Dovitinib-RIBOTAC

别名: Dovitinib-RIBOTAC; 2759351-68-1; CHEMBL5170938; SCHEMBL24233192; CS-0227294; ethyl (5Z)-5-[[4-[2-[2-[2-[2-[2-[4-[2-(4-amino-5-fluoro-2-oxo-1H-quinolin-3-yl)-3H-benzimidazol-5-yl]piperazin-1-yl]ethylcarbamoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]-3-hydroxyphenyl]methylidene]-4-hydroxy-2-phenyliminothiophene-3-carboxylate
目录号: V83041 纯度: ≥98%
Dovitinib RIBOTAC 是一种靶向 RNA 降解剂,可以高效且选择性地裂解前体 miR-21。
Dovitinib-RIBOTAC CAS号: 2759351-68-1
产品类别: PROTAC | 蛋白降解靶向嵌合体
产品仅用于科学研究,不针对患者销售
规格 价格 库存 数量
1mg
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  • Dovitinib-RIBOTAC TFA
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产品描述
Dovitinib RIBOTAC 是一种靶向 RNA 降解剂,能够高效、选择性地切割前体 miR-21。
Dovitinib-RIBOTAC 是一种靶向 RNA 降解剂 (RIBOTAC),它能特异性地结合并催化 pre-miR-21(一种参与癌症进展的 microRNA)的降解。该化合物将激酶抑制剂 dovitinib(可与 pre-miR-21 结合)与核糖核酸酶募集模块相结合,从而促进靶 RNA 的切割。这种化合物代表了一种新型的 RNA 靶向治疗方法,不同于降解蛋白质的传统 PROTAC。其分子式为 C51H56FN9O10S,分子量为 1006.11 g/mol。
生物活性&实验参考方法
靶点
Cereblon; targeted RNA degrader
Dovitinib-RIBOTAC targets the microRNA precursor pre-miR-21, a short non-coding RNA that regulates genes involved in apoptosis, proliferation, and metastasis. Elevated miR-21 expression is associated with poor prognosis in breast, lung, and other cancers. The compound binds specifically to a structural motif within pre-miR-21 and recruits cellular ribonucleases to cleave and inactivate the target RNA. By degrading pre-miR-21, it reduces mature miR-21 levels, thereby derepressing tumor suppressor genes and inhibiting cancer cell invasion and metastasis. Dovitinib also targets several receptor tyrosine kinases (RTKs) including FGFR, PDGFR, and VEGFR, but its RNA-binding activity is the primary mechanism for miR-21 degradation.
体外研究 (In Vitro)
将已知药物重新编程以针对新的靶点,并使其活性和选择性优于经典靶点,是一项极具挑战性的任务。通过研究RNA折叠与已知小分子药物之间的结合相互作用,并挖掘由此产生的人类RNA数据集,我们发现受体酪氨酸激酶(RTK)抑制剂多维替尼能够结合microRNA-21的前体(pre-miR-21)。我们利用多维替尼作为RNA识别元件,构建了一种嵌合化合物,该化合物还能募集RNase L以诱导pre-miR-21的催化降解,从而对多维替尼进行了针对pre-miR-21的合理重编程。通过增强其固有的RNA靶向活性并降低其对细胞内经典RTK蛋白靶点的效力,该嵌合化合物将对pre-miR-21的选择性提高了2500倍,从而缓解了由miR-21过表达引起的三阴性乳腺癌和Alport综合征小鼠模型的疾病进展。因此,靶向降解可以显著提高选择性,即使在不同的生物分子之间也是如此,例如蛋白质与 RNA[1]。
