Thalidomide-5-PEG6-NH2 hydrochloride

目录号: V76425 纯度: ≥98%
Thalidomide-5-PEG6-NH2 HCl 是一种基于 Thalidomide 的 cereblon (E3 连接酶) 配体,可招募 CRBN 蛋白。
Thalidomide-5-PEG6-NH2 hydrochloride 产品类别: Ligands for E3 Ligase
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
沙利度胺-5-PEG6-NH2 HCl 是一种基于沙利度胺的 cereblon(E3 连接酶)配体,可募集 CRBN 蛋白。沙利度胺-5-PEG6-NH2 HCl 可通过连接子与靶蛋白配体偶联,形成 PROTAC 分子。例如 THAL-SNS-032。
沙利度胺-5-PEG6-NH2 盐酸盐是一种基于沙利度胺的 cereblon (CRBN) 配体,其特征是具有一个末端为伯胺基团的 PEG6(六乙二醇)亲水性连接基团。该化合物以盐酸盐形式提供,以提高其水溶性和稳定性。这种 E3 连接酶配体-连接基团偶联物设计用于 PROTAC(蛋白水解靶向嵌合体)技术,其中沙利度胺衍生的部分与 CRBN 结合,末端胺基团提供一个偶联位点,用于连接靶蛋白结合配体。PEG6 连接基团在亲水性、柔性和长度方面介于 PEG5 和 PEG7 变体之间,具有良好的平衡性。
生物活性&实验参考方法
靶点
The compound targets cereblon (CRBN), an E3 ubiquitin ligase substrate receptor within the CUL4-RBX1-DDB1-CRBN complex. The thalidomide-based ligand binds to CRBN, recruiting the E3 ubiquitin ligase machinery. When the compound is conjugated to a target protein ligand, the resulting bifunctional PROTAC molecule brings the target protein into proximity with the E3 ligase, leading to target ubiquitination and subsequent degradation by the 26S proteasome. The PEG6 linker provides sufficient length and flexibility to accommodate various distances between CRBN and different target proteins.
体外研究 (In Vitro)
该化合物作为PROTAC构建单元,可实现体外活性。当与靶蛋白结合配体偶联后,所得PROTAC可诱导靶蛋白选择性泛素化和蛋白酶体依赖性降解。单独的配体-连接子偶联物本身几乎没有生物活性。在细胞实验中,用该连接子构建的PROTAC(例如THAL-SNS-032)在纳摩尔浓度下即可有效降解靶蛋白。标准验证方法包括用不同浓度(0.001-10 uM)的PROTAC处理细胞4-24小时,然后进行Western blot分析以定量靶蛋白水平。DC50值(50%降解浓度)通常在低纳摩尔至亚微摩尔范围内,具体数值取决于靶蛋白。
体内研究 (In Vivo)
通常使用小鼠异种移植模型进行含有PEG6连接子的PROTACs的体内疗效研究。将完整的PROTAC分子通过腹腔注射(IP)或静脉注射(IV)途径给予荷瘤免疫缺陷小鼠,剂量范围为1-30 mg/kg,通常每日或隔日给药,持续2-4周。PEG6连接子具有适度的亲水性,既有利于水性制剂的配制,又能保持足够的细胞渗透性。疗效评估方法包括:每2-3天使用游标卡尺测量肿瘤体积、监测体重,以及在研究结束时对收集的肿瘤组织进行Western blot/IHC分析,检测靶蛋白的降解情况。此外,还会评估药效学生物标志物的变化。
酶活实验
沙利度胺-5组分与CRBN的结合亲和力可通过表面等离子共振(SPR)或荧光偏振(FP)竞争性结合实验进行测定。SPR实验中,纯化的CRBN-DDB1复合物固定在传感器芯片上,不同浓度的化合物溶液流经芯片,以测定结合动力学(kon、koff)和亲和力(KD)。FP实验中,荧光标记的沙利度胺探针与未标记的测试化合物竞争结合,以测定IC50值。典型的实验缓冲液为:50 mM HEPES(pH 7.4)、150 mM NaCl、1 mM DTT、0.01% Tween-20和0.1 mg/mL BSA。基于沙利度胺的CRBN配体的KD值通常在低微摩尔范围内(约1-10 uM)。
