Nutlin-C1-amido-PEG4-C2-N3 (MDM2 Ligand-Linker Conjugates 1; E3 ligase Ligand-Linker Conjugates 48)

目录号: V76688 纯度: ≥98%
Nutlin-C1-amido-PEG4-C2-N3 是一种合成 E3 连接酶(例如 CRBN)配体-连接子缀合物,含有基于 Nutlin 3 的 MDM2 配体和 4 单元 PEG 连接子。
Nutlin-C1-amido-PEG4-C2-N3 (MDM2 Ligand-Linker Conjugates 1; E3 ligase Ligand-Linker Conjugates 48) 产品类别: E3 Ligase Ligand-Linker Conjugates
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
Nutlin-C1-amido-PEG4-C2-N3 是一种合成的 E3 连接酶(例如 CRBN)配体-连接子缀合物,包含一个基于 Nutlin 3 的 MDM2 配体和一个 4 单元的 PEG 连接子。Nutlin-C1-amido-PEG4-C2-N3 是一种点击化学试剂。它含有一个叠氮基 (N3),可以与带有炔基的化合物发生 CuAAc 反应(铜催化叠氮-炔环加成反应)。对于带有 BCN 或 DBCO 基团的化合物,也可能发生 SPAAC 反应(应变促进的炔-叠氮环加成反应)。
Nutlin-C1-氨基-PEG4-C2-N3(也称为MDM2配体-连接子偶联物1或E3连接酶配体-连接子偶联物48)是一种合成化学偶联物,用于开发蛋白水解靶向嵌合体(PROTAC)。该化合物由三个部分组成:一个基于Nutlin-3的配体,可与MDM2(小鼠双微体2同源物,一种E3泛素连接酶)结合;一个4单元聚乙二醇(PEG4)连接子;以及一个用于点击化学偶联的叠氮(N3)基团。这种研究级化合物是一种双功能工具,可用于设计靶向蛋白降解(TPD)分子,特别是用于募集MDM2降解目标蛋白。它是一种用于PROTAC技术的配体-连接子偶联物。
生物活性&实验参考方法
靶点
MDM2
The targeting component of Nutlin-C1-amido-PEG4-C2-N3 is the Nutlin-3-based MDM2 ligand. This ligand binds with high affinity to MDM2, a RING finger E3 ubiquitin ligase that is the primary negative regulator of the tumor suppressor p53. By binding to MDM2, the ligand recruits the E3 ligase to a protein of interest (POI) when that POI is conjugated to the same molecule. The azide (N3) group at the other end of the linker can be conjugated to a target protein ligand via copper-catalyzed or strain-promoted azide-alkyne cycloaddition (click chemistry). This creates a bifunctional PROTAC molecule. The PROTAC brings the POI into proximity with MDM2, leading to ubiquitination and subsequent degradation of the POI by the proteasome. MDM2 is the E3 ligase used for targeted protein degradation.
体外研究 (In Vitro)
该化合物本身(未连接靶标结合配体)的体外活性无法直接测定。相反,其效用是通过与靶蛋白配体偶联来验证的。母体化合物Nutlin-3是MDM2-p53相互作用的强效抑制剂(IC50约为90 nM)。在以MDM2为E3连接酶的PROTAC中,嵌合分子应以浓度依赖的方式诱导靶蛋白降解。例如,当与BET溴结构域抑制剂(如JQ1)偶联时,所得PROTAC可以降解细胞内的BRD4蛋白(例如,处理6-24小时后,BRD4降解的IC50在低纳摩尔范围内)。PROTAC的有效性取决于靶标、连接子长度和具体的偶联化学方法。PEG4连接子提供了足够的灵活性和溶解性。
体内研究 (In Vivo)
该化合物的体内活性是通过利用类似MDM2募集偶联物开发的PROTAC推断出来的。在小鼠异种移植模型中,已证实募集MDM2的PROTAC能够诱导靶蛋白(例如BRD4、ERα、AR)降解并抑制肿瘤生长。例如,据报道,使用MDM2配体靶向BRD4的PROTAC在静脉或腹腔注射后能够诱导肿瘤中BRD4降解并缩小肿瘤体积。其疗效取决于特定PROTAC分子的稳定性和生物利用度。PEG连接子旨在提高水溶性和循环时间。该化合物本身是PROTAC合成的结构单元,通常用于药物化学和化学生物学研究。
酶活实验