体外实验表明,Dovitinib-RIBOTAC(0.2-5 uM)可显著降低MDA-MB-231三阴性乳腺癌细胞中成熟miR-21的水平,该结果通过实时定量PCR(qPCR)检测得出。1 uM的Dovitinib-RIBOTAC处理24小时后,成熟miR-21-5p的水平较DMSO对照组降低了70%以上。这导致细胞侵袭能力受到抑制(Matrigel侵袭实验中细胞侵袭能力降低高达80%),且在低微摩尔浓度下不影响细胞活力。同时观察到miR-21靶基因(如PTEN和PDCD4)的表达上调。Dovitinib-RIBOTAC在降低miR-21水平方面比单独使用Dovitinib更有效且更具选择性,这证实了RIBOTAC的作用机制。在浓度≤5 uM时,未观察到对正常细胞的显著细胞毒性。
体内研究 (In Vivo)
在体内,Dovitinib-RIBOTAC(56 mg/kg,腹腔注射,隔日一次,持续30天)在乳腺癌异种移植小鼠模型(MDA-MB-231)中表现出显著的抗肿瘤活性。与载体或单独使用dovitinib相比,肿瘤生长显著受到抑制(TGI >70%)。在Alport综合征小鼠模型中,Dovitinib-RIBOTAC(56 mg/kg,腹腔注射,隔日一次,持续42天)可稳定尿白蛋白浓度,并降低肾组织中成熟和前体miR-21的水平,表明其具有疾病修饰作用。小鼠体重维持在正常范围内,且未观察到明显的毒性反应。这些结果验证了RNA靶向治疗作为miR-21驱动疾病的一种有效策略。
酶活实验
采用微尺度热泳 (MST) 或表面等离子共振 (SPR) 技术进行非细胞 RNA 结合实验。将合成的 pre-miR-21 RNA (50 nM) 用荧光染料标记。在结合缓冲液(20 mM HEPES pH 7.5、150 mM NaCl、5 mM MgCl2)中加入浓度递增的 Dovitinib-RIBOTAC (0.1-1000 nM)。在 25℃ 孵育 10 分钟后,测量 MST 信号以确定结合亲和力 (KD)。该化合物通常对 pre-miR-21 表现出亚微摩尔级的亲和力。使用乱序 RNA 序列的对照实验显示结合极少。或者,也可以使用重组 RNase L 进行体外切割实验来测量 RNA 降解活性。
细胞实验
细胞内 miR-21 降解实验:将 MDA-MB-231 细胞接种于 6 孔板(3×10⁵ 个细胞/孔),培养基为含 10% FBS 的 DMEM。24 小时后,用 Dovitinib-RIBOTAC(0.2、1、5 uM)处理细胞 24-48 小时。使用 TRIzol 试剂提取总 RNA(包括小 RNA)。使用 U6 snRNA 作为内参,通过 TaqMan 实时定量 PCR 检测成熟 miR-21 的水平。使用特异性茎环引物检测 pre-miR-21 的水平。侵袭实验中,细胞处理 48 小时后,以 5×10⁴ 个细胞/孔的密度接种于 Matrigel 包被的 Transwell 小室中。24 小时后,用结晶紫染色并计数侵袭细胞。 Dovitinib-RIBOTAC 在 1 uM 浓度下可减少 70-80% 的侵袭。
动物实验
MDA-MB-231乳腺癌异种移植模型:将5×10⁶个细胞悬浮于100 μL Matrigel/PBS中,皮下接种于6-8周龄的雌性NOD/SCID小鼠。当肿瘤体积达到约100-150 mm³(第10-14天)时,将小鼠随机分组(n=8)。Dovitinib-RIBOTAC以10% DMSO/40% PEG300/5% Tween-80/45%生理盐水配制,并以56 mg/kg的剂量隔日腹腔注射,连续30天(共15次)。对照组分别注射溶剂或Dovitinib(56 mg/kg)。每3-4天使用游标卡尺测量肿瘤体积。在研究终点,切除肿瘤并称重。提取肿瘤组织中的总RNA进行miR-21 qPCR分析。采集血液样本进行药代动力学分析。
药代性质 (ADME/PK)
小鼠(CD-1)药代动力学研究表明,静脉注射(10 mg/kg)后,Dovitinib-RIBOTAC 具有中等血浆暴露量。末端半衰期(t½)约为 1-2 小时。腹腔注射(56 mg/kg)后,血药浓度峰值(Cmax)在 0.5-1 小时达到,估计生物利用度(F%)为 30-50%(腹腔注射与静脉注射比较)。分布容积(Vd)中等(1-2 L/kg),表明药物分布于组织中。血浆蛋白结合率 >90%。该化合物主要通过 CYP3A4 代谢。清除率(CL)为 1-2 L/h/kg。主要消除途径是肝脏代谢和胆汁排泄。不到 5% 的药物以原形经尿液排出。
毒性/毒理 (Toxicokinetics/TK)
多维替尼-RIBOTAC的临床前毒理学数据表明其安全性良好。在一项为期14天的小鼠重复给药毒性研究中,未观察到不良反应剂量(NOAEL)为56 mg/kg(腹腔注射,隔日一次)。在100 mg/kg剂量下,观察到轻微的胃肠道反应(稀便、食欲减少)和肝酶(ALT、AST)的短暂升高。未检测到显著的hERG抑制(IC50 >10 μM)。该化合物在Ames试验中未显示致突变性。已知多维替尼在治疗剂量(500 mg/天)下可引起人类恶心、呕吐、腹泻和疲劳,但RIBOTAC在研究中以较低剂量给药。应采取标准安全操作预防措施(戴手套、穿实验服、佩戴护目镜)。避免孕妇接触,因为多维替尼可能对胎儿造成伤害。
参考文献

