RK-701

别名: RK701
目录号: V38321 纯度: ≥98%
RK-701 是一种选择性、非基因毒性的 G9a 抑制剂,IC50 为 23-27 nM。
RK-701 CAS号: 2648855-18-7
产品类别: Histone Methyltransferase
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
1mg
5mg
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产品描述
RK-701 是一种选择性且无基因毒性的 G9a 抑制剂,IC50 为 23-27 nM。RK-701 选择性上调 HbF、γ-珠蛋白和 BGLT3 的表达,并下调 H3K9me2 的表达。RK-701 还抑制 BCL11A 和 ZBTB7A。
RK-701(化合物 26j)是一种高选择性、无基因毒性且可逆的组蛋白赖氨酸甲基转移酶 G9a 和 G9a 样蛋白 (GLP) 的底物竞争性抑制剂。该小分子分子量为 446.54,通过结构导向优化开发,并经 X 射线晶体衍射验证(PDB:7X73)。它广泛应用于表观遗传学研究,尤其是在镰状细胞病和 beta-地中海贫血的研究中。
生物活性&实验参考方法
靶点
G9a 23-27 nM (IC50)
RK-701 primarily targets the histone methyltransferases G9a (EHMT2) and GLP (EHMT1), with IC50 values of 23‑27 nM for G9a and 53 nM for GLP. It acts as a reversible, substrate‑competitive inhibitor that competes with the histone H3 substrate at the enzyme active site. Additionally, it inhibits the transcriptional repressors BCL11A and ZBTB7A, which are crucial in fetal hemoglobin regulation.
体外研究 (In Vitro)
RK-701(0.01-3 µM;4 天)可上调 HbF 和 γ-珠蛋白 mRNA 的表达水平,且不影响细胞活力或红系分化。RK-701 以浓度依赖的方式提高表达 HbF 的细胞比例。RK-701 还选择性地提高 HUDEP-2 细胞和人原代 CD34+ 细胞中 BGLT3 的表达水平,并降低 β-珠蛋白中 H3K9me2 的百分比 [1]。在缺乏 BCL11A 或 ZBTB7A 的情况下,RK-701(1 µM;4 天)不能提高 HUDEP-2 细胞中 BGLT3 的表达,并显著降低 BGLT3 中 BCL11A 和 ZBTB7A 的比例 [1]。
体外实验表明,RK-701(0.01-3 uM;4天)可上调HbF和γ-珠蛋白mRNA水平,且不影响细胞活力或红系分化,并以浓度依赖的方式增加表达HbF的细胞数量。在HUDEP-2细胞和人原代CD34+细胞中,RK-701选择性上调BGLT3,并降低β-珠蛋白基因座的H3K9me2水平。浓度为1 uM时,RK-701可降低BCL11A和ZBTB7A的比例。此外,RK-701还表现出对MOLT-4细胞肿瘤生长的抑制作用。
体内研究 (In Vivo)
RK-701 选择性地增强小鼠胚胎 ε 珠蛋白,并显著下调外周血细胞中 H3K9me2 的表达水平(20 mg/kg 和 50 mg/kg;腹腔注射;5 周,每周连续 5 天)。RK-701 的危害性不大 [1]。
体内实验表明,RK-701(20 mg/kg 和 50 mg/kg;腹腔注射;连续 5 周,每周 5 天)可选择性地增加小鼠胚胎 ε-珠蛋白的表达,并显著下调外周血细胞中 H3K9me2 的表达。其低毒性特征支持其在动物研究中的应用。虽然尚未报道其在小鼠体内的肿瘤异种移植疗效,但体内实验已证实其靶点结合。
酶活实验
对于底物竞争性酶活性测定:将重组人G9a(全长或催化结构域)与3H-SAM和肽底物(组蛋白H3)在含有不同浓度RK-701(0.1-1000 nM)的测定缓冲液(50 mM Tris-HCl pH 8.5,10 mM MgCl2,5 mM DTT)中孵育1-2小时。将反应混合物点样至P81滤膜上,洗涤后测量放射性。或者,使用基于荧光或质谱的测定方法来监测H3K9甲基化。
细胞实验
细胞活力检测[1]
细胞类型: HUDEP-2 细胞和 CD34+ 衍生细胞。
测试浓度: 0.01、0.03、0.1、0.3、1 和 3 µM。
孵育时间: 4 天。
实验结果: 证实 HbF、γ-珠蛋白和 BGLT3 被激活。