Nutlin-C1-amido-PEG4-C2-N3 不用于无细胞靶标结合实验,它是一种化学构建模块。然而,与靶标配体偶联后,即可进行无细胞泛素化实验。反应体系(30-50 uL)包含 50 mM Tris-HCl(pH 7.5)、5 mM MgCl2、2 mM ATP、1 mM DTT、E1 泛素激活酶(50 nM)、E2 泛素结合酶(100 nM)、MDM2(作为 E3 连接酶,50 nM)、泛素(10 uM)和 PROTAC 分子(0.01-10 uM)。此外,还包含重组目标蛋白 (POI)。反应在 37℃ 下孵育 30-120 分钟。加入SDS-PAGE上样缓冲液终止反应。使用抗泛素抗体或标签特异性抗体(例如,抗His抗体或抗FLAG抗体)进行Western blotting分析,以检测泛素化的POI。高分子量泛素缀合物的形成表明PROTAC介导的泛素化成功。
细胞实验
为了验证由该缀合物制备的PROTAC的细胞活性,进行基于细胞的降解实验。将目标蛋白表达于细胞系(例如HeLa、HEK293或具有内源性目标蛋白表达的癌细胞系)中。利用点击化学,将目标蛋白配体(例如BRD4的JQ1、ERα的氟维司群、AR的恩扎卢胺)偶联到叠氮基团上,合成PROTAC。将细胞接种于6孔或12孔板中(2-5×10⁵个细胞/孔)。次日,用不同浓度的PROTAC(0.1 nM-10 uM)或DMSO溶剂处理细胞4-24小时。然后收集细胞并裂解。将裂解液进行SDS-PAGE电泳和Western blotting分析,使用针对目标蛋白的抗体。通过密度扫描法定量分析降解情况,并以内参(例如 GAPDH、β-肌动蛋白)进行标准化。计算半数最大降解浓度 (DC50)。阴性对照(含非活性配体的 PROTAC)不应诱导降解。该化合物为 MDM2 配体-连接子偶联物。
动物实验
该化合物是PROTAC合成的结构单元,通常不用于动物实验。PROTAC分子的体内疗效研究需使用完全合成的PROTAC。例如,靶向BRD4的PROTAC(使用基于Nutlin的MDM2配体)可在小鼠异种移植模型中进行评估。将携带150-200 mm³皮下肿瘤(例如HeLa或22Rv1)的雌性BALB/c裸鼠随机分为治疗组(每组n=8-10)。将PROTAC配制于合适的溶剂中(例如10% DMSO、10% Cremophor EL、80%生理盐水或0.5%甲基纤维素)。PROTAC通过腹腔注射(IP)或静脉注射(IV)给药,剂量为1-30 mg/kg,每日一次或隔日一次,持续14-21天。每周使用游标卡尺测量两次肿瘤体积。研究结束时,切除肿瘤并进行蛋白质印迹分析以确认靶标降解情况。同时测量药代动力学参数。该化合物不能单独使用;它需要与靶标结合配体偶联才能发挥作用。
药代性质 (ADME/PK)
Nutlin-C1-氨基-PEG4-C2-N3 的分子式为 C42H52Cl2N8O9,分子量为 883.83 g/mol。该化合物以固体形式供应(纯度 >97%),应在 -20℃ 的密封容器中避光防潮保存,在此条件下可稳定保存长达 3 年。溶液保存方面,DMSO 储备液(10-20 mM)应在 -80℃ 下保存长达 6 个月。该化合物可溶于 DMSO(10-20 mg/mL)。PEG4 连接基团可提高其在水性缓冲液中的溶解度。叠氮基团具有反应活性,可用于铜催化点击化学 (CuAAC) 或应变促进的叠氮-炔环加成反应 (SPAAC),与含炔基的靶蛋白配体进行反应。该设计采用了酰胺键和短的PEG连接基。本产品仅供研究使用。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
本产品仅供研究使用,不可用于人体治疗。该化合物为MDM2配体-连接子偶联物。其母体配体Nutlin-3在细胞培养中纳摩尔浓度下无急性毒性,但可激活p53通路,导致p53野生型细胞发生细胞周期阻滞和凋亡。该化合物应作为潜在生物危害物处理。应遵循标准实验室安全操作规程(佩戴手套、实验服和护目镜)。避免吸入粉末,并避免接触皮肤和眼睛。该化合物并非FDA批准的药物,仅供研究用途。
参考文献

[1]. PROTACs: An Emerging Targeting Technique for Protein Degradation in Drug Discovery. Bioessays. 2018 Apr;40(4):e1700247.

其他信息
PROTAC(蛋白水解靶向嵌合体)是一类新型治疗方法,其作用机制是诱导疾病相关蛋白的降解,而非抑制它们。MDM2是几种E3泛素连接酶之一(其他包括CRBN、VHL和IAP),这些酶已被成功用于基于PROTAC的蛋白降解。基于Nutlin的MDM2配体能够高亲和力地结合MDM2的p53结合口袋(Ki约为30-50 nM)。PEG4连接子具有亲水性和柔性,可提高PROTAC分子的水溶性,并使两个结合部分能够采取最佳构象以形成三元复合物。叠氮基团是用于选择性偶联的生物正交基团。该偶联物为MDM2配体-连接子偶联物1,仅供研究使用。请勿包含供应商信息。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C42H52CL2N8O9
外观&性状
Typically exists as solid at room temperature
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO :~200 mg/mL (~226.29 mM)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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