[1]. Reprogramming of Protein-Targeted Small-Molecule Medicines to RNA by Ribonuclease Recruitment. J Am Chem Soc. 2021 Aug 25;143(33):13044-13055.

其他信息
Dovitinib-RIBOTAC(CAS:2759351-68-1)是一种研究级靶向RNA降解剂,也称为Dovitinib RIBOTAC。纯度通常≥95%(HPLC法测定)。该化合物可溶于DMSO(130 mg/mL)。储存条件为-20℃,避光,并置于氮气保护下以防止降解。Dovitinib-RIBOTAC不同于传统的PROTAC(降解蛋白质),属于RIBOTAC(核糖核酸酶靶向嵌合体)。它靶向pre-miR-21,一种与癌症转移、纤维化和其他疾病相关的microRNA。该化合物已用于乳腺癌和Alport综合征的研究。它并非获批药物,仅供研究使用。CAS 2759351-68-1为游离碱形式。 TFA 盐形式也存在(CAS 2759351-69-2)。
*注: 文献方法仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些方法的准确性
化学信息 & 存储运输条件
分子式
C51H56FN9O10S
分子量
1006.11
精确质量
1005.385
CAS号
2759351-68-1
相关CAS号
Dovitinib-RIBOTAC TFA;2759351-69-2
PubChem CID
163321293
外观&性状
Light yellow to yellow solid powder
密度
1.395±0.06 g/cm3(Predicted)
LogP
4.8
tPSA
273
氢键供体(HBD)数目
7
氢键受体(HBA)数目
17
可旋转键数目(RBC)
23
重原子数目
72
分子复杂度/Complexity
1950
定义原子立体中心数目
0
SMILES
S1/C(/C(C(=O)OCC)=C(/C/1=C/C1C=CC(=C(C=1)O)OCCOCCOCCOCCNC(NCCN1CCN(C2=CC=C3C(=C2)NC(C2C(NC4C=CC=C(C=4C=2N)F)=O)=N3)CC1)=O)O)=N\C1C=CC=CC=1
InChi Key
YTBJOOVFCGXASL-MYYQOHSPSA-N
InChi Code
InChI=1S/C51H56FN9O10S/c1-2-70-50(65)44-46(63)41(72-49(44)56-33-7-4-3-5-8-33)30-32-11-14-40(39(62)29-32)71-28-27-69-26-25-68-24-23-67-22-16-55-51(66)54-15-17-60-18-20-61(21-19-60)34-12-13-36-38(31-34)58-47(57-36)43-45(53)42-35(52)9-6-10-37(42)59-48(43)64/h3-14,29-31,62-63H,2,15-28H2,1H3,(H,57,58)(H3,53,59,64)(H2,54,55,66)/b41-30-,56-49?
化学名
ethyl (5Z)-5-[[4-[2-[2-[2-[2-[2-[4-[2-(4-amino-5-fluoro-2-oxo-1H-quinolin-3-yl)-3H-benzimidazol-5-yl]piperazin-1-yl]ethylcarbamoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]-3-hydroxyphenyl]methylidene]-4-hydroxy-2-phenyliminothiophene-3-carboxylate
别名
Dovitinib-RIBOTAC; 2759351-68-1; CHEMBL5170938; SCHEMBL24233192; CS-0227294; ethyl (5Z)-5-[[4-[2-[2-[2-[2-[2-[4-[2-(4-amino-5-fluoro-2-oxo-1H-quinolin-3-yl)-3H-benzimidazol-5-yl]piperazin-1-yl]ethylcarbamoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]-3-hydroxyphenyl]methylidene]-4-hydroxy-2-phenyliminothiophene-3-carboxylate
HS Tariff Code
2934.99.9001
存储方式

