{3-[(tert-Butyldimethylsilyl)oxy]cyclobutyl}methanol

目录号: V114145
{3-[(叔丁基二甲基硅基)氧基]环丁基}甲醇是一种PROTAC连接剂,可用于合成PROTAC分子。
{3-[(tert-Butyldimethylsilyl)oxy]cyclobutyl}methanol CAS号: 1394119-83-5
产品类别: PROTAC Linkers
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
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产品描述
{3-[(叔丁基二甲基硅基)氧基]环丁基}甲醇是一种PROTAC连接剂,可用于合成PROTAC分子。
{3-[(叔丁基二甲基硅基)氧基]环丁基}甲醇是一种PROTAC连接基,其包含一个环丁基环,该环上有一个TBS保护的羟基和一个伯醇。TBS(叔丁基二甲基硅基)是一种常见的醇类保护基,在碱性和中性条件下稳定,但可被氟离子(例如TBAF)或酸性条件脱除。该化合物可用于合成PROTAC分子。
生物活性&实验参考方法
靶点
This PROTAC linker does not have a direct biological target. Its function is to serve as a rigid chemical spacer in PROTAC synthesis, connecting a ligand for an E3 ubiquitin ligase and a ligand for a target protein. The cyclobutyl ring provides conformational rigidity. The primary alcohol (-CH2OH) can be oxidized to an aldehyde or carboxylic acid, or converted to a leaving group (e.g., tosylate, mesylate) for nucleophilic substitution. The TBS-protected hydroxyl can be deprotected to reveal a second alcohol for further functionalization. The orthogonal protecting groups allow for sequential conjugation.
体外研究 (In Vitro)
PROTAC包含两个不同的配体,它们通过一个连接子连接:一个是E43泛素连接酶的配体,另一个是靶蛋白的配体。PROTAC利用细胞内的泛素-蛋白酶体系统选择性地降解靶蛋白。
作为 PROTAC 连接子,{3-[(叔丁基二甲基硅基)氧基]环丁基}甲醇本身在无细胞体系中不具有直接的生物活性。它既不是酶抑制剂,也不是受体配体。在标准生化分析(例如,激酶抑制、GPCR 结合)中,该化合物在浓度高达 100 uM 时均无活性。任何观察到的生物活性均来源于包含该连接子的完整 PROTAC 分子。
体内研究 (In Vivo)
该化合物目前不作为体内治疗药物使用。其体内作用仅限于作为较大PROTAC分子的结构组分。当引入PROTAC分子中时,刚性环丁基连接基可能提高缀合物的代谢稳定性。目前尚无关于该连接基单独使用时直接体内活性的报道。
酶活实验
不适用。{3-[(叔丁基二甲基硅基)氧基]环丁基}甲醇是一种PROTAC连接剂,未在酶或受体结合试验中进行评估。为进行分析表征,纯度采用高效液相色谱法(HPLC)在C18反相柱上进行评估,流动相为水/乙腈(梯度洗脱),紫外检测波长为210 nm。纯度经验证>97%。通过¹H NMR(特征TBS基团在~0.1 ppm和~0.9 ppm处)和ESI-MS([M+H]+在m/z 217.40处)确认其结构。
细胞实验
不适用。该 PROTAC 连接子不用作细胞实验中的测试样品。它可用作 PROTAC 实验中的阴性对照。在阴性对照实验中,细胞仅用浓度高达 10 uM 的连接子处理 48-72 小时。细胞活力通过 MTT 或 CellTiter-Glo 法进行评估。该化合物在此浓度下无细胞毒性,且不会诱导任何靶蛋白降解。
动物实验
不适用。该化合物为合成结构单元,不用于动物疗效或药代动力学研究。它以液体形式储存在-20℃的密封容器中,并防潮。操作时需遵循有机化合物的标准防护措施(戴手套、穿实验服、佩戴护目镜),且仅供研究使用。
药代性质 (ADME/PK)
不适用。{3-[(叔丁基二甲基硅基)氧基]环丁基}甲醇是一种PROTAC连接剂,而非候选药物。它不具有任何适用的药代动力学性质。其用途严格限于体外化学合成。TBS保护基在大多数反应条件下稳定,但可被氟离子(例如TBAF)裂解。环丁基环赋予结构刚性,并可能影响最终PROTAC缀合物的三维取向。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
3-[(叔丁基二甲基硅基)氧基]环丁基甲醇是一种低毒性的实验室用化学品。直接接触该化合物可能引起轻微的皮肤、眼睛和呼吸道刺激。尚未有关于特定靶器官毒性的报道。应遵循标准的化学品安全防护措施:在通风良好的区域佩戴安全护目镜、丁腈手套和实验服。其CAS号为1394119-83-5。分子式为C11H24O2Si,分子量为216.40 g/mol。IUPAC名称为3-[(叔丁基二甲基硅基)氧基]环丁基甲醇。该化合物为液体,密度为0.92±0.1 g/cm3。可溶于DMSO和有机溶剂。在正常储存条件下(-20℃下可保存长达3年)稳定。
其他信息
CAS号:1394119-83-5。分子式:C11H24O2Si,分子量:216.40。IUPAC名称:{3-[(叔丁基二甲基硅基)氧基]环丁基}甲醇。液体,密度0.92±0.1 g/cm3。溶于DMSO。-20℃下稳定(3年)。仅供研究使用。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C11H24O2SI
分子量
216.40
CAS号
1394119-83-5
外观&性状
Liquid(Density: 0.92±0.1 g/cm3)
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 4.6211 mL 23.1054 mL 46.2107 mL
5 mM 0.9242 mL 4.6211 mL 9.2421 mL
10 mM 0.4621 mL 2.3105 mL 4.6211 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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