BRD6688

别名: BRD6688; BRD 6688; BRD-6688
目录号: V9315 纯度: ≥98%
BRD6688 (BRD-6688; BRD 6688) 是一种新型有效的 HDAC1/2/3 抑制剂,IC50 分别为 21 nM、100 nM 和 11.48 μM。
BRD6688 CAS号: 1404562-17-9
产品类别: HDAC
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
10mg
25mg
50mg
100mg
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产品描述

描述: BRD6688(BRD-6688;BRD 6688)是一种新型高效的HDAC1/2/3抑制剂,其IC50值分别为21 nM、100 nM和11.48 μM。


生物活性&实验参考方法
靶点
HDAC2
Histone deacetylase 2 (HDAC2); HDAC1; HDAC3. IC50 values: HDAC1 = 0.001 ± 0.001 μM, HDAC2 = 0.011 ± 0.003 μM, HDAC3 = 0.544 ± 0.205 μM (measured using human recombinant enzymes). [1]
体外研究 (In Vitro)
与 HDAC1 相比,BRD6688 对 HDAC2 表现出优先结合动力学,且半衰期更长。其对 HDAC2 的停留时间 (T1/2) 为 381 分钟,而对 HDAC1 的停留时间为 65 分钟,动力学选择性高出 6 倍。[1] 在小鼠原代前脑神经元培养物中,用 10 μM 的 BRD6688 处理 24 小时后,组蛋白 H4K12 和 H3K9 的乙酰化水平显著升高,证实了其对内源性 HDAC 的抑制活性。[1]
体内研究 (In Vivo)
在CK-p25小鼠(一种伴有记忆缺陷的神经退行性疾病模型)中,连续10天每日腹腔注射BRD6688(1 mg/kg)可挽救情境恐惧条件反射行为范式中的记忆缺陷,使小鼠的冻结反应恢复至正常水平,与载体处理的未诱导p25同窝小鼠相比。[1]

在用BRD6688(1 mg/kg,腹腔注射,连续10天)治疗的CK-p25小鼠的海马CA1神经元中,与载体处理组相比,观察到H4K12乙酰化水平升高(配对t检验,结果显著)。[1]
酶活实验
使用人重组HDAC进行HDAC抑制实验。化合物以3倍系列稀释法进行12点剂量反应曲线测试,起始浓度为33.33 μM,每个浓度均进行重复测试。将纯化的HDAC与2 μM羧基荧光素标记的乙酰化或三氟乙酰化肽底物(分别为广谱底物A和B)以及待测化合物在室温下于含有50 mM HEPES(pH 7.4)、100 mM KCl、0.01% BSA和0.001% Tween-20的HDAC测定缓冲液中孵育60分钟。加入终浓度为1.5 μM的泛HDAC抑制剂终止反应。通过电泳分离底物和产物,并测定荧光强度。使用四参数逻辑模型计算IC50值。 [1]

结合动力学测量:通过反应进程曲线和稀释实验评估了BRD6688与HDAC1、2和3的缓慢、紧密结合动力学。在不同浓度的化合物存在下,生成了一系列HDAC抑制进程曲线。解离速率通过稀释实验确定。[1]
细胞实验
小鼠前脑原代神经元培养物中神经元组蛋白乙酰化水平升高的测定:培养后第13天,用10 μM的BRD6688处理细胞24小时。细胞用甲醛固定,并用乙酰化组蛋白H3赖氨酸9 (AcH3K9) 或乙酰化组蛋白H4赖氨酸12 (AcH4K12) 抗体以及绿色荧光二抗染色。使用微细胞计数器定量细胞荧光信号。计算化合物处理细胞中荧光信号高于载体(DMSO)处理细胞基线阈值的百分比,以确定其疗效。[1]
动物实验
CK-p25小鼠模型:3月龄的CK-p25雄性小鼠经6周诱导后,在前脑特异性表达p25。缺乏p25的同窝小鼠作为对照。所有小鼠均为各自基因的杂合子。[1]

化合物给药:BRD6688溶于DMSO(占最终溶液总量的5%),然后用30% Cremophor/65%生理盐水(0.9% NaCl水溶液)稀释,最终配制成1 mg/kg的剂量溶液。溶剂对照组为不含化合物的相同溶液。所有溶液均在注射前立即配制,并在行为学测试前连续10天每日腹腔注射给药。[1]

