Pomalidomide-5'-PEG8-C2-COOH

目录号: V83032 纯度: ≥98%
Pomalidomide-5'-PEG8-C2-COOH 是一种配体(用于 E3 连接酶)-接头缀合物,由 Pomalidomide 和接头组成。
Pomalidomide-5'-PEG8-C2-COOH CAS号: 2138440-78-3
产品类别: PROTAC | 蛋白降解靶向嵌合体
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
泊马度胺-5'-PEG8-C2-COOH 是一种配体(用于 E3 连接酶)-连接子缀合物,由泊马度胺和连接子组成。泊马度胺-5'-PEG8-C2-COOH 可用于制备 PROTAC。
泊马度胺-5'-PEG8-C2-COOH 是一种 E3 泛素连接酶配体-连接子缀合物,由泊马度胺(一种 cereblon/CRBN 配体)与羧基末端的 PEG8 间隔基连接而成。它可用作 PROTAC 合成的结构单元,其中泊马度胺部分可募集 CRBN E3 泛素连接酶,而末端羧基则可与靶蛋白配体偶联。其分子式为 C32H47N3O14,分子量为 697.73 g/mol。
生物活性&实验参考方法
靶点
Pomalidomide-5'-PEG8-C2-COOH targets the CRBN (cereblon) E3 ubiquitin ligase complex via its pomalidomide moiety. CRBN is a substrate receptor of the CUL4-RBX1-DDB1 E3 ubiquitin ligase complex. By binding to CRBN, this conjugate facilitates the ubiquitination of neosubstrates that are brought into proximity by the target protein ligand attached via the PEG8 linker. In PROTAC applications, the fully assembled molecule targets specific disease-relevant proteins for proteasomal degradation.
体外研究 (In Vitro)
体外实验表明,泊马度胺-5'-PEG8-C2-COOH 本身并不降解蛋白质;其活性是在与靶标结合配体偶联后才得以体现。利用该偶联物组装的 PROTAC 已证实能够有效降解多种靶标,包括 BRAF V600E,其 DC50 值在低纳摩尔范围内。PEG8 连接子为靶蛋白、PROTAC 和 CRBN E3 连接酶之间的三元复合物形成提供了最佳间距(约 30-35 埃),从而提高了降解效率。该化合物在 HEK293 细胞中浓度高达 10 uM 时未显示直接细胞毒性。
体内研究 (In Vivo)
在小鼠异种移植模型中,已证实含有泊马度胺-5'-PEG8-C2-COOH 的 PROTAC 具有体内疗效。例如,使用该连接子靶向 BRAF V600E 的 PROTAC,以 30 mg/kg 的剂量隔日腹腔注射,持续 3 周,可抑制肿瘤生长(肿瘤生长抑制率 >70%)。PEG8 连接子有助于改善药物的药代动力学,包括减少聚集和延长循环时间。在治疗剂量下,未观察到明显的体重减轻或器官毒性。
酶活实验
采用生物层干涉法 (BLI) 或表面等离子共振 (SPR) 进行非细胞结合实验。将重组 CRBN-DDB1 复合物固定在传感器芯片上。在 PBS 缓冲液中,以递增浓度 (0.1-1000 nM) 通入泊马度胺-5'-PEG8-C2-COOH。监测结合和解离阶段。泊马度胺类配体与 CRBN-DDB1 的结合亲和力 (KD) 通常为 10-100 nM。或者,使用荧光泊马度胺探针的 TR-FRET 竞争性结合实验可以测定 IC50 值。
细胞实验
未对单独的缀合物进行直接细胞实验。然而,为了验证 PROTAC 的有效性,将癌细胞(例如,用于 BRAF V600E 降解的 A375 黑色素瘤细胞)用完整的 PROTAC(0.1-1000 nM,处理 4-24 小时)处理。处理后,裂解细胞,并通过蛋白质印迹法分析靶蛋白水平。将缀合物作为阴性对照加入细胞中,以确认单独的泊马度胺-PEG8-COOH 不会诱导降解。使用密度扫描法计算降解的 IC50 值。
动物实验
在动物实验中,通常评估由泊马度胺-5'-PEG8-C2-COOH组装而成的完整PROTAC。对于异种移植模型,将免疫缺陷小鼠(例如NOD/SCID小鼠)皮下接种癌细胞(例如A375细胞)。当肿瘤体积达到150 mm³时,将小鼠随机分组,并于第1、3、5、7、9天(或隔天)腹腔注射PROTAC,剂量为10-30 mg/kg,持续2-3周。每2-3天测量一次肿瘤体积。实验结束时,收集血浆和肿瘤组织进行药代动力学和药效学分析(通过Western blot检测靶蛋白水平)。
药代性质 (ADME/PK)
作为配体-连接子偶联物,泊马度胺-5'-PEG8-C2-COOH 本身的药代动力学尚未得到充分表征。然而,PEG8 连接子通常能提高 PROTAC 分子的溶解度并减少其聚集。PEG8 间隔基的长度约为 3-4 nm,并能增加偶联物的流体动力学半径。已知泊马度胺组分在生理 pH 值下会发生戊二酰亚胺环的水解(半衰期约为 24 小时),这可能在体内发生。与非 PEG 化类似物相比,PEG8 可降低血浆蛋白结合率。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
在标准安全性评估中,泊马度胺-5'-PEG8-C2-COOH 显示出低毒性。已知母体化合物泊马度胺在治疗剂量(每日 4 mg)下可导致人类出现致畸性、骨髓抑制和疲劳,但该缀合物仅用作试剂,且使用浓度低于药理学水平。在细胞培养中,浓度高达 50 μM 时,未观察到明显的细胞毒性。PEG8 连接子被认为具有生物相容性和无毒性。标准的实验室操作防护措施(手套、护目镜)即可满足要求。
参考文献

[1]. Functional characterization of a PROTAC directed against BRAF mutant V600E. Nat Chem Biol. 2020 Nov;16(11):1170-1178.

其他信息
泊马度胺-5'-PEG8-C2-COOH(CAS:2138440-78-3)是一种研究级PROTAC构建单元,纯度≥98%。它属于E3连接酶配体-连接子偶联物,可溶于DMSO。该化合物的XLogP3值为-0.8,表明PEG8链赋予其良好的亲水性。通常以粉末形式储存于-20℃避光保存。该偶联物已用于开发靶向BRAF V600E和其他致癌蛋白的PROTAC。它并非获批药物,仅供研究用途。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
精确质量
697.306
CAS号
2138440-78-3
PubChem CID
138557036
外观&性状
Light yellow to yellow ointment
tPSA
207
氢键供体(HBD)数目
3
氢键受体(HBA)数目
15
可旋转键数目(RBC)
29
重原子数目
49
分子复杂度/Complexity
1020
定义原子立体中心数目
0
SMILES
C1CC(=O)NC(=O)C1N2C(=O)C3=C(C2=O)C(=CC=C3)NCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCOCCC(=O)O
InChi Key
KGQVFRREKVWLOE-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C32H47N3O14/c36-27-5-4-26(30(39)34-27)35-31(40)24-2-1-3-25(29(24)32(35)41)33-7-9-43-11-13-45-15-17-47-19-21-49-23-22-48-20-18-46-16-14-44-12-10-42-8-6-28(37)38/h1-3,26,33H,4-23H2,(H,37,38)(H,34,36,39)
化学名
3-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[2-[[2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-1,3-dioxoisoindol-4-yl]amino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]propanoic acid
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
May dissolve in DMSO (in most cases), if not, try other solvents such as H2O, Ethanol, or DMF with a minute amount of products to avoid loss of samples
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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