GK16S

目录号: V76980 纯度: ≥98%
GK16S 是 UCHL1 化学基因组探针。
GK16S 产品类别: Deubiquitinase
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
5mg
10mg
Other Sizes
点击了解更多
  • 与全球5000+客户建立关系
  • 覆盖全球主要大学、医院、科研院所、生物/制药公司等
  • 产品被大量CNS顶刊文章引用
InvivoChem产品被CNS等顶刊论文引用
产品描述
GK16S 是一种 UCHL1 化学基因组探针。GK16S 可作为 GK13S 的补充。GK16S 和 GK13S 可用于研究 UCHL1 在细胞中的功能。GK16S 是一种点击化学试剂。它含有炔基,可与含有叠氮基的化合物发生 CuAAc 反应(铜催化叠氮-炔环加成反应)。
GK16S 是一种 UCHL1(泛素 C 端水解酶 L1)化学基因组探针,可作为活性 UCHL1 抑制剂 GK13S 的阴性对照或补充。GK16S 是一种无毒探针,它不抑制 UCHL1,但能与 GK13S 的“次要靶点”相互作用,包括 PARK7 (DJ-1)、C21orf33、ISOC1 和 NIT2。该化合物含有炔基,使其成为一种点击化学试剂,能够与含叠氮基团的分子进行铜催化的叠氮-炔环加成反应 (CuAAc)。GK16S 用于研究细胞中 UCHL1 的功能,因为它能提供脱靶效应的对照。
生物活性&实验参考方法
靶点
UCHL1 (ubiquitin C-terminal hydrolase L1) (negative probe). Unlike GK13S (UCHL1 inhibitor), GK16S does not inhibit UCHL1 activity. Instead, it is designed as a chemogenomic probe to engage non-UCHL1 targets (off-targets) including PARK7/DJ-1, C21orf33, ISOC1, and NIT2. These targets represent the "lesser" or secondary targets of GK13S, which may contribute to phenotypic effects observed with the inhibitor. GK16S serves as a specificity control to differentiate UCHL1-dependent effects from off-target effects. The compound does not inhibit recombinant or cellular UCHL1, nor does it reduce monoubiquitin levels in cells. GK16S is a valuable tool for validating that observed biological activities are indeed due to UCHL1 inhibition.
体外研究 (In Vitro)
体外实验表明,GK16S 不抑制 UCHL1 活性,也不降低人胶质母细胞瘤细胞中的单泛素水平。活性 UCHL1 抑制剂 GK13S 能以 50 nM 的 IC50 值抑制重组 UCHL1,并降低细胞内单泛素水平,而 GK16S 在浓度相当或更高(高达 10 uM)时,对 UCHL1 的抑制活性几乎可以忽略不计。然而,GK16S 会与 GK13S 靶向的非靶蛋白(PARK7、C21orf33、ISOC1 和 NIT2)结合。这种选择性使得 GK16S 成为化学基因组学研究中用于解析 UCHL1 生物学特性的理想阴性对照探针。炔基的存在使得可以通过点击化学方法可视化探针与其靶蛋白的结合。
体内研究 (In Vivo)
目前尚无GK16S的具体体内数据。作为一种专为细胞研究设计的化学基因组探针,GK16S主要用于体外实验,以验证GK13S观察到的UCHL1依赖性表型。在基于细胞的实验中,GK16S的给药浓度最高可达10 uM,作用时间为24-72小时,并将细胞效应与活性抑制剂GK13S诱导的效应进行比较。如果GK13S观察到的表型在GK16S处理的细胞中消失,则支持该表型是由UCHL1抑制而非脱靶效应引起的结论。GK16S尚未用于动物模型或作为治疗药物。该化合物仅供研究使用。
酶活实验
GK16S 含有炔烃官能团,可通过点击化学反应用荧光叠氮化物进行标记,从而研究其与蛋白质的相互作用。对于 GK16S 的直接结合实验,可采用炔烃-叠氮化物化学的下拉实验。将细胞裂解液与 GK16S (1-10 uM) 在 4℃ 下孵育 1-2 小时。洗涤后,加入生物素-叠氮化物或 TAMRA-叠氮化物以及 Cu(I) 催化剂(例如 CuSO4、THPTA、抗坏血酸钠)进行点击化学标记。生物素标记的蛋白质被链霉亲和素磁珠捕获,洗脱后通过质谱分析进行鉴定。或者,荧光标记的蛋白质可通过 SDS-PAGE 电泳分离,并通过凝胶内荧光扫描进行可视化。这些方法无需传统的酶活性测定即可鉴定与 GK16S 结合的蛋白质(非靶标结合谱)。
细胞实验
对于基于细胞的检测,将人胶质母细胞瘤 U87-MG 细胞或 HEK293 细胞接种于 6 孔板(5 × 10⁵ 个细胞/孔)中,并过夜培养。用 GK16S(0.1-10 uM)或溶剂对照(DMSO)处理细胞 24-72 小时。为了验证 UCHL1 抑制,用 RIPA 缓冲液裂解细胞,并使用抗单泛素抗体通过 Western blot 检测单泛素水平。裂解液中的 UCHL1 活性可以使用荧光底物(泛素-AMC)在 96 孔板中进行测定;将裂解液(10-20 ug 蛋白)与 0.5 uM 泛素-AMC 在检测缓冲液中孵育,并在 37℃ 下监测 30-60 分钟的荧光(激发波长 380 nm,发射波长 460 nm)。对于脱靶结合研究,细胞按上述方法用 GK16S 处理,然后裂解,并进行点击化学标记以鉴定结合蛋白。比较 GK13S(UCHL1 抑制剂)和 GK16S(非活性对照)的结果,可以将表型归因于特定靶点。
动物实验
对于体内研究,目前尚无针对 GK16S 的典型方案。作为一种通用的化学基因组探针,该化合物可腹腔注射(10-50 mg/kg)给小鼠。在不同时间点(1、4、8、24 小时)收集组织(例如脑、肝、肾),进行匀浆处理,并通过液相色谱-串联质谱法 (LC-MS/MS) 测定化合物浓度。然而,由于 GK16S 通常用作阴性对照,因此不常用于体内研究;大多数使用 GK16S 的研究都是在体外进行的,目的是利用 GK13S 验证 UCHL1 的生物学特性。该化合物由于其化学结构而具有水溶性,但尚未对其体内药代动力学进行表征。GK16S 是一种研究用化学品,不适用于动物药效研究。
药代性质 (ADME/PK)
目前尚无GK16S的具体药代动力学数据。作为一种小分子探针(分子量约为390 g/mol),其药代动力学性质预计与GK13S相似。基于其结构(点击化学炔基),该化合物可能具有中等亲脂性(LogP约为2-3)。炔基的存在可能影响其代谢稳定性,因为炔烃可被细胞色素P450酶代谢。对于相关的化学基因组学探针,腹腔注射后小鼠的血浆半衰期可能为1-4小时。GK16S并非用于治疗用途,通常不会对阴性对照化合物进行详细的药代动力学表征。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
目前尚无关于GK16S的具体毒性数据。该化合物被描述为无毒,其依据是它曾被用作化学基因组学阴性对照探针,这与GK13S(一种选择性UCHL1抑制剂)有所区别。在细胞实验中,通过MTT或碘化丙啶染色评估,GK16S在浓度高达10 μM的情况下孵育24-72小时未诱导细胞毒性。该化合物不抑制UCHL1,因此不会导致单泛素积累或其他UCHL1相关毒性。尚未有关于其遗传毒性、器官毒性或致癌性的报道。应采取标准的实验室安全预防措施。GK16S仅供研究使用,不得用于人体。
参考文献

