Thalidomide-5-O-C13-NH2 hydrochloride

目录号: V76430 纯度: ≥98%
Thalidomide-5-O-C13-NH2 HCl 是一种基于 Thalidomide 的 cereblon (E3 连接酶) 配体,可招募 CRBN 蛋白。
Thalidomide-5-O-C13-NH2 hydrochloride 产品类别: Ligands for E3 Ligase
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
沙利度胺-5-O-C13-NH2 HCl 是一种基于沙利度胺的 cereblon(E3 连接酶)配体,可募集 CRBN 蛋白。沙利度胺-5-O-C13-NH2 HCl 可通过连接子与靶蛋白配体偶联,形成 PROTAC 分子。例如 THAL-SNS-032。
沙利度胺-5-O-C13-NH2 盐酸盐是一种基于沙利度胺的 cereblon (CRBN) 配体,其特征是具有一个末端连接有伯胺基团的 13 碳烷基连接基 (C13),以盐酸盐形式提供。该化合物包含基于沙利度胺的 cereblon 配体和用于 PROTAC 技术的连接基。沙利度胺衍生的部分与 E3 泛素连接酶底物受体 CRBN 结合,而末端胺基则提供了一个用于连接靶蛋白结合配体的偶联基团。C13 烷基连接基提供了一个较长的疏水间隔基,略短于 C14 变体。
生物活性&实验参考方法
靶点
The compound targets cereblon (CRBN), a component of the CUL4-RBX1-DDB1-CRBN E3 ubiquitin ligase complex. The thalidomide-derived ligand binds to CRBN, recruiting the E3 ubiquitin ligase machinery. When conjugated to a target protein ligand, the resulting PROTAC molecule brings the target protein into proximity with the E3 ligase, facilitating target ubiquitination and subsequent proteasomal degradation. The C13 alkyl linker (13 carbons) is highly hydrophobic and provides substantial spatial separation between the CRBN ligand and the conjugated target ligand, making it suitable for target proteins requiring long reach.
体外研究 (In Vitro)
该化合物的体外活性是通过其作为PROTAC构建单元实现的。当与靶蛋白结合配体偶联时,生成的PROTAC可诱导靶蛋白泛素化和蛋白酶体依赖性降解。单独的配体-连接子偶联物本身几乎没有生物活性。在基于细胞的实验中,已评估了由长烷基连接子(C13-C14)构建的PROTAC对需要广泛空间分离的靶蛋白的降解作用。典型的验证方法是将细胞用浓度范围为0.001-10 uM的PROTAC处理4-24小时,然后进行Western blot分析以定量靶蛋白水平。剂量反应曲线得到的DC50值取决于特定的靶蛋白和最佳连接子长度。
体内研究 (In Vivo)
含有C13连接基的PROTAC的体内疗效研究通常在小鼠异种移植模型中进行。将完整的PROTAC分子通过腹腔注射(IP)或静脉注射(IV)途径给予荷瘤免疫缺陷小鼠,剂量范围为1-30 mg/kg。给药频率通常为每日一次或隔日一次,持续2-4周。高度疏水性的C13烷基连接基显著降低了水溶性,因此需要使用DMSO、PEG300、Tween 80、环糊精等助溶剂或脂质体等特殊制剂。疗效评估方法包括肿瘤体积测量、对收集的肿瘤组织中靶蛋白降解情况进行Western blot分析以及药效学标志物的评估。
酶活实验
CRBN 结合亲和力可通过荧光偏振 (FP) 竞争性结合实验或表面等离子共振 (SPR) 进行测定。在 FP 实验中,将纯化的 CRBN-DDB1 复合物与荧光标记的沙利度胺探针和不同浓度的待测化合物孵育。通过测量探针的位移来确定 IC50 值。在 SPR 实验中,将纯化的 CRBN-DDB1 复合物固定在传感器芯片上,并让不同浓度的待测化合物流过芯片以确定结合动力学。典型的实验缓冲液为:50 mM HEPES (pH 7.4)、150 mM NaCl、1 mM DTT、0.01% Tween-20 和 0.1 mg/mL BSA。5-O 位的 C13 连接基是一个标准的连接位点,不会干扰 CRBN 的结合界面。沙利度胺类配体的 KD 值通常在低微摩尔范围内。