细胞活力检测[1]
细胞类型: HUDEP-2 细胞。
测试浓度: 1 µM。
孵育时间: 4 天。
实验结果: 证实 BCL11A 和 ZBTB7A 被抑制。
对于基于细胞的HbF表达检测:在扩增培养基中培养HUDEP-2细胞或人原代CD34+来源的红系细胞。用RK-701(0.01、0.03、0.1、0.3、1和3 μM)处理细胞4天。收集细胞用于RNA提取和HbF及γ-珠蛋白mRNA的qRT-PCR检测。对于蛋白质分析,固定并透化细胞,用抗HbF抗体染色,并通过流式细胞术进行分析。同时进行细胞活力检测(例如台盼蓝或MTT法)以确认无细胞毒性。
动物实验
在小鼠模型中进行体内疗效评估:以20 mg/kg或50 mg/kg的剂量,每周连续5天,连续5周,通过腹腔注射给予C57BL/6小鼠RK-701。在不同时间点采集外周血,用于分析ε-珠蛋白(qRT-PCR)和H3K9me2水平(Western blot)。监测小鼠的体重和一般行为,以评估毒性。目前尚无标准的肿瘤异种移植模型,但腹腔注射可用于药代动力学或药效学研究。
药代性质 (ADME/PK)
目前尚无RK-701的详细药代动力学数据公开。体外溶解度研究表明,RK-701可溶于DMSO(100 mg/mL,223.94 mM)和乙醇(89 mg/mL),但不溶于水。体内溶解度数据表明,RK-701可配制成注射用混悬液(CMC-Na)或澄清溶液(5% DMSO / 40% PEG300 / 5% Tween-80 / 50% ddH2O)。尚未有口服生物利用度的报道;已发表的研究均采用腹腔注射给药。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
临床前研究表明,RK-701 是一种无基因毒性且低毒性的 G9a 抑制剂。在为期 5 周的小鼠研究中,腹腔注射 20-50 mg/kg 剂量,未观察到明显的毒性。体外实验表明,在 0.01-3 μM 浓度下,RK-701 不影响红系细胞的活力。在这些剂量下,未报告器官毒性、体重减轻或行为改变。尚未对更高剂量进行系统评估。作为一种表观遗传探针,RK-701 仍应谨慎使用。
参考文献

[1]. A specific G9a inhibitor unveils BGLT3 lncRNA as a universal mediator of chemically induced fetal globin gene expression. Nat Commun. 2023 Jan 12;14(1):23.

其他信息
RK-701 是一种仅供实验室使用的研究级化合物,不可用于临床治疗。它为浅黄色至黄色固体粉末,应避光储存于 -20℃(粉末可稳定保存 3 年)。它可溶于 DMSO(100 mg/mL)和乙醇,不溶于水。该化合物已被发表(例如,Takase S 等,Nat Commun. 2023;14(1):23;Nishigaya Y 等,J Med Chem. 2023;66(6):4059‑4085)。目前尚无临床试验或已获批准。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C26H30N4O3
分子量
446.541406154633
精确质量
446.231
CAS号
2648855-18-7
相关CAS号
RK-0133114
PubChem CID
156745798
外观&性状
Light yellow to yellow solid powder
LogP
4.1
tPSA
115
氢键供体(HBD)数目
3
氢键受体(HBA)数目
4
可旋转键数目(RBC)
7
重原子数目
33
分子复杂度/Complexity
819
定义原子立体中心数目
1
SMILES
N1C2=C(C(=O)CC(C)(C)C2)C(C)=C1C(N[C@H](C(NC1=CC=C(C#N)C=C1)=O)CCC1CC1)=O
InChi Key
OWORSODZTADOQX-IBGZPJMESA-N
InChi Code
InChI=1S/C26H30N4O3/c1-15-22-20(12-26(2,3)13-21(22)31)29-23(15)25(33)30-19(11-8-16-4-5-16)24(32)28-18-9-6-17(14-27)7-10-18/h6-7,9-10,16,19,29H,4-5,8,11-13H2,1-3H3,(H,28,32)(H,30,33)/t19-/m0/s1
化学名
N-[(2S)-1-(4-cyanoanilino)-4-cyclopropyl-1-oxobutan-2-yl]-3,6,6-trimethyl-4-oxo-5,7-dihydro-1H-indole-2-carboxamide
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.2394 mL 11.1972 mL 22.3944 mL
5 mM 0.4479 mL 2.2394 mL 4.4789 mL
10 mM 0.2239 mL 1.1197 mL 2.2394 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们