(R)-Desamino lenalidomide-5-Br

目录号: V113047
(R)-去氨基来那度胺-5-Br 是一种 E3 泛素配体,可与 cereblon (CRBN) 蛋白结合,用于募集 cereblon 蛋白。
(R)-Desamino lenalidomide-5-Br CAS号: 2243825-20-7
产品类别: Ligands for E3 Ligase
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
(R)-去氨基来那度胺-5-Br 是一种 E3 泛素配体,可与 cereblon (CRBN) 蛋白结合,用于募集 cereblon 蛋白。(R)-去氨基来那度胺-5-Br 可通过连接子与靶蛋白配体连接,形成 PROTAC。
(R)-去氨基来那度胺-5-Br(CAS#: 2243825-20-7)是一种 E3 泛素连接酶配体,它基于来那度胺骨架与 cereblon (CRBN) 结合,但去除了来那度胺异吲哚啉酮环上的外环伯胺,并在异吲哚啉酮核心的 5 位添加了溴取代基,作为 PROTAC 设计中招募 CRL4CRBN E3 连接酶复合物的替代弹头。
生物活性&实验参考方法
靶点
(R)-Desamino lenalidomide-5-Br targets cereblon (CRBN), a substrate receptor of the cullin-RING ligase 4 (CRL4) E3 ubiquitin ligase complex. CRBN recognizes and binds to the glutarimide ring present in this and related IMiD-class compounds, inducing conformational changes that alter the substrate specificity of the CRL4CRBN complex. Upon binding to CRBN, the complete PROTAC molecule containing this ligand recruits the E3 ligase machinery to the target protein, leading to its ubiquitination by E2 enzymes and subsequent degradation by the 26S proteasome. Lenalidomide and its derivatives also have intrinsic molecular glue properties, causing selective ubiquitination and degradation of neosubstrates such as IKZF1 (Ikaros) and IKZF3 (Aiolos), although the desamino modification may modulate such activities.
体外研究 (In Vitro)
PROTAC包含两个不同的配体,它们通过一个连接子连接:一个是E3泛素连接酶的配体,另一个是靶蛋白的配体。PROTAC利用细胞内的泛素-蛋白酶体系统选择性地降解靶蛋白。
在体外,(R)-脱氨基来那度胺-5-Br 通过连接子与靶蛋白结合配体偶联后,可作为 CRBN 募集组分发挥作用。脱氨基修饰使该配体区别于来那度胺本身;对来那度胺衍生物的构效关系 (SAR) 研究表明,外环胺位点和异吲哚啉酮环 C5 位点的修饰可显著影响 CRBN 结合亲和力和新底物降解谱。如果需要其他功能化策略,C5 位的溴取代基可为潜在的交叉偶联反应(例如 Suzuki 偶联、Sonogashira 偶联)提供合成位点,但在标准的 PROTAC 合成中,溴保持惰性,不参与偶联;偶联通过戊二酰亚胺的酰胺氮或连接到骨架其他位置的单独连接子进行。在含有重组 CRBN-DDB1 复合物、E1 和 E2 酶以及泛素的无细胞泛素化分析中,完整的 PROTAC 以 CRBN 依赖的方式促进靶蛋白的多泛素化。