细胞实验
构建 PROTAC 分子时,通过标准的酰胺偶联反应,将末端伯胺与含有羧酸的目标蛋白配体连接。通用步骤:将目标配体羧酸(1.0 当量)溶解于无水 DMF 或 DMSO 中,然后加入 HATU 或 EDCI/HOBt(1.2 当量)和 DIPEA(2-3 当量),搅拌 10-30 分钟。随后加入胺连接剂(1.0-1.2 当量),并在室温下搅拌反应 2-12 小时。所得 PROTAC 通过制备型 HPLC 纯化,并用 LC-MS 和 NMR 进行表征。为验证细胞活性,用 PROTAC(0.001-10 uM,4-24 小时)处理细胞,然后裂解细胞,并通过 Western 印迹分析评估目标蛋白的降解情况。
动物实验
使用含有C13连接子的PROTACs进行的体内动物研究遵循标准的异种移植方案,并特别注意制剂的配制。将携带皮下人肿瘤异种移植瘤(约100-200 mm³)的免疫缺陷小鼠(裸鼠或NSG小鼠,6-8周龄,每组n=5-10)随机分组。PROTACs配制于适用于高疏水性化合物的载体中(例如,10% DMSO、40% PEG300、5% Tween 80、45%生理盐水;或10% DMSO、90%玉米油;或环糊精基制剂),并以1-30 mg/kg的剂量腹腔注射或静脉注射给药。给药频率为每日一次至每周三次。每2-3天记录一次肿瘤体积和体重。研究结束时(2-4 周),收集肿瘤组织进行蛋白质印迹或免疫组化分析以检测靶蛋白降解,并收集血浆进行药代动力学分析。
药代性质 (ADME/PK)
对于独立的配体-连接子偶联物,C13烷基连接子具有高度疏水性,导致其水溶性极低(在简单缓冲液中<0.1 mg/mL)且亲脂性高(logP值高)。当将其引入PROTACs中时,C13连接子会显著提高整体亲脂性,从而影响其药代动力学性质,包括水溶性受限(需要特殊制剂)、血浆蛋白结合率高(>99%)、由于清除缓慢和组织分布广泛而可能导致半衰期延长,以及非特异性结合、脱靶毒性和在脂肪组织中潜在蓄积的风险增加。盐酸盐形式可在一定程度上改善其操作溶解度。目前尚无针对该特定连接子变体的专门药代动力学研究。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
目前尚无公开的沙利度胺-5-O-C13-NH2盐酸盐的毒理学数据。沙利度胺衍生物是已知的致畸剂,可通过与CRBN结合导致严重的出生缺陷。较长的疏水性C13连接基并不能消除这种风险。此外,高亲脂性化合物可能增加组织蓄积、非特异性蛋白结合以及脱靶毒性(包括潜在的肝毒性)的风险。研究人员必须极其谨慎地处理该化合物:在通风橱内操作,穿戴适当的个人防护装备(丁腈手套、实验服、安全眼镜、面罩),避免皮肤接触、吸入和摄入。孕妇或可能怀孕者应避免接触。本产品仅供研究使用,不得用于人体或治疗用途。
其他信息
盐酸沙利度胺-5-O-C13-NH2 是一种用于基于 PROTAC 的靶向蛋白降解的研究工具。C13 连接子的长度介于 C12 和 C14 变体之间,可对间隔子长度进行微调,从而优化特定靶蛋白的降解。该化合物属于同源系列,可用于系统地优化 PROTAC 设计中的连接子长度。其作用机制涉及 CRBN 的募集,并通过泛素-蛋白酶体系统促进靶蛋白的泛素化和降解。该化合物仅供实验室研究使用,包括化学生物学、靶向蛋白降解、癌症研究和药物研发。尚未进行临床试验,也未获批准上市。储存:粉末,-20℃,避光防潮,惰性气体保护。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C26H38CLN3O5
分子量
508.05
外观&性状
White to off-white solid powder
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: (1). 本产品在运输和储存过程中需避光。  (2). 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.9683 mL 9.8416 mL 19.6831 mL
5 mM 0.3937 mL 1.9683 mL 3.9366 mL
10 mM 0.1968 mL 0.9842 mL 1.9683 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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