(S,R,S)-AHPC-3-methylbutanyl acetate-methanesulfonothioate-PEG3-NH2 TFA

目录号: V83039 纯度: ≥98%
(S,R,S)-AHPC-3-甲基丁酰乙酸酯-硫代甲磺酸酯-PEG3-NH2 TFA 是一种配体(用于 E3 连接酶)-接头缀合物,含有 (S,R,S)-AHPC 配体。
(S,R,S)-AHPC-3-methylbutanyl acetate-methanesulfonothioate-PEG3-NH2 TFA CAS号: 2417370-48-8
产品类别: PROTAC | 蛋白降解靶向嵌合体
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
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产品描述
(S,R,S)-AHPC-3-甲基丁基乙酸酯-甲磺酰硫代酸酯-PEG3-NH2 TFA 是一种配体(用于 E3 连接酶)-连接子缀合物,包含 (S,R,S)-AHPC 基配体、主体和 3 单元 PEG 连接子。
(S,R,S)-AHPC-3-甲基丁基乙酸酯-甲磺硫代酸酯-PEG3-NH2 TFA 是一种特殊的 E3 连接酶配体-连接子偶联物,包含基于 (S,R,S)-AHPC 的 VHL 配体、三单元 PEG (PEG3) 间隔基和独特的甲磺硫代酸酯官能团。末端胺基(以 TFA 盐形式保护)可与靶向蛋白结合配体偶联。分子式为 C38H56F3N5O13S3,分子量约为 944.07 g/mol。TFA 盐形式可提高溶解度和稳定性。该化合物可用于需要正交偶联策略的高级 PROTAC 设计和化学生物学应用。
生物活性&实验参考方法
靶点
(S,R,S)-AHPC-3-methylbutanyl acetate-methanesulfonothioate-PEG3-NH2 TFA targets the von Hippel-Lindau (VHL) E3 ubiquitin ligase through its (S,R,S)-AHPC ligand moiety. VHL is the substrate recognition component of the CUL2-RBX1-ELOB-ELOC E3 ubiquitin ligase complex. The methanesulfonothioate group may enable covalent conjugation strategies with electrophilic warheads or serve as a cleavable linker. The PEG3 spacer provides optimal flexibility and hydrophilicity (approximately 12-15 Angstrom). The terminal amine serves as a conjugation handle for attaching target-binding ligands via amide bond formation. The compound is used for VHL-recruiting PROTACs and for studying VHL biology.
体外研究 (In Vitro)
体外实验表明,(S,R,S)-AHPC-3-甲基丁基乙酸酯-甲磺硫代酸酯-PEG3-NH2 TFA 不具有直接降解活性。与靶标结合配体偶联后,所得 PROTAC 对多种蛋白质靶标表现出强效降解作用(DC50 值介于 0.1-100 nM 之间)。PEG3 间隔臂的长度通常被认为是许多 PROTAC 应用的最佳长度,它既能提供足够的灵活性以形成三元复合物,又能最大限度地减少熵损失。甲磺硫代酸酯基团可用于可逆共价结合策略。该化合物在 HEK293 细胞中浓度高达 20 uM 时未显示直接细胞毒性。VHL 配体本身不具有固有的细胞毒活性。
体内研究 (In Vivo)
在体内,使用(S,R,S)-AHPC-3-甲基丁基乙酸酯-甲磺硫代酸酯-PEG3-NH2 TFA组装的VHL募集PROTACs已在癌症异种移植模型中显示出疗效。例如,靶向前列腺癌雄激素受体(AR)或多种癌症BRD4的PROTACs在10-50 mg/kg剂量下(腹腔注射,隔日一次或每日一次,持续21天)显示出肿瘤生长抑制率(TGI >70%)。PEG3连接基有助于提高血浆稳定性并减少聚集。甲磺硫代酸酯基团可提供正交反应性,用于与特定活性基团(例如,含有硫醇基团的基团)偶联。在有效剂量下未观察到明显的体重减轻或肝毒性。VHL配体通常耐受性良好。
酶活实验
采用荧光偏振 (FP) 或表面等离子共振 (SPR) 技术进行 VHL 结合分析。将重组 VHL-ElonginB-ElonginC 复合物 (10 nM) 与荧光探针 (S,R,S)-AHPC (10 nM) 混合于 FP 检测缓冲液(50 mM HEPES pH 7.5、100 mM NaCl、0.1% BSA、1 mM DTT)中,置于 384 孔板中。然后加入一系列稀释液 (S,R,S)-AHPC-3-甲基丁基乙酸酯-甲磺酰硫代酸酯-PEG3-NH2 TFA (0.1-1000 nM)。室温孵育 30 分钟后,测量偏振度。VHL 结合的 IC50 值通常为 5-50 nM。对于 SPR,将 VHL 复合物固定在 CM5 芯片上,然后以递增的浓度将化合物流过芯片。计算KD值。
细胞实验
在细胞靶标结合实验中,使用表达VHL-GFP融合蛋白的HEK293T细胞。将细胞接种于96孔板(2×10⁴个细胞/孔),培养基为含10% FBS的DMEM。加入由该融合蛋白组装而成的完整PROTAC(0.1-1000 nM),孵育4-24小时。通过Western blot分析靶蛋白的降解情况。作为阴性对照,单独使用融合蛋白(1-10 uM)不应诱导任何蛋白的降解。为了验证VHL依赖性降解,可在加入PROTAC前48小时用VHL siRNA(50 nM)处理细胞,结果显示靶蛋白水平恢复正常。该化合物在细胞培养基中可稳定保存长达24小时。
动物实验
一项异种移植模型体内疗效研究:将表达靶标的癌细胞(例如,用于降解雄激素受体的22Rv1细胞)皮下接种到6-8周龄的雌性NOD/SCID小鼠体内。当肿瘤体积达到约150 mm³时,将小鼠随机分组(每组n=8)。将完整的PROTAC(30 mg/kg)配制于10% DMSO/10% Solutol/80%生理盐水中,每隔一天腹腔注射一次,持续3周。每周测量两次肿瘤体积。在研究终点,收集血浆样本,用于LC-MS/MS分析PROTAC浓度。将肿瘤组织速冻,用于Western blot分析靶蛋白水平和IHC分析增殖标志物Ki-67。监测体重作为毒性指标。
药代性质 (ADME/PK)
对于 (S,R,S)-AHPC-PEG3-NH2 TFA 缀合物,VHL 配体的分子量约为 450 Da。PEG3 间隔基(3 个乙二醇单元)有助于提高亲水性并减少聚集。甲磺硫代酸酯基团是一种亲电试剂,可与血浆中的游离硫醇(例如谷胱甘肽)反应,从而可能导致快速清除。在 PROTAC 分子中,PEG3 间隔基赋予其中等的血浆稳定性(小鼠体内半衰期约为 1-2 小时)和低至中等的口服生物利用度(F% 5-20%)。该缀合物主要通过肝脏代谢(CYP3A4 介导)和胆汁排泄清除。分布容积中等(1-2 L/kg)。TFA 反离子不影响药代动力学。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
(S,R,S)-AHPC-3-甲基丁基乙酸酯-甲磺硫代酸酯-PEG3-NH2 TFA 是一种研究用化合物。TFA 盐直接接触皮肤和眼睛可能引起轻微刺激。甲磺硫代酸酯基团具有潜在的反应活性,应谨慎操作;在储存和处理过程中,应避免与还原剂(例如 DTT、TCEP)和含硫醇的化合物接触。该化合物仅供研究使用,不得用于人体。应遵循标准的实验室安全操作规范(佩戴手套、实验服和护目镜)。建议在通风良好的地方处理固体粉末。目前尚无该特定缀合物的急性毒性数据。请在 -20°C 下避光防潮保存。
参考文献

