endo-BCN-PEG2-NH2

别名: N-(1R,8S,9s)-双环[6.1.0]壬-4-炔-9-基甲氧基羰基-1,8-二氨基-3,6-二氧辛烷,BCN-胺,N-[2-[2-(2-氨基乙氧基)乙氧基]乙基]氨基甲酸 (1alpha,8alpha,9beta)-双环[6.1.0]壬-4-炔-9-基甲基酯,
目录号: V82620 纯度: ≥98%
endo-BCN-PEG2-NH2 是聚乙二醇 (PEG) 类别的 PROTAC(蛋白水解靶向嵌合体)接头,可用于制备 PROTAC 蛋白降解剂。
endo-BCN-PEG2-NH2 CAS号: 1263166-93-3
产品类别: Molecular Glues
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
5mg
10mg
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产品描述
endo-BCN-PEG2-NH2 是一种聚乙二醇 (PEG) 类 PROTAC (蛋白水解靶向嵌合体) 连接剂,可用于制备 PROTAC 蛋白降解剂。
endo-BCN-PEG2-NH2 是一种基于聚乙二醇 (PEG) 的 PROTAC 连接剂和点击化学试剂,其包含一个内型双环壬炔 (BCN) 基团和一个伯胺 (NH2) 基团,二者通过一个由两个单元组成的 PEG 间隔基 (PEG2) 连接。BCN 基团是一个张力炔烃,能够与含有叠氮基团的分子发生张力促进的叠氮-炔环加成反应 (SPAAC),这是一种无铜点击化学反应,可形成稳定的三唑键。伯胺基团可通过 EDC/NHS 偶联反应,以酰胺键的形式与含羧酸的配体连接。PEG2 间隔基提供了一个短而亲水的柔性连接,从而降低了空间位阻并提高了水溶性。内型 BCN 异构体的反应活性高于外型异构体。其分子式为 C17H28N2O4,分子量约为 324.42。该产品纯度≥95%,呈固体或粘稠液体状。应密封保存于-20℃,并避免受潮。
生物活性&实验参考方法
靶点
PEGs
PROTAC Linkers.
体外研究 (In Vitro)
其中一个配体与E3泛素连接酶结合,另一个配体与靶蛋白结合;这两个配体通过连接子连接形成PROTAC。PROTAC利用细胞内泛素-蛋白酶体系统特异性地降解靶蛋白[1]。
作为连接分子,endo-BCN-PEG2-NH2 本身不具有生物活性;它在 PROTAC 合成中作为结构连接体,连接靶蛋白配体和 E3 泛素连接酶配体。BCN 基团是一种张力炔烃,可通过 SPAAC 反应与叠氮基团特异性且快速地反应,无需铜催化剂。这种无铜点击化学反应具有生物正交性和生物相容性,使其成为在细胞或生物样品存在下进行偶联的理想选择。伯胺基团允许通过 EDC/NHS 形成酰胺键与含羧酸的配体偶联。PEG2 间隔基提供了一个短的、亲水的且柔性的连接。正交的官能团使得可以逐步偶联到两种不同的配体上。
体内研究 (In Vivo)
目前尚未报道该连接子本身具有特定的体内活性;其活性来源于与适当配体偶联后的最终PROTAC分子。完整的PROTAC的体内疗效需在动物模型中进行测定。
酶活实验
不适用;该化合物未在分离酶/受体结合试验中进行评估。作为合成中间体,其质量通常通过高效液相色谱 (HPLC) 和核磁共振 (NMR) 等分析方法进行确认,标准纯度≥95%。BCN 基团可通过其在 NMR 中的特征化学位移进行表征(例如,烯烃质子在 5.5-6.0 ppm 附近以及桥头质子)。伯胺可通过滴定法进行定量。内型异构体可通过 NMR 与外型异构体区分开来。
细胞实验
不适用;该连接子未单独用于细胞实验。它用作构建PROTAC的结构单元。典型的合成方法是,在室温下,BCN基团与含叠氮基的配体在PBS等缓冲液中通过SPAAC反应1-2小时。然后,使用EDC和NHS将伯胺与含羧酸基的配体偶联,形成酰胺键。这种无铜点击化学方法避免了铜催化剂的潜在毒性,这在活细胞存在下进行偶联反应时尤为有利。最后,在细胞中测试所得PROTAC的靶标降解活性。
动物实验
不适用;未对单独的连接子进行动物研究。对于完整的PROTAC偶联物,体内研究将按照机构指南进行。该化合物通常使用含有DMSO、PEG300、Tween-80和生理盐水的载体配制,并通过腹腔注射(IP)或静脉注射(IV)给药。BCN基团在生理条件下稳定,使其适用于体内点击化学应用。短的PEG2间隔基可能改善药代动力学性质。
药代性质 (ADME/PK)
该化合物的分子量为324.42,分子式为C17H28N2O4,标准纯度≥95%。储存时,应密封保存于-20℃,防潮,最长可保存3年。该化合物可溶于DMSO和其他有机溶剂。产品应避光保存。CAS号:1263166-93-3。IUPAC名称为(1R,8S,9s)-双环[6.1.0]壬-4-炔-9-基甲基(2-(2-氨基乙氧基)乙基)氨基甲酸酯(内型)。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
本产品仅供研究使用,不得用于人类或兽医用途。操作过程中应遵守标准化学品安全预防措施。BCN基团具有反应活性,应小心处理,避免与环境中的叠氮化物发生过早反应。PROTAC是Arvinas Operations, Inc.的注册商标,经许可使用。该化合物并非已获批准的药物,也未获准用于临床。
参考文献
[1]. An S, et al. Small-molecule PROTACs: An emerging and promising approach for the development of targeted therapy drugs. EBioMedicine. 2018 Oct;36:553-562
其他信息
内型BCN基团是无铜点击化学中最具反应活性的张力炔烃之一,在许多情况下其反应动力学比DBCO更快。这使其成为敏感生物系统中快速生物正交偶联的理想选择。短的PEG2间隔基提供了一个最小的亲水性连接基团,非常适合需要短而刚性连接的靶标-E3连接酶对。BCN点击基团和伯胺的组合提供了正交功能基团,可用于逐步偶联两种不同的配体。该连接基团还广泛应用于生物偶联、表面功能化以及靶向治疗和诊断的开发。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C17H28N2O4
分子量
324.42
精确质量
324.205
CAS号
1263166-93-3
PubChem CID
75412389
外观&性状
Typically exists as solid at room temperature
LogP
2.235
tPSA
82.81
氢键供体(HBD)数目
2
氢键受体(HBA)数目
5
可旋转键数目(RBC)
11
重原子数目
23
分子复杂度/Complexity
411
定义原子立体中心数目
2
SMILES
C1C[C@@H]2[C@@H](C2COC(=O)NCCOCCOCCN)CCC#C1
InChi Key
YZGOWXGENSKDSE-XYPWUTKMSA-N
InChi Code
InChI=1S/C17H28N2O4/c18-7-9-21-11-12-22-10-8-19-17(20)23-13-16-14-5-3-1-2-4-6-15(14)16/h14-16H,3-13,18H2,(H,19,20)/t14-,15+,16?
化学名
[(1R,8S)-9-bicyclo[6.1.0]non-4-ynyl]methyl N-[2-[2-(2-aminoethoxy)ethoxy]ethyl]carbamate
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO :~250 mg/mL (~770.61 mM)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 3.0824 mL 15.4121 mL 30.8242 mL
5 mM 0.6165 mL 3.0824 mL 6.1648 mL
10 mM 0.3082 mL 1.5412 mL 3.0824 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们