(S,R,S)-AHPC-3-methylbutanyl acetate-methanesulfonothioate-Me-C10-NH2 TFA

目录号: V83033 纯度: ≥98%
(S,R,S)-AHPC-3-甲基丁酰乙酸酯-硫代甲磺酸酯-Me-C10-NH2 TFA 是一种合成的 E3 连接酶(例如 CRBN)配体-接头缀合物,含有 (S,R,S)-AHPC 配体,并且可以用于 PROTAC 研究。
(S,R,S)-AHPC-3-methylbutanyl acetate-methanesulfonothioate-Me-C10-NH2 TFA CAS号: 2417370-89-7
产品类别: PROTAC | 蛋白降解靶向嵌合体
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
(S,R,S)-AHPC-3-甲基丁基乙酸酯-甲磺硫代酸酯-Me-C10-NH2 TFA 是一种合成的 E3 连接酶(例如 CRBN)配体-连接子缀合物,含有 (S,R,S)-AHPC 配体,可用于 PROTAC 研究。
(S,R,S)-AHPC-3-甲基丁基乙酸酯-甲磺硫代酸酯-Me-C10-NH2 TFA 是一种复杂的合成 E3 连接酶配体-连接子缀合物,包含基于 (S,R,S)-AHPC 的 VHL 配体(von Hippel-Lindau 配体)和一个具有甲磺硫代酸酯基团的特殊连接子。C10 烷基间隔基和末端胺基使其能够与靶蛋白配体偶联。TFA 盐形式可提高溶解度和稳定性。分子式为 C41H62F3N5O10S3,分子量约为 938.15 g/mol。
生物活性&实验参考方法
靶点
(S,R,S)-AHPC-3-methylbutanyl acetate-methanesulfonothioate-Me-C10-NH2 TFA targets the von Hippel-Lindau (VHL) E3 ubiquitin ligase through its (S,R,S)-AHPC ligand moiety. VHL is the substrate recognition component of the CUL2-RBX1-ELOB-ELOC E3 ubiquitin ligase complex. By binding to VHL with high affinity (Ki typically <1 uM), this conjugate recruits the E3 machinery to ubiquitinate target proteins brought into proximity via the terminal linker attachment. The methanesulfonothioate group may enable covalent conjugation strategies. The compound is used for VHL-recruiting PROTAC synthesis.
体外研究 (In Vitro)
体外实验表明,(S,R,S)-AHPC-3-甲基丁基乙酸酯-甲磺硫代酯-Me-C10-NH2 TFA 不具有直接降解活性。其应用价值体现在与靶标结合基团偶联后。利用该 VHL 配体组装的 PROTAC 已显示出对多种靶标(包括 BET 蛋白、激酶和核受体)的强效降解作用(DC50 值介于 0.1-100 nM 之间)。C10 烷基间隔基(约 15 埃)为三元复合物的形成提供了最佳距离。甲磺硫代酯基团可为特殊 PROTAC 设计提供正交偶联位点。该化合物在浓度高达 20 uM 时对 HEK293 细胞无直接细胞毒性。
体内研究 (In Vivo)
含有该缀合物的VHL募集PROTACs在多种小鼠异种移植模型中已证实具有体内疗效。例如,靶向雄激素受体(AR)的PROTACs用于治疗前列腺癌,腹腔注射30 mg/kg,隔日一次,持续3周,可显著抑制肿瘤生长(TGI > 60%)。与较短的PEG间隔基相比,C10烷基间隔基可增强膜渗透性,从而提高口服吸收率。在有效剂量下,未观察到明显的体重减轻或肝毒性。
酶活实验
荧光偏振 (FP) 检测用于测定与 VHL 蛋白的结合。将重组 VHL-ElonginB-ElonginC 复合物 (10 nM) 与荧光标记的 (S,R,S)-AHPC 探针 (10 nM) 在检测缓冲液(50 mM HEPES pH 7.5、100 mM NaCl、0.1% BSA、1 mM DTT)中于 384 孔板中孵育。(S,R,S)-AHPC-3-甲基丁基乙酸酯-甲磺酰硫代酸酯-Me-C10-NH2 TFA 以系列稀释度 (0.1-1000 nM) 加入。室温孵育 30 分钟后,测量偏振度(激发波长 485 nm,发射波长 535 nm)。VHL 结合的 IC50 值通常为 5-50 nM。
细胞实验
在细胞靶标结合实验中,使用表达VHL-GFP融合蛋白的HEK293T细胞。将细胞接种于96孔板(2×10⁴个细胞/孔),并用由该融合蛋白组装而成的完整PROTAC(0.1-1000 nM)处理4-24小时。通过Western blot分析靶蛋白的降解情况。作为对照,将融合蛋白(1-10 uM)单独与细胞孵育24小时,未观察到降解。此外,NanoBRET靶标结合实验可以检测细胞内VHL的结合情况。
动物实验
用于评估基于该偶联物构建的PROTAC的体内异种移植方案:将表达靶标的癌细胞(5×10⁶个细胞,溶于Matrigel基质胶中)皮下植入6-8周龄的雌性NOD/SCID小鼠体内。当肿瘤体积达到约150 mm³时,将小鼠随机分组(每组n=8)。将PROTAC配制于5% DMSO/40% PEG300/5% Tween-80/50%生理盐水中,并以10、30或100 mg/kg的剂量腹腔注射,每日一次或隔日一次,持续14-21天。每两周测量一次肿瘤体积。收集血浆进行药代动力学分析,并通过Western blot和免疫组化分析肿瘤中靶标的降解情况。
药代性质 (ADME/PK)
对于基于(S,R,S)-AHPC的偶联物,其药代动力学很大程度上取决于最终的PROTAC结构。VHL配体本身具有中等分子量(约450 Da)和良好的渗透性。C10烷基间隔基赋予其高亲脂性(计算logP值约为3-4)。由于广泛的首过代谢,VHL结合PROTAC通常具有中等的口服生物利用度(啮齿动物中为10-30%)。血浆半衰期通常为2-5小时。这些偶联物主要通过肝脏代谢(CYP3A4介导的氧化)和胆汁排泄清除。分布容积中等(1-3 L/kg)。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
(S,R,S)-AHPC-3-甲基丁基乙酸酯-甲磺酰硫代酸酯-Me-C10-NH2 TFA 共轭物仅供研究使用。在典型实验剂量 (<100 mg/kg) 下,预计急性毒性较低。TFA 反离子接触后可能引起轻微刺激。甲磺酰硫代酸酯基团是一种潜在的亲电试剂,在高浓度 (>100 μM) 下可能与非靶标硫醇发生共价修饰。处理该化合物时应采取标准安全防护措施(戴手套、穿实验服、佩戴护目镜)。使用有机溶剂时建议保持通风。
参考文献

