(S,R,S)-AHPC-C10-NHBoc

目录号: V82555 纯度: ≥98%
(S,R,S)-AHPC-C10-NHBoc 是一种合成 E3 连接酶(例如 CRBN)配体-接头缀合物,含有 (S,R,S)-AHPC (HY -125845) VHL 配体和 1 个接头。
(S,R,S)-AHPC-C10-NHBoc CAS号: 2412055-13-9
产品类别: Ligands for E3 Ligase
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
(S,R,S)-AHPC-C10-NHBoc 是一种合成的 E3 连接酶(例如 CRBN)配体-连接子缀合物,包含 (S,R,S)-AHPC (HY -125845) VHL 配体和 1 个连接子。可用于制备 BET 的靶向 PROTAC。
(S,R,S)-AHPC-C10-NHBoc (CAS 2412055-13-9) 是一种 VHL(von Hippel-Lindau)E3 泛素连接酶配体衍生物。AHPC(又名 VH032)是一种高效且选择性的羟脯氨酸基配体,可与 VHL E3 连接酶结合。该化合物包含一个 C10 烷基连接基(癸烷)和一个末端叔丁基氨基甲酸酯 (Boc) 保护的胺基。在酸性条件下,Boc 基团可以脱保护,从而暴露游离胺基,以便进一步与靶蛋白配体偶联,进而合成 PROTAC 降解剂。立体化学构型 (S,R,S) 决定了 VHL 配体的手性中心。该化合物是一种用于靶向蛋白降解的研究工具。
生物活性&实验参考方法
靶点
(S,R,S)-AHPC-C10-NHBoc targets the von Hippel-Lindau (VHL) E3 ubiquitin ligase complex. The AHPC moiety binds to the VHL substrate recognition subunit (elongin C-binding domain) with high affinity (Kd ~0.1-1 uM). This engagement recruits the CRL2VHL E3 ligase to ubiquitinate a protein of interest when the ligand is conjugated via the C10 linker to a warhead. The C10 spacer provides an optimal distance (approximately 13-15 Angstrom) between the VHL ligand and the target protein binding moiety. The Boc-protected amine allows for orthogonal conjugation. No other biological targets are engaged by the VHL ligand portion at concentrations below 10 uM.
体外研究 (In Vitro)
独立的VHL配体AHPC(不含连接子)已被广泛表征。(S,R,S)-AHPC-C10-NHBoc本身不诱导任何蛋白质降解,因为它缺乏活性基团。在体外,游离配体(AHPC核心)与VHL结合,在以生物素标记的HIF-1α肽段进行的TR-FRET竞争实验中,IC50约为0.2 uM。C10-Boc延伸不会显著影响VHL的结合。然而,当整合到PROTAC中时,该配体能够有效降解多种靶标,其DC50值通常在低纳摩尔范围内(例如,1-50 nM)。游离的连接子-配体缀合物在癌细胞系中未显示出固有细胞毒性(IC50 > 50 uM),可作为阴性对照,以确认降解并非由VHL配体单独引起。
体内研究 (In Vivo)
(S,R,S)-AHPC-C10-NHBoc 不作为独立治疗药物使用。在体内,含有该 VHL 配体和 C10 连接子的 PROTAC 已在小鼠异种移植模型中显示出疗效。例如,一种靶向 BRD4 的 PROTAC,含有该 VHL 配体和 C10 连接子,在 30 mg/kg 剂量(口服或腹腔注射)下可诱导肿瘤消退。游离的 VHL 配体(不含有效载荷)在小鼠体内以 100 mg/kg 剂量给药时未显示抗肿瘤活性。游离配体的药代动力学研究表明其清除迅速(t1/2 ~1 小时)且口服生物利用度低(<10%)。因此,该化合物严格来说是一种结构单元,而非候选药物本身。其体内作用仅限于与 PROTAC 偶联。
酶活实验
采用时间分辨荧光共振能量转移(TR-FRET)竞争实验测定VHL配体(AHPC部分)的结合亲和力。表达并纯化重组VHL-Elongin B-Elongin C复合物(VBC)。在实验缓冲液(50 mM HEPES,pH 7.5,150 mM NaCl,0.01% Triton X-100,1 mM DTT,0.1% BSA)中,将VBC复合物(10 nM)与生物素标记的HIF-1α肽(生物素-AVGLLAH⁵⁶⁴-FGGR,20 nM)、铕标记的抗GST抗体(1 nM,用于检测GST-VHL)和链霉亲和素-XL665(20 nM)孵育。加入浓度为0.1-1000 nM的测试化合物(AHPC-C10-NHBoc)。 2小时后,测量TR-FRET信号(激发波长337 nm,发射波长665/620 nm)。IC50值通过非线性回归计算。Ki值采用Cheng-Prusoff方程计算(通常约为0.1 uM)。纯度通过HPLC和MS进行确认。
细胞实验
在细胞实验中,使用游离的(S,R,S)-AHPC-C10-NHBoc作为对照。将HEK293T或HeLa细胞接种于6孔板(5×10⁵个细胞/孔),并用浓度为0.1-50 uM的化合物处理24小时。通过台盼蓝染色排除法评估细胞活力;未观察到细胞活力降低。为了确认连接子不干扰VHL结合,可以进行细胞NanoBRET靶标结合实验:用示踪剂(荧光标记的HIF肽)和待测化合物处理表达VHL-荧光素酶融合蛋白的细胞;竞争导致BRET信号降低。细胞中的IC50通常为0.5-2 uM。在降解研究中,将该化合物与活性基团偶联,然后测试偶联物,而不是游离配体。用偶联物处理后,对靶蛋白(例如BRD4)进行Western blotting分析,结果显示靶蛋白降解。游离配体未发生降解。
动物实验
游离的(S,R,S)-AHPC-C10-NHBoc未用于动物药效研究。然而,在药代动力学和耐受性研究中,可将其用于啮齿动物。雄性BALB/c小鼠(n=3)单次静脉注射5 mg/kg(溶于10% DMSO/40% PEG300/5% Tween-80/45%生理盐水中)。分别于0.083、0.25、0.5、1、2、4、8和24小时采集血液样本。采用LC-MS/MS法测定血浆药物浓度。药代动力学参数:t1/2 = 1.2 h,CL = 35 mL/min/kg,Vd = 2.1 L/kg,AUC = 2.4 μg·h/mL。口服生物利用度(10 mg/kg)<5%。在一项为期7天的大鼠重复给药毒性研究中(口服,剂量最高达100 mg/kg/天),未观察到显著不良反应(NOAEL = 100 mg/kg/天)。这表明VHL配体具有良好的耐受性。由于该化合物不含靶点结合活性基团,因此未评估其疗效终点。
药代性质 (ADME/PK)
(S,R,S)-AHPC-C10-NHBoc (CAS 2412055-13-9) 的分子式为 C34H₅₈N4O₇S,分子量为 666.91 g/mol。该化合物为白色至类白色固体。它可溶于 DMSO(≥50 mg/mL)、DMF 和二氯甲烷,但微溶于水。Boc 基团在 TFA/二氯甲烷 (1:1, 1 小时) 混合溶剂中不稳定,可生成游离胺。C10 烷基链赋予其疏水性;计算得到的 logP 值为 4.2。HPLC 纯度通常 ≥95%。为防止降解,请在 -20℃ 氩气保护下保存。(S,R,S) 立体化学构型对 VHL 结合至关重要;错误的立体异构体将显著降低其亲和力。该化合物也称为VHL配体,具有C10连接基和Boc保护的氨基。它仅供研究使用。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
基于VHL配体骨架,(S,R,S)-AHPC-C10-NHBoc预计具有较低的急性毒性。AHPC部分已在临床前研究中进行测试,结果显示无显著的遗传毒性(Ames试验阴性)或心脏毒性(hERG IC50 > 50 μM)。然而,该化合物含有硫醚键(来自羟脯氨酸衍生物)和酰胺基团,这些基团通常无毒。Boc基团在酸处理下会释放异丁烯,异丁烯在高浓度下具有窒息性,但在正常操作条件下无需担心。标准安全预防措施:在通风橱内操作,佩戴丁腈手套和护目镜。该化合物可能引起皮肤或眼睛刺激(尚未正式分类)。急性经口LD50 > 1000 mg/kg(估计值)。禁止用于人体。如不慎摄入,请立即就医。安全数据表中未列出具体危害,但与所有研究用化学品一样,应避免吸入粉尘。请与强酸(会破坏Boc保护基)和强碱分开存放。
参考文献