[1]. Structural basis for specific inhibition of the deubiquitinase UCHL1. Nat Commun. 2022 Oct 10;13(1):5950.

其他信息
UCHL1(泛素C端水解酶L1)是一种去泛素化酶,在神经元和某些癌细胞中高表达,参与泛素稳态、蛋白质降解和细胞存活。GK13S是一种选择性小分子UCHL1抑制剂,可用作化学探针研究UCHL1的生物学特性。GK16S是相应的非活性对照探针,它保留了与非靶蛋白(PARK7、C21orf33、ISOC1、NIT2)结合的能力,但缺乏UCHL1抑制活性。两种探针的使用可以进行化学基因组学验证,这意味着仅在GK13S而非GK16S中观察到的表型可归因于UCHL1抑制。GK16S含有炔基,使其成为铜催化叠氮-炔环加成反应(CuAAc)的点击化学试剂。这使得探针可以与荧光标签或亲和标签偶联,用于成像或下拉实验。GK16S 仅供研究使用。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C11H15N3O
分子量
205.26
外观&性状
Colorless to light yellow ointment
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
View More

注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
View More

口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 4.8719 mL 24.3593 mL 48.7187 mL
5 mM 0.9744 mL 4.8719 mL 9.7437 mL
10 mM 0.4872 mL 2.4359 mL 4.8719 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
+
+
+

计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

相关产品
联系我们