| 规格 | 价格 | |
|---|---|---|
| 500mg | ||
| 1g | ||
| Other Sizes |
| 靶点 |
DNA (via intercalation), leading to activation of Z-DNA binding protein 1 (ZBP1), receptor-interacting protein kinase 3 (RIP3), and mixed lineage kinase domain-like protein (MLKL) pathways [1]
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|---|---|
| 体外研究 (In Vitro) |
在溴化乙锭竞争性置换实验中，化合物3a 表现出DNA嵌入特性，其Stern-Volmer淬灭常数（Ksv）为 4.5 × 10⁴ M⁻¹。 [1]
在使用pBR322质粒DNA的琼脂糖凝胶电泳实验中，化合物3a 在[化合物:DNA碱基对]比例为2:1时诱导显著的DNA构象变化，在比例为2.5:1时观察到完全的结构改变和DNA凝聚/沉淀。 [1] 化合物3a 对多种癌细胞系表现出强效的抗癌活性，IC50值如下：HCT-116（1.55 ± 0.17 μM）、HeLa（3.33 ± 0.45 μM）、HT-29（4.0 ± 0.9 μM）、Huh7（6.9 ± 0.15 μM）。与正常细胞相比，它对癌细胞具有选择性，在HEK293T中的IC50值为14.2 ± 0.85 μM，在HS-5中大于40 μM。 [1] 在克隆形成实验中，化合物3a 在HCT-116、HeLa和HT-29细胞系中以剂量依赖性方式（1-5 μM）有效抑制集落形成。在5 μM浓度下处理显著抑制了所有细胞系的集落生长。 [1] 在体外组装的单核小体实验中，化合物3a 诱导了组蛋白驱逐，在25、50和75 μM浓度下观察到DNA和核小体的条带强度显著降低，在150 μM时观察到完全的组蛋白驱逐。 [1] 在碱性彗星实验中，化合物3a 处理（HeLa 4 μM、HCT116 2 μM、HT-29 6 μM）导致出现可检测的彗星拖尾，表明发生了显著的DNA链断裂。 [1] Western blot分析显示，化合物3a 在HCT-116、HeLa和HT-29细胞系中以剂量依赖性方式（0-6 μM）增加磷酸化γ-H2AX和活化的caspase-3的表达。 [1] 使用annexin V-FITC和PI染色的流式细胞术分析表明，化合物3a 在测试的细胞系中以剂量依赖性方式（0-8 μM）诱导凋亡性细胞死亡。 [1] 通过DCFDA染色和流式细胞术测量，化合物3a 在HCT116、HeLa和HT-29细胞系中以剂量依赖性方式增加细胞内活性氧水平。 [1] 化合物3a 诱导线粒体功能障碍，表现为线粒体聚集（通过mitotracker red CMXROS染色观察）和线粒体去极化（通过JC-1染色和流式细胞术测量）。 [1] 通过免疫印迹和免疫荧光显微镜显示，化合物3a 在HCT-116、HT-29和HeLa细胞系中以剂量依赖性方式（0-6 μM）增加ZBP1的表达。 [1] 在表达RIP3的HT-29细胞中，使用泛caspase抑制剂Z-VAD（20 μM）存在下，化合物3a（0-10 μM）处理导致细胞活力呈剂量依赖性降低，表明诱导了坏死性凋亡。 [1] 在用化合物3a（0-8 μM）加Z-VAD（20 μM）处理的HT-29细胞中，免疫印迹显示坏死性凋亡标志物p-RIP3和p-MLKL的表达增加。免疫荧光显微镜进一步证实了p-RIP3表达升高。 [1] 在RIP3沉默的细胞系（HeLa和HCT116）中，用DNA低甲基化剂5-氮杂-2'-脱氧胞苷（5-AD，2 μM）预处理可恢复RIP3表达，随后用化合物3a（3 μM）处理诱导了p-RIP3和p-MLKL的表达，表明通过ZBP1-RIP3-MLKL通路发生坏死性凋亡。 [1] |
| 酶活实验 |
荧光嵌入剂竞争性置换实验：在含有20 μM小牛胸腺DNA和10 μM溴化乙锭的缓冲液（10 mM磷酸钠，pH 7，10 mM NaCl，1% DMSO）中，用递增浓度的化合物3a（5-30 μM）进行滴定。使用分光光度计进行荧光测量，激发波长为480 nm，发射扫描范围为520-700 nm。从获得的数据计算Stern-Volmer淬灭常数。 [1]
