| 规格 | 价格 | |
|---|---|---|
| 500mg | ||
| 1g | ||
| Other Sizes |
| 靶点 |
BRD4 (DC50 = 0.15 nM); bivalent glue
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|---|---|
| 体外研究 (In Vitro) |
- IBG1 可有效降解BRD4，其半数降解浓度 (DC50) 为 0.15 nM，并在多种癌细胞系中显示出显著的生长抑制作用。 [1]
- 在HEK293细胞中，使用 IBG1 处理6小时，与BRD3相比，可强效且特异性地降解BRD2和BRD4，此结果通过免疫印迹法得到量化。 [1] - 在KBM7细胞中，使用 1 nM IBG1 处理6小时后的全蛋白质组变化显示，BRD2和BRD4被特异性降解。 [1] - 蛋白酶体抑制剂MG132和拟素化抑制剂MLN4924阻断了 IBG1 诱导的BET蛋白降解和/或泛素化，表明该化合物通过CRL介导的泛素化和蛋白酶体降解发挥作用。 [1] - IBG1 的功能不依赖于DCAF15。相反，鉴定出CRL4-DCAF16复合体的成员（CUL4A、RBX1、DDB1和DCAF16）是 IBG1 功能所必需的。敲除或敲低CRL4-DCAF16复合体亚基可阻止BRD4-BFP以及内源性BRD2和BRD4的降解。 [1] - 敲除DCAF16阻止了 IBG1 诱导的细胞凋亡，并导致KBM7细胞的耐受性增强。 [1] - 含有磺酰胺部分截短的 IBG1 片段（化合物1e-g）尽管能有效结合BRD4，但不能促进BRD4降解，这表明E7820部分对于 IBG1 的活性是必需的。 [1] - 在使用BRD4-BFP报告基因KBM7细胞系的细胞试验中，分离的BRD4溴结构域（BD1和BD2）不被 IBG1 降解，而同时包含两个溴结构域的构建体（BRD4Tandem）则足以被降解。 [1] - 通过将天冬酰胺突变为苯丙氨酸（N140F或N433F）破坏任一溴结构域中的JQ1结合位点，足以阻止 IBG1 介导的降解。 [1] - 在BRD4-BFP报告基因试验中，IBG1 选择性地降解BRD2和BRD4，但不降解BRD3。 [1] |
| 酶活实验 |
- 等温滴定量热法 (ITC)： 通过ITC观察到IBG1、DCAF16和BRD4Tandem之间形成了三元复合物，解离常数 (Kd) 为 567 nM。将DCAF16滴定到未结合与IBG1结合的BRD4Tandem中的ITC结果表明，IBG1 增强了相互作用（Kd分别为0.6 µM 和 4 µM），并从热力学上改变了BRD4-DCAF16的相互作用，使结合从放热变为吸热（ΔH分别为 -8 kJ mol⁻¹ 和 38 kJ mol⁻¹）。在 IBG1 存在下，熵变项 (TΔS) 变得更有利（TΔS分别为 22.5 kJ mol⁻¹ 和 73.9 kJ mol⁻¹），从而产生更大的结合能（ΔG分别为 -35.7 kJ mol⁻¹ 和 -30.6 kJ mol⁻¹），有利的结合能变化 (ΔΔG) 为 -5.1 kJ mol⁻¹。 [1]
- 时间分辨荧光共振能量转移 (TR-FRET)： 三元复合物形成实验显示，随着 IBG1 的滴定，DCAF16和BRD4Tandem之间以剂量依赖的方式形成复合物，半数有效浓度 (EC50) 为 44 nM。一项互补的基于TR-FRET的复合物稳定实验证实，在 IBG1 存在下，将DCAF16滴定到BRD4Tandem中可发生相互作用（Kd = 712 nM）。在缺乏 IBG1 的情况下，也观察到DCAF16与BRD4Tandem之间存在内在亲和力（通过TR-FRET测得的Kd为1 µM，通过ITC测得的Kd为4 µM）。 [1] - 尺寸排阻色谱 (SEC)： SEC实验显示，在没有化合物的情况下，DCAF16和BRD4Tandem共洗脱，而这种相互作用被 IBG1 稳定。未观察到与分离的BD1和BD2的相互作用。与未结合或JQ1结合的BRD4Tandem相比，IBG1 结合的BRD4Tandem的保留时间增加，表明其流体动力学半径减小，这与通过分子内二聚化发生的构象压缩一致。 [1] - AlphaLISA 置换实验： 在AlphaLISA置换实验中，与仅存在 IBG1 和BRD4Tandem的情况相比（IC50 = 462 nM），在DCAF16存在下，IBG1 对BRD4Tandem的亲和力显著增强（IC50 = 12.8 nM），计算出的协同性 (α) 为 36。DCAF16不诱导 IBG1 与分离的BRD4-BD1结合。 [1] - 荧光偏振实验： 观察到FITC标记的E7820探针与重组DCAF15呈剂量依赖性结合，但该探针对DCAF16没有亲和力。 [1] |
| 细胞实验 |
- 细胞活力测定： 将MV4;11、HCT-116或KBM7细胞以每孔50 µl细胞悬液、密度为0.5 x 10⁶（MV4;11和HCT-116）或0.1 x 10⁶（KBM7）个细胞/毫升接种于96孔板。次日，加入2倍浓度的化合物储备液，终体积为100 µl。细胞处理时间为24小时（MV4;11）、72小时（KBM7）或96小时（HCT-116）。加入CellTiterGlo试剂，测量发光值。结果以DMSO对照组标准化。 [1]
- 降解实验和免疫印迹： 将HEK293和HCT-116细胞以不同密度（0.2至0.6 x 10⁶个细胞/毫升）接种于6孔板。在化合物处理前更换培养基。收集细胞时，用冷PBS洗涤，并用RIPA缓冲液裂解。测定蛋白质浓度，取20-30 µg裂解液在NuPAGE 4-12% bis-tris凝胶上电泳。将蛋白质转移至硝酸纤维素膜，封闭后，在4°C下与一抗（BRD2, BRD3, BRD4等）孵育过夜。洗涤膜后，与荧光或HRP标记的二抗孵育，然后成像。 [1] - HiBiT 降解实验： 将内源性标记HiBiT的细胞以每孔50 µl、密度0.5 x 10⁶个细胞/毫升接种于96孔板。次日，加入2倍浓度的化合物储备液，终体积100 µl。按指定时间（5、6或24小时）处理后，使用HiBiT裂解检测缓冲液裂解细胞。在酶标仪上测量发光值。处理孔的结果以仅含DMSO的对照孔标准化，以得出DC50和最大降解 (Dmax) 值。 [1] - 动力学泛素化和降解实验： 对于泛素化实验，用LgBiT和Halo-Ub cDNA转染HiBiT标记的HEK293细胞。次日，在有或无HaloTag NanoBRET配体的情况下将细胞接种于96孔板。