nm,发射波长572 nm,可同时近实时监测两株细菌的浓度 [1]
肽段标记及聚合物掺入实验:含游离氨基的合成肽段溶解于0.1 M碳酸氢钠缓冲液(pH 8.5)中。按染料与肽段摩尔比3:1加入5(6)-四甲基罗丹明琥珀酰亚胺酯(5(6)-TAMRA SE)的DMSO储备液,室温避光搅拌反应2小时。加入1 M甘氨酸溶液(反应体积的10%)孵育30分钟终止反应。标记后的肽段经凝胶过滤层析和反相高效液相色谱(HPLC)纯化,去除未反应的染料和副产物。通过紫外-可见光谱和质谱法确认标记效率,标记后的肽段在激发后于572 nm处呈现特征荧光 [2]
参考文献

[1]. Application of a vital fluorescent staining method for simultaneous, near-real-time concentration monitoring of two bacterial strains in an Atlantic coastal plain aquifer in Oyster, Virginia. Appl Environ Microbiol. 2004 Mar;70(3):1680-7.

[2]. Labelling peptides with fluorescent probes for incorporation into degradable polymers. Eur J Pharm Biopharm. 1998 May;45(3):265-73.

[3]. Design and synthesis of new acid cleavable linkers for DNA sequencing by synthesis. Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids. 2014;33(12):774-85.

其他信息
5(6)-TAMRA SE(5(6)-羧基四甲基罗丹明琥珀酰亚胺酯)是一种荧光染料衍生物,以5-和6-异构体的混合物形式存在[1][2]
它含有一个琥珀酰亚胺酯(SE)官能团,该官能团可与生物分子(例如细菌表面蛋白、肽氨基末端)的伯氨基(-NH₂)发生共价反应,形成稳定的酰胺键,从而实现荧光标记[1][2]
其主要荧光特性包括激发波长约为544 nm,发射波长约为572 nm,具有高荧光量子产率和光稳定性,适用于长期监测和检测[1][2]
由于其强荧光和稳定的偶联作用,典型应用包括环境监测中的微生物标记、用于聚合物掺入的肽/蛋白质标记以及生物分子示踪[1][2]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C29H25N3O7
分子量
527.5247
精确质量
527.169
CAS号
246256-50-8
相关CAS号
5(6)-TAMRA;98181-63-6;NHS-5(6)Carboxyrhodamine;150408-83-6
PubChem CID
92044448
外观&性状
Purple to purplish red solid powder
LogP
3.545
tPSA
105.69
氢键供体(HBD)数目
0
氢键受体(HBA)数目
18
可旋转键数目(RBC)
10
重原子数目
78
分子复杂度/Complexity
1960
定义原子立体中心数目
0
SMILES
CN(C)C1=CC2=C(C=C1)C3(C4=C(C=C(C=C4)C(=O)ON5C(=O)CCC5=O)C(=O)O3)C6=C(O2)C=C(C=C6)N(C)C.CN(C)C1=CC2=C(C=C1)C3(C4=C(O2)C=C(C=C4)N(C)C)C5=C(C=CC(=C5)C(=O)ON6C(=O)CCC6=O)C(=O)O3
InChi Key
UWQYEQKHQZYMMZ-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/2C29H25N3O7/c1-30(2)17-6-9-21-23(14-17)37-24-15-18(31(3)4)7-10-22(24)29(21)20-8-5-16(13-19(20)28(36)38-29)27(35)39-32-25(33)11-12-26(32)34;1-30(2)17-6-9-20-23(14-17)37-24-15-18(31(3)4)7-10-21(24)29(20)22-13-16(5-8-19(22)28(36)38-29)27(35)39-32-25(33)11-12-26(32)34/h2*5-10,13-15H,11-12H2,1-4H3
化学名
(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) 3',6'-bis(dimethylamino)-1-oxospiro[2-benzofuran-3,9'-xanthene]-5-carboxylate;(2,5-dioxopyrrolidin-1-yl) 3',6'-bis(dimethylamino)-3-oxospiro[2-benzofuran-1,9'-xanthene]-5-carboxylate
别名
246256-50-8; Xanthylium, 9-[2-carboxy-4(or 5)-[[(2,5-dioxo-1-pyrrolidinyl)oxy]carbonyl]phenyl]-3,6-bis(dimethylamino)-, inner salt; 2,5-dioxopyrrolidin-1-yl 3',6'-bis(dimethylamino)-3-oxo-3H-spiro[2-benzofuran-1,9'-xanthene]-5-carboxylate; 2,5-dioxopyrrolidin-1-yl 3',6'-bis(dimethylamino)-3-oxo-3H-spiro[2-benzofuran-1,9'-xanthene]-6-carboxylate; MFCD30179714; 5(6)-TAMRASE;
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: (1). 本产品在运输和储存过程中需避光。  (2). 氮气保护,产品对湿气敏感,尽量减少暴露在空气中,避免反复的进出冰箱导致水汽凝结产生的影响
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO : ~10 mg/mL (~18.96 mM)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
View More

注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
View More

口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.8957 mL 9.4783 mL 18.9566 mL
5 mM 0.3791 mL 1.8957 mL 3.7913 mL
10 mM 0.1896 mL 0.9478 mL 1.8957 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
+
+
+

计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

相关产品
联系我们