圆二色谱：在室温下使用圆二色谱仪记录DNA（30 μM）与递增浓度化合物3a相互作用的CD光谱，扫描范围为240-450 nm，缓冲液含10 mM磷酸钠（pH 7）、10 mM NaCl和1% DMSO。监测275 nm附近的正B-DNA峰变化和负诱导CD以评估DNA结构改变。 [1] 紫外-可见吸收光谱研究：使用紫外-可见分光光度计在磷酸盐缓冲液（10 mM磷酸钠，10 mM NaCl，1% DMSO）中，室温下记录化合物3a与递增浓度DNA（富含AT、富含GC和混合序列的CT-DNA）相互作用的紫外-可见光谱。~390 nm处吸收最大值的降低（减色效应）表明DNA结合能力。 [1] |
| 细胞实验 |
细胞活力测定（MTT）：将细胞（5 × 10³）接种于96孔板中，在37°C、5% CO₂条件下培养。用递增剂量的化合物3a处理细胞24小时。加入MTT（0.5 mg/mL）并孵育3小时。将甲臜晶体溶解于DMSO中，使用酶标仪在570 nm处检测吸光度。计算IC50值。 [1]
克隆形成实验：将细胞（2 × 10³）接种于6孔板中，培养过夜。用递增剂量的化合物3a（1-5 μM）处理细胞。每三天更换一次培养基。10天后，用PBS洗涤集落，用甲醇和乙酸（7:1）固定，用0.5%结晶紫染色并计数。 [1] Western blot分析：将细胞接种于6孔板中，培养过夜。化合物3a（0-6 μM）处理24小时后，用含PhosSTOP和蛋白酶抑制剂混合物的RIPA缓冲液裂解细胞。使用Bradford法测量蛋白浓度。通过4-20% SDS-PAGE分离蛋白，转移至PVDF膜，用5%脱脂奶粉封闭，与一抗在4°C孵育过夜，然后与二抗在室温孵育2小时，用ECL底物显影。使用的抗体包括抗ZBP1、p-γH2AX、活化的caspase-3、p-RIP3、p-MLKL、RIP3和GAPDH的抗体。 [1] 细胞凋亡测定（Annexin V-FITC/PI染色）：用递增浓度的化合物3a（0-8 μM）处理细胞24小时。用PBS洗涤细胞，胰蛋白酶消化，重悬于1X annexin结合缓冲液中，用FITC标记的annexin V（1 μL）在避光条件下染色15分钟，然后在FACS分析前5分钟加入PI溶液（0.5 μL，1 mg/mL）。 [1] 细胞内活性氧测量：用递增剂量的化合物3a处理细胞24小时。胰蛋白酶消化细胞，用PBS洗涤，与H2DCFDA在室温避光孵育15分钟，然后通过流式细胞术分析。 [1] 碱性彗星实验：用化合物3a处理细胞24小时（HeLa：4 μM，HCT116：2 μM，HT-29：6 μM）。将细胞与1%低熔点琼脂糖混合，铺在琼脂糖包被的载玻片上，置于碱性裂解液（100 mM Na₂-EDTA，1.2 M NaCl，0.1%十二烷基肌氨酸钠，0.26 M NaOH，pH >13）中4°C过夜。在30 V电压下电泳20分钟。用PI（10 μg/mL）染色10分钟，通过共聚焦显微镜观察。 [1] 线粒体膜电位测量（JC-1染色）：用化合物3a处理细胞24小时。阳性对照组用CCCP在37°C处理5分钟。胰蛋白酶消化细胞，用PBS洗涤，用2 μM JC-1在避光条件下染色15分钟，通过流式细胞术分析。 [1] 免疫荧光共聚焦显微镜：将细胞接种于35 mm培养皿中的盖玻片上，用化合物3a处理24小时（HeLa：4 μM，HT-29：6 μM），用4%多聚甲醛固定，用0.1% Triton X-100透化，用5% BSA封闭，与一抗（ZBP1或p-RIP3）孵育，然后与Alexa Fluor 594标记的二抗孵育。细胞核用Hoechst 33342（16.1 mM）染色20分钟。使用共聚焦显微镜采集图像。 [1] 组蛋白驱逐实验：将体外组装的核小体（使用Epimark核小体组装试剂盒）与化合物3a（25、50、75和150 μM）在50 mM Tris-Cl缓冲液中于37°C孵育4小时。在TBE缓冲液中以10 mA恒定电流在6%非变性凝胶上电泳1.5小时。凝胶用EtBr（1 μg/mL）染色，然后用银染以显示DNA和核小体复合物。 [1] MNase消化实验：分离HeLa细胞核，用化合物3a处理15分钟，然后用MNase处理。通过酚-氯仿法提取DNA，乙醇沉淀，在TAE缓冲液中于1.5%琼脂糖凝胶上电泳30分钟，用EtBr（0.5 μg/mL）染色。 [1] |
| 参考文献 |
| 分子式 |
C26H28N6O2
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|---|---|
| 分子量 |
456.54
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| 精确质量 |
456.22737
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| PubChem CID |