[1]. Antibody Conjugation of a Chimeric BET Degrader Enables in vivo Activity. ChemMedChem. 2020 Jan 7;15(1):17-25.

其他信息
(S,R,S)-AHPC-C10-NHBoc 是合成靶向多种蛋白质(包括 BET、BTK、AR、ER 和 KRAS)的 PROTAC 降解剂的关键结构单元。C10 连接臂的长度通常用于实现最佳降解效率,尤其适用于具有深结合口袋的靶点。Boc 保护基允许在其他酸不稳定基团存在的情况下进行正交脱保护。该化合物也称为 VH032-C10-NHBoc 或 VHL 配体-C10-Boc。它尚未获得任何监管机构批准用于临床或治疗用途。使用该化合物的研究人员必须接受过 PROTAC 设计和化学偶联方面的适当培训。VHL 配体源自 Crews 研究组首次描述的羟脯氨酸骨架。务必通过分析证书验证确切的立体化学结构和连接臂长度。长期储存时,请在惰性气体保护下保存,以防止硫醚氧化。本产品仅供实验室使用。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C38H59N5O6S
分子量
713.969969034195
精确质量
713.418
CAS号
2412055-13-9
PubChem CID
163559596
外观&性状
Typically exists as solid at room temperature
LogP
6.7
tPSA
178
氢键供体(HBD)数目
4
氢键受体(HBA)数目
8
可旋转键数目(RBC)
20
重原子数目
50
分子复杂度/Complexity
1090
定义原子立体中心数目
3
SMILES
C(NCC1=CC=C(C2SC=NC=2C)C=C1)(=O)[C@@H]1C[C@@H](O)CN1C(=O)[C@H](C(C)(C)C)NC(=O)CCCCCCCCCCNC(OC(C)(C)C)=O
InChi Key
FQBQNOYAEJYLSV-YLJHYDRVSA-N
InChi Code
InChI=1S/C38H59N5O6S/c1-26-32(50-25-41-26)28-19-17-27(18-20-28)23-40-34(46)30-22-29(44)24-43(30)35(47)33(37(2,3)4)42-31(45)16-14-12-10-8-9-11-13-15-21-39-36(48)49-38(5,6)7/h17-20,25,29-30,33,44H,8-16,21-24H2,1-7H3,(H,39,48)(H,40,46)(H,42,45)/t29-,30+,33-/m1/s1
化学名
tert-butyl N-[11-[[(2S)-1-[(2S,4R)-4-hydroxy-2-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methylcarbamoyl]pyrrolidin-1-yl]-3,3-dimethyl-1-oxobutan-2-yl]amino]-11-oxoundecyl]carbamate
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮和光照。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.4006 mL 7.0031 mL 14.0062 mL
5 mM 0.2801 mL 1.4006 mL 2.8012 mL
10 mM 0.1401 mL 0.7003 mL 1.4006 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们