细胞实验
为了构建 PROTAC 分子,将该化合物的末端伯胺与含有羧酸基团的目标蛋白配体偶联。采用标准的酰胺偶联化学方法,以 HATU 或 EDCI/HOBt 为偶联试剂,DIPEA 为碱,在无水 DMF 或 DMSO 中进行反应。该反应通常在室温下进行 2-12 小时。所得 PROTAC 通过制备型 HPLC 纯化,并用 LC-MS 和 NMR 进行表征。为了验证细胞活性,用 PROTAC(0.001-10 uM,4-24 小时)处理细胞,然后裂解细胞并进行 Western 印迹分析以评估目标蛋白的降解情况。对照条件包括未偶联的目标配体、CRBN 配体以及无活性对照 PROTAC(例如,带有乱序连接基),以确认靶向降解。
动物实验
采用含PEG6连接子的PROTACs进行的体内动物研究遵循已建立的异种移植模型。将人癌细胞皮下植入雌性或雄性免疫缺陷小鼠(裸鼠或NSG小鼠,6-8周龄,每组n=5-10)。当肿瘤体积达到约100-200 mm³时,将动物随机分组。将PROTACs配制于合适的溶剂中(例如,10% DMSO、40% PEG300、5% Tween 80、45%生理盐水),并以1-30 mg/kg的剂量腹腔注射或静脉注射给药。给药频率通常为每日一次或隔日一次,持续2-4周。每2-3天记录一次肿瘤体积(计算公式为0.5 × 长 × 宽²)和体重。在研究终点,收集肿瘤、血浆和关键组织进行 PK 分析(LC-MS/MS)和 PD 分析(Western blot 检测靶蛋白水平)。
药代性质 (ADME/PK)
对于独立的配体-连接子偶联物(分子量约为 574 g/mol),目前尚无公开的药代动力学研究数据。当将其引入 PROTAC 中时,PEG6 连接子赋予其适度的亲水性,从而影响其整体分子性质。PEG6 能够平衡水溶性和膜渗透性:较长的 PEG 链可提高溶解度,但可能降低细胞渗透性;而较短的 PEG 链则可能产生相反的效果。由于分子量高(>800 Da)且极性表面积大,PROTAC 的口服生物利用度通常较低(通常 <10%),因此需要肠外给药。在啮齿动物体内,其血浆半衰期通常较短至中等(2-6 小时),主要通过肝脏代谢清除。盐酸盐形式可提高制剂的溶解度,通常在含有适当助溶剂的水性缓冲液中可达到良好的溶解度(>10 mg/mL)。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
目前尚无公开的沙利度胺-5-PEG6-NH2盐酸盐的毒理学数据。作为一种沙利度胺衍生的CRBN配体,该化合物与沙利度胺具有相似的结构特征。沙利度胺因其与脑蛋白结合的活性而具有明确的致畸性(可导致严重的出生缺陷)。PEG6连接基团和盐酸盐并不能消除这种潜在毒性。因此,操作时必须严格遵守化学安全规程。所有操作均应在通风良好的化学通风橱中进行,并佩戴适当的个人防护装备(手套、实验服、护目镜)。孕妇或可能怀孕者应避免接触沙利度胺衍生物。本产品仅供研究使用,不得用于人体或治疗用途。
其他信息
沙利度胺-5-PEG6-NH2盐酸盐是一种用于PROTAC靶向蛋白降解研究的专用研究工具。与PEG5和PEG7变体相比,PEG6连接子的长度适中,可用于优化特定靶蛋白的降解效率。该化合物可通过连接子与蛋白配体连接,形成PROTAC。例如,THAL-SNS-032是一种著名的PROTAC,由沙利度胺基CRBN配体与CDK抑制剂SNS-032连接而成。该化合物仅用于癌症生物学、化学生物学和药物发现等研究应用,尚未进行临床试验,也未获批准上市。储存条件:粉末,-20℃避光防潮保存,最长可达3年。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C25H36CLN3O10
分子量
574.02
外观&性状
White to off-white solid powder
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮和光照。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.7421 mL 8.7105 mL 17.4210 mL
5 mM 0.3484 mL 1.7421 mL 3.4842 mL
10 mM 0.1742 mL 0.8710 mL 1.7421 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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