情境依赖性恐惧条件反射:训练包括让小鼠在条件反射箱中适应3分钟,然后给予足底电击(2秒,0.8 mA恒流)。 30秒后再次施加电击,小鼠在箱内停留15秒。24小时后进行长期记忆测试,将小鼠重新暴露于条件反射环境3分钟,同时测量其僵直行为。[1]

免疫组织化学:将冠状脑切片(40 μm厚)进行透化、封闭处理,并与抗AcH2K12抗体孵育过夜,然后用荧光标记的二抗进行显色。神经元核用Hoechst 33342染色。使用共聚焦显微镜在相同设置下采集图像。使用Hoechst信号通道,在每个实验条件下选择20-40个具有代表性的非凋亡细胞,并测量AcH2K12信号强度的平均值。定量分析由一位对分组情况不知情的实验人员使用ImageJ软件完成。[1]
药代性质 (ADME/PK)
BRD6688表现出良好的脑渗透性。根据组织结合试验,测得脑内游离分数(fu)为0.54(54%)。[1]
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
BRD6688 显示出较低的潜在心脏毒性,并且对多种生物靶点具有较高的特异性。[1]
参考文献

[1]. Kinetically Selective Inhibitors of Histone Deacetylase 2 (HDAC2) as Cognition Enhancers. Chem Sci. 2015 Jan 1;6(1):804-815.

其他信息
BRD6688 是一种基于邻氨基苯胺的动力学选择性 HDAC2 抑制剂。它包含一个富含 sp3 杂化基团的连接基序和一个 4-吡啶基 14 Å 内腔基序。该化合物对 HDAC2 表现出优异的热力学选择性,与其他测试的 I 类(>17 倍)和 II 类(>500 倍)HDAC 亚型相比,选择性更高。 [1]

模拟脑内10 mg/kg剂量的BRD6688靶点结合曲线显示,其动力学选择性呈现三个阶段:初始阶段(0-60分钟)对HDAC1具有良好的动力学选择性(2.5-20倍);中间交叉阶段,HDAC1和HDAC2的结合率相当;随后是终末阶段(t > 6小时),对HDAC2具有高且持续的动力学选择性(3-50倍),同时始终保持对HDAC3的高动力学选择性。BRD6688对HDAC2的结合率在数小时内超过50%。 [1]

BRD6688首次用于证明选择性药理抑制HDAC2是可行的,并且抑制其催化活性可能作为一种治疗方法,以增强阿尔茨海默病、精神分裂症和创伤后应激障碍(PTSD)等神经和精神疾病中受损的学习和记忆过程。[1]
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C16H18N4O
分子量
282.34
精确质量
282.148
元素分析
C, 68.06; H, 6.43; N, 19.84; O, 5.67
CAS号
1404562-17-9
相关CAS号
1404562-17-9
PubChem CID
66575862
外观&性状
Off-white to light yellow solid powder
密度
1.3±0.1 g/cm3
沸点
528.2±50.0 °C at 760 mmHg
闪点
273.3±30.1 °C
蒸汽压
0.0±1.4 mmHg at 25°C
折射率
1.679
LogP
0.84
tPSA
71.2
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
3
可旋转键数目(RBC)
2
重原子数目
21
分子复杂度/Complexity
350
定义原子立体中心数目
0
SMILES
N1(C(NC2=CC(C3C=CN=CC=3)=CC=C2N)=O)CCCC1
InChi Key
YZXBMJVMSBSGMM-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C16H18N4O/c17-14-4-3-13(12-5-7-18-8-6-12)11-15(14)19-16(21)20-9-1-2-10-20/h3-8,11H,1-2,9-10,17H2,(H,19,21)
化学名
N-(2-amino-5-pyridin-4-ylphenyl)pyrrolidine-1-carboxamide
别名
BRD6688; BRD 6688; BRD-6688
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 3.5418 mL 17.7091 mL 35.4183 mL
5 mM 0.7084 mL 3.5418 mL 7.0837 mL
10 mM 0.3542 mL 1.7709 mL 3.5418 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
+
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

生物数据图片
  • Simulated target engagement profiles for HDAC1, 2 and 3 in brain for BRD4884 and BRD6688 at 10 mg kg–1 dose. Chem Sci . 2015 Jan 1;6(1):804-815.
  • Increased acetylation of histones H4K12 and H3K9 in mouse forebrain primary neuronal cultures following treatment with kinetically selective HDAC2 inhibitors BRD4884 and BRD6688 (10 μM, 24 hours). Chem Sci . 2015 Jan 1;6(1):804-815.
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