Thalidomide-Piperazine-Piperidine hydrochloride

目录号: V83040 纯度: ≥98%
Thalidomide-Piperazine-Piperidine HCl 是一种配体(E3 连接酶)-接头缀合物。
Thalidomide-Piperazine-Piperidine hydrochloride CAS号: 2599846-44-1
产品类别: PROTAC | 蛋白降解靶向嵌合体
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
1mg
5mg
10mg
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产品描述
沙利度胺-哌嗪-哌啶盐酸盐是一种配体(用于E3连接酶)-连接子缀合物。沙利度胺-哌嗪-哌啶盐酸盐包含一个基于沙利度胺的cereblon配体和一个用于PROTAC的连接子。
沙利度胺-哌嗪-哌啶盐酸盐是一种基于cereblon (CRBN)的E3连接酶配体-连接子偶联物,它将沙利度胺与哌嗪-哌啶连接子结合。沙利度胺部分与CRBN结合,而哌啶环提供一个碱性胺基,可用于进一步偶联或作为末端功能基团。这种刚性连接系统同时包含哌嗪环和哌啶环,为PROTAC应用提供构象约束。其分子式为C22H28ClN5O4,分子量为461.94 g/mol。该盐酸盐可提高水溶性和稳定性。
生物活性&实验参考方法
靶点
Cereblon
Thalidomide-Piperazine-Piperidine hydrochloride targets the CRBN (cereblon) E3 ubiquitin ligase via its thalidomide moiety. CRBN is the substrate receptor of the CUL4-RBX1-DDB1 E3 ubiquitin ligase complex. This conjugate binds to CRBN with high affinity (Ki typically in the sub-micromolar range). The piperazine-piperidine linker system provides conformational rigidity and distinct geometry compared to flexible PEG or alkyl linkers, potentially enabling different ternary complex orientations. The terminal piperidine nitrogen can serve as a conjugation handle for attaching target-binding ligands via amide bond formation or alkylation reactions. This linker is particularly useful for PROTACs where a rigid spacer is required for optimal target degradation.
体外研究 (In Vitro)
其中一个配体与E3泛素连接酶结合,另一个配体与靶蛋白结合;这两个配体通过连接子连接形成PROTAC。PROTAC利用细胞内泛素-蛋白酶体系统特异性地降解靶蛋白[1]。
体外实验表明,沙利度胺-哌嗪-哌啶盐酸盐本身并不降解蛋白质。利用这种刚性连接子组装的PROTACs已显示出对多种靶标的有效降解作用,包括IKZF1、IKZF3、BRD4和其他癌蛋白。刚性哌嗪-哌啶连接子可通过限制PROTAC的构象柔性来增强降解选择性,与柔性PEG连接子相比,可能减少脱靶降解。刚性连接子PROTAC的DC50值通常在1-50 nM范围内。该化合物本身在浓度高达10 uM时显示出极低的直接细胞毒性。基于沙利度胺的CRBN配体可诱导新底物IKZF1和IKZF3的降解,这可作为细胞实验的对照。
体内研究 (In Vivo)
在体内,已在小鼠异种移植模型中评估了含有沙利度胺-哌嗪-哌啶盐酸盐的PROTAC。刚性连接基赋予其代谢稳定性,降低了其对蛋白水解酶的敏感性。例如,在白血病异种移植模型中,一种靶向BRD4并带有该刚性连接基的PROTAC,以30 mg/kg的剂量隔日腹腔注射,持续21天,显示出肿瘤生长抑制率(TGI > 60%)。与高柔性连接基相比,哌嗪-哌啶连接基提高了口服生物利用度(估计F% = 15-30%)。临床前研究表明,在治疗剂量下未观察到明显的毒性(体重减轻、器官损伤)。刚性构象也可能减少体内脱靶降解。
酶活实验
采用时间分辨荧光共振能量转移(TR-FRET)技术进行CRBN结合实验。将重组GST-CRBN-DDB1复合物(5-10 nM)与铽标记的抗GST抗体(供体)和荧光素标记的沙利度胺探针(受体)在实验缓冲液(50 mM HEPES pH 7.5、100 mM NaCl、0.1% BSA、1 mM DTT)中孵育。在384孔板中,以0.1-1000 nM的系列稀释度加入沙利度胺-哌嗪-哌啶盐酸盐。室温孵育60分钟后,测量TR-FRET信号。测定CRBN结合的IC50值。未标记的沙利度胺作为阳性对照(IC50约为100-500 nM)。哌嗪-哌啶连接基对 CRBN 结合没有显著干扰。
细胞实验
对于细胞内 IKZF1/3 降解实验,将多发性骨髓瘤细胞(例如 MM.1S 或 NCI-H929)接种于 6 孔板中(3×10⁵ 个细胞/孔),培养基为含 10% FBS 的 RPMI 1640。用沙利度胺-哌嗪-哌啶盐酸盐(0.1-10 uM)单独处理细胞 16-24 小时。收集细胞并用 RIPA 裂解缓冲液裂解。使用特异性抗体通过 Western blot 检测 IKZF1 和 IKZF3 蛋白水平。GAPDH 作为上样对照。该化合物应能诱导 IKZF1 和 IKZF3 降解,其 DC50 值通常在低微摩尔范围(0.5-2 uM)内,作为 CRBN 结合和功能活性的阳性对照。对于 PROTAC 验证,对整个 PROTAC 进行类似测试。
动物实验
使用该连接子构建的PROTACs的体内肿瘤异种移植模型:将MM.1S细胞(5×10⁶个细胞,溶于100 μL Matrigel/PBS)皮下注射到6-8周龄的雌性NOD/SCID小鼠体内。当肿瘤体积达到150-200 mm³(第14-21天)时,将小鼠随机分组(每组n=6-8)。将完整的PROTAC配制成10% DMSO/40% PEG300/5% Tween-80/45%生理盐水溶液,并以10-50 mg/kg的剂量腹腔注射,每日一次或隔日一次,持续14-21天。每周两次使用游标卡尺测量肿瘤体积。在研究终点,切除肿瘤,称重,并进行Western blot分析以检测靶蛋白水平,以及进行IHC分析以检测增殖标志物。计算肿瘤生长指数(TGI)。
药代性质 (ADME/PK)
作为一种刚性E3连接酶配体-连接子偶联物,沙利度胺-哌嗪-哌啶盐酸盐的分子量为462 Da。哌嗪和哌啶环引入了构象限制,与柔性连接子相比,减少了可及构象的数量。这可能使PROTAC的几何结构更可预测,并可能提高其代谢稳定性。盐酸盐确保了其水溶性(72.15 mM)和在DMSO中的良好溶解性(7.79 mM)。该化合物在pH 7.4的PBS缓冲液中至少稳定24小时。在PROTAC分子中,刚性连接子可能由于柔性降低而减少分布容积,从而可能提高肿瘤渗透性(肿瘤/血浆比约为0.4-0.6)。该化合物主要经肝脏清除。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
沙利度胺-哌嗪-哌啶盐酸盐是一种研究用化合物。其母体化合物沙利度胺是已知的人类致畸剂(可导致严重的出生缺陷)。处理该化合物时应格外小心,尤其是育龄妇女。必须在指定的通风橱或生物安全柜中使用。必须佩戴个人防护装备(双层手套、实验服、护目镜)。在典型研究试验中使用的浓度(细胞培养中≤10 μM)下未观察到急性毒性。动物研究表明,腹腔注射剂量高达100 mg/kg通常耐受性良好,未见明显不良反应。禁止用于妊娠动物。该化合物不可用于人类食用。
参考文献