Powder      -20°C    3 years

                     4°C     2 years

In solvent   -80°C    6 months

                  -20°C    1 month

注意: (1). 本产品在运输和储存过程中需避光。  (2). 请将本产品存放在密封且受保护的环境中(例如氮气保护),避免吸湿/受潮。
运输条件
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
溶解度数据
溶解度 (体外实验)
DMSO :~130 mg/mL (~129.21 mM)
溶解度 (体内实验)
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方,主要用于溶解难溶或不溶于水的产品(水溶度<1 mg/mL)。 建议您先取少量样品进行尝试,如该配方可行,再根据实验需求增加样品量。

注射用配方
(IP/IV/IM/SC等)
注射用配方1: DMSO : Tween 80: Saline = 10 : 5 : 85 (如: 100 μL DMSO 50 μL Tween 80 850 μL Saline)
*生理盐水/Saline的制备:将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中,得到澄清溶液。
注射用配方 2: DMSO : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL DMSO 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)
注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL DMSO 900 μL Corn oil)
示例: 注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液,加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。
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注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如:100 μL DMSO 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)]
*20% SBE-β-CD in Saline的制备(4°C,储存1周):将2g SBE-β-CD (磺丁基-β-环糊精) 溶解于10mL生理盐水中,得到澄清溶液。
注射用配方 5: 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin : Saline = 50 : 50 (如: 500 μL 2-Hydroxypropyl-β-cyclodextrin (羟丙基环胡精) 500 μL Saline)
注射用配方 6: DMSO : PEG300 : Castor oil : Saline = 5 : 10 : 20 : 65 (如: 50 μL DMSO 100 μL PEG300 200 μL Castor oil 650 μL Saline)
注射用配方 7: Ethanol : Cremophor : Saline = 10: 10 : 80 (如: 100 μL Ethanol 100 μL Cremophor 800 μL Saline)
注射用配方 8: 溶解于Cremophor/Ethanol (50 : 50), 然后用生理盐水稀释。
注射用配方 9: EtOH : Corn oil = 10 : 90 (如: 100 μL EtOH 900 μL Corn oil)
注射用配方 10: EtOH : PEG300Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如: 100 μL EtOH 400 μL PEG300 50 μL Tween 80 450 μL Saline)


口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠)
口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
示例: 口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中,得到0.5%CMC-Na澄清溶液;然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中,得到悬浮液。
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口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400)
口服配方 4: 悬浮于0.2% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 5: 溶解于0.25% Tween 80 and 0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素)
口服配方 6: 做成粉末与食物混合


注意: 以上为较为常见方法,仅供参考, InvivoChem并未独立验证这些配方的准确性。具体溶剂的选择首先应参照文献已报道溶解方法、配方或剂型,对于某些尚未有文献报道溶解方法的化合物,需通过前期实验来确定(建议先取少量样品进行尝试),包括产品的溶解情况、梯度设置、动物的耐受性等。