过夜孵育后，将培养基更换为含有Vivazine底物的OptiMEM。加入10倍浓度的化合物储备液，动力学测量NanoBRET信号6小时。对于降解实验，将带有LgBiT的HiBiT标记细胞在Endurazine底物中孵育2.5小时，然后加入10倍浓度的化合物，每15分钟测量一次发光值，持续24小时。 [1] - NanoBRET 溴结构域构象传感器实验： 用双NanoLuc和Halo标记的BRD4Tandem质粒转染HEK293细胞。次日，在有或无HaloTag NanoBRET配体的情况下将细胞接种于96孔板。次日早晨，将培养基更换为含有MG132（终浓度10 µM）的培养基，处理1小时，然后将细胞与测试化合物一起孵育3小时。加入NanoBRET底物溶液，在配备NanoBRET滤光片的酶标仪上读取数据。 [1] - 流式细胞术 BRD4 报告基因实验： 稳定表达SFFV-BRD4(S)-mTagBFP-P2A-mCherry报告基因的KBM7 iCas9细胞，用DMSO或 IBG1（1 nM）处理6小时。对于遗传干扰实验，用慢病毒sgRNA和/或转基因表达载体转导细胞。用强力霉素（0.4 µg ml⁻¹，持续3天）诱导Cas9表达，然后用降解剂处理6小时。用APC偶联的抗小鼠Thy1.1抗体对细胞进行染色以检测sgRNA表达。洗涤细胞后，在LSRFortessa分析仪上进行分析。BRD4丰度计算为背景扣除后的BFP与mCherry平均荧光强度之比。 [1] - 定量蛋白质组学： 将KBM7 iCas9细胞（每个条件50 x 10⁶个）在生物三重复中，用DMSO或 IBG1（1 nM）处理6小时。裂解细胞，使用过滤辅助样品制备法处理蛋白质。用TMTpro 16plex试剂标记肽段。标记的肽段通过高pH反相HPLC进行分离，并通过LC-MS/MS在Orbitrap Fusion Lumos Tribrid质谱仪上进行分析。使用Proteome Discoverer处理数据。 [1] |
| 参考文献 | |
| 其他信息 |
- 作用机制： IBG1 作为分子内二价胶粘剂发挥作用。与PROTAC反式连接靶点和E3连接酶不同，它顺式同时结合并连接靶蛋白BRD4的两个相邻溴结构域（BD1和BD2）。这种构象变化将BRD4“粘”到E3连接酶DCAF16上，利用在没有化合物存在时不会导致BRD4降解的内在靶点-连接酶亲和力。 [1]
- 冷冻电镜结构： 通过冷冻电子显微镜解析了BRD4Tandem、IBG1和DCAF16-DDB1(ΔBPB)-DDA1之间形成的三元复合物的结构，分辨率约为3.77 Å。结构显示，IBG1 的JQ1部分与BD2的乙酰赖氨酸口袋规范结合，而E7820部分意外地结合到BD1的等效口袋。DCAF16包围了JQ1部分的疏水性二甲基噻吩和苯基以及连接子的苯基，使其与溶剂隔离。 [1] - 改进型降解剂的合理设计： 对BRD4-IBG1-DCAF16三元复合物的结构洞察指导了改进型降解剂（如含有两个JQ1部分的IBG3）的合理设计，该改进型降解剂在低皮摩尔范围内显示出降解活性（对BRD4的DC50 = 6.7 pM）。 [1] |
| 分子式 |
C44H38N8O5S2
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|---|---|
| 分子量 |
822.953126430511
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| 精确质量 |
822.24
|
| 元素分析 |
C, 64.22; H, 4.65; N, 13.62; O, 9.72; S, 7.79
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| CAS号 |
2684292-71-3
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| PubChem CID |
156822078
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| 外观&性状 |
White to yellow solid powder
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| LogP |
6.4
|
| tPSA |
221
|
| 氢键供体(HBD)数目 |
3
|
| 氢键受体(HBA)数目 |
11
|
| 可旋转键数目(RBC) |
11
|
| 重原子数目 |
59
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| 分子复杂度/Complexity |
1690
|
| 定义原子立体中心数目 |
1
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| SMILES |
CC1=C2C(=CNC2=C(C=C1)NS(=O)(=O)C3=CC=C(C=C3)CNC(=O)C4=CC=C(C=C4)C5=CC=C(C=C5)C6=N[C@H](C7=NN=C(N7C8=C6C(=C(S8)C)C)C)CC(=O)OC)C#N
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| InChi Key |
HHSZFSOLNUHGMP-BHVANESWSA-N
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| InChi Code |
InChI=1S/C44H38N8O5S2/c1-24-6-19-35(41-38(24)33(21-45)23-46-41)51-59(55,56)34-17-7-28(8-18-34)22-47-43(54)32-15-11-30(12-16-32)29-9-13-31(14-10-29)40-39-25(2)26(3)58-44(39)52-27(4)49-50-42(52)36(48-40)20-37(53)57-5/h6-19,23,36,46,51H,20,22H2,1-5H3,(H,47,54)/t36-/m0/s1
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| 化学名 |