171713829
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| 外观&性状 |
Yellow to orange solid at room temperature
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| LogP |
5.2
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| tPSA |
98.9 Ų
|
| 氢键供体(HBD)数目 |
2
|
| 氢键受体(HBA)数目 |
7
|
| 可旋转键数目(RBC) |
9
|
| 重原子数目 |
34
|
| 分子复杂度/Complexity |
615
|
| 定义原子立体中心数目 |
0
|
| SMILES |
CN(C)CCCNC1=NC2=C(C=CC(=C2)[N+](=O)[O-])N=C1NCC3=CC=C(C=C3)C4=CC=CC=C4
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| InChi Key |
PZOYNYJLPZBQFO-UHFFFAOYSA-N
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| InChi Code |
InChI=1S/C26H28N6O2/c1-31(2)16-6-15-27-25-26(29-23-14-13-22(32(33)34)17-24(23)30-25)28-18-19-9-11-21(12-10-19)20-7-4-3-5-8-20/h3-5,7-14,17H,6,15-16,18H2,1-2H3,(H,27,30)(H,28,29)
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| 化学名 |
3-N-[3-(dimethylamino)propyl]-6-nitro-2-N-[(4-phenylphenyl)methyl]quinoxaline-2,3-diamine
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| 别名 |
CHEMBL5567248; ZBP1/RIP3/MLKL activator 1; CHEMBL-5567248; ZBP1/RIP3/MLKL activator-1;
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| HS Tariff Code |
2934.99.9001
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| 存储方式 |
Powder -20°C 3 years 4°C 2 years In solvent -80°C 6 months -20°C 1 month |
| 运输条件 |
Room temperature (This product is stable at ambient temperature for a few days during ordinary shipping and time spent in Customs)
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| 溶解度 (体外实验) |
DMSO: 100 mg/mL (219.0 mM)
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|---|---|
| 溶解度 (体内实验) |
注意: 如下所列的是一些常用的体内动物实验溶解配方，主要用于溶解难溶或不溶于水的产品（水溶度<1 mg/mL）。 建议您先取少量样品进行尝试，如该配方可行，再根据实验需求增加样品量。
注射用配方
注射用配方1: DMSO : Tween 80： Saline = 10 : 5 : 85 (如： 100 μL DMSO → 50 μL Tween 80 → 850 μL Saline)(IP/IV/IM/SC等) *生理盐水/Saline的制备：将0.9g氯化钠/NaCl溶解在100 mL ddH ₂ O中，得到澄清溶液。 注射用配方 2: DMSO : PEG300 ：Tween 80 : Saline = 10 : 40 : 5 : 45 (如： 100 μL DMSO → 400 μL PEG300 → 50 μL Tween 80 → 450 μL Saline) 注射用配方 3: DMSO : Corn oil = 10 : 90 (如： 100 μL DMSO → 900 μL Corn oil) 示例: 以注射用配方 3 (DMSO : Corn oil = 10 : 90) 为例说明, 如果要配制 1 mL 2.5 mg/mL的工作液, 您可以取 100 μL 25 mg/mL 澄清的 DMSO 储备液，加到 900 μL Corn oil/玉米油中, 混合均匀。 View More