体内研究 (In Vivo)
在体内,包含 (R)-去氨基来那度胺-5-溴的完整 PROTAC 分子可通过泛素-蛋白酶体途径诱导动物模型中靶蛋白的降解。由于配体本身并非完整的 PROTAC,因此其在动物体内不具有内在的药效学作用。对于最终的 PROTAC,典型的体内疗效指标包括通过 ELISA、中尺度发现 (MSD) 检测或定量质谱法测定组织(例如肿瘤或肝脏匀浆)中靶蛋白水平的降低。异种移植瘤模型表明,含有 CRBN 结合基团的 PROTAC 在耐受剂量下可实现 50-90% 的显著肿瘤生长抑制 (TGI)。 (R)-脱氨基修饰可以提高对 CRBN 相对于非靶标 E3 连接酶的选择性,或减少与来那度胺相关的不良免疫调节作用,例如 IKZF1/3 降解,这可能导致血液毒性。
酶活实验
CRBN 结合亲和力可通过重组 CRBN-DDB1 蛋白复合物的生化分析进行测定。等温滴定量热法 (ITC) 可直接测定热力学结合参数(Kd、ΔH、ΔS),已报道的来那度胺衍生物的 Kd 值范围为亚微摩尔至低微摩尔;来那度胺本身对 CRBN 的 Kd 值约为 11-16 uM。荧光偏振 (FP) 竞争性测定使用荧光标记的 CRBN 结合探针,该探针可被测试化合物置换;IC50 值通过 Cheng-Prusoff 方程测定并转换为 Ki。表面等离子共振 (SPR)(例如,Biacore)结合固定化的 CRBN-DDB1 可实时测定结合动力学:结合速率 (ka) 和解离速率 (kd),由此可得出 Kd = kd/ka。对于构效关系 (SAR) 研究,可利用这些结合分析方法筛选 CRBN 配体库。与来那度胺相比,溴取代和去除外环胺可能会改变结合亲和力,根据与 CRBN 的沙利度胺结合域的特定相互作用,可能会增强或减少 CRBN 的结合。
细胞实验
细胞实验需要将 (R)-去氨基来那度胺-5-溴通过合适的连接子与靶蛋白配体偶联,形成完整的 PROTAC。将所得 PROTAC 应用于培养细胞(例如 HEK293T、HCT116、MV4-11),孵育 2-24 小时。通过蛋白质印迹法定量分析靶蛋白的降解情况:裂解细胞,通过 SDS-PAGE 电泳分离蛋白质,转移至 PVDF 或硝酸纤维素膜,用靶标特异性一抗进行孵育,用 HRP 标记的二抗和化学发光底物进行检测,并进行显色。DC50 值由剂量反应曲线插值计算得出。为了进行正交验证,定量蛋白质组学(TMT 或 SILAC)可同时鉴定和定量数千种蛋白质,从而验证靶标特异性。细胞热位移分析 (CETSA) 可以确认 PROTAC 在细胞环境中与 CRBN 和靶蛋白的结合情况。时间进程实验(0、1、2、4、8、16、24 小时)揭示了降解动力学。通过用蛋白酶体抑制剂(例如,MG132,10 uM)或泛素化抑制剂(MLN4924)处理细胞来评估非特异性蛋白质降解,以确认降解是通过泛素-蛋白酶体系统进行的。
动物实验
动物研究采用由 (R)-去氨基来那度胺-5-溴构建的完整 PROTAC 进行。雄性或雌性免疫缺陷小鼠(无胸腺裸鼠,6-8 周龄,体重 20-25 克)皮下移植异种肿瘤(研究开始时肿瘤体积通常为 100-200 mm³),随机分为治疗组(每组 5-10 只动物)。PROTAC 配制于赋形剂(例如,10% DMSO、40% PEG-400、50% 水或生理盐水)中,并通过静脉注射 (IV)、腹腔注射 (IP) 或口服 (PO) 给药。给药方案:每日一次 (QD) 或隔日一次 (Q2D),持续 14-28 天。肿瘤体积 = (长度 × 宽度²)/2,每 2-3 天用游标卡尺测量一次。肿瘤生长抑制率 (%TGI) = 100 × (1 - [ΔT治疗组肿瘤生长量] / [ΔT对照组肿瘤生长量])。每日测量体重;体重较基线下降超过 20% 则终止研究。处死动物后,切除肿瘤并进行速冻或福尔马林固定。通过免疫组化 (IHC)(强度和阳性百分比)或免疫印迹法评估肿瘤中靶蛋白的敲低情况。如适用,检测药效学标志物(例如,磷酸化下游靶点)。在给药后不同时间点采集血浆样本进行药代动力学 (PK) 分析。