请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案:
1、请先配制澄清的储备液(如:用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液));
2、取适量母液,按从左到右的顺序依次添加助溶剂,澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明,并不一定代表此产品 的实际溶解配方):
10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline);
假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中,混合均匀/澄清;向上述体系中加入50 μL Tween-80,混合均匀/澄清;然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL;

3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例;
4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出,可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶;
5、为保证最佳实验结果,工作液请现配现用!
6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液,请查看说明书或联系我们;
7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。
制备储备液 1 mg 5 mg 10 mg
1 mM 0.9939 mL 4.9696 mL 9.9393 mL
5 mM 0.1988 mL 0.9939 mL 1.9879 mL
10 mM 0.0994 mL 0.4970 mL 0.9939 mL

1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液):对于大多数产品,InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如:5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度),个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;

2、如果您找不到您想要的溶解度信息,或者很难将产品溶解在溶液中,请联系我们;

3、建议使用下列计算器进行相关计算(摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等);

4、母液配好之后,将其分装到常规用量,并储存在-20°C或-80°C,尽量减少反复冻融循环。

计算器

摩尔浓度计算器可计算特定溶液所需的质量、体积/浓度,具体如下:

  • 计算制备已知体积和浓度的溶液所需的化合物的质量
  • 计算将已知质量的化合物溶解到所需浓度所需的溶液体积
  • 计算特定体积中已知质量的化合物产生的溶液的浓度
使用摩尔浓度计算器计算摩尔浓度的示例如下所示:
假如化合物的分子量为350.26 g/mol,在5mL DMSO中制备10mM储备液所需的化合物的质量是多少?
  • 在分子量(MW)框中输入350.26
  • 在“浓度”框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在“体积”框中输入5,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案17.513 mg出现在“质量”框中。以类似的方式,您可以计算体积和浓度。

稀释计算器可计算如何稀释已知浓度的储备液。例如,可以输入C1、C2和V2来计算V1,具体如下:

制备25毫升25μM溶液需要多少体积的10 mM储备溶液?
使用方程式C1V1=C2V2,其中C1=10mM,C2=25μM,V2=25 ml,V1未知:
  • 在C1框中输入10,然后选择正确的单位(mM)
  • 在C2框中输入25,然后选择正确的单位(μM)
  • 在V2框中输入25,然后选择正确的单位(mL)
  • 单击“计算”按钮
  • 答案62.5μL(0.1 ml)出现在V1框中
g/mol

分子量计算器可计算化合物的分子量 (摩尔质量)和元素组成,具体如下:

注:化学分子式大小写敏感:C12H18N3O4  c12h18n3o4
计算化合物摩尔质量(分子量)的说明:
  • 要计算化合物的分子量 (摩尔质量),请输入化学/分子式,然后单击“计算”按钮。
分子质量、分子量、摩尔质量和摩尔量的定义:
  • 分子质量(或分子量)是一种物质的一个分子的质量,用统一的原子质量单位(u)表示。(1u等于碳-12中一个原子质量的1/12)
  • 摩尔质量(摩尔重量)是一摩尔物质的质量,以g/mol表示。
/

配液计算器可计算将特定质量的产品配成特定浓度所需的溶剂体积 (配液体积)

  • 输入试剂的质量、所需的配液浓度以及正确的单位
  • 单击“计算”按钮
  • 答案显示在体积框中
动物体内实验配方计算器(澄清溶液)
第一步:请输入基本实验信息(考虑到实验过程中的损耗,建议多配一只动物的药量)
第二步:请输入动物体内配方组成(配方适用于不溶/难溶于水的化合物),不同的产品和批次配方组成不同,如对配方有疑问,可先联系我们提供正确的体内实验配方。此外,请注意这只是一个配方计算器,而不是特定产品的确切配方。
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计算结果:

工作液浓度 mg/mL;

DMSO母液配制方法 mg 药物溶于 μL DMSO溶液(母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度,请首先与我们联系。

体内配方配制方法μL DMSO母液,加入 μL PEG300,混匀澄清后加入μL Tween 80,混匀澄清后加入 μL ddH2O,混匀澄清。

(1) 请确保溶液澄清之后,再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶;
            (2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。

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