注射用配方 4: DMSO : 20% SBE-β-CD in Saline = 10 : 90 [如：100 μL DMSO → 900 μL (20% SBE-β-CD in Saline)] 口服配方
口服配方 1: 悬浮于0.5% CMC Na (羧甲基纤维素钠) 口服配方 2: 悬浮于0.5% Carboxymethyl cellulose (羧甲基纤维素) 示例: 以口服配方 1 (悬浮于 0.5% CMC Na)为例说明, 如果要配制 100 mL 2.5 mg/mL 的工作液, 您可以先取0.5g CMC Na并将其溶解于100mL ddH2O中，得到0.5%CMC-Na澄清溶液；然后将250 mg待测化合物加到100 mL前述 0.5%CMC Na溶液中，得到悬浮液。 View More
口服配方 3: 溶解于 PEG400 (聚乙二醇400) 请根据您的实验动物和给药方式选择适当的溶解配方/方案： 1、请先配制澄清的储备液(如：用DMSO配置50 或 100 mg/mL母液(储备液)); 2、取适量母液，按从左到右的顺序依次添加助溶剂，澄清后再加入下一助溶剂。以 下列配方为例说明 (注意此配方只用于说明，并不一定代表此产品 的实际溶解配方): 10% DMSO → 40% PEG300 → 5% Tween-80 → 45% ddH2O (或 saline); 假设最终工作液的体积为 1 mL, 浓度为5 mg/mL: 取 100 μL 50 mg/mL 的澄清 DMSO 储备液加到 400 μL PEG300 中，混合均匀/澄清；向上述体系中加入50 μL Tween-80，混合均匀/澄清；然后继续加入450 μL ddH2O (或 saline)定容至 1 mL； 3、溶剂前显示的百分比是指该溶剂在最终溶液/工作液中的体积所占比例; 4、 如产品在配制过程中出现沉淀/析出，可通过加热(≤50℃)或超声的方式助溶; 5、为保证最佳实验结果，工作液请现配现用！ 6、如不确定怎么将母液配置成体内动物实验的工作液，请查看说明书或联系我们; 7、 以上所有助溶剂都可在 Invivochem.cn网站购买。 |
| 制备储备液 | 1 mg | 5 mg | 10 mg | |
| 1 mM | 2.1904 mL | 10.9519 mL | 21.9039 mL | |
| 5 mM | 0.4381 mL | 2.1904 mL | 4.3808 mL | |
| 10 mM | 0.2190 mL | 1.0952 mL | 2.1904 mL |
1、根据实验需要选择合适的溶剂配制储备液 (母液)：对于大多数产品，InvivoChem推荐用DMSO配置母液 (比如：5、10、20mM或者10、20、50 mg/mL浓度），个别水溶性高的产品可直接溶于水。产品在DMSO 、水或其他溶剂中的具体溶解度详见上”溶解度 (体外)”部分;
2、如果您找不到您想要的溶解度信息，或者很难将产品溶解在溶液中，请联系我们;
3、建议使用下列计算器进行相关计算（摩尔浓度计算器、稀释计算器、分子量计算器、重组计算器等）;
4、母液配好之后，将其分装到常规用量，并储存在-20°C或-80°C，尽量减少反复冻融循环。
计算结果:
工作液浓度： mg/mL；
DMSO母液配制方法： mg 药物溶于 μL DMSO溶液（母液浓度 mg/mL)。如该浓度超过该批次药物DMSO溶解度，请首先与我们联系。
体内配方配制方法：取 μL DMSO母液，加入 μL PEG300，混匀澄清后加入μL Tween 80，混匀澄清后加入 μL ddH2O，混匀澄清。
(1) 请确保溶液澄清之后，再加入下一种溶剂 (助溶剂) 。可利用涡旋、超声或水浴加热等方法助溶；
(2) 一定要按顺序加入溶剂 (助溶剂) 。
RIPK1 ligand-Linker Conjugate-1
RIPK1-ligand-2
RIPK1-IN-34
RIPK1-IN-35
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