药代性质 (ADME/PK)
目前尚无(R)-脱氨基来那度胺-5-溴作为分离化合物的正式药代动力学数据;所有药代动力学性质均源自最终的PROTAC复合物。然而,基于来那度胺的药效团,可以得出以下概括:戊二酰亚胺环易发生代谢水解,生成开环的无活性代谢物。CYP3A4是负责IMiD类化合物氧化代谢的主要酶。脱氨基修饰消除了一个可能易发生N-氧化或结合反应的位点。来那度胺的血浆蛋白结合率约为30%(低),但将其整合到PROTAC复合物中可显著提高其分子量(通常为700-1200 Da)和亲脂性,从而使大多数PROTAC复合物的血浆蛋白结合率超过95%。 C5-溴取代基代谢稳定(卤代芳环可抵抗CYP介导的氧化),但在缺氧条件下,可能在肠道或肝脏中通过还原代谢发生脱卤反应。最终PROTAC的典型啮齿动物药代动力学参数如下:静脉注射:清除率10-40 mL/min/kg,分布容积1-3 L/kg,半衰期1-6小时;口服:血药峰浓度0.1-1 μM,达峰时间1-2小时,生物利用度5-30%(通常受水溶性差和外排率高的限制)。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
(R)-脱氨基来那度胺-5-Br 的主要毒理学问题是其可能对新底物造成脱靶降解。来那度胺可导致 IKZF1 和 IKZF3 降解,进而引起癌症患者 3-4 级中性粒细胞减少症和血小板减少症。脱氨基修饰可能降低此类脱靶活性,但仍需进一步证实。对于最终的 PROTAC,一般毒性评估包括体外细胞毒性:用 PROTAC(0.1-100 μM)处理 HEK293 或 HepG2 细胞 72 小时,使用 CellTiter-Glo 或 MTT 法测定细胞活力;IC50 值 >10 μM 表示细胞毒性较低。体内监测包括:观察临床症状,如痛苦、体重减轻、弓背、毛发蓬乱、活动减少和腹泻。血清生化指标:检测 ALT 和 AST 以评估肝毒性;肾毒性指标包括血尿素氮(BUN)和肌酐;肌肉损伤指标包括肌酸磷酸激酶(CPK)。血液学检查:全血细胞计数(CBC),包括白细胞分类计数、血小板计数、血红蛋白和血细胞比容;显著降低提示骨髓抑制。组织病理学检查包括肝脏(肝细胞坏死、空泡化)、肾脏(肾小管变性)、心脏、肺、脾脏和肠道。沙利度胺及其类似物的致畸性是众所周知的问题;所有具有生育能力的雌性动物在入组研究前必须确认未怀孕。
其他信息
(R)-去氨基来那度胺-5-Br 是一种修饰的塞瑞布隆配体,其选择性可能优于来那度胺。该化合物尚未进入临床试验;所有已报道的用途均用于 PROTAC 开发的研究。名称中的“(R)”表示该化合物是手性中心的单一对映异构体,但手性的确切位置取决于其完整结构(溴取代会在异吲哚啉酮环中产生不对称性)。当使用该化合物进行 PROTAC 合成时,必须仔细设计连接基团的连接化学,以避免干扰戊二酰亚胺-CRBN 相互作用表面。常见的连接位点包括戊二酰亚胺的酰胺氮(经碱去质子化后)或通过氨基进行功能化,但该去氨基类似物中缺少氨基,因此需要使用其他连接基团,或者除非进一步衍生化,否则溴原子将作为惰性旁观者。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C13H11BRN2O3
分子量
323.15
CAS号
2243825-20-7
外观&性状
Solid powder
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 3.0945 mL 15.4727 mL 30.9454 mL
5 mM 0.6189 mL 3.0945 mL 6.1891 mL
10 mM 0.3095 mL 1.5473 mL 3.0945 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们