Biotin-epoxomicin

目录号: V118594
生物素标记的环氧霉素是一种生物素标记的环氧霉素。
Biotin-epoxomicin CAS号: 1334608-28-4
产品类别: Proteasome
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
1mg
5mg
10mg
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产品描述
生物素标记的环氧霉素是一种生物素标记的环氧霉素。它是一种靶向蛋白酶体的高亲和力探针。生物素标记的环氧霉素可以与多种蛋白酶体催化亚基共价结合,例如LMP7、Z和MECL1。
生物素-环氧霉素(CAS 1334608-28-4)是环氧霉素的生物素标记衍生物,环氧霉素是一种高效且选择性的蛋白酶体抑制剂,最初从放线菌中分离得到。该化合物由环氧霉素活性基团通过短连接子与生物素标签连接而成。它作为一种高亲和力探针,能够共价结合多种蛋白酶体催化亚基的活性位点,从而可以从复杂的生物样品中鉴定和纯化这些亚基。该探针是研究泛素-蛋白酶体通路、免疫蛋白酶体功能以及癌症研究中靶点结合研究的宝贵工具。仅供研究使用;不得用于人体。
生物活性&实验参考方法
靶点
Biotin-epoxomicin targets the proteasome, a large multi-catalytic protease complex responsible for degrading ubiquitinated proteins. Specifically, it covalently binds to the catalytically active N-terminal threonine residues of the beta subunits, including the constitutive subunits beta1 (caspase-like), beta2 (trypsin-like), and beta5 (chymotrypsin-like), as well as the immunoproteasome subunits LMP7 (beta5i), MECL1 (beta2i), and LMP2 (beta1i). The epoxomicin moiety is an irreversible inhibitor that forms a morpholino adduct with the threonine hydroxyl. The biotin tag allows for affinity capture using streptavidin-conjugated beads, making it possible to pull down and identify active proteasome subunits from cell lysates or purified preparations. This probe operates within the ubiquitin-proteasome pathway (UPP) and is used to study proteasome composition and activity.
体外研究 (In Vitro)
体外实验表明,生物素标记的环氧霉素不具有传统的药理活性,例如细胞杀伤的IC50值;相反,其活性体现在其能够共价标记并富集蛋白酶体亚基。在0.1-10 uM的浓度下,当与细胞裂解液或纯化的20S蛋白酶体复合物在37degC孵育30-60分钟时,该探针可与活性亚基结合。标记的亚基随后可被链霉亲和素磁珠捕获、洗脱,并使用亚基特异性抗体通过LC-MS/MS或Western blot进行鉴定。该探针已被用于证明环氧霉素可与免疫蛋白酶体中的LMP7、Z和MECL1亚基结合。由于该探针用于下拉实验,因此通常不检测其本身的细胞毒性。该探针不适用于细胞活力检测,但如果用于细胞实验,在高浓度下可能会抑制蛋白酶体活性。 DMSO 用作溶剂(最终含量 ≤0.1%)。
体内研究 (In Vivo)
由于生物素-环氧霉素仅设计为用于生化下拉实验的体外研究探针,因此目前尚无其体内活性数据。该探针不适用于活体动物的治疗或疗效研究。然而,理论上,可以先用该探针处理培养细胞,然后裂解细胞并进行下拉实验,以研究细胞内蛋白酶体靶标的结合情况。但该化合物本身不用于体内动物给药,因为生物素标签可能会改变其药代动力学,且其与链霉亲和素的高亲和力结合在体内并不相关。仅供研究使用。
酶活实验
对于非细胞(无细胞)蛋白酶体结合实验,将纯化的20S蛋白酶体(例如,来自兔或人细胞,1-5 ug)稀释于50 uL实验缓冲液(50 mM Tris-HCl pH 7.4、20 mM KCl、5 mM MgCl2、1 mM DTT、0.01% NP-40)中。从1 mM DMSO储备液中加入生物素标记的环氧霉素,使其最终浓度分别为0.1、0.5、1、5和10 uM(DMSO ≤1%)。将混合物在37℃孵育30-60分钟。然后,加入10 uL链霉亲和素-琼脂糖珠(预先用实验缓冲液洗涤3次),并将混合物在4℃旋转孵育1-2小时。通过离心(500×g,2分钟)收集磁珠,并用含0.1% Triton X-100的500 uL检测缓冲液洗涤3-5次,随后用不含去污剂的缓冲液洗涤2次。将结合的蛋白质用30 uL 2× SDS-PAGE上样缓冲液煮沸5分钟洗脱。将样品在12% SDS-PAGE凝胶上进行电泳分离,然后用考马斯亮蓝染色或转移至PVDF膜进行Western blot分析。Western blot分析中使用针对蛋白酶体亚基的抗体(例如,抗β5、抗LMP7、抗MECL1)。实验包含仅含DMSO的对照。阳性对照:加入游离环氧霉素(10 uM)和生物素标记的环氧霉素以竞争结合位点,从而验证特异性。
细胞实验
对于体外细胞下拉实验,将细胞(例如 HeLa、B16 黑色素瘤或 293T 细胞)培养于合适的培养基中,并在细胞汇合度达到 80-90% 时收集。用冰冷的 PBS 洗涤细胞,然后在冰上用 RIPA 裂解缓冲液(50 mM Tris-HCl pH 7.4、150 mM NaCl、1% NP-40、0.5% 脱氧胆酸钠、0.1% SDS、1× 蛋白酶抑制剂混合物)裂解 30 分钟。裂解液经离心(14,000×g,15 分钟,4℃)澄清后,用 BCA 法测定蛋白浓度。每次下拉实验中,将 500-1000 ug 裂解液蛋白溶于 500 uL 裂解缓冲液中,加入 1-10 uM 的生物素标记的环氧霉素(来自 DMSO 储备液),于 37℃ 下轻柔摇动孵育 1-2 小时。然后加入 20 uL 链霉亲和素-琼脂糖珠(预洗),混合物于 4℃ 下旋转孵育过夜或 2 小时。用 500 uL 裂解缓冲液洗涤珠子 5 次,再用 PBS 洗涤 2 次。结合的蛋白用上述 SDS-PAGE 缓冲液煮沸洗脱。洗脱液通过 Western blot 分析蛋白酶体亚基,或通过 LC-MS/MS 分析进行蛋白质组鉴定。阴性对照:仅含 DMSO。竞争对照:将10倍过量的游离环氧霉素与裂解液预孵育30分钟,然后再加入生物素标记的环氧霉素。最终反应中DMSO浓度应≤0.1%,以避免非特异性效应。
动物实验
不适用。生物素-环氧霉素不用于体内动物研究。它是一种体外生化探针,用于从细胞裂解液或纯化蛋白中进行下拉实验。目前尚无针对该化合物的动物给药、疗效或毒理学标准方案。本品不适用于活体动物。仅供研究使用。
药代性质 (ADME/PK)
不适用。生物素-环氧霉素并非候选药物;其药代动力学参数(吸收、分布、代谢、排泄、半衰期、生物利用度)不相关且尚未测定。该化合物仅用于试管试验。冻干粉末应密封干燥于-20℃保存,避光防潮,最长可保存3年。溶于DMSO后(例如,配制成1-10 mM的储备液),应分装后于-80℃保存,最长可保存1年,并避免反复冻融。分子量为724.95 g/mol。溶解性:DMSO(10 mg/mL),难溶于水。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
目前尚无生物素标记的环氧霉素作为研究探针的毒性数据。在下拉实验所用的浓度(1-10 μM)下,预计不会出现急性毒性反应。然而,环氧霉素本身是一种强效的蛋白酶体抑制剂,浓度高于100 nM时可能对细胞产生细胞毒性。生物素标记的环氧霉素可能保留了蛋白酶体抑制活性,因此在操作时应采取常规的谨慎措施:避免吸入、摄入和皮肤/眼睛接触;使用个人防护装备(手套、实验服、护目镜);在通风橱内操作。仅供研究使用,不得用于人体诊断或治疗。请根据当地危险废物处理法规处置废弃物。
参考文献