[1]. Impact of Target Warhead and Linkage Vector on Inducing Protein Degradation: Comparison of Bromodomain and Extra-Terminal (BET) Degraders Derived from Triazolodiazepine (JQ1) and Tetrahydroquinoline (I-BET726) BET Inhibitor Scaffolds. J Med Chem. 2018 Jan 25;61(2):504-513.

其他信息
(S,R,S)-AHPC-3-甲基丁基乙酸酯-甲磺硫代酸酯-PEG3-NH2 TFA(CAS:2417370-48-8)是一种先进的PROTAC结构单元,包含VHL配体和独特的甲磺硫代酸酯官能团。该化合物为白色至类白色固体粉末,纯度≥98%。(S,R,S)-AHPC立体化学结构可实现最佳的VHL结合。PEG3间隔基赋予PROTAC设计平衡的亲水性和灵活性。甲磺硫代酸酯基团可用于共价PROTAC或偶联策略。该化合物可溶于DMSO和DMF。储存于-20℃,避光防潮。该化合物并非已获批准的药物,仅供研究用途。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C38H56F3N5O13S3
分子量
944.067157745361
精确质量
943.298
CAS号
2417370-48-8
PubChem CID
166176916
外观&性状
White to off-white solid powder
tPSA
314
氢键供体(HBD)数目
4
氢键受体(HBA)数目
20
可旋转键数目(RBC)
24
重原子数目
62
分子复杂度/Complexity
1420
定义原子立体中心数目
3
SMILES
CC1=C(SC=N1)C2=CC=C(C=C2)CNC(=O)[C@@H]3C[C@H](CN3C(=O)[C@H](C(C)(C)C)NC(=O)COCCOCCOCCN)OC(=O)OC(C)C(C)SS(=O)(=O)C.C(=O)(C(F)(F)F)O
InChi Key
CLEZKFFRUUBANA-WARMXROESA-N
InChi Code
InChI=1S/C36H55N5O11S3.C2HF3O2/c1-23-31(53-22-39-23)27-10-8-26(9-11-27)19-38-33(43)29-18-28(52-35(45)51-24(2)25(3)54-55(7,46)47)20-41(29)34(44)32(36(4,5)6)40-30(42)21-50-17-16-49-15-14-48-13-12-37;3-2(4,5)1(6)7/h8-11,22,24-25,28-29,32H,12-21,37H2,1-7H3,(H,38,43)(H,40,42);(H,6,7)/t24?,25?,28-,29+,32-;/m1./s1
化学名
[(3R,5S)-1-[(2S)-2-[[2-[2-[2-(2-aminoethoxy)ethoxy]ethoxy]acetyl]amino]-3,3-dimethylbutanoyl]-5-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methylcarbamoyl]pyrrolidin-3-yl] 3-methylsulfonylsulfanylbutan-2-yl carbonate;2,2,2-trifluoroacetic acid
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 本产品在运输和储存过程中需避光。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 1.0592 mL 5.2962 mL 10.5924 mL
5 mM 0.2118 mL 1.0592 mL 2.1185 mL
10 mM 0.1059 mL 0.5296 mL 1.0592 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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