methyl 2-[(9S)-7-[4-[4-[[4-[(3-cyano-4-methyl-1H-indol-7-yl)sulfamoyl]phenyl]methylcarbamoyl]phenyl]phenyl]-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.02,6]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]acetate
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| 别名 |
IBG1; PROTAC BRD4 Degrader-19; IBG 1; 2684292-71-3; IBG-1; methyl 2-[(9~{S})-7-[4-[4-[[4-[(3-cyano-4-methyl-1~{H}-indol-7-yl)sulfamoyl]phenyl]methylcarbamoyl]phenyl]phenyl]-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoate; orb1982275;
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| HS Tariff Code |
2934.99.9001
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| 存储方式 |
Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month |
| 运输条件 |
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
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| 溶解度 (体外实验) |
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
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|---|---|
| 溶解度 (体内实验) |
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方，主要用于溶解难溶或不溶于水的产品（水溶度<1 mg/mL）。 建议您先取少量样品进行尝试，如该配方可行，再根据实验需求增加样品量。
注射用配方
注射用配方1: DMSO : Tween 80： Saline = 10 : 5 : 85 (如： 100 μL DMSO → 50 μL Tween 80 → 850 μL Saline)(IP/IV/IM/SC等) *生理盐水/Saline的制备：将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中，得到澄清溶液。 注射用配方 2: DMSO : PEG300 ：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL DMSO → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline) 注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL DMSO → 900 μL Corn oil) 示例: 以注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液，加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。 View More
注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如：100 μL DMSO → 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)] 口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠) 口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素) 示例: 以口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中，得到0.5%CMC-Na澄清溶液；然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中，得到悬浮液。 View More
口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400) 请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。 |
| 制备储备液 | 1 mg | 5 mg | 10 mg | |
| 1 mM | 1.2151 mL | 6.0757 mL | 12.1514 mL | |
| 5 mM | 0.2430 mL | 1.2151 mL | 2.4303 mL | |
| 10 mM | 0.1215 mL | 0.6076 mL | 1.2151 mL |
1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;
2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;
3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;
4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。
计算结果:
工作液浓度： mg/mL；
DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。
体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。
(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。
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