[1]. Total synthesis of the potent proteasome inhibitor epoxomicin: a useful tool for understanding proteasome biology. Bioorg Med Chem Lett. 1999;9(15):2283-2288.

[2]. Activity-based profiling reveals reactivity of the murine thymoproteasome-specific subunit beta5t. Chem Biol. 2010;17(8):795-801.

其他信息
CAS号:1334608-28-4。分子式:C35H60N6O8S,分子量724.95。该化合物由生物素与环氧霉素序列Ile-Ile-Thr-Leu-((2R)-2-甲基环氧乙烷基) (IIT-[Leu((2R)-2-甲基环氧乙烷基)])连接而成。也称为生物素化环氧霉素。纯度:通常通过高效液相色谱法(HPLC)测定≥95%。储存:粉末,-20℃保存,防潮。该探针用于活性蛋白酶体亚基的亲和纯化以及免疫蛋白酶体生物学的研究。在某些司法管辖区是否属于管制物质?未具体说明。仅供研究使用。通路:泛素-蛋白酶体。不可用于人体。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C35H60N6O8S
分子量
724.95
CAS号
1334608-28-4
序列
Biotin-IIT-{Leu((2R)-2-methyloxiranyl)}Biotin-Ile-Ile-Thr-{Leu((2R)-2-methyloxiranyl)}
外观&性状
White to off-white solid powder
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

Note: 请将本产品存放在密封保护的环境中,避免受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.3794 mL 6.8970 mL 13.7941 mL
5 mM 0.2759 mL 1.3794 mL 2.7588 mL
10 mM 0.1379 mL 0.6897 mL 1.3794 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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