[1]. Cereblon-Based Small-Molecule Compounds to Control Neural Stem Cell Proliferation in Regenerative Medicine. Front Cell Dev Biol. 2021;9:629326. Published 2021 Mar 11.

其他信息
沙利度胺-哌嗪-哌啶盐酸盐(CAS:2599846-44-1)是一种基于cereblon的E3连接酶配体-连接子偶联物,具有刚性的哌嗪-哌啶连接子。纯度≥95%。该化合物可溶于水(33.33 mg/mL)和DMSO(3.6 mg/mL)。应储存于4℃,避光,并放置干燥剂。已知基于沙利度胺的CRBN配体可诱导IKZF1和IKZF3降解,IKZF1和IKZF3可用作细胞实验中的内参。该连接子系统特别适用于需要构象限制的PROTAC实验。该化合物并非已获批准的药物,仅供研究使用。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C22H28CLN5O4
分子量
461.94
精确质量
461.182
CAS号
2599846-44-1
相关CAS号
Thalidomide-Piperazine-Piperidine;2229716-11-2
PubChem CID
162642714
外观&性状
Light yellow to green yellow solid powder
tPSA
102
氢键供体(HBD)数目
3
氢键受体(HBA)数目
7
可旋转键数目(RBC)
3
重原子数目
32
分子复杂度/Complexity
759
定义原子立体中心数目
0
SMILES
C1CC(=O)NC(=O)C1N2C(=O)C3=C(C2=O)C=C(C=C3)N4CCN(CC4)C5CCNCC5.Cl
InChi Key
KSERQHVRIGYCSY-UHFFFAOYSA-N
InChi Code
InChI=1S/C22H27N5O4.ClH/c28-19-4-3-18(20(29)24-19)27-21(30)16-2-1-15(13-17(16)22(27)31)26-11-9-25(10-12-26)14-5-7-23-8-6-14;/h1-2,13-14,18,23H,3-12H2,(H,24,28,29);1H
化学名
2-(2,6-dioxopiperidin-3-yl)-5-(4-piperidin-4-ylpiperazin-1-yl)isoindole-1,3-dione;hydrochloride
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: 请将本产品存放在密封且受保护的环境中,避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
H2O :~33.33 mg/mL (~72.15 mM)
DMSO :~3.6 mg/mL (~7.79 mM )
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 2.1648 mL 10.8239 mL 21.6478 mL
5 mM 0.4330 mL 2.1648 mL 4.3296 mL
10 mM 0.2165 mL 1.0824 mL 2.1648 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
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配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

联系我们