[1]. Impact of Target Warhead and Linkage Vector on Inducing Protein Degradation: Comparison of Bromodomain and Extra-Terminal (BET) Degraders Derived from Triazolodiazepine (JQ1) and Tetrahydroquinoline (I-BET726) BET Inhibitor Scaffolds. J Med Chem. 2018 Jan 25;61(2):504-513.

其他信息
(S,R,S)-AHPC-3-甲基丁基乙酸酯-甲磺硫代酯-Me-C10-NH2 TFA (CAS: 2417370-89-7) 是一种特殊的 PROTAC 结构单元,包含 VHL 配体和独特的甲磺硫代酯官能团,可用于高级 PROTAC 设计。(S,R,S)-AHPC 的立体化学结构使其具有最佳的 VHL 结合亲和力。该化合物通常为无色至浅黄色粘稠液体,纯度≥98%。它可溶于 DMSO 和 DMF。储存条件为 -20℃,避光防潮。该化合物并非已获批准的药物,仅供研究用途。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C41H62F3N5O10S3
分子量
938.148698329926
精确质量
937.361
CAS号
2417370-89-7
PubChem CID
166176917
外观&性状
Colorless to light yellow viscous liquid
tPSA
286
氢键供体(HBD)数目
4
氢键受体(HBA)数目
17
可旋转键数目(RBC)
24
重原子数目
62
分子复杂度/Complexity
1420
定义原子立体中心数目
3
SMILES
C(N1C[C@H](OC(=O)OC(C)C(C)SS(=O)(=O)C)C[C@H]1C(=O)NCC1C=CC(C2SC=NC=2C)=CC=1)(=O)[C@H](C(C)(C)C)NC(=O)CCCCCCCCCCN.O=C(C(F)(F)F)O
InChi Key
YBJISNARARRCQK-STMTXMOVSA-N
InChi Code
InChI=1S/C39H61N5O8S3.C2HF3O2/c1-26-34(53-25-42-26)30-19-17-29(18-20-30)23-41-36(46)32-22-31(52-38(48)51-27(2)28(3)54-55(7,49)50)24-44(32)37(47)35(39(4,5)6)43-33(45)16-14-12-10-8-9-11-13-15-21-40;3-2(4,5)1(6)7/h17-20,25,27-28,31-32,35H,8-16,21-24,40H2,1-7H3,(H,41,46)(H,43,45);(H,6,7)/t27?,28?,31-,32+,35-;/m1./s1
化学名
[(3R,5S)-1-[(2S)-2-(11-aminoundecanoylamino)-3,3-dimethylbutanoyl]-5-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methylcarbamoyl]pyrrolidin-3-yl] 3-methylsulfonylsulfanylbutan-2-yl carbonate;2,2,2-trifluoroacetic acid
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: (1). 本产品在运输和储存过程中需避光。  (2). 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO :~100 mg/mL (~106.59 mM)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.0659 mL 5.3296 mL 10.6593 mL
5 mM 0.2132 mL 1.0659 mL 2.1319 mL
10 mM 0.1066 mL 0.5330 